Uzasadnienie
P.spółka z o.o. z siedzibą w T. (dalej: Spółka lub Strona) z tytułu prowadzonej działalności gospodarczej złożyła deklaracje podatkowe w podatku od towarów i usług za miesiące od sierpnia 2023 r. do grudnia 2023 r.
Na podstawie upoważnienia do kontroli Naczelnik Urzędu Skarbowego w Tczewie (dalej: Naczelnik lub Organ I instancji) 14 lutego 2024 r. wszczął wobec Spółki kontrolę podatkową w zakresie sprawdzenia prawidłowości rozliczenia z budżetem państwa w podatku od towarów i usług za sierpień-grudzień 2023 r. W sporządzonym protokole zawarto ustalenia dotyczące badania ksiąg. Kontrolę zakończono 18 października 2024 r.
Naczelnik 11 lutego 2025 r. wszczął wobec Spółki postępowanie podatkowe w zakresie podatku od towarów i usług za miesiące od sierpnia do grudnia 2023 r., następnie 25 września 2025 r. wydał decyzję nr 2219-SPO.4103.2.2025, w której - działając na podstawie art. 99 ust. 12 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j.: Dz. U. z 2023 r. poz. 1570 ze zm.) – dalej: "u.p.t.u." - zakwestionował prawo Spółki do odliczenia podatku naliczonego (w łącznej wysokości 147.133,30 zł) na podstawie faktur wystawionych przez K., tytułem sprzedaży materiałów związanych z wyposażeniem BHP stanowisk pracy oraz urządzeń stacji ładowania elektronarzędzi akumulatorowych.
W wydanej decyzji Naczelnik określił w podatku od towarów i usług: - kwotę zwrotu różnicy podatku od towarów i usług za sierpień 2023 r., wrzesień 2023 r., październik 2023 r. i listopad 2023 r. odpowiednio w wysokości 37.776 zł, 42.793 zł, 295.270 zł, 165.329 zł; - nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do odliczenia w następnych okresach rozliczeniowych za sierpień 2023 r., wrzesień 2023 r., październik 2023 r. i listopad 2023 r. odpowiednio w wysokości 536.099 zł, 747.624 zł, 514.696 zł, 341.773 zł; - nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do odliczenia w następnych okresach rozliczeniowych za grudzień 2023 r. w wysokości 508.159 zł; - ponadto ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług: za sierpień 2023 r. 22.805 zł, za wrzesień 2023 r. 28.980 zł, za październik 2023 r. 52.702 zł, za listopad 2023 r. 42.647 zł.
Zdaniem Naczelnika zakwestionowane faktury nie odzwierciedlają rzeczywistych zdarzeń gospodarczych i zostały świadomie ujęte przez Stronę w rejestrach zakupów oraz rozliczone w deklaracjach VAT-7 - wyłącznie w celu zmniejszenia zobowiązania podatkowego. Jako podstawę wyłączenia prawa do odliczenia powołał art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) u.p.t.u.
Organ pierwszej instancji odnosząc się do podatku należnego: zestawił w formie tabeli wartości dostaw i podatku należnego, wynikające z ewidencji dostaw przesłanych w formie plików JPK_VAT i potwierdził, że Spółka w spornym okresie była uprawniona do zastosowania stawki 0% w odniesieniu do świadczenia usług monterskich, udokumentowanych na podstawie faktur wystawionych na rzecz R. S.A. (które to usługi zostały nabyte uprzednio od T.sp. z o.o. i opodatkowane stawką podstawową 23%).
Naczelnik uznał, że Spółka świadomie rozliczała podatek naliczony wynikający z nierzetelnych faktur od K.wobec czego działając na podstawie art. 112c ust. 1 pkt 2 u.p.t.u. - ustalił na rzecz Strony dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości odpowiadającej 100% kwot podatku wynikającego z ww. faktur.
Spółka nie zgodziła się ww. decyzją i wniosła od niej odwołanie z 22 października 2025 r.
Zaskarżoną decyzją z 29 kwietnia 2026 roku Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku (dalej: Dyrektor lub Organ odwoławczy), działając na podstawie: art. 233 § 2 w zw. z art. 220 § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j.: Dz. U. z 2025 r. poz. 111 ze zm.) – dalej: "O.p." uchylił w całości ww. decyzję Naczelnika i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, ponieważ rozstrzygnięcie sprawy wymagało uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej części.
W ocenie Dyrektora, zgromadzony materiał dowodowy nie pozwala na dokonanie przez niego oceny wszystkich prawotwórczych okoliczności w toku instancji - co w konsekwencji uniemożliwia podjęcie prawidłowego rozstrzygnięcia merytorycznego zgodnie z zasadą dwuinstancyjności.
W przypadku, gdy organ na podstawie art. 99 ust. 12 u.p.t.u. kwestionuje istotne dane wykazane przez podatnika w deklaracji dla podatku od towarów i usług powinien jednocześnie zweryfikować prawidłowość rozliczenia za dany okres rozliczeniowy w zakresie: podatku należnego, podatku naliczonego, kwoty nadwyżki podatku naliczonego z przeniesienia z okresu poprzedniego. Dopiero prawidłowe określenie ww. kwot pozwala na prawidłowe końcowe rozliczenie.
Organ pierwszej instancji kwestionując samoobliczenie Spółki na podstawie art. 99 ust.12 u.p.t.u. nie poddał analizie i ocenie kwot podatku należnego zadeklarowanych przez Stronę za okres od sierpnia do grudnia 2023 r., jak również pominął ocenę prawidłowości zadeklarowanej za sierpień 2023 r. nadwyżki podatku naliczonego z przeniesienia z poprzedniego miesiąca i poprzestał na dokonaniu ustaleń o świadomym rozliczaniu nierzetelnych faktur od K.- co uniemożliwia podjęcie prawidłowego rozstrzygnięcia i uzasadnia przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia.
W ocenie Dyrektora rozstrzygnięcie sprawy wymaga przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej części.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku Spółka zaskarżyła ww. decyzję w całości i zarzuciła jej naruszenie przepisów postępowania, w tym w szczególności:
- 1. niezastosowanie art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) O.p. i nieuchylenie decyzji organu pierwszej instancji w całości i nieumorzenie postępowania w sprawie w sytuacji, w której zgromadzony materiał dowodowy pozwalał organowi odwoławczemu na zastosowanie tego przepisu i umorzenie postępowania w sprawie;
- 2. niewłaściwe zastosowanie art. 233 § 2 O.p. i uchylenie w całości decyzji organu pierwszej instancji i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia przez ten organ w sytuacji, w której rozstrzygnięcie sprawy nie wymagało uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części, tj. zgromadzony w sprawie materiał obwodowy pozwalał organowi odwoławczemu na rozstrzygnięcie sprawy.
- 3. naruszenie art. 121 § 1 i art. 122 § 1, w związku z art. 187, art, 188 i art. 191 O.p., poprzez brak - przy przekazaniu sprawy do ponownego rozpatrzenia przez organ pierwszej instancji, ponieważ rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej części - zobowiązania organu pierwszej instancji do przeprowadzenia wnioskowanych przez skarżącą dowodów z przesłuchania J. K. i P. D.w toku postępowania prowadzonego wobec Spółki, o co wnosiła w odwołaniu od decyzji i w późniejszym stanowisku strony.
- 4. niezastosowanie art. 122 § 2 O.p., tj. nawet jeśli pozostały jakiekolwiek wątpliwości co do stanu faktycznego to organ odwoławczy powinien rozstrzygnąć je na korzyść skarżącej i umorzyć postępowanie w sprawie.
Z uwagi na powyższe zarzuty Spółka wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji w całości oraz zasądzenie kosztów postępowania sądowego według norm przepisanych.
W ocenie Strony nie było podstaw do zastosowania art. 233 § 2 O.p. Zebrany materiał dowodowy pozwalał na rozstrzygnięcie sprawy, w szczególności w zakresie jedynej kwestii spornej - oceny transakcji dokonanych pomiędzy Skarżącą, a jej dostawcą. Z kolei kwestia podatku należnego od zaliczki była wyjaśniana na etapie postępowania przed Organem I instancji. Nie ma również podstaw do rozszerzania czynności na okresy poprzedzające okresy objęte postępowaniem podatkowym. Wyjaśniona była także kwestia powiązań osobowych. Sam fakt istnienia powiązań kapitałowych pomiędzy osobami fizycznymi nie przesądza o fikcyjności transakcji, tym bardziej, że nie było żadnego powiązania - ani osobowego, ani kapitałowego - pomiędzy Skarżącą, a K. J.. Organ odwoławczy powinien zatem zastosować art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) O.p., tj. uchylić decyzję Organu I instancji w całości i umorzyć postępowanie.
Spółka zarzuca, że Dyrektor nie zobowiązał Naczelnika do przeprowadzenia wnioskowanych przez Spółkę wniosków dowodowych o przesłuchanie świadków, którzy mają wiedzę odnośnie kwestionowanych dostaw, a zatem ich przesłuchanie ma kluczowe znaczenie dla niniejszej sprawy. Ponadto, nawet jeśli w sprawie pozostałyby jakiekolwiek wątpliwości co do stanu faktycznego, to organ odwoławczy był zobowiązany zastosować zmieniony art. 122 § 2 O.p. i niedające się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego rozstrzygnąć na korzyść Strony. Spór trwa ponad 3 lata, pomimo tego, że Spółka ściśle współpracowała z organami podatkowymi, zatem zasada z art. 122 § 2 O.p. powinna zostać w pełni zastosowana, gdyż nie zachodzą żadne okoliczności wyłączające możliwość jej zastosowania.
W odpowiedzi na skargę Dyrektor podtrzymał stanowisko, jak w decyzji i wniósł o oddalenie skargi.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje
Skarga podlega oddaleniu, gdyż zaskarżona decyzja nie zawiera wad, które uzasadniałyby wyeliminowanie jej z obrotu prawnego.
Przedmiotem kontroli w niniejszym postępowaniu jest decyzja Organu odwoławczego wydana na podstawie art. 233 § 2 O.p.
Decyzja wydana na podstawie art. 233 § 2 O.p. (kasatoryjna) nie przesadza o prawach i obowiązkach strony, albowiem nie jest decyzją merytoryczną. Rola sądu administracyjnego kontrolującego decyzję o charakterze kasacyjnym sprowadza się więc do analizy przyczyn, dla których organ odwoławczy uznał za konieczne skorzystanie z możliwości przewidzianej w art. 233 § 2 O.p.
Zgodnie z art. 233 § 2 O.p. organ odwoławczy może uchylić w całości decyzję organu pierwszej instancji i przekazać sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, jeżeli rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części. Przekazując sprawę, organ odwoławczy wskazuje okoliczności faktyczne, które należy zbadać przy ponownym rozpatrzeniu sprawy.
Wydanie decyzji kasatoryjnej na podstawie art. 233 § 2 O.p. jest wyjątkiem od zasady merytorycznego rozstrzygania sprawy przez organ odwoławczy i jest możliwe jedynie w wypadku, w którym stwierdzi on, że rozstrzygnięcie sprawy wymaga ponownego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części, a wad organu I instancji nie da się naprawić w trybie art. 229 O.p. (por. wyroki NSA: z 8 lipca 2021 r., II FSK 3422/18; z 9 lipca 2021 r., II FSK 592/207; z 7 września 2023 r. I FSK 900/19). Oceny, czy w sprawie występuje konieczność przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej dokonuje się więc w powiązaniu z treścią art. 229 O.p., zgodnie z którym organ odwoławczy może przeprowadzić, na żądanie strony lub z urzędu, dodatkowe postępowanie w celu uzupełnienia dowodów i materiałów w sprawie albo zlecić przeprowadzenie tego postępowania organowi, który wydał decyzję (zob. wyrok NSA z 20 października 2023r., I FSK 934/22).
Wydanie decyzji kasacyjnej będzie zatem uzasadnione w sytuacji, gdy organ pierwszej instancji nie przeprowadzi postępowania dowodowego w przeważającej części, bądź też postępowanie będzie obarczone tak istotnymi błędami, że nie będzie możliwe naprawienie tego w trybie art. 229 O.p. Niezbędne jest zatem wykazanie w uzasadnieniu takiej decyzji istnienia przesłanek do zastosowania tego przepisu z równoczesnym wykluczeniem możliwości skorzystania z art. 229 O.p. (wyrok NSA z 22 marca 2024 r., III FSK 461/21). Taka wykładnia przywołanych przepisów pozostaje w zgodzie z zasadami szybkości (art. 125 O.p.) oraz dwuinstancyjności (art. 127 O.p.) postępowania podatkowego.
Należy przy tym podkreślić, że przekazując sprawę do ponownego rozpoznania, organ odwoławczy ma obowiązek wskazać konkretne okoliczności faktyczne, które powinien zbadać organ pierwszej instancji (wyrok NSA z 21 listopada 2025 r., III FSK 986/24).
Przy czym wady co do zakresu przeprowadzonego postępowania dowodowego powinny być tak istotne, aby uniemożliwiały ustalenie stanu faktycznego sprawy, a co za tym idzie, poczynienie jakichkolwiek miarodajnych wniosków co do zastosowania przepisów prawa materialnego i określenia na tej podstawie wysokości zobowiązania podatkowego.
Co do zasady, uchybienia co do zakresu przeprowadzonego postępowania dowodowego stanowiące podstawę do wydania decyzji na podstawie art. 233 § 2 O.p., mają charakter "wyprzedzający" w stosunku do innych uchybień, w tym zwłaszcza co do zastosowania przepisów prawa materialnego. O tym zaś czy zaistniały przesłanki pozwalające na wydanie na tej podstawie prawnej decyzji przez organ odwoławczy decydują okoliczności konkretnej sprawy (por. wyrok NSA z 5 kwietnia 2023 r. sygn. akt II FSK 2377/20).
Istotne jest też, że wskazówki organu odwoławczego zawarte w uzasadnieniu decyzji kasacyjnej nie mogą mieć merytorycznego charakteru, a więc nie mogą sugerować ani wręcz rozstrzygać za organ pierwszej instancji o sposobie załatwienia sprawy lub treści przyszłej decyzji (zob. wyrok NSA w Warszawie z 16 listopada 1999 r., sygn. akt III SA 7922/98, LEX nr 43965).
Zdaniem Sądu, Organ odwoławczy zasadnie przyjął, że w niniejszej sprawie konieczne było wydanie decyzji kasatoryjnej na podstawie art. 233 § 2 O.p. Z akt sprawy wynika, że Naczelnik przeprowadził postępowanie dowodowe w sposób, który uniemożliwia wydanie merytorycznej decyzji. Nie zgromadził on i nie ocenił materiału dowodowego odnoszącego się do wielu prawotwórczych okoliczności, co uzasadnia stwierdzenie, że postępowanie to wymaga uzupełnienia w znacznej części, a istniejące braki umożliwiają wydanie rozstrzygnięcia merytorycznego.
Postępowanie podatkowe prowadzone wobec Spółki dotyczyło weryfikacji samoobliczenia podatku od towarów i usług za okres od sierpnia do grudnia 2023 r., a materialnoprawną podstawę rozstrzygnięcia stanowiły przepisy ustawy o VAT. Organ I instancji dokonał weryfikacji samoobliczenia na podstawie art. 99 ust.12 u.p.t.u. Zgodnie z tym przepisem zobowiązanie podatkowe, kwotę zwrotu różnicy podatku, kwotę zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku, o której mowa w art. 87 ust. 1, przyjmuje się w kwocie wynikającej z deklaracji podatkowej, chyba że organ podatkowy określi je w innej wysokości.
Wynika z tego, że organ pierwszej instancji dokonuje weryfikacji samoobliczenia podatnika w pełnym zakresie danych wykazanych w deklaracji dla podatku od towarów i usług, tj. jest uprawniony do skorygowania wysokości zobowiązania podatkowego, kwoty zwrotu różnicy podatku, czy też kwoty zwrotu podatku naliczonego lub wysokości różnicy podatku zadysponowanej do rozliczenia w następujących miesiącach, o czym stanowi art. 21 § 3 i 3a O.p.
Zgodnie z art. 86 ust. 1 u.p.t.u. w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124.
Ww. przepis wskazuje na prawo podatnika do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług – przy spełnieniu warunków określonych w ustawie o VAT, w tym pod warunkiem, że transakcje są rzetelne podmiotowo i przedmiotowo, a nabyte towary i usługi niewątpliwie i bezspornie związane z wykonanymi czynnościami opodatkowanymi, tzn. takimi których następstwem jest określenie podatku należnego.
Jednocześnie zgodnie z art. 87 ust. 1 u.p.t.u. w przypadku, gdy kwota podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2, jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy.
Z powyższego wynika, że podatek od towarów i usług ma charakter "kaskadowy", co oznacza, że rozliczenie za jeden okres rozliczeniowy może wpływać na następne miesiące. Natomiast końcowe rozliczenie tego podatku za dany okres rozliczeniowy to różnica pomiędzy podatkiem należnym (dot. dostaw) i podatkiem naliczonym (dot. zakupów), przy czym na kwotę podatku naliczonego podlegającego odliczeniu za dany okres rozliczeniowy może składać się nadwyżka podatku naliczonego nad należnym przeniesiona z poprzedniej deklaracji dla podatku od towarów i usług.
Przedstawiona zasada w sposób oczywisty prowadzi zatem do wniosku, że prawidłowe rozliczenie za okres rozliczeniowy, za który została złożona deklaracja obejmuje podatek należny oraz podatek naliczony do odliczenia, łącznie z kwotą nadwyżki za poprzedni okres. W konsekwencji słusznie zauważył Dyrektor, że Organ I instancji powinien zweryfikować prawidłowość rozliczenia za dany okres rozliczeniowy w zakresie: podatku należnego z tytułu dostaw towarów/świadczenia usług, dla których w tym okresie powstał obowiązek podatkowy, podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług, o który ww. podatek należny może w tym okresie zostać pomniejszony oraz przyjętej przez podatnika za ten okres kwoty nadwyżki podatku naliczonego z przeniesienia z okresu poprzedniego. Dopiero prawidłowe określenie ww. kwot przez organ podatkowy pozwala na prawidłowe końcowe rozliczenie za okres, za który została złożona deklaracja. Wynikiem takiego rozliczenia może być obalenie przez organ podatkowy domniemania prawidłowości deklaracji - w drodze wydania przez ten organ decyzji na podstawie art. 99 ust. 12 u.p.t.u.
Tymczasem, w tej sprawie Naczelnik nie poddał analizie i ocenie kwot podatku należnego zadeklarowanych przez Stronę za okres od sierpnia do grudnia 2023 r., jak również pominął ocenę prawidłowości zadeklarowanej za sierpień 2023 r. nadwyżki podatku naliczonego z przeniesienia z poprzedniego miesiąca. Powyższe zaniechania, zdaniem Sądu uniemożliwiają podjęcie prawidłowego rozstrzygnięcia w toku instancji i uzasadniają przekazanie sprawy Organowi I instancji do ponownego rozpatrzenia.
Dyrektor prawidłowo wypunktował braki w decyzji Organu I instancji stwierdzając, że Naczelnik nie ocenił prawidłowości kwot podatku należnego zadeklarowanych przez Stronę, w tym nie odniósł się do prawa Spółki do pomniejszenia podatku należnego za wrzesień 2023 r. poprzez uwzględnienie w rozliczeniu za ten okres faktury korygującej z 30 września 2023 r., wystawionej na rzecz P. sp. z o.o.
Stosownie do art. 19a ust. 1 u.p.t.u. obowiązek podatkowy powstaje z chwilą dokonania dostawy towarów lub wykonania usługi. Podatek staje się więc wymagalny w rozliczeniu za okres, w którym dokonana została dostawa towarów bądź świadczenie usług i powinien być rozliczony za ten okres. Nie może przy tym budzić wątpliwości to, że chodzi wyłącznie o zdarzenia rzeczywiste. Przy czym z treści art. 19a ust. 8 u.p.t.u. wynika, że w sytuacji otrzymania zapłaty w całości lub w części (niezależnie od jej formy) przed dokonaniem dostawy, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą jej otrzymania w odniesieniu do otrzymanej kwoty. Oznacza to, że otrzymanie zaliczki jest zdarzeniem, które podlega opodatkowaniu podatkiem VAT i powstaje obowiązek jego rozliczenia.
Tym samym obowiązek podatkowy na podstawie art. 19a ust. 8 u.p.t.u. powstanie wyłącznie w takim przypadku, gdy otrzymana przez podatnika kwota przede wszystkim będzie kwotą faktycznie otrzymaną i związaną z konkretną transakcją, która jednoznacznie została określona już w momencie otrzymania zaliczki - co jest szczególnie istotne w sytuacji, w której po stronie podatnika dokonującego wpłaty powstaje prawo do odliczenia podatku naliczonego w związku z zapłatą zaliczki.
W treści art. 29a u.p.t.u. ust. 1 wskazano definicję podstawy opodatkowania, a w ust. 10 tego przepisu wymieniono kwoty będące podstawą jej obniżenia. Natomiast art. 29a ust. 13 u.p.t.u. zawiera warunki obniżenia podstawy opodatkowania z faktury korygującej. W przepisie tym wskazano, że w przypadkach, o których mowa w ust. 10 pkt 1-3, obniżenia podstawy opodatkowania, w stosunku do podstawy określonej w wystawionej fakturze z wykazanym podatkiem, dokonuje się za okres rozliczeniowy, w którym podatnik wystawił fakturę korygującą, pod warunkiem że z posiadanej przez tego podatnika dokumentacji wynika, że uzgodnił on z nabywcą towaru lub usługobiorcą warunki obniżenia podstawy opodatkowania dla dostawy towarów lub świadczenia usług określone w fakturze korygującej oraz warunki te zostały spełnione, a faktura ta jest zgodna z posiadaną dokumentacją. W przypadku gdy w okresie rozliczeniowym, w którym została wystawiona faktura korygująca, podatnik nie posiada dokumentacji, o której mowa w zdaniu pierwszym, obniżenia podstawy opodatkowania dokonuje za okres rozliczeniowy, w którym dokumentację tę uzyskał.
Podatnik ma zatem obowiązek wykazania, że nabywca otrzymał fakturę korygującą, przy czym może to wykazać w dowolnej formie, gdyż przepisy ustawy kwestii tej nie regulują. Sprzedawca może dokonać obniżenia podstawy opodatkowania, jeżeli uzyskał potwierdzenie odbioru faktury korygującej przed upływem terminu do złożenia deklaracji podatkowej za okres rozliczeniowy, w którym nabywca otrzymał korektę faktury.
Uzyskanie potwierdzenia otrzymania przez nabywcę towaru/usługobiorcę faktury korygującej po terminie złożenia deklaracji podatkowej za dany okres rozliczeniowy uprawnia tym samym podatnika do uwzględnienia faktury korygującej za okres rozliczeniowy, w którym potwierdzenie to uzyskano - tj. za bieżący okres.
Jednocześnie z art. 106b i art. 106j u.p.t.u. wynika, że opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlegają zdarzenia wskazane w ustawie, w tym otrzymanie zaliczki od kontrahenta; zgodnie z zasadą ogólną obowiązek podatkowy powstaje z chwilą dokonania dostawy towarów/świadczenia usługi. Natomiast jeżeli przed dostawą miało miejsce otrzymanie zaliczki obejmującej skonkretyzowaną transakcję, obowiązek podatkowy powstaje w dniu otrzymania tych środków, adekwatnie do otrzymanej kwoty. Faktura co do zasady stanowi potwierdzenie dostawy towarów/świadczenia usług - niemniej także w przypadku otrzymania zaliczki podatnik jest obowiązany wystawić fakturę na podstawie art. 106b ust. 1 pkt 4 u.p.t.u., z wykazaniem należnego podatku, w przypadkach wymienionych w art. 106j ust. 1 tej ustawy mogą być wystawione faktury korygujące, które rozliczane są pod warunkiem uzgodnienia z nabywcą towaru/usługobiorcą warunków obniżenia podstawy opodatkowania dostawy towarów/świadczenia usług i ich spełnienia.
Niemniej jednak na gruncie podatku od towarów i usług zawsze chodzi o faktyczne transakcje, a w procesie stosowania przepisów ustawy o VAT należy uwzględnić przede wszystkim cel określonych czynności - czy to dostaw, czy otrzymanych zaliczek. Podatek VAT jest bowiem związany ściśle z działalnością gospodarczą, a podatnikami są przedsiębiorcy. Tym samym z przywołanych przepisów nie wynika obowiązek wystawienia faktury w przypadku, w którym nie doszło do faktycznej transakcji, lub zaliczka w ogóle nie została otrzymana. W takiej sytuacji nie zachodzi bowiem sytuacja, o której mowa w art. 19a u.p.t.u., tj. nie zaistniało zdarzenie, które mogłoby skutkować powstaniem obowiązku podatkowego oraz zobowiązywałoby czynnego podatnika do wystawienia faktury. Innymi słowy, w takiej sytuacji wystawiona faktura od początku byłaby tzw. "pustą fakturą", tj. taką, która nie dokumentowała zdarzenia, z którym ustawa o VAT wiązałaby powstanie obowiązku podatkowego.
W konsekwencji uprawnione jest stwierdzenie, że gdyby jednak taka faktura została wystawiona, a wystawca następnie postanowiłby ją skorygować (w odpowiednim czasie) - to taka korekta nie mogłaby już zostać rozliczona w oparciu o przywołany art. 106j ust. 1 u.p.t.u. (tj. podatek należny nie mógłby być skorygowany za uzgodniony okres), ale powinna zostać uwzględniona w rozliczeniu za okres, w którym została wystawiona faktura pierwotna.
Natomiast Naczelnik w wydanej decyzji nie odniósł się do prawidłowości kwot podatku należnego zadeklarowanych przez Spółkę za okres od sierpnia do grudnia 2023 r. - w tym nie podał przyczyn, dla których potwierdził prawo Strony do pomniejszenia podatku należnego za wrzesień 2023 r. poprzez uwzględnienie w rozliczeniu za ten okres ww. faktury korygującej. Jednocześnie akta sprawy nie zawierają dowodów pozwalających w sposób jednoznaczny potwierdzić okoliczności związanych z wystawieniem i rozliczeniem ww. faktury korygującej. Przeciwnie, analiza akt sprawy w zestawieniu z treścią zaskarżonej decyzji wykazała sprzeczności opisane w zaskarżonej decyzji, których nie sposób wyjaśnić w oparciu o zgromadzone dowody. Organ pierwszej instancji potwierdził prawo Strony do rozliczenia faktury korygującej za wrzesień 2023 r. (tj. za miesiąc jej wystawienia) - bez podjęcia jakichkolwiek działań w celu ustalenia, czy/w jaki sposób Strona uzgodniła korektę z odbiorcą faktury.
Ustalenie to jest istotne przy ocenie okresu, za jaki możliwe jest skorygowanie podatku należnego - co wynika z omówionych powyżej przepisów prawa. Jednocześnie Strona wskazała, że nie doszło do zwrotu zaliczki, ponieważ wcześniej nie została ona wpłacona. Przy czym ewentualna zmiana rozliczenia w zakresie podatku należnego może wpłynąć na odmienne rozliczenie podatku od przedstawionego w decyzji Naczelnika, zaś dokonanie oceny w tym zakresie przez Organ odwoławczy naruszyłoby zasadę dwuinstancyjności postępowania. Tym samym uchylenie decyzji i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania należy uznać za w pełni uzasadnione.
Naczelnik również w żaden sposób nie zweryfikował tego, że kwota nadwyżki podatku naliczonego z lipca 2023 r. została uwzględniona przez Stronę przy deklarowaniu podatku naliczonego do odliczenia za sierpień 2023 r. Natomiast zadeklarowanie w deklaracji VAT-7 za lipiec 2023 r. nadwyżki podatku naliczonego nad należnym jako kwoty mającej obniżać podatek należny w kolejnych okresach rozliczeniowych (tzw. zwrot pośredni, w ramach przeniesienia różnicy na następny okres) niewątpliwie odnosi wpływ na rozliczenie sierpnia 2023 r. oraz na dalsze jeszcze okresy - zważywszy na kolejno deklarowane przez Stronę znaczne kwoty nadwyżek podatku naliczonego, dysponowane do przeniesienia na kolejne miesiące. Prawidłowe rozliczenie podatku w jednym okresie rozliczeniowym uzależnione jest zatem od prawidłowego rozliczenia nadwyżki podatku naliczonego z poprzedniego okresu rozliczeniowego.
Prawidłowo w zaskarżonej decyzji zatem dostrzeżono konieczność dokonania weryfikacji wysokości przyjętej przez Spółkę kwoty z przeniesienia z lipca 2023 r., gdyż jedynie prawidłowe określenie kwot podatku należnego oraz podatku naliczonego do odliczenia łącznie z kwotą nadwyżki za poprzedni okres przyjętych przez podatnika w danej deklaracji dla podatku od towarów i usług - pozwoli na prawidłowe końcowe rozliczenie za sierpień 2023 r. i okresy następujące po tym miesiącu. W przypadku zmiany kwoty podatku należnego za wrzesień 2023 r. zmianie mogą ulec także kolejne kwoty nadwyżek podatku naliczonego, przenoszone na kolejne okresy rozliczeniowe.
Jednocześnie w sytuacji wyłączenia prawa Strony do uwzględnienia podatku należnego wynikającego z faktury pierwotnej z 31 sierpnia 2022 r. oraz zważywszy na deklarowanie przez Stronę za kolejne okresy wyłącznie kwot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym - zmianie może ulec także kwota nadwyżki podatku naliczonego z przeniesienia, zadeklarowana przez Stronę za sierpień 2023 r.
Jak trafnie zauważył Dyrektor zgromadzone w sprawie dowody nie potwierdzają także w sposób jednoznaczny stanowiska Naczelnika o świadomym działaniu Strony w zakresie odliczenia podatku naliczonego z nierzetelnych faktur VAT od K.. Organ pierwszej instancji w istocie dokonał ustaleń na podstawie: wyjaśnień i zeznań bez odniesienia się skonkretyzowanych informacji do dowodów wynikających z akt sprawy. M.in. Organ pierwszej instancji nie odniósł się do ustalenia poczynionego na podstawie wyszukiwarki KRS (powołanego na str.18 decyzji), z którego wynika, że K.J. kupował towary będące przedmiotem dalszej odsprzedaży na rzecz Spółki od: H.s.c. - zawiązanej przez S. H. oraz M. H. oraz H. sp. z o.o., w której S. H. pełni funkcję prezesa zarządu, a M.H. jest w tej spółce wiceprezesem zarządu. Co istotne, M. H. pełnił w spornym okresie (i nadal) funkcję prezesa zarządu w Spółce - co organ pierwszej instancji ocenił wyłącznie jako działanie podjęte w celu wydłużenia łańcucha dostaw, bez powołania jakichkolwiek danych pozwalających na ocenę, czy także na wcześniejszym etapie obrotu doszło do wystawienia pustych faktur, a także na ocenę tego, czy oczywiste powiązania osobowe pomiędzy Stroną i H. s.c. oraz H. sp. z o.o. odniosły faktyczny wpływ na ułożenie transakcji.
W tym miejscu należy zauważyć, że do ustalenia okoliczności faktycznych związanych z mechanizmem oszustwa w podatku VAT niezbędne jest zebranie dowodów dotyczących ciągu transakcji i dopiero na tym tle możliwe jest dokonanie oceny relacji podatnika z bezpośrednimi kontrahentami, a w konsekwencji ocena prawidłowości odliczenia - co nie miało miejsca w sprawie, ponieważ organ pierwszej instancji nie podjął działań w celu sprawdzenia jakim faktycznie zapleczem (technicznym i osobowym) dysponował K. J., jakie faktycznie środki finansowe posiadał na prowadzenie działalności oraz w jaki sposób nawiązał współpracę z powiązanymi ze Stroną i spółkami H.. W oparciu o akta sprawy nie sposób także odnieść się do zawartego w odwołaniu twierdzenia, że K. J. wykazał sporne faktury w rejestrach i rozliczył wynikający z nich podatek, a przez to zasada neutralności pozostaje nienaruszona - co także należy wyjaśnić przy ponownym rozpatrywaniu sprawy.
Jednocześnie, w świetle powyższego istotne jest ustalenie, czy wobec K. J.prowadzono kontrolę lub postępowanie podatkowe w zakresie rozliczenia podatku VAT za okres objęty niniejszym postępowaniem - celem ewentualnego włączenia zgromadzonego tam materiału dowodowego i jego oceny.
W konsekwencji należało uznać, że dopiero dokonanie ustaleń w ww. zakresie, a następnie swobodna ocena zgromadzonych dowodów w całokształcie akt sprawy umożliwi ustalenie okoliczności faktycznych, a w konsekwencji wydanie prawidłowego rozstrzygnięcia. Ustalenia poczynione przez organ pierwszej instancji w ww. zakresie nie są bowiem wystarczające do wyłączenia na podstawie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) u.p.t.u. prawa Strony do odliczenia podatku naliczonego.
W ocenie Sądu, wskazane powyżej okoliczności są istotne i mogą odnosić wpływ na ocenę zasadności zakwestionowania prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktur od K.- w szczególności wobec sytuacji, w której w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji wskazano na świadome przyjmowanie przez Spółkę nierzetelnych faktur, a konsekwencją takiego ustalenia było zastosowanie przez Naczelnika art. 112c ust.1 pkt 2 u.p.t.u. i ustalenie dodatkowego zobowiązania podatkowego. Dlatego też wykazanie świadomości Strony w zakresie przyjmowania do rozliczenia nierzetelnych faktur jest kluczowe i nie może opierać się wyłącznie na ocenie zeznań i wyjaśnień złożonych przez Stronę i K.J. bez wykazania na podstawie dowodów, że transakcje stwierdzone w spornych fakturach faktycznie nie miały miejsca, a Strona była tego świadoma.
Należy zwrócić uwagę na to, że wskazane wyżej nieprawidłowości skutkują tym, że obecnie nie można odnieść się do kwestii ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług. Dopiero określenie zobowiązania podatkowego lub kwot nadwyżki podatku w prawidłowej wysokości i ewentualne stwierdzenie ich zaniżenia bądź zawyżenia w stosunku do zadeklarowanej przez Spółkę kwoty może skutkować ustaleniem dodatkowego zobowiązania. Dokonanie ustaleń w powyższym zakresie umożliwi zastosowanie konkretnego przepisu prawa materialnego. W konsekwencji prawidłowo z zaskarżonej decyzji stwierdzono, że postępowanie dowodowe wymaga uzupełnienia w znacznej części.
Zdaniem Sądu, Organ odwoławczy w sposób wystarczający wyjaśnił jakie okoliczności należy wyjaśnić. Prawidłowo też stwierdził, że w sprawie zachodzi konieczność uchylenia decyzji Naczelnika w całości i przekazania sprawy temu organowi do ponownego rozpatrzenia. Analiza sprawy wykazała bowiem, że zgromadzony w sprawie materiał dowodowy nie pozwala na podjęcie prawidłowego rozstrzygnięcia w postępowaniu odwoławczym, gdyż istotne elementy stanu faktycznego nie zostały wyjaśnione. Organ odwoławczy słusznie zatem dostrzegł i wskazał okoliczności faktyczne, które należy zbadać przy ponownym rozpatrzeniu sprawy.
Mając na uwadze powyższe Sąd stwierdził, że obecnie nie było możliwe rozstrzygnięcie sprawy a zarazem czynienie ustaleń faktycznych, gdyż postępowanie to przekraczałoby możliwości uzupełnienia w ramach postępowania z art. 229 O.p. Przeprowadzenie postępowania dowodowego w omawianym zakresie, celem prawidłowego ustalenia stanu faktycznego ma przesądzające znaczenie dla wydania prawidłowego rozstrzygnięcia, toteż należało uznać, że prawidłowo w sprawie uznano, iż zaistniały podstawy do przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej części.
Sąd zauważa, że Organ odwoławczy powołując się na przepisy prawa materialnego w zakresie podatku VAT, wskazał, jakie okoliczności faktyczne zostały przez Organ I instancji pominięte oraz które należy ustalić i ocenić w celu prawidłowego rozliczenia podatku. Nie stanowi zatem naruszenia prawa stwierdzenie przez Organ odwoławczy konieczności uchylenia zaskarżonej decyzji i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Organowi I instancji w celu przeprowadzenia dodatkowego postępowania dowodowego w znacznej części, skoro dopiero prawidłowe ustalenie stanu faktycznego może stanowić podstawę do analizy prawnej. Organ odwoławczy wydając zaskarżoną decyzje ponadto nie przesądził o kierunku załatwienia sprawy. Przytoczył jedynie niezbędne przepisy w celu nakreślenia zakresu prowadzenia postępowania dowodowego, jednocześnie nie wypowiedział się co do kwalifikacji prawnopodatkowej, wskazując, że obecnie z materiału dowodowego nie wynikają okoliczności, które uzasadniałyby zastosowanie konkretnych przepisów prawa materialnego.
Tym samym Organ odwoławczy w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji dostatecznie wykazał przesłanki do zastosowania art. 233 § 2 O.p. Wady postępowania były poważne co uniemożliwiało ich sanowanie w trybie art. 229 O.p. Przy tym Dyrektor przekonywująco uzasadnił konieczność rozstrzygnięcia sprawy zgodnie z dyspozycją art. 233 § 2 O.p. W konsekwencji zarzuty skargi okazały się niezasadne, gdyż w sprawie nie doszło do naruszenia przepisów prawa w sposób mogący odnieść wpływ na istotę rozstrzygnięcia.
Odnosząc się do pozostałych zarzutów skargi, należy wskazać, że w okolicznościach tej sprawy nie stanowi naruszenia przepisów postępowania brak ustosunkowania się do wniosku o przesłuchanie osób wymienionych w skardze. Dla rozstrzygnięcia sprawy istotne znaczenie mają dowody materialne i w pierwszej kolejności należy je przeprowadzić. Natomiast kwestia przesłuchania świadków bądź strony nie została obecnie przesądzona, zatem organ I instancji prowadząc postępowanie będzie sam oceniał czy dana okoliczność została wystarczająco udowodnioną i czy istnieje konieczność prowadzenia tych, bądź jeszcze innych dowodów.
W tej sprawie nie doszło do naruszenia art. 122 § 2 O.p. Zarzut ten jest całkowicie bezzasadny. Przytoczony fragment uzasadnienia do projektu zmiany ww. przepisu będący jednocześnie uzasadnieniem wniesionego zarzutu jest w istocie zaprzeczeniem zasadności sformułowanego przez autora skargi zarzutu. Z uzasadnienia zmiany przecież wynika, że jego wprowadzenie było podyktowane koniecznością realizacji postulatu przyjaznej administracji i zmiana ta polega na "wyraźnym wskazaniu, że w tych postępowaniach wątpliwości co do stanu faktycznego, których nie udało się usunąć po przeprowadzeniu wnikliwego i wszechstronnego postępowania dowodowego, tj. po podjęciu wszelkich czynności niezbędnych do dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy, należy rozstrzygać na korzyść strony". Jak zostało to już szeroko omówione - w tej sprawie szereg okoliczności nie zostało należycie ustalonych i ocenionych.
Organ odwoławczy wskazał konkretnie co należy jeszcze ustalić. Sama Strona również wskazuje na braki w materiale dowodowym i wnosi o przesłuchanie świadków. Trudno zatem mówić o tym, że w sprawie zaistniały wątpliwości co do stanu faktycznego, których nie da się wyeliminować w toku postępowania dowodowego. Oczywiste jest bowiem, że przeprowadzenie takiego postępowania jest w tym przypadku konieczne. W konsekwencji zastosowanie art. 122 § 2 O.p. byłoby przedwczesne. Prowadziłoby również do naruszenia art. 122, art. 187 i art. 191 O.p., które obligują organ do podjęcia wszelkich niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego, zebrania i wyczerpującego rozpatrzenia całego materiału dowodowego oraz jego swobodnej oceny. Art. 122 § 2 O.p. może znaleźć zastosowanie dopiero wtedy, gdy po przeprowadzeniu wszystkich czynności procesowych dana okoliczność nadal nie zostanie jednoznacznie wykazana.
Przepis ten nie może być jednak instrumentem sankcjonującym wady postępowania dowodowego. Jeśli wątpliwości wynikają jedynie z błędów organu lub braków w zgromadzonym materiale, są one usuwalne w prawidłowo prowadzonym postępowaniu. Błędy natury procesowej nie mieszczą się bowiem w pojęciu niedających się usunąć wątpliwości.
Z uwagi na powyższe Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku, na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j.: Dz.U. z 2026 r., poz. 143 ze zm.), oddalił skargę uznając ją za bezzasadną.