Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnegoz 28 lipca 2026 r., sygn. akt I GSK 65/26

Uzasadnienie

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie (dalej: WSA w Warszawie), wyrokiem z 13 maja 2025 r., sygn. V SA/Wa 353/24, po rozpoznaniu sprawy ze skargi P. Sp. z o.o. w G. (dalej zwanej skarżącą lub spółką) na decyzję Ministra Funduszy i Polityki Regionalnej z dnia 8 grudnia 2023 r., nr DIR-IX.6343.37.2021.AT.4, w przedmiocie określenia spółce przypadającej do zwrotu kwoty dofinansowania, uchylił zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzje organu I instancji i umorzył postępowanie w sprawie.

W stanie faktycznym sprawy spółka, na podstawie umowy z PARP z dnia 28 grudnia 2012 r., otrzymała dofinansowanie do projektu pn. "Wzrost innowacyjności przedsiębiorstw poprzez rozwój powiązania kooperacyjnego MOLANOTE". W ramach realizowanego projektu przeprowadziła cztery postępowania o udzielenie zamówienia publicznego.

Zgodnie ze stanowiskiem Komisji Europejskiej, specjalne strefy ekonomiczne zobowiązane były do stosowania Dyrektywy 2004/18/WE Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 31 marca 2004 r. w sprawie koordynacji procedur udzielania zamówień publicznych na roboty budowlane, dostawy i usługi. Tym samym spółka była zobowiązana przy przeprowadzaniu poszczególnych postępowań stosować przepisy P.z.p. W związku z tym pismem z 11 sierpnia 2016 r. PARP poinformowała o nałożeniu na spółkę korekty finansowej w wysokości 25%, w stosunku do wydatków rozliczonych w ramach zamówień, które zostały udzielone bez zastosowania P.z.p. W konsekwencji wezwano stronę do zwrotu nieprawidłowo wydatkowanej kwoty w wysokości 1 438 821,24 zł wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych liczone od dnia przekazania środków do dnia ich zwrotu na rachunek.

W związku z niedokonaniem zwrotu środków organ I instancji, pismem z 6 października 2016 r. zawiadomił spółkę o wszczęciu z urzędu postępowania administracyjnego w sprawie zwrotu środków. Po jego przeprowadzeniu PARP decyzją z 13 sierpnia 2021 r. określiła spółce zobowiązanie do zwrotu środków w wysokości 1 467 600,98 zł.

Zaskarżoną decyzją z 8 grudnia 2023 r. Minister utrzymał w mocy decyzję PARP z 13 sierpnia 2021 r. podzielając w całości ustalenia i argumentację PARP.

WSA w Warszawie po rozpatrzeniu skargi spółki, uchylił decyzje organów obu instancji i umorzył postępowanie w sprawie.

W zakresie problematyki przedawnienia należności Sąd stwierdził, że reguluje ją art. 3 ust. 1 rozporządzenia 2988/95, a w sprawie nie będzie mieć zastosowania art. 67 u.f.p. w zw. z art. 70 Ordynacji podatkowej, jak również art. 66a u.f.p.

Sąd doszedł do wniosku, że w przypadku nieprawidłowości wynikających z niezastosowania P.z.p., które jest bezporne, naruszenie trwa przez cały okres udzielania zamówień, z tym skutkiem, że tego rodzaju nieprawidłowość winna być traktowana jako nieprawidłowość ciągła, w rozumieniu art. 3 ust. 1 akapit drugi rozporządzenia nr 2988/95, która ustaje w dniu, w którym zakończono wykonywanie umowy na realizację zamówienia udzielonego z naruszeniem prawa.

Sąd przyjął, że terminem początkowym biegu przedawnienia jest dzień następny po wypłacie ostatniej transzy środków. Wypłata bowiem pomocy publicznej była ostatnią czynności, która spowodowała szkodę (realną) w budżecie Unii Europejskiej.

Sąd stwierdził, że w wypadku gdy naruszenie przepisu prawa Unii zostaje wykryte dopiero po powstaniu szkody, termin przedawnienia rozpoczyna bieg z chwilą, w której wystąpiły zarówno działanie lub zaniechanie podmiotu gospodarczego stanowiące naruszenie prawa Unii, jak i szkoda (lub potencjalna szkoda) w budżecie Unii lub w zarządzanych przez nią budżetach. Z datą wypłaty pomocy publicznej, jaką jest dofinansowanie realizacji projektu, niewątpliwie strona uzyskując tę pomoc zdobyła określoną przewagę konkurencyjną nad podmiotami które tej płatności nie uzyskują i właśnie z tą przewagą konkurencyjną TSUE wiąże m.in. również datę rozpoczęcia biegu przedawnienia.

W związku z powyższym termin przedawnienia nie mógł rozpocząć swojego biegu przed zaktualizowaniem się realnej szkody dla budżetu UE, gdyż w sprawie mamy do czynienia z nieprawidłowością ciągłą, która w realiach sprawy związana jest także z wypłatą środków UE. W konsekwencji, zasadnie Minister stwierdził, że w przypadku nieprawidłowości ciągłych okres przedawnienia biegnie od dnia, w którym nieprawidłowość ustała, co w realiach rozpatrywanej sprawy oznacza, że bieg terminu przedawnienia zaczyna się de facto od 21 maja 2016 r., tj. od dnia następnego od daty wypłaty ostatniej transzy.

Sąd uznał również, że powyższy termin przedawnienia uległ przerwaniu poprzez akt PARP z 11 sierpnia 2016 r. (wezwanie do zwrotu środków w kwocie 1 438 821,24 zł), doręczony 16 sierpnia 2016 r. oraz od doręczenia skarżącej (12 października 2016 r.) zawiadomienia z 6 października 2016 r. o wszczęciu postępowania w przedmiocie zwrotu środków. Natomiast wezwanie skarżącej przez PARP, pismem z 5 lipca 2021 r., do zwrotu dofinansowania, w związku ze stwierdzonym naruszeniem P.z.p. w odniesieniu do czterech postępowań o udzielenie zamówień publicznych, nie przerwało w sposób skuteczny biegu przedawnienia, ponieważ wystosowane zostało i odebranie (12 lipca 2021 r.), już po upływie 4 letniego okresu przedawnienia, który na skutek przerwania biegu, rozpoczął bieg na nowo od 12 października 2016 r. W warunkach niniejszej sprawy doszło zatem do wyekspirowania czteroletniego okresu przedawnienia, który liczony od 12 października 2016 r. ostatecznie upływał 12 października 2020 r. Do tego czasu PARP nie przerwała okresu przedawnienia, gdyż organ I instancji nie wydał decyzji ustalającej kwotę dofinansowania podlegającą zwrotowi. Decyzja ta została wydana dopiero 13 sierpnia 2021 r., a ostateczna decyzja Ministra w tym przedmiocie – 8 grudnia 2023 r.

Sąd nie zgodził się z organem, że termin przedawnienia w sprawie należy wiązać z trwałością projektu. Wyjaśnił, że nieprawidłowość nie powstała i nie wynika z trwałość projektu, a związana jest z postępowaniami zamówieniowymi, które miały miejsce w toku realizacji projektu.

W ocenie sądu organ także wadliwie uznał, że w sprawie zastosowanie znajdzie krajowa regulacja zawarta w art. 66a u.f.p. W tej kwestii Sąd stwierdził, że regulacje dotyczące przedawnienia mają charakter materialnoprawny, co sprawia, że nie mogą odnosić się do stanów zaistniałych przed ich wejściem w życie. Jeżeli zatem, nieprawidłowość wystąpiła bądź ustała przed wejściem w życie art. 66a ust. 1 u.f.p., to przepis ten nie może regulować biegu terminu przedawniania takiej nieprawidłowości, tym bardziej w sytuacji, gdy jak w niniejszej sprawie, przed wejściem w życie omawianego przepisu krajowego nieprawidłowość ustała.

Po drugie, z uwagi na przyjętą konstrukcję przepisu, zakładającą alternatywne określenie początku biegu terminu przedawnienia (w zależności od tego, który ze wskazanych w nim terminów nastąpi później), przyjęcie zaproponowanej przez Ministra wykładni sprawiałoby, że przepis ten byłby wewnętrznie sprzeczny. Skoro bowiem nie ulega wątpliwości, że do przedawnienia dochodziłoby (alternatywnie) wraz z upływem 5 lat od dnia, w którym decyzja, o której mowa w art. 207 ust. 9 u.f.p., stała się ostateczna (pkt 1), jak też wraz z wypłatą salda końcowego w ramach danego programu (pkt 2), to bieg terminu przedawania odnosiłby się do zupełnie różnych i niepowiązanych ze sobą funkcjonalnie zdarzeń, których zaistnienie miałoby mieć jednak ten sam skutek prawny, a mianowicie skutek przedawniania zobowiązania do zwrotu dofinansowania. Dobitnie przekonuje o tym powiązanie biegu przedawnienia z dniem, w którym decyzja zwrotowa stałaby się ostateczna (art. 66a ust. 1 pkt 1 u.f.p.), gdyż w takim przypadku wydanie decyzji zwrotowej nie byłoby w istocie ograniczone żadnym terminem, skoro jego bieg rozpoczynałby się dopiero od dnia, w którym decyzja taka stałaby się ostateczna.

Po trzecie zaproponowana przez Ministra wykładnia art. 66a ust. 1 u.f.p. byłaby sprzeczna z prawem unijnym w jeszcze innym aspekcie, skutkując tym samym koniecznością zastosowania zasady pierwszeństwa prawa Unii Europejskiej, wyrażającej się w pominięciu tej regulacji krajowej na rzecz bezpośredniego stosowania art. 3 ust. 1 rozporządzenia 2988/95. Skoro bowiem, co przyznaje sam organ, w akapicie drugim art. 3 ust. 1 rozporządzenia 2988/95 jest mowa o ostatecznym zakończeniu programu wieloletniego – jako dacie granicznej (końcowej) biegu przedawnienia, to nie można na gruncie regulacji krajowej uznać tej samej daty – jako daty początkowej biegu terminu przedawnienia.

Z tych wszystkich względów stwierdzić należało, że zarówno zaskarżona decyzja, jak też decyzja PARP z 13 sierpnia 2021 r., zapadły już po upływie terminu przedawnienia, o którym mowa w art. 3 ust. 1 rozporządzenia nr 2988/95, co sprawia, że w sposób istotny naruszają one prawo materialne. Nie ulega bowiem wątpliwości, że upływ terminu przedawania uniemożliwia dochodzenie zwrotu i czyni postępowanie w sprawie zwrotu bezprzedmiotowym. Z kolei przyjęcie, że przepis art. 66a u.f.p. miałby znaleźć zastosowanie do liczenia biegu przedawnienia, odnawiając niejako datę początkową biegu przedawnienia – jest nie do pogodzenia zarówno z zasadą pierwszeństwa prawa unijnego przed normami krajowymi, jak też z konstytucyjnymi wartościami, wielokrotnie wyrażanymi przez krajowy Trybunał Konstytucyjny.

Skargę kasacyjną od wyroku WSA w Warszawie wniósł Minister Funduszy i Polityki Regionalnej, zaskarżając go w całości.

Zaskarżonemu wyrokowi zarzucił:

1. I. na podstawie art. 174 pkt 1 P.p.s.a. naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.:
2. 1) art. 66a ust. 1 pkt 1 i pkt 2 lit. a) ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. z 2024 r. poz. 1530 z poźn. zm., dalej:"u.f.p.") poprzez jego błędną wykładnię polegającą na przyjęciu, że:
3. a) przepis ten nie może odnosić się do stanów zaistniałych przed jego wejściem w życie, tym samym nie znajduje zastosowania do nieprawidłowości, która powstała bądź ustała przed jego wejściem w życie, podczas gdy prawidłowa wykładnia wskazuje na to, iż:
4. - wprowadzony w krajowym systemie prawnym ww. przepis, określający zasady przedawnienia, w tym dłuższy termin przedawnienia niż termin określony w art. 3 ust. 1 rozporządzenia Rady nr 2988/95 z dnia 18 grudnia 1995 r. w sprawie ochrony interesów finansowych Wspólnot Europejskich (Dz.U.UE.L.1995.312.1, dalej: "rozporządzenie nr 2988/95"), może być stosowany do nieprawidłowości, które zaistniały przed wejściem w życie tego przepisu, a wymogiem jest jedynie by nieprawidłowości te w chwili wejścia w życie art. 66a u.f.p. nie były jeszcze przedawnione na podstawie art. 3 ust. 1 rozporządzenia nr 2988/95,
5. - wobec braku przepisów przejściowych, przepis ten zaczął obowiązywać wprost z dniem jego wejścia w życie, tj. z dniem 2 września 2017 r. i obowiązywał w dacie orzekania przez organy;
6. b) wskazany w tym przepisie pięcioletni termin przedawnienia, z uwagi na konstrukcję tego przepisu, dotyczy jedynie przedawnienia wykonania decyzji zwrotowej, a nie przedawnienia zobowiązania do zwrotu dofinansowania, podczas gdy, zgodnie z jego brzmieniem i intencją ustawodawcy zawartą w uzasadnieniu projektu ustawy wprowadzającej ten przepis, dotyczy on przedawnienia zobowiązania do zwrotu środków, o których mowa w art. 60 pkt 6 u.f.p., a nie przedawnienia wykonania decyzji w przedmiocie zwrotu środków.
7. - a w rezultacie, z uwagi na wskazaną wyżej błędną wykładnię – jego niezastosowanie z racji bezzasadnego przyjęcia, że nie dotyczy on stanu faktycznego prawidłowo ustalonego w niniejszej sprawie, co doprowadziło do niesłusznego podzielenia przez Sąd I instancji podniesionego przez stronę zarzutu przedawnienia zobowiązania do zwrotu środków dofinansowania otrzymanego przez skarżącą;
8. 2) art. 3 ust. 1 rozporządzenia nr 2988/95 poprzez jego niewłaściwe zastosowanie w odniesieniu do przedawnienia w ustalonym stanie faktycznym sprawy i tym samym uchylenie obu decyzji organów (pierwszej i drugiej instancji) oraz umorzenie postępowania administracyjnego, podczas gdy z uwagi na możliwość (jednoznacznie wskazaną w art. 3 ust. 3 rozporządzenia nr 2988/95) stosowania dłuższych terminów, ale i zasad przedawnienia, niż te określone w art. 3 ust. 1 rozporządzenia, należało zastosować art. 66a ust. 1 i 2 lit. a;
9. 3) art. 66a ust. 1 pkt 1 i pkt 2 lit. a) u.f.p. w związku z art. 3 ust. 3 rozporządzenia nr 2988/95 poprzez jego błędną wykładnię polegającą na przyjęciu, że przepis nie spełnia celu zapewnienia pewności prawa dla podmiotów gospodarczych, a jego konstrukcja oznacza brak jakiejkolwiek granicy dla wszczynania i prowadzenia postępowań zmierzających do odzyskania środków unijnych, podczas gdy przepis obowiązuje w krajowym porządku prawnym, co obliguje organy do jego stosowania, a jego prawidłowa wykładnia wskazuje na to, iż odnosi się do przedawnienia zobowiązań wprowadzając, zgodnie z art. 3 ust. 3 rozporządzenia 2988/95 dłuższe terminy przedawnienia jak i zasady, co nie sprzeciwia się prawu unijnemu (orzeczenie TSUE i TK w uzasadnieniu) oraz ogranicza okres przedawnienia z uwagi na brzmienie art. 66a ust. 1 pkt 2 u.f.p. (wypłata salda końcowego tzw. zamknięcie programu unijnego) — a w rezultacie, z uwagi na wskazaną wyżej błędną wykładnię – jego niezastosowanie, co doprowadziło do niesłusznego podzielenia przez Sąd I instancji podniesionego przez stronę zarzutu przedawnienia zobowiązania do zwrotu środków dofinansowania otrzymanego przez skarżącą
10. II. na podstawie art. 174 pkt 2 P.p.s.a. naruszenie przepisów postępowania, mające istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:
11. 1) art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) P.p.s.a. i art. 145 § 3 P.p.s.a. w związku z art. 66a ust. 1 pkt 1 i 2 lit. a) u.f.p. i art. 6 ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (Dz. U. z 2024 r. poz. 572, dalej: "K.p.a."), poprzez błędne przyjęcie, że zaskarżona decyzja o charakterze deklaratoryjnym została wydana po upływie okresu przedawnienia co miało wpływ na wynik sprawy bowiem doprowadziło do uwzględnienia skargi, uchylenia obu decyzji administracyjnych i umorzenia postępowania administracyjnego z powodu rzekomego upływu terminu przedawnienia, podczas gdy organy administracji mają obowiązek działać na podstawie przepisów prawa obowiązujących w dacie orzekania, co w niniejszej sprawie obligowało organ do stosowania art. 66a ust. 1 i 2 lit. a) u.f.p., a zatem do przedawnienia nie doszło;
12. 2) art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) P.p.s.a. w związku z art. 77 § 1 K.p.a. w zw. z art. 3 ust. 1 rozporządzenia 2988/95 w zw. z art. 207 ust. 1 pkt 2 u.f.p. w zw. z art. 184 u.f.p. poprzez uznanie przez Sąd I instancji, iż organ błędnie powiązał początek biegu terminu przedawnienia z upływem okresu trwałości projektu, gdyż zdaniem Sądu początek terminu przedawnienia nastąpił 12 października 2016 r., co miało wpływ na wynik sprawy bowiem doprowadziło do uchylenia zaskarżonej decyzji i umorzenia postępowania przez Sąd z powodu rzekomego upływu terminu przedawnienia zobowiązania przed wydaniem decyzji zwrotowej, podczas gdy początek biegu przedawnienia, w przypadku zastosowania art. 3 ust 1 rozporządzenia 2988/95 powiązany jest z zakończeniem okresu trwałości projektu tj. z dniem, 31 grudnia 2020 r., gdyż wówczas dopiero ocenie podlega całościowe wywiązanie się beneficjenta z zobowiązań jakie przyjął na podstawie umowy o dofinansowanie, która w rozumieniu art. 184 u.f.p. stanowi procedury, które uległy naruszeniu w świetle art. 207 ust. 1 pkt 2 u.f.p.

Na tej podstawie skarżący kasacyjnie organ wniósł o uchylenie zaskarżonego wyroku i oddalenie skargi spółki, na podstawie art. 188 P.p.s.a. Oprócz tego zwrócił się o zasądzenie na swoją rzecz od spółki kosztów postępowania.

W uzasadnieniu skargi kasacyjnej podkreślono, że pomimo tego, że w ocenie WSA w Warszawie w przedmiotowej sprawie istotna jest data wypłaty ostatniej transzy refundacji, to zważywszy, iż beneficjent nie zrealizował projektu zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa krajowego i wspólnotowego - nie można pominąć okresu trwałości (31 grudnia 2015 r. - 31 grudnia 2020 r.), który ma znaczenie dla całkowitej oceny projektu. Dodał również, że w świetle stanowiska TK nie ma przeszkód do modyfikowania regulacji dotyczących biegu terminu przedawnienia.

Spółka w odpowiedzi na skargę kasacyjną wniosła o jej oddalenie i zasądzenie na swoją rzecz kosztów postępowania.

Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje

Zgodnie z art. 183 § 1 P.p.s.a. (ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi - t.j. Dz. U. z 2026 r. poz. 143 z późn. zm.) Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, z urzędu biorąc pod uwagę tylko nieważność postępowania.

Naczelny Sąd Administracyjny nie stwierdził aby w rozpoznawanej sprawie wystąpiła którakolwiek z przesłanek nieważności postępowania, określonych w art. 183 § 2 P.p.s.a., jak też aby zachodziły przesłanki wymagające uchylenia wydanego w sprawie orzeczenia oraz odrzucenia skargi lub umorzenia postępowania (art. 189 P.p.s.a.). Z tego względu Naczelny Sąd Administracyjny (dalej także NSA) rozpoznając sprawę związany był granicami skargi kasacyjnej.

Jak stanowi art. 174 P.p.s.a. skargę kasacyjną można oprzeć na: naruszeniu prawa materialnego, przez błędną jego wykładnię lub niewłaściwe zastosowanie (pkt 1), bądź na naruszeniu przepisów postępowania, jeżeli uchybienie to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy (pkt 2).

Minister Funduszy i Polityki Regionalnej sformułował przeciwko zaskarżonemu przez siebie wyrokowi WSA w Warszawie zarówno zarzuty oparte na stwierdzeniach odnośnie naruszenia przez ten Sąd prawa materialnego, jak i przepisów postępowania.

Rozpoczynając od procesowych zarzutów skargi kasacyjnej, tj. tych, które zgodnie z deklaracjami ich autora, oparte zostały na podstawie art. 174 pkt 2 P.p.s.a., stwierdzić należy, że nie sposób jest uznać ich zasadności, co jest przede wszystkim następstwem wadliwego sposobu ich skonstruowania i nieadekwatności zawartych w nich twierdzeń, w odniesieniu do podstawy prawnej tych zarzutów, w dalszej zaś kolejności niezasadności podnoszonych przez Ministra Funduszy i Polityki Regionalnej argumentów.

Mając na uwadze postać obu formalnoprawnych zarzutów skargi kasacyjnej organu, na wstępie rozważań odnośnie ich zasadności zauważyć należy, że prawidłowo sformułowany zarzut tego typu, zgodnie z art. 174 pkt 2 P.p.s.a., winien wskazywać konkretne regulacje procesowe, którym uchybił sąd pierwszej instancji, a także to, że naruszenie tego rodzaju regulacji mogło mieć wpływ na wynik sprawy. Skarżący kasacyjnie nie może więc ograniczyć się tylko do wskazania, że do naruszenia określonych przepisów faktycznie doszło, ale musi wykazać, co najmniej potencjalny, związek przyczynowy pomiędzy tym naruszeniem, a wynikiem sprawy, tj. treścią zapadłego orzeczenia. O skuteczności zarzutów, postawionych w oparciu o podstawę kasacyjną określoną w art. 174 pkt 2 P.p.s.a., nie decyduje bowiem każde stwierdzone uchybienie przepisom postępowania, lecz tylko takie, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy.

W niniejszym przypadku skarżący kasacyjnie organ, nominalnie wskazując na naruszenia przez WSA w Warszawie prawa procesowego, w pierwszym z zarzutów dotyczących naruszenia przepisów postępowania (zarzut II.

1) nie wskazał w istocie żadnej regulacji tego rodzaju, poza art. 6 K.p.a. oraz wynikowymi przepisami P.p.s.a., której naruszenia miałby się dopuścić Sąd pierwszej instancji. Przepisy wymienione w podstawie prawnej tego zarzutu albo mają jednoznacznie materialnoprawny charakter (art. 66a ust. 1 pkt 1 i 2 lit. a) u.f.p.), gdyż odnoszą się stricte do kwestii przedawnienia, albo wskazują na tego rodzaju naruszenia prawa (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a P.p.s.a.), które stanowi podstawę uchylenia zaskarżonej decyzji, z uwagi na uchybienie przed wydający ją organ regulacjom prawa materialnego.

Co zaś się tyczy art. 6 K.p.a., to wyraża on ogólną i generalną w swej postaci zasadę legalizmu działania organów administracji publicznej, ocena naruszenia której nie może być rozpatrywana na gruncie konkretnej sprawy in abstracto. Może się to odbywać jedynie w odniesieniu do konkretnych działań podejmowanych przez organy administracji lub zaniechań z ich strony, ocenianych z punktu widzenia wyraźnie wskazanych regulacji procesowych, których w niniejszym zarzucie kasacyjnym jednak nie wskazano.

Podobnie przedstawia się sytuacja w odniesieniu do drugiego z procesowych zarzutów skargi kasacyjnej organu. W tym wypadku wprawdzie wskazano jako naruszony niewątpliwie mający procesowy charakter art. 77 § 1 K.p.a., odnoszący się do spoczywającym na organie administracji obowiązku gromadzenia i oceny zebranego materiału dowodowego, jednakże był to jedyny przepis postępowania w podstawie prawnej zarzutu, postaci naruszenia którego jednak nie wyjaśniono. Pozostałe regulacje, odnoszące się do problematyki przedawnienia zobowiązania do zwrotu środków, jak to wyżej wskazano, mają jednoznacznie materialnoprawny charakter. Tak samo wynikowy przepis art. 145 § 1 pkt 1 lit. a P.p.s.a., odnosi się do naruszeń tego właśnie typu regulacji.

Jeżeli zaś chodzi o twierdzenia obu zarzutów, to zauważyć należy, że odnoszą się one wyłącznie do problematyki przedawnienia. Skarżący kasacyjnie organ w tym wypadku zupełnie pomija prawdziwie procesowy aspekt sprawy, odpowiadający postaci sformułowanych przez siebie zarzutów. To zaś prowadzi do stwierdzenia, że twierdzenia obu zarzutów są nieadekwatne do charakteru zarzucanego Sądowi pierwszej instancji naruszenia prawa.

Również poruszana w zarzucie nr II. 2 problematyka określenia początku liczenia biegu terminu przedawnienia, stanowi zagadnienie związane z wykładnią i zastosowaniem odpowiednich regulacji materialnoprawnych, także w zakresie odnoszącym się do problematyki związanej z postulowanym przez skarżący kasacyjnie organ przesunięciem rozpoczęcia biegu terminu przedawnienia do końca upływu terminu trwałości projektu.

W tej ostatniej kwestii stwierdzić jedynie należy, że nawet gdyby dotykający tej problematyki zarzut potraktować jako odnoszący się do kwestii materialnoprawnych, to i tak nie sposób by było uznać twierdzeń skarżącego kasacyjnie organu w tym względzie za zasadne. Należy bowiem precyzyjnie odróżnić okres realizacji projektu, od okresu jego trwałości, jako czasu po jego zakończeniu (wykonaniu), w którym mają być utrzymane jego zaplanowane efekty. Skoro więc w konkretnym postępowaniu oceniane są skutki nieprawidłowości w czasie realizacji projektu, to brak jest podstaw prawnych do rozciągania czasu ich występowania na okres przypadający już po realizacji projektu, do czego zmierza skarżący kasacyjnie organ. Tak więc przeciwne twierdzenia organów w tym względzie nie znajdują jurydycznego uzasadnienia.

W opisanym wyżej zakresie Naczelny Sąd Administracyjny, w składzie rozpoznającym niniejszą sprawę, nie podziela odmiennego poglądu wyrażonego w wyrokach Narzeczonego Sądu Administracyjnego: z 21 maja 2026 r., sygn. I GSK 649/25 oraz 2 czerwca 2026 r., I GSK 786/25 (dost. w CBOSA – orzeczenia.nsa.gov.pl). Projekt może bowiem zostać zrealizowany całkowicie prawidłowo, zaś nieutrzymanie jego efektów może być następstwem już zupełnie odmiennych działań czy też zaniechań, a także okoliczności występujących już po jego wykonaniu. Dlatego te dwa aspekty realizacji projektu należy wyraźnie oddzielić.

W związku z powyższym oba zarzuty, określone przez skarżący kasacyjnie organ, jako odnoszące się do naruszenia przepisów postępowania, uznać należało za nieskuteczne.

W pierwszym z materialnoprawnych zarzutów skargi kasacyjnej Minister Funduszy i Rozwoju wytknął WSA w Warszawie dopuszczenie się naruszenia art. 66a uf.p. poprzez jego błędną wykładnię, polegającą przede wszystkim na przyjęciu, że wprowadzony do porządku prawnego art. 66a u.f.p. nie może odnosić się do stanów faktycznych, zaistniałych przed datą jego wejścia w życie.

Ustosunkowując się do tego zagadnienia, w pierwszej kolejności należy zwrócić uwagę, że podniesione przez organ zagadnienie było już przedmiotem rozważań Naczelnego Sądu Administracyjnego, w ramach rozpoznawanych skarg kasacyjnych. W zdecydowanej większości orzeczeń Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, iż regulacje dotyczące przedawnienia, w tym również art. 66a u.f.p., mają charakter materialnoprawny, co sprawia, że nie mogą odnosić się do stanów zaistniałych przed ich wejściem w życie (zob. np. wyroki NSA: z dnia 27 maja 2021 r., sygn. akt I GSK 1764/18; z dnia 4 marca 2022 r., sygn. akt I GSK 1167/21; z dnia 11 kwietnia 2024 r., sygn. akt I GSK 164/23 oraz z dnia 5 marca 2025 r., sygn. akt I GSK I GSK 1130/21 – dost. w CBOSA – orzeczenia.nsa.gov.pl). Zbieżne stanowisko z poglądem NSA zaprezentowane zostało również w doktrynie.

Odmienne stanowisko zajęto natomiast w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 8 stycznie 2026 r., sygn. akt I GSK 1226/25. NSA w tym orzeczeniu wskazał mianowicie, że przepis intertemporalny, a konkretnie art. 28 ust. 2 ustawy z 7 lipca 2017 r. o zmianie ustawy o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowanych w perspektywie finansowej 2014-2020 oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. poz. 1475) stanowi, że przepisy dotychczasowe znajdują zastosowanie do postępowań wszczętych i niezakończonych przed dniem wejścia w życie tej ustawy. Odnosi się on zatem jedynie do kwestii proceduralnych.

Z podobnym problemem mierzyły się już doktryna i orzecznictwo sądowe, a to w związku z analizą uregulowania międzyczasowego, zamieszczonego w art. 324 § 1 Ordynacji podatkowej. Przepis ten miał następujące brzmienie: "Do spraw wszczętych, a nie rozpatrzonych przez organ podatkowy pierwszej instancji przed dniem 1 stycznia 1998 r. stosuje się, z zastrzeżeniem § 2, przepisy niniejszej ustawy". Na kanwie interpretacji tego przepisu ukształtował się, zapoczątkowany wyrokiem Sądu Najwyższego z 7 maja 2002 r., III RN 60/01, LEX nr 1634065, pogląd, iż skoro ustawodawca posłużył się pojęciem sprawy, a nie postępowania, to jego wolą było poddanie wszelkich sytuacji prawnych działaniu przepisów objętych wskazanym unormowaniem. Stanowisko to zostało zaakceptowane w orzecznictwie NSA (zob. wyroki NSA: z 29 lipca 2005 r., I FSK 81/05, LEX nr 174431; z 28 lutego 2005 r., FSK 1534/04, LEX nr 164803; z 17 kwietnia 2008 r., II FSK 18/07, LEX nr 451229; z 2 października 2009 r., I FSK 1167/09, LEX nr 570769) i literaturze (zob. C. Kosikowski (w:) J. Brolik, R. Dowgier, L. Etel, P. Pietrasz, M. Popławski, S. Presnarowicz, W. Stachurski, Ordynacja podatkowa. Komentarz, LEX/el., komentarz do art. 324).

W rozpatrywanym przypadku mamy do czynienia z sytuacją odwrotną. Ustawodawca, zawężając hipotezę normy międzyczasowej do pojęcia postępowania, wykluczył spod jej zakresu sferę materialnoprawną. Brak regulacji intertemporalnej oznacza, że w grę wejść musi zasada bezpośredniego działania nowego prawa. Ma ona bowiem charakter subsydiarny, w stosunku do zasady wstecznego działania prawa oraz zasady dalszego działania prawa dawnego. Konsekwencją nieokreślenia przez ustawodawcę skutków wejścia ustawy w życie jest opowiedzenie się za działaniem nowego przepisu już od momentu jego wejścia w życie i to zarówno do stosunków nowo kreowanych, jak i tych, które w chwili wejścia ustawy w życie już trwały, a więc retrospektywnie (zob. wyrok TK z 8 grudnia 2009 r., SK 34/08, OTK-A 2009/11/165 i powołane tam orzecznictwo oraz poglądy nauki prawa). Stwierdzić zatem należy, że w odniesieniu do przepisu art. 66a ust. 1-3 u.f.p. ustawodawca skorzystał z zasady retrospekcji i dlatego regulacja ta musi być brana pod uwagę w kontekście przedawnienia zwrotu środków pochodzących z budżetu krajowego.

Naczelny Sąd Administracyjny w tej sprawie opowiada się za zasadnością ostatniego ze wskazanych stanowisk. Dodać należy, że w takim przypadku nasuwa się pytanie, czy taka niekorzystna dla dłużnika zmiana terminu przedawnienia (w stosunku do regulacji art. 3 ust. 1 rozporządzenia Rady nr 2988/95) wydłużała dotychczasowe (krótsze) terminy przedawnienia, to znaczy czy wierzytelności nieprzedawnione podlegały dłuższemu okresowi przedawnienia. Odpowiedź na to pytanie jest twierdząca. Ustawodawca nie wyraził jej w odrębnej jednostce redakcyjnej ustawy zmieniającej, niemniej wynika to z samej treści nowego przepisu (art. 66a ust. 1 u.f.p. in princ. stanowiącego, że "Zobowiązanie do zwrotu środków, o których mowa w art. 60 pkt 6, przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od dnia (...)", zatem dłuższy termin przedawnienia odnosi się do należności jeszcze wówczas nieprzedawnionych. W przeciwnym razie konieczny byłby przepis o rozdzieleniu poprzedniego i nowego terminu przedawnienia odpowiednio do składek wymagalnych przed i po tej zmianie.

Systemowo tego typu rozwiązanie stanowiłoby nieuzasadnione różnicowanie sytuacji wierzycieli i dłużników. Przepis wydłużający termin przedawnienia jest korzystny dla wierzyciela i zarazem pogarsza sytuację dłużnika. Dzieje się to w obszarze tej samej zasady, że zobowiązanie pieniężne ma być wykonane i tylko ustawodawcy, a nie stronom, przysługuje prawo do modyfikacji terminu przedawnienia.

Prawo zmiany terminów przedawnienia jest więc domeną ustawodawcy i skoro ma w ten sposób wpływ na stosunki cywilnoprawne, to obejmuje ono również stosunki publicznoprawne. Inaczej mówiąc, dłużnik musi się poddać terminom przedawnienia wydłużanym przez ustawodawcę w czasie trwania stosunku prawnego (zob. też uzasadnienie wyroku SN z dnia 12 lipca 2007 r., UK 37/07).

W tej sprawie nie można jednak tracić z pola widzenia najnowszego orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Dlatego też należy stwierdzić, że zastosowanie art. 66a ust. 1 i 2 u.f.p. nie może być aktualnie rozważane wobec wydania przez TSUE wyroku z 6 lutego 2025 r., C-42/24, Dz.U.UE.C.2025/1734. W orzeczeniu tym wykluczono dopuszczalność uregulowań krajowych "które przewidują, że (...) termin przedawnienia biegnie od dnia, w którym organy krajowe stwierdziły nieprawidłowość w odniesieniu do przepisów tego rozporządzenia.". W tym kontekście przepis krajowy, zakładający tego rodzaju rozwiązanie nie może stanowić podstawy określenia praw lub obowiązków jednostki.

Zagadnienie to łączy się z problematyka poruszoną w pkt b) omawianego zarzutu, w którym to zarzucono WSA w Warszawie błędne przyjęcie, że pięcioletni termin o jakim mowa w art. 66a pkt 1 u.f.p., dotyczy jedynie przedawnienia wykonania decyzji zwrotowej, a nie przedawnienia zobowiązania. Taka wykładnia tej regulacji, przyjęta przez Sąd pierwszej instancji była nieuprawniona, gdyż przepis ten, w swoim brzmieniu, wyraźnie stanowi, że reguluje on kwestię przedawnienia zwrotu środków. Stąd odmienne stanowisko Sądu w tej materii nie znajduje uzasadnienia, zarówno w rezultatach wykładni gramatycznej, jak i funkcjonalnej i systemowej wewnętrznej tego przepisu.

Mając więc na uwadze powyższe stwierdzić należy, że choć oceniany zarzut skargi kasacyjnej okazał się zasadny, gdyż skutecznie podważył prawidłowość stanowiska Sądu, w objętym nim zakresie, to jednak zaskarżony wyrok, pomimo błędnego uzasadnienia odpowiada prawu. Jak to już bowiem wyżej zasygnalizowano TSUE w wyroku z 6 lutego 2025 r., C-42/24, zakwestionował możliwość zastosowania art. 66a u.f.p., jako regulacji przewidującej przedłużenie okresu przedawnienia zobowiązań do zwrotu środków, determinowane datą stwierdzenia nieprawidłowości przez właściwy do tego organ. Innymi słowy TSUE wykluczył możliwość przyjęcia w krajowym porządku prawnym rozwiązań, które przewidują, że termin przedawnienia biegnie dopiero czy od dnia, w którym organy krajowe stwierdziły nieprawidłowość, przedłużając w ten sposób okres biegu przedawnienia w odniesieniu do przepisów rozporządzenia 2988/95. Tak więc, pomimo wykazania przez organ nieprawidłowości ze strony Sądu pierwszej instancji w procesie wykładni tej regulacji, nie mogło to skutkować przesądzeniem, iż winien on znaleźć zastosowanie na gruncie przedmiotowej sprawy.

Podobne uwagi należy poczynić w przypadku zarzutu skargi kasacyjnej, oznaczonego w jej treści nr 2). W tym wypadku również Minister Funduszy i Polityki Regionalnej opiera swoje twierdzenia na argumentach odnoszących się do zastosowania na gruncie niniejszej sprawy art. 66a u.f.p., którą to możliwość wykluczył jednak TSUE w wyroku z 6 lutego 2025 r., C-42/24. W tym aspekcie dodać jedynie należy, że o ile rzeczywiście prawodawca unijny, w art. 3 ust. 3 rozporządzenia 2988/95, faktycznie przewiduje możliwość stosowania w regulacjach krajowych dłuższych okresów przedawnienia, to jednak nie może to nastąpić w sposób przyjęty w art. 66a u.f.p., poprzez faktyczne uzależnienie długości okresu przedawnienia od daty stwierdzenia nieprawidłowości.

Również w przypadku zarzutu nr 3) brak jest argumentów przemawiających za uznaniem zasadności stanowiska skarżącego kasacyjnie Ministra Funduszy i Polityki Regionalnej. Niezasadność twierdzeń organu w tym względzie, opartych na argumentacji wywodzonej z art. 66a u.f.p., przesądził TSUE w wyroku z 6 lutego 2025 r., sygn. C-42/24, w którym właśnie zwrócił uwagę na potrzebę zapewnienia pewności prawa i konieczność wyznaczenia pewnej granicy czasowej dla dochodzenia należności z tytuły niewłaściwie wydatkowanych środków. W tej więc sytuacji przedmiotowy zarzut uznać należało za niezasadny.

Mając więc na uwadze powyższe Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 184 in fine P.p.s.a., oddalił skargę kasacyjną. Zaskarżony nią bowiem wyrok, pomimo błędnego, w znacznym zakresie, uzasadnienia, odpowiada jednak prawu.

Na podstawie art. 204 pkt 2 P.p.s.a. oraz art. 207 § 1 w zw. z art. 205 § 2 P.p.s.a. oraz § 14 ust. 1 pkt 2 lit. b w zw. z § 14 ust. 1 pkt 1 lit a i § 2 pkt 7 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności adwokackie (t.j. Dz. U. z 2026 r. poz. 215) Naczelny Sąd Administracyjny zasądził od skarżącego kasacyjnie Ministra Funduszy i Polityki Regionalnej na rzecz spółki kwotę 5 400 zł, tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego. Kwota ta obejmuje zwrot kosztów zastępstwa procesowego przez adwokata, który sporządził odpowiedź na skargę kasacyjną.