Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawiez 15 lipca 2026 r., sygn. akt VIII SA/Wa 213/26

Uzasadnienie

T. sp. z o.o. z siedzibą w R. (dalej: Skarżąca lub Spółka) wniosła skargę na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. (dalej: Dyrektor IAS lub Organ) z 30 stycznia 2026 r. znak [...] utrzymującą w mocy, po rozpatrzeniu odwołania decyzję Naczelnika Trzeciego M. Urzędu Skarbowego w R. z 18 listopada 2025 r., nr [...] wydaną w sprawie z wniosku o zwrot pozostałej części kaucji gwarancyjnej oraz wypłatę odsetek należnych Spółce w związku z nieterminowym zwrotem kaucji gwarancyjnej, złożonej zgodnie z art. 105b ustawy o podatku od towarów i usług, uzupełnionego pismem z 26.08.2025 r. o zwrot na podstawie przepisów art. 72, art. 73, art. 75, art. 77, art. 78 i art. 78a Ordynacji podatkowej.

Do wydania zaskarżonej decyzji doszło w następującym stanie sprawy:

Naczelnik Trzeciego M. Urzędu Skarbowego w R. (dalej także: Naczelnik, organ I instancji) decyzją z 18.11.2025 r., wydaną po rozpatrzeniu wniosku Spółki o zwrot pozostałej części kaucji gwarancyjnej oraz wypłatę odsetek należnych Spółce w związku z nieterminowym zwrotem przedmiotowej kaucji gwarancyjnej, złożonej zgodnie z art. 105b ustawy o podatku od towarów i usług, uzupełnionego pismem z 26.08.2025 r. o zwrot na podstawie przepisów art. 72, art. 73, art. 75, art. 77, art. 78 i art. 78a Ordynacji podatkowej:

1. - orzekł o zwrocie odsetek od kwoty przyjętej kaucji gwarancyjnej w formie depozytu pieniężnego od dnia 1.11.2019 r. do dnia zwrotu kaucji gwarancyjnej, na podstawie ustawy o podatku od towarów i usług,
2. - odmówił zwrotu odsetek od kwoty przyjętej kaucji gwarancyjnej w formie depozytu pieniężnego na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej.

Za podstawę żądania zwrotu ww. środków Spółka uznała decyzję z 30 maja 2025 r., którą Dyrektor IAS uchylił w całości decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno - Skarbowego w K. z 12 czerwca 2017 r. i umorzył postępowanie w zakresie podatku od towarów i usług za lipiec i sierpień 2014 r. Decyzja ta zapadła w związku z zapadłym w sprawie wyrokiem NSA z 28 października 2024 r., sygn. akt I FSK 1628/21. Organ I instancji, 23.06.2025 r. dokonał zwrotu środków pieniężnych na rachunek bankowy Spółki w kwocie 1.278.276,18 zł, w tym należność główna 1.275.000,00 zł i odsetki 3.276,18 zł. Zwrócone środki pochodziły z zaliczonej kaucji gwarancyjnej stanowiącej zabezpieczenie zapłaty podatku od towarów i usług na poczet zaległości w VAT.

W wyniku przeprowadzonego postępowania w sprawie zwrotu pozostałej części kaucji gwarancyjnej wraz z oprocentowaniem zainicjowanego wnioskiem Spółki z 18.07.2025 r., Naczelnik uznał, że w niniejszej sprawie kluczową kwestią jest brzmienie art. 105b ustawy o VAT w dniu przyjęcia kaucji gwarancyjnej.

Spółka w odwołaniu od tej decyzji zarzuciła naruszenie przepisów:

1. 1) art. 120, art. 121 § 1, art. 122, art. 124, art. 187 § 1, art. 191 oraz art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 Ordynacji podatkowej, poprzez nierozpoznanie istoty sprawy i błędne określenie przedmiotu żądania Strony. Spółka w sposób jednoznaczny w ramach postępowania podatkowego zainicjowanego jej wnioskiem wskazała, że wnosi o zwrot nadpłaty podatku z oprocentowaniem powstałej w wyniku nienależnego zaliczenia kaucji gwarancyjnej na poczet nieistniejącej zaległości podatkowej, a nie o zwrot kaucji gwarancyjnej;
2. 2) art. 122, art. 124, art. 187 § 1 oraz art. 191 Ordynacji podatkowej, poprzez sprzeczne z aktami sprawy ustalenie, że kaucja gwarancyjna miała pozostawać na rachunku organu, podczas gdy:
3. - sam organ 30.11.2017 r. wydał szereg postanowień o zaliczeniu kaucji gwarancyjnej na poczet zaległości w podatku VAT (określonej bezprawnie),
4. - tym samym kaucja gwarancyjna przestała jako taka istnieć, a wyegzekwowane środki stały się podatkiem pobranym nienależnie, co wypełnia definicję nadpłaty z art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji Podatkowej,
5. - Spółka pismem z 18.10.2017 r. wniosła o zwrot istniejącej ówcześnie kaucji gwarancyjnej, obowiązującej do 7.10.2017 r., a organ odmówił zwrotu i następnie postanowieniem z 30.11.2017 r. zaliczył środki na zobowiązanie podatkowe VAT - co całkowicie wyklucza obecne twierdzenie organu, że kaucja pozostawała "niezużyta";
6. 3) art. 72 § 1 pkt 1, art. 75 § 1, art. 77 § 1 pkt 1 i 3, art. 78 § 1 - 3 oraz art. 78a Ordynacji podatkowej, poprzez bezpodstawną odmowę stwierdzenia i zwrotu nadpłaty podatku Spółce wraz z pełnym oprocentowaniem za cały okres, gdy Spółka z winy organów krajowej administracji skarbowej została pozbawiona władztwa nad częścią swojego i należnego jej majątku (kwoty niezwróconej jej w 2017 r. kaucji gwarancyjnej).
7. 4) art. 120 w zw. z art. 72-78a Ordynacji podatkowej oraz art. 105b ustawy o VAT, poprzez uczynienie podstawą prawną odmowy Spółce należnych jej środków art. 105b ustawy o VAT, który dotyczy wyłącznie zwrotu kaucji gwarancyjnej, podczas gdy w sprawie bezsporne jest, że kaucja gwarancyjna została zaliczona przez organy administracji skarbowej na poczet rzekomej (nieistniejącej) zaległości podatkowej, stając się w efekcie nadpłatą podatku;
8. 5) art. 2, art. 64, art. 77 ust. 1, art. 84 i art. 217 Konstytucji RP, art. 4 ust. 3 TUE oraz art. 17 ust. 1 Karty Praw Podstawowych UE, poprzez odmowę przez organ zwrotu pozostałej części nadpłaty podatku oraz należnego Spółce oprocentowania (po dokonaniu częściowego zwrotu samej kwoty głównej odpowiadającej wysokością kaucji gwarancyjnej 23.06.2025 r.), co w sposób bezpośredni narusza prawo własności podatnika poprzez dalsze zatrzymywanie środków, które nigdy nie były podatkiem należnym, a w efekcie doprowadzenie do niedopuszczalnego wzbogacenia państwa kosztem obywatela.

DIAS, uzasadniając zaskarżoną decyzję na wstępie stwierdził, że w sprawie kwestią sporną jest ustalenie, czy okoliczności przedstawione we wniosku Spółki z 18.07.2025 r., uzupełnionego pismem z 26.08.2025 r. stanowią podstawę do uzyskania przez Spółkę prawa do oprocentowania środków pochodzących z kwoty przyjętej kaucji gwarancyjnej w formie depozytu pieniężnego. Organ zauważył, że do wniosku o zwrot Spółka załączyła pismo z 18 października 2017 r. skierowane do Naczelnika, w którym zwróciła się o zwrot przedmiotowej kaucji gwarancyjnej, która wygasła we wrześniu 2017 r. wraz z przysługującymi odsetkami, o których mowa w art. 105b. ust. 9a ustawy o VAT. Spółka podniosła, że decyzja Naczelnika [...] Urzędu Celno - Skarbowego 12 czerwca 2017 r. nr [...] jako wadliwa i wydana niezgodnie z prawem, została uchylona przez Dyrektora IAS decyzją z 30 maja 2025 r., a w związku z tym środki z tego powodu zajęte i wyegzekwowane, w tym kaucja gwarancyjna stanowiły podatek zapłacony (wyegzekwowany) nienależnie, wpisujący się w definicję nadpłaty podatku w rozumieniu art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej. W związku z ww. decyzją, Naczelnik był zobowiązany do naliczenia odsetek (oprocentowania) za okres od dnia zaliczenia kaucji na poczet zobowiązania do dnia faktycznego dokonania zwrotu.

Dyrektor IAS przedstawił następnie stan faktyczny ustalony przez Organ I instancji, z którego wynikało, że Naczelnik [...] Urzędu Celno - Skarbowego w K. decyzją z 12 czerwca 2017 r. określił Spółce zobowiązanie w podatku od towarów i usług za lipiec i sierpień 2014 r. w łącznej kwocie 6.268.206,00 zł. Skarżąca jako podmiot prowadzący działalność w branży paliwowej zobowiązany był do wniesienia kaucji gwarancyjnej w formie depozytu pieniężnego na rachunek urzędu skarbowego.

Z tego tytułu organ I instancji przyjął złożoną przez Spółkę kaucję gwarancyjną w postaci depozytu pieniężnego na podstawie 9 postanowień wydanych od 30 września 2013 r. do 29 września 2016 r. w kwocie łącznej 1.275.000 zł. 18 października 2017 r., Spółka zwróciła się o zwrot kaucji gwarancyjnej.

Kolejnym chronologicznie zdarzeniem w sprawie było wydane postanowienie Naczelnika z 27 października 2017 r. o nadaniu rygoru natychmiastowej wykonalności nieostatecznej decyzji Naczelnika [...] Urzędu Celno - Skarbowego w K. z 12.06.2017 r.

Na podstawie art. 76 § 1 oraz art. 76a ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2017 r., poz. 201, dalej: o.p. lub ordynacja podatkowa) w zw. z art. 105b ust. 9 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2011 r., Nr 177, poz. 1054 ze zm., dalej: ustawa VAT lub u.p.t.u.) Naczelnik, 5 postanowieniami z 30 listopada 2017 r. poinformował Stronę o zaliczeniu kaucji gwarancyjnej stanowiącej zabezpieczenie zapłaty podatku od towarów i usług na poczet zaległości w tym podatku za lipiec 2014 r., wynikającej z decyzji Naczelnika [...] Urzędu Celno - Skarbowego w K. z 12 czerwca 2017 r. Zaliczenie kaucji gwarancyjnej na poczet zaległości podatkowych z tytułu podatku VAT za lipiec 2014 r. nastąpiło z dniem powstania zaległości zgodnie z art. 105b ust. 9 ustawy VAT.

Na podstawie art. 59 § 3 w zw. z art. 59 § 2 ustawy z 17 czerwca 1966 r. o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (Dz. U. z 2018 r., poz. 1314 ze zm.) Naczelnik postanowieniem z 22.03.2019 r. poinformował Spółkę o umorzeniu postępowania egzekucyjnego prowadzonego wobec jej majątku na podstawie tytułów wykonawczych, wskazując w treści postanowienia na zajęcia z rachunków bankowych. W wyniku skargi i skargi kasacyjnej dotyczącej decyzji określającej Spółce zobowiązania w podatku VAT za lipiec i sierpień 2014 r., NSA wyrokiem z 28.10.2024 r. sygn. akt I FSK 1628/21 uchylił w całości wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie (dalej WSA) z 3.12.2020r., sygn. akt VIII SA/Wa 927/19 oddalający skargę oraz decyzję organu odwoławczego z 14 października 2019 r., na skutek czego DIAS decyzją z 30 maja 2025 r. uchylił w całości decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno - Skarbowego w K. i umorzył postępowanie w sprawie.

Zaliczone środki pieniężne w postaci kaucji gwarancyjnych przyjętych na podstawie wydanych postanowień Naczelnika zostały Spółce zwrócone w dniu 23 czerwca 2025 r. w kwocie 1.278.276,18 zł, w tym należność główna 1.275.000,00 zł i odsetki 3.276,18 zł.

Dyrektor IAS wskazał ma treść art. 105b ust. 1, ust. 8 pkt 2, ust. 9, ust. 9a ustawy o VAT. Stwierdził, że z art. 105b ustawy o VAT wynika, że w przypadku powstania zaległości podatkowych po wniesieniu kaucji gwarancyjnej w formie depozytu pieniężnego, kaucja gwarancyjna i odsetki zostaną przeznaczone na pokrycie tych zaległości, z wyłączeniem tych, których zapłatę odroczono lub rozłożono na raty. Odsetki będą naliczane od dnia przyjęcia kaucji gwarancyjnej w formie depozytu pieniężnego do dnia jej zwrotu lub zaliczenia na poczet zaległości podatkowych. Zauważył, że ustawą z 9 sierpnia 2019 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2019 r. poz. 1751), dalej: ustawa zmieniająca z 2019 r., na mocy art. 1 pkt 17 z 1 listopada 2019 r. uchylono przepisy art. 105b - 105d ustawy o VAT dotyczące możliwości wnoszenia i zwrotu kaucji gwarancyjnej. Zniesiono zatem instytucję kaucji gwarancyjnej. Dalej przytoczył art. 9 ust. 1, ust. 5, ust. 6 i ust. 7 ustawy zmieniającej. Za istotne uznał przy tym również przepisy art. 78 § 1, § 3, § 4, art. 78a Ordynacji podatkowej.

W ocenie Dyrektora IAS, organ I instancji dokonując analizy prawnej art. 105b ustawy o VAT, art. 9 ustawy zmieniającej z 2019 r. i art. 78 Ordynacji podatkowej prawidłowo ustalił, że zasady i termin zwrotu kaucji gwarancyjnej złożonej w czasie obowiązywania art. 105b ustawy o VAT wraz z odsetkami reguluje przede wszystkim w art. 9 ustawy zmieniającej z 2019 r. Co istotne, ww. przepis nie odsyła do odpowiedniego stosowania art. 78 Ordynacji podatkowej, tak jak ma to miejsce w przypadku przeznaczenia kaucji na pokrycie zaległości podatkowej. Oznacza to, że bez wpływu pozostaje ewentualne umorzenie postępowania podatkowego. Organ uznał, że wolą ustawodawcy było jedynie odesłanie do zaliczania nadpłat, a więc odesłanie "tylko" do art. 76 i art. 76a Ordynacji podatkowej.

Co więcej, ani w art. 105b ustawy o VAT, ani w art. 9 ustawy zmieniającej z 2019 r. nie ma odesłania do art. 78 Ordynacji podatkowej. Dyrektor IAS zauważył, że Naczelnik 23 czerwca 2025 r. dokonał zwrotu kaucji gwarancyjnej z odsetkami naliczonymi od 30.09.2013 r. do 26.08.2014 r. (tj. od dnia przyjęcia kaucji gwarancyjnej do dnia powstania zaległości (dzień po terminie) w kwocie 1.278.276,18 zł, w tym należność główna 1.275.000,00 zł i odsetki 3.276,18 zł. Naczelnik [...] Urzędu Celno - Skarbowego w K. wydał decyzję określającą zobowiązanie podatkowe za lipiec i sierpień 2014 r. Oznacza to, że właśnie z powodu toczącego się postępowania kontrolnego organ I instancji nie mógł wcześniej zwrócić kaucji w myśl art. 9 ust. 5 pkt 3 ustawy zmieniającej z 2019 r. W okresie od przyjęcia kaucji gwarancyjnej do dnia jej zwrotu lub zaliczenia na poczet zaległości podatkowej kwota kaucji nie stanowiła nadpłaty.

W ocenie Dyrektora IAS, organ I instancji zasadnie odmówił naliczenia oprocentowania na podstawie art. 78 Ordynacji podatkowej oraz odsetek na podstawie art. 9 ust. 7 ustawy zmieniającej z 2019 r., bowiem w stanie faktycznym przedstawionym w skarżonej decyzji oprocentowanie dla kaucji gwarancyjnej od dnia 1.11.2019 r. do dnia jej zwrotu przewiduje art. 9 ust. 7 ustawy zmieniającej z 2019 r.

W konkluzji Dyrektor IAS uznał, że Stronie przysługują odsetki za okres od dnia 1.11.2019 r. do dnia zwrotu kaucji gwarancyjnej, co wynika wprost z art. 9 ust. 7 ustawy zmieniającej z 2019 r., natomiast Stronie nie przysługuje oprocentowanie za okres od dnia zaliczenia kaucji gwarancyjnej do dnia jej zwrotu, tj. od 30.11.2017 r. do 23.06.2025 r. na podstawie art. 78 § 1, § 3 pkt 1, § 4 Ordynacji podatkowej. Odnosząc się do pisma Strony uzupełniającego jej żądanie zwrotu, Dyrektor IAS stwierdził, że organ I instancji zasadnie uznał, że złożone przez Stronę uzupełnienie wniosku obejmuje w dalszym ciągu zwrot pozostałej kwoty nadpłaty VAT powstałej w efekcie zaliczenia kaucji gwarancyjnej na poczet zaległości VAT, wynikającej z decyzji Naczelnika [...] Urzędu Celno - Skarbowego w K. z 12.06.2017 r., określającej wysokość zobowiązania podatkowego za miesiące lipiec i sierpień 2014 r.

Dyrektor IAS za bezsporne uznał, że w momencie zaliczenia kaucji gwarancyjnej 30 listopada 2017 r. istniała kaucja gwarancyjna Spółki, jak i wymagalna zaległość w podatku od towarów i usług, za lipiec i sierpień 2014 r. wraz z odsetkami. Tak w art. 105b ust. 9 ustawy o VAT, jak i w art. 9 ust. 6 ustawy zmieniającej znajduje się odesłanie do Ordynacji podatkowej o podobnej treści: "Przepisy Ordynacji podatkowej dotyczące zaliczania nadpłat stosuje się odpowiednio, z tym że zaliczenie kaucji gwarancyjnej na poczet zaległości podatkowej następuje z dniem powstania zaległości podatkowej". Powyższe oznacza, że wolą ustawodawcy było jedynie odesłanie do zaliczania nadpłat, a więc odesłanie tylko do art. 76 i art. 76a Ordynacji podatkowej.

Co więcej, ani w art. 105b ustawy o VAT, ani w art. 9 noweli ustawy o VAT z 2019 r. nie ma odesłania do art. 78 Ordynacji podatkowej. Uchylone przepisy ustawy o VAT przewidywały możliwość zwrotu kaucji gwarancyjnej na wniosek podatnika oraz zaliczenia kaucji na zaległości w podatkach stanowiących dochody budżetu państwa. Po uchyleniu przepisów ustawy o VAT normujących kaucję gwarancyjną, złożone kaucje nie mają już znaczenia z punktu widzenia odpowiedzialności solidarnej kontrahenta podatnika. Nie jest także możliwe przyjęcie kaucji gwarancyjnej. Przyjęte kaucje w formie depozytu pozostają jednak nadal na rachunkach organów podatkowych. Z tego względu, przepisy ustawy zmieniającej z 2019 r. regulują postępowanie dotyczące już złożonych kaucji. Przewidują mianowicie zwrot kaucji na wniosek podatnika, a także zaliczenie objętych nią środków na zaległości podatkowe w podatkach stanowiących dochody budżetu państwa.

Podkreślił, że podstawą zwrotu, bądź zaliczenia kaucji nie są bowiem uchylone przepisy ustawy o VAT, ale przepisy ustawy zmieniającej, pozwalające na rozliczenie przyjętych wcześniej kaucji poprzez zwrot albo zaliczenie na zaległości.

Organ odwoławczy, odnosząc się do zarzutu pełnomocnika Strony w sprawie uznania, iż kwota kaucji gwarancyjnej prawnie zaliczona na poczet zaległości podatkowej postanowieniem z 30.11.2017 r. stała się nadpłatą podatku, zatem winna podlegać zwrotowi w myśl przepisów art. 77 § 1 pkt 1 i 3, art. 78 § 1 - 3 oraz art. 78a Ordynacji podatkowej zauważył, że postanowienie o zaliczeniu nadpłaty ma charakter deklaratoryjny, formalny i wydawane jest dla wiedzy organu podatkowego oraz podatnika i w celu stworzenia możliwości zweryfikowania, a następnie wykorzystania go w przyszłych rozliczeniach podatkowych. Potwierdza ono i artykułuje w formie aktu administracyjnego w indywidualnej sprawie, że z mocy prawa, w dacie wynikającej z prawa i wskazanej w tymże postanowieniu, nastąpiło zaliczenie określonej kwoty nadpłaty na dane zaległości podatkowe. Akt ten tylko odzwierciedla i potwierdza wykonanie czynności rachunkowo - technicznej dotyczącej zaliczenia określonej kwoty kaucji zabezpieczającej na zaległości podatkowe, nie konstytuuje natomiast powyższego stanu prawnego.

Zdaniem Dyrektora IAS, należy mieć na uwadze, że art. 105b ust. 9 zdanie drugie ustawy o VAT precyzyjnie określa moment, z którym ustawodawca wiąże skutek zaliczenia, stanowiąc, że zaliczenie kaucji gwarancyjnej na poczet zaległości podatkowej następuje z dniem powstania zaległości podatkowej. Skoro więc przepis ten jednoznacznie stanowi, w jakim momencie następuje wzajemna kompensata wierzytelności, nie sposób przyjąć, jak uważa Spółka, że zaliczenie to następuje w chwili wydania przez organ postanowienia w tym zakresie. Zaliczenie kaucji gwarancyjnej na poczet zaległości podatkowej dokonuje się z mocy samego prawa i następuje z dniem powstania zaległości. Dlatego też, dzień wydania postanowienia w żadnej mierze nie jest dniem zaliczenia nadpłaty/kaucji na poczet zaległości.

Odnosząc się do zarzutu dotyczącego nierozpatrzenia wniosku Strony rozszerzonego pismem z 26.08.2025 r., w którym wprost wskazała, że żąda zwrotu nadpłaty podatku powstałej wskutek nienależnego zaliczenia kaucji na poczet nieistniejącej zaległości podatkowej, a nie zwrotu kaucji gwarancyjnej jako takiej, Organ odwoławczy zauważył, że złożone przez Stronę uzupełnienie wniosku obejmowało w dalszym ciągu zwrot pozostałej kwoty nadpłaty VAT powstałej w efekcie zaliczenia kaucji gwarancyjnej przez organ I instancji na poczet zaległości podatkowej w podatku od towarów i usług, wynikającej z decyzji Naczelnika [...] Urzędu Celno - Skarbowego w K. z 12 czerwca 2017 r.

Dyrektor IAS uznał, że Organ I instancji podjął wszelkie niezbędne działania mające na celu dokładne wyjaśnienie stanu faktycznego sprawy i trafnie orzekł, że Stronie przysługują odsetki za okres od dnia 1.11.2019 r. do dnia zwrotu kaucji gwarancyjnej, co wynika wprost z art. 9 ust. 7 ustawy zmieniającej z 2019 r., i jednocześnie odmówił zwrotu odsetek od kwoty przyjętej kaucji gwarancyjnej w formie depozytu pieniężnego na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej.

Dyrektor IAS nie zgodził się również z zarzutami dotyczącymi naruszenia przepisów prawa procesowego, tj. przepisów art. 120, art. 121 § 1, art. 122, art. 124, art. 187 § 1, art. 191 oraz art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 Ordynacji podatkowej. Za niezasadny uznał również zarzut naruszenia przepisów art. 72 § 1 pkt 1, art. 75 § 1, art. 77 § 1 pkt 1 i 3, art. 78 § 1 - 3 oraz art. 78a Ordynacji podatkowej, gdyż Spółka nie może domagać się zwrotu oprocentowania na podstawie przepisów nie mających zastosowania w niniejszej sprawie.

Spółka zaskarżyła omówioną decyzję DIAS w całości. Zaskarżonej decyzji zarzuciła naruszenie następujących przepisów:

1. 1. art. 105b ust. 9 oraz art. 105b ust. 9b ustawy o podatku od towarów i usług oraz art. 9 ust. 6 ustawy z dnia 9 sierpnia 2019 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw poprzez ich błędną wykładnię oraz niewłaściwe zastosowanie, polegające na przyjęciu, że zaliczenie kaucji gwarancyjnej na poczet zaległości podatkowej nie prowadzi do definitywnej zmiany charakteru prawnego tych środków oraz nie powoduje utraty przez kaucję jej bytu prawnego.

W konsekwencji zaś, że w sytuacji późniejszego prawomocnego uchylenia decyzji wymiarowej, która stanowiła podstawę określenia zobowiązania podatkowego na poczet którego zaliczona została kaucja gwarancyjna, zwracane podatnikowi środki stanowią nadal kaucję gwarancyjną, a nie nadpłatę podatku, co stanowi wykładnię sprzeczną z treścią przepisów kaucyjnych. Zaskarżona decyzja opiera się bowiem na założeniu, że możliwe jest jednoczesne przyjęcie dwóch wykluczających się stanów prawnych. Z jednej strony, Organ uznaje, że kaucja została skutecznie zaliczona na poczet zaległości podatkowej, z drugiej zaś, że mimo tego zaliczenia nadal istniała jako kaucja i podlega zwrotowi w reżimie art. 105b ustawy o VAT. Taka koncepcja nie znajduje przy tym żadnej podstawy w przepisach ustawy o VAT, ani ustawach ją zmieniających.

W realiach niniejszej sprawy zasadnicza kwestia sporna sprowadza się bowiem do oceny, jakie skutki prawne wywołuje zaliczenie kaucji gwarancyjnej na poczet zaległości podatkowej, a zatem, czy z chwilą zaliczenia na poczet zaległości podatkowej środki te tracą charakter kaucji i stają się zapłatą podatku, czy też, jak twierdzi Organ, kaucja istnieje nadal aż do momentu jej zwrotu podatnikowi (pomimo jej wcześniejszego zaliczenia na poczet zaległości podatkowej). Przyjęcie stanowiska Organu oznaczałoby, że czynność zaliczenia kaucji gwarancyjnej na poczet zaległości podatkowej wywołuje skutki ostateczne dla celów uiszczenia zaległości podatkowej (zaliczenie prowadzi do wygaśnięcia zobowiązania podatkowego poprzez jego zapłatę), lecz nie wywołuje ich dla celów kwalifikacji prawnej zwracanych podatnikowi środków, gdy okazuje się, że podatek, na poczet którego zaliczono kaucję, był nienależny.

Stanowisko Organu prowadzi zatem do wewnętrznej niespójności systemowej. Przepisy art. 105b ust. 9 oraz ust. 9b ustawy o VAT, jak również art. 9 ust. 6 ustawy nowelizującej, nie przewidują mechanizmu dalszego funkcjonowania kaucji po jej zaliczeniu na poczet zaległości, ani podstaw do traktowania zwracanych podatnikowi środków jako kaucji, w sytuacji prawomocnego wyeliminowania z obrotu decyzji wymiarowej stanowiącej podstawę do zaliczenia kaucji na poczet zaległości.

2. Naruszenie art. 105b ustawy o podatku od towarów i usług oraz art. 9 ustawy z dnia 9 sierpnia 2019 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw poprzez ich błędną wykładnię rozszerzającą, polegającą na wywiedzeniu z przepisów regulujących funkcjonowanie kaucji gwarancyjnej normy prawnej z niej niewynikającej, zgodnie z którą, po uprzednim zaliczeniu kaucji na poczet zaległości podatkowej, w razie uchylenia decyzji wymiarowej z której ta zaległość miała wynikać, organ dokonuje zwrotu podatnikowi kaucji gwarancyjnej, a nie zwrotu nadpłaty podatku.

Przepisy art. 105b ustawy o VAT regulują bowiem wyłącznie okres od przyjęcia kaucji do dnia jej zwrotu podatnikowi (gdy nie została zaliczona na poczet zaległości podatkowych) albo zaliczenia jej na poczet zaległości podatkowych. Norma prawna wynikająca z tych przepisów nie obejmuje zatem etapu następującego po zaliczeniu kaucji gwarancyjnej na poczet zaległości podatkowej, gdy kończy się jej byt prawny. Ustawodawca nie przewidział tym samym dalszego funkcjonowania kaucji po dokonaniu zaliczenia (gdy staje się zapłatą podatku), a tym bardziej nie ustanowił podstawy prawnej do konstruowania przyjętej przez Organ kategorii zwrotu kaucji po jej uprzednim zaliczeniu na poczet zaległości w celu uniknięcia zwrotu podatnikowi należnego mu oprocentowania nadpłaty podatku.

3. Naruszenie art. 105b ust. 9b ustawy o podatku od towarów i usług poprzez jego błędną wykładnię, polegającą na pominięciu systemowego znaczenia tego przepisu, zgodnie z którym odsetki od kaucji gwarancyjnej naliczane były wyłącznie do dnia jej zwrotu albo do dnia zaliczenia na poczet zaległości podatkowej, co jednoznacznie potwierdza, że moment zaliczenia stanowi moment graniczny funkcjonowania kaucji jako instytucji prawa podatkowego.

Przyjęcie przez organ, że pomimo zaliczenia na poczet zaległości podatkowej kaucja gwarancyjna nadal istniała, prowadzi w efekcie do sprzeczności z konstrukcją samego art. 105b ustawy o VAT, który wiąże istnienie kaucji jako instytucji prawnej z określonym przedziałem czasowym, zakończonym m.in. jej zaliczeniem na poczet zaległości podatkowej. Skoro ustawodawca wyraźnie ograniczył naliczanie odsetek od kaucji do dnia jej zwrotu albo zaliczenia na poczet zaległości podatkowej, to nie ma podstaw do utrzymywania, że po zaliczeniu na poczet zaległości kaucja nadal funkcjonuje jako instytucja prawa podatkowego. Odmienna wykładnia prowadziłaby do obejścia konstrukcji art. 105b ustawy o VAT i pozwalałaby Organowi na kwalifikowanie tych samych środków raz jako zapłaty podatku (dla celów zaliczenia), a raz jako kaucji (dla celów wyłączenia oprocentowania nadpłaty podatku należnej podatnikowi).

4. Naruszenie art. 72 § 1 pkt 1, art. 75 § 1, art. 77 § 1 pkt 1 i pkt 3, art. 78 § 1-3, art. 78a oraz art. 76 § 1 i art. 76a Ordynacji podatkowej poprzez ich błędną wykładnię oraz niewłaściwe zastosowanie, polegające na przyjęciu, że środki pieniężne odpowiadające kwocie kaucji gwarancyjnej, po ich zaliczeniu na poczet rzekomej zaległości VAT, która została określona wadliwą i niezgodną z prawem decyzją wymiarową (prawomocnie wyeliminowaną z obrotu prawnego), nie stanowią nadpłaty podatku, a w konsekwencji Stronie nie przysługuje oprocentowanie nadpłaty oraz nie znajduje zastosowania mechanizm proporcjonalnego zaliczenia z art. 78a Ordynacji Podatkowej w sytuacji zwrotu częściowego nadpłaty podatku. W konsekwencji Organ bez podstawy prawnej, a tym samym wbrew przepisom, ograniczył zwrot należnych Spółce środków pieniężnych z tytułu nadpłaty podatku VAT za okres 7-8/2014 r. wyłącznie do nominalnej kwoty zwróconych środków odpowiadających kwocie głównej kaucji gwarancyjnej (oraz odsetek kapitałowych), aprobując stan, w którym przez okres ponad 7 lat Skarb Państwa korzystał z kapitału podatnika bez należnej podatnikowi rekompensaty w postaci oprocentowania, mimo że, po ostatecznym przesądzeniu braku istnienia zaległości podatkowej Spółki, mamy do czynienia z podatkiem zapłaconym nienależnie w rozumieniu art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej (nadpłatą podatku).

W realiach niniejszej sprawy, z chwilą definitywnego zaliczenia kaucji gwarancyjnej na poczet zaległości podatkowej doszło do zapłaty podatku, który wobec prawomocnego wyeliminowania decyzji wymiarowej okazał się podatkiem zapłaconym nienależnie. Organ nie może uchylać się od zastosowania art. 72 i nast. Ordynacji podatkowej wyłącznie poprzez przyjęcie formalnej kwalifikacji zwrotu jako zwrotu kaucji gwarancyjnej, skoro kaucja (po zaliczeniu na poczet zaległości) przestała funkcjonować w obrocie prawnym i stała się zapłatą podatku (nienależną).

W konsekwencji powstała nadpłata podatku, a obowiązek jej zwrotu obejmuje również ekonomiczną kompensację w postaci odsetek (oprocentowania) za wieloletnie pozbawienie Spółki władztwa nad środkami i braku możliwości dysponowania nimi. Dodatkowo w sposobie procedowania organów podatkowych występuje wewnętrzna sprzeczność, gdyż sam Naczelnik US dokonując w dniu 23 czerwca 2025 r. zwrotu środków pieniężnych na rachunek bankowy Spółki w kwocie 1 278 276,18 zł w tytule przelewu wskazał: "zwrot nadpłaty z podatku VAT za 07/2014 - Decyzja DIAS nr [...] z 30.05.2025", a nie zwrot kaucji gwarancyjnej. Obecnie natomiast, gdy Spółka zażądała zwrotu również oprocentowania nadpłaty podatku, organy podatkowe twierdzą, że nie dokonały zwrotu nadpłaty podatku, ale zwrotu kaucji gwarancyjnej. Powyższa niespójność również przemawia za wadliwością stanowiska organów podatkowych obu instancji i za uchyleniem zaskarżonej decyzji.

5. Naruszenie art. 120 Ordynacji podatkowej w zw. z art. 72-78a Ordynacji podatkowej oraz art. 105b ustawy o VAT i art. 9 ustawy z dnia 9 sierpnia 2019 r. o zmianie ustawy o VAT oraz niektórych innych ustaw poprzez przyjęcie i utrzymanie przez Organ wadliwej podstawy prawnej rozstrzygnięcia, tj. uznanie, że zwrócone Stronie w 2025 r. środki pieniężne stanowią kaucję gwarancyjną i podlegają rozliczeniu wyłącznie na bazie przepisów kaucyjnych (w tym w szczególności w zakresie oprocentowania). Tymczasem po zaliczeniu kaucji na poczet rzekomej zaległości podatkowej, a następnie po prawomocnym przesądzeniu przez Naczelny Sąd Administracyjny i Dyrektora IAS w W. o braku istnienia zaległości podatkowej Spółki w podatku VAT za okresy 7-8/2014, Organ powinien rozpoznać sprawę jako zwrot nadpłaty podatku, ze skutkami w zakresie pełnego oprocentowania zwracanej nadpłaty podatku (w tym w części odpowiadającej środkom pieniężnym z kaucji gwarancyjnej zaliczonym na poczet niebyłej zaległości podatkowej).

Organ naruszył przepisy objęte niniejszym zarzutem poprzez przyjęcie fikcyjnego stanu prawno-faktycznego, zgodnie z którym pomimo definitywnego zaliczenia kaucji gwarancyjnej na poczet niebyłej zaległości w podatku VAT za okresy 7-8/2014, dokonując w 2025 r. zwrotu należnej Spółce nadpłaty podatku, Organ uznał, że zwraca kaucję gwarancyjną, pomimo, że jej byt prawny ustał wiele lat wcześniej, gdy stała się zapłatą podatku. Powyższe doprowadziło do odmowy wypłaty należnego Spółce pełnego oprocentowania nadpłaty podatku i do rozstrzygnięcia sprzecznego z celem postępowania nadpłatowego, a zatem zwrotem całego nienależnie zapłaconego podatku wraz z rekompensatą za korzystanie z nienależnego Skarbowi Państwa kapitału w postaci należnych podatnikowi odsetek (oprocentowania).

6. Naruszenie art. 200 § 1 w zw. z art. 121 § 1, art. 122 oraz art. 123 § 1 Ordynacji podatkowej poprzez niewyznaczenie Spółce przez Dyrektora IAS w W. siedmiodniowego terminu do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego przed wydaniem zaskarżonej decyzji, co pozbawiło Spółkę prawa do czynnego udziału w postępowaniu.

Organ odwoławczy, przed wydaniem zaskarżonej decyzji, nie wyznaczył Spółce siedmiodniowego terminu do wypowiedzenia się co do zebranego materiału dowodowego, nie poinformował o możliwości zgłoszenia uwag, ani nie umożliwił stronie przedstawienia ostatecznego stanowiska w sprawie. W realiach niniejszego postępowania nie zachodziły żadne z wyjątków wskazanych w art, 200 § 2 Ordynacji podatkowej, które zwalniałyby organ z obowiązku realizacji tej gwarancji procesowej.

Obowiązek wynikający z art. 200 § 1 Op ma charakter bezwzględnie obowiązujący i jest jedną z kluczowych gwarancji procesowych przysługujących podatnikowi w toku postępowania podatkowego. Stanowi on konkretyzację zasady czynnego udziału strony w postępowaniu, zasady budzenia zaufania do organów podatkowych oraz obowiązku wyczerpującego wyjaśnienia sprawy. Jego pominięcie nie może być traktowane jako uchybienie formalne ani jako pomniejszy błąd proceduralny, lecz jako realne pozbawienie strony prawa do obrony swoich interesów przed wydaniem decyzji.

W sytuacji, w której sprawa dotyczyła spornych zagadnień prawnych, w szczególności kwalifikacji środków pochodzących z kaucji gwarancyjnej jako nadpłaty podatku oraz skutków definitywnego zaliczenia tej kaucji na poczet zaległości podatkowej, Organ przyjął określoną, finalną koncepcję prawną w tym zakresie, przy jednoczesnym nie daniu Spółce możliwości wypowiedzenia się w sprawie (przed wydaniem rozstrzygnięcia kończącego postępowanie podatkowe). Spółka została zatem pozbawiona możliwości przedstawienia stanowiska w ramach 7-dniowego terminu wynikającego z art. 200 OP, uzupełnienia argumentacji oraz przedstawienia dodatkowych wyjaśnień, które mogłyby wpłynąć na treść i kierunek rozstrzygnięcia wydanego na etapie postępowania ll-instancyjnego.

1. 7. Naruszenie art. 154 oraz 165 § 2 ustawy o postępowaniu egzekucyjnym w administracji w zw. z art. 72-78a Ordynacji podatkowej, a także art. 105b ustawy o podatku od towarów i usług poprzez ich błędną wykładnię oraz niewłaściwe zastosowanie, polegające na utożsamieniu:
2. • sytuacji, w której środki pieniężne zostają zajęte i przekazane na rachunek depozytowy w trybie postępowania zabezpieczającego jako zabezpieczenie przyszłego zobowiązania (gdy nie dochodzi do zapłaty podatku i nie powstaje nadpłata),
3. • z sytuacją całkowicie odmienną, tj. gdy środki pochodzące z kaucji gwarancyjnej zostają definitywnie zaliczone na poczet zaległości podatkowej (co stanowi zapłatę podatku), do którego to utożsamienia Organ nie był uprawniony.

W zaskarżonej decyzji Organ w istocie przyjął, że skoro w reżimie zabezpieczenia (dokonanego w trybie art. 165 ustawy o postępowaniu egzekucyjnym w administracji - u.p.e.a.) środki z kaucji gwarancyjnej zdeponowane na rachunku zabezpieczeniowym nie generują nadpłaty podatku, to analogicznie w realiach niniejszej sprawy, pomimo zaliczenia kaucji na poczet zaległości podatkowej, nie dochodzi do nienależnej zapłaty podatku i powstania nadpłaty podatku. Tymczasem w sprawie Spółki, z chwilą zaliczenia kaucji gwarancyjnej na poczet zaległości, doszło do nienależnego uiszczenia podatku, a zatem powstała nadpłata w rozumieniu art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, podlegająca zwrotowi wraz z należnym oprocentowaniem.

W konsekwencji Organ, opierając się na nieadekwatnym argumencie zaczerpniętym z reżimu postępowania zabezpieczającego w trybie przepisów u.p.e.a., bezpodstawnie odmówił stwierdzenia nadpłaty i wypłaty oprocentowania, mimo że w sprawie Spółki nie mamy do czynienia z depozytem zabezpieczającym, lecz z definitywną zapłatą podatku wynikającą z zaliczenia kaucji na poczet zaległości podatkowej.

1. 8. Naruszenie art. 121 § 1, art. 122, art. 124, art. 187 § 1, art. 191 oraz art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 Ordynacji podatkowej poprzez nierozpoznanie istoty sprawy i błędne ustalenie kluczowych okoliczności faktycznych oraz prawnych, polegające w szczególności na:
2. • pominięciu, że środki będące przedmiotem sporu zostały faktycznie i prawnie zaliczone na poczet zaległości podatkowej, a następnie, po prawomocnym wyeliminowaniu decyzji wymiarowej określającej tę zaległość, stały się świadczeniem nienależnym (nadpłatą podatku),
3. • przyjęciu wewnętrznie sprzecznej konstrukcji, w której Organ jednocześnie uznaje zaliczenie środków na poczet zaległości i równolegle zakłada dalsze trwanie kaucji gwarancyjnej jako depozytu,
4. • ograniczeniu uzasadnienia Zaskarżonej decyzji do tezy o braku odesłania przepisów regulujących kaucję gwarancyjną do art. 78 OP, bez rzeczywistego odniesienia się do sedna sporu, tj. jakie są skutki prawne zaliczenia kaucji na poczet zaległości podatkowej i późniejszego prawomocnego przesądzenia braku zobowiązania podatkowego po stronie podatnika (na poczet którego zaliczona została kaucja),
5. • braku wyjaśnienia dlaczego Naczelnik US dokonując Spółce zwrotu kwoty 1 278 276,18 zł w dniu 23 czerwca 2025 r. przelewem bankowym w jego tytule wskazał: "zwrot nadpłaty z podatku VAT za 07/2014 - Decyzja DIAS nr [...] z dn. 30.05.2025", a obecnie, gdy Spółka zażądała zwrotu również oprocentowania nadpłaty podatku, organy podatkowe twierdzą, że nie dokonały zwrotu nadpłaty podatku, ale zwrotu kaucji gwarancyjnej.

W konsekwencji Organ nie wyjaśnił i nie rozstrzygnął prawidłowo przedmiotu żądania Spółki, a rozumowanie przedstawione w Zaskarżonej decyzji prowadzi do utrzymania fikcyjnego stanu prawnego, co miało istotny wpływ na wynik sprawy w postaci odmowy zwrotu pełnej kwoty należności wraz z oprocentowaniem.

9. Naruszenie art. 7 Konstytucji RP w zw. z art. 2, art. 64, art. 77 ust. 1, art. 84 i art. 217 Konstytucji RP poprzez działanie bez podstawy prawnej i utrzymanie w mocy rozstrzygnięcia, które de facto kreuje nieznaną ustawie konstrukcję zwrotu kaucji po jej uprzednim zaliczeniu na poczet zaległości podatkowej, w sposób pozwalający na brak zwrócenia podatnikowi należnego mu oprocentowania od bezspornej nadpłaty podatku, co prowadzi do nieproporcjonalnej ingerencji w prawo majątkowe Skarżącej i do niedopuszczalnego uprzywilejowania Skarbu Państwa kosztem podatnika.

W konsekwencji przyjęcie stanowiska Organu sankcjonuje sytuację, w której Skarb Państwa może przez wiele lat dysponować kapitałem Podatnika, a w sytuacji, w której ostatecznie przesądzono brak zobowiązania podatkowego po stronie Spółki, odmówić wypłaty pełnego oprocentowania nadpłaty podatku. Odmowa zwrotu należnego Spółce pełnego oprocentowania nadpłaty podatku, w sytuacji, w której ostatecznie przesądzono brak zobowiązania podatkowego na poczet którego organy zaliczyły środki z kaucji gwarancyjnej, prowadzi efektywnie do dalszego zatrzymywania środków nienależnych Skarbowi Państwa i godzi w konstytucyjny standard ochrony praw majątkowych oraz w zasadę, że obowiązki w zakresie danin publicznych (w tym ich ekonomiczne skutki) mogą wynikać wyłącznie z ustawy. Przyjęte przez Organ rozwiązanie w praktyce sankcjonuje bezpodstawne wzbogacenie państwa kosztem Podatnika.

10. Naruszenie art. 4 ust. 3 TUE w zw. z art. 17 ust. 1 i art. 47 Karty Praw Podstawowych UE oraz art. 19 ust. 1 akapit 2 TUE poprzez przyjęcie wadliwej wykładni, a w efekcie stworzenia praktyki prowadzącej do pozbawienia podatnika pełnego zwrotu środków pobranych nienależnie wraz z należną rekompensatą w postaci odsetek, co prowadzi do bezpodstawnego wzbogacenia Skarbu Państwa kosztem podmiotu prywatnego. W konsekwencji Organ w Zaskarżonej decyzji przyjął wykładnię krajowych regulacji, która czyni iluzorycznym prawo do odzyskania nienależnie pobranego podatku w jego ekonomicznie pełnym wymiarze (kwota główna + odsetkowa kompensacja za pozbawienie władztwa nad środkami).

W sprawach podatkowych standard wynikający z prawa UE wymaga, aby zwrot świadczenia pobranego nienależnie był realny i kompletny, tj. obejmował również element kompensacyjny za utratę możliwości dysponowania środkami. W przeciwnym razie podatnik ponosi ekonomiczny ciężar, którego prawo UE nie dopuszcza, a państwo uzyskuje nienależną korzyść z wieloletniego korzystania z kapitału podatnika, jak dzieje się właśnie w przyjętej przez Organ kwalifikacji zwrotu środków pieniężnych jako zwrotu kaucji gwarancyjnej, a nie zwrotu nadpłaty podatku.

Podnosząc te zarzuty, Skarżąca wniosła o uchylenie w całości zaskarżonej decyzji, a także na podstawie art. 135 p.p.s.a o uchylenie w całości decyzji pierwszoinstancyjnej, oraz o zasądzenie zwrotu kosztów postępowania.

W odpowiedzi na skargę, DIAS wniósł o jej oddalenie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje

Przedmiotem sądowej kontroli jest decyzja DIAS z 30 stycznia 2026 r., utrzymująca w mocy decyzję organu pierwszej instancji odmawiającą stwierdzenia i zwrotu nadpłaty wraz z oprocentowaniem. Stan faktyczny sprawy w zakresie zasadniczym nie jest sporny. Skarżąca złożyła kaucję gwarancyjną przewidzianą w art. 105b ustawy o podatku od towarów i usług. Następnie 30 listopada 2017 r. środki z tej kaucji zostały zaliczone na poczet zaległości podatkowej Spółki w podatku VAT za lipiec 2014 r. Zaległość ta wynikała z decyzji wymiarowej, która następnie została wyeliminowana z obrotu prawnego. Decyzją z 30 maja 2025 r. DIAS uchylił decyzję wymiarową i umorzył postępowanie podatkowe dotyczące rozliczeń VAT Spółki za lipiec i sierpień 2014 r. W konsekwencji okazało się, że zobowiązanie, na poczet którego zaliczono kaucję nie istniało. W dniu 23 czerwca 2025 r. organ zwrócił Spółce 1.278.276,18 zł, oznaczając przelew jako "zwrot nadpłaty z podatku VAT za 07/2014". Następnie organ wypłacił 72.116 zł oprocentowania obliczonego jedynie za okres od 1 listopada 2019 r. do 23 czerwca 2025 r., według regulacji odnoszącej się do kaucji gwarancyjnej.

Istota sporu nie dotyczy zatem tego, czy Spółce należał się zwrot kwoty głównej, lecz tego, jaki charakter prawny miały zwracane środki po zaliczeniu kaucji na poczet zaległości podatkowej oraz jakie przepisy regulowały ich oprocentowanie.

Organ uznał, że środki zachowały charakter kaucji gwarancyjnej i podlegały wyłącznie szczególnemu reżimowi wynikającemu z art. 105b ustawy o VAT oraz art. 9 ustawy z 9 sierpnia 2019 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw. Skarżąca twierdzi natomiast, że z chwilą zaliczenia kaucji na zaległość podatkową środki przestały być kaucją, stały się zapłatą podatku, a po uchyleniu decyzji wymiarowej – nadpłatą w rozumieniu art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej.

Rację w tym sporze należy przyznać Skarżącej.

Na wstępie rozważań należy przypomnieć, że kaucja gwarancyjna przewidziana w art. 105b ustawy o VAT była szczególną instytucją prawa podatkowego o funkcji zabezpieczającej. Jej wniesienie nie stanowiło samo w sobie zapłaty podatku.

W momencie złożenia kaucji środki nie były przekazywane organowi w wykonaniu istniejącego zobowiązania podatkowego, lecz stanowiły zabezpieczenie mogących powstać zaległości podatkowych. Podatnik pozostawał uprawniony do jej zwrotu po ziszczeniu się ustawowych przesłanek, zaś organ mógł ją wykorzystać wyłącznie w przypadkach wskazanych w ustawie. Z konstrukcji art. 105b ustawy VAT wynika, że byt kaucji mógł zakończyć się na dwa zasadnicze sposoby:

1. 1) przez jej zwrot podatnikowi,
2. 2) przez przeznaczenie jej na pokrycie zaległości podatkowej.

Jeśli kaucja została przeznaczona na pokrycie zaległości, realizowała swój cel zabezpieczający. Zabezpieczenie ulegało wówczas skonsumowaniu, a środki stawały się świadczeniem zaliczonym na poczet konkretnego zobowiązania podatkowego. Nie można zatem podzielić stanowiska organu, że mimo zaliczenia środków na poczet zaległości podatkowej przez kolejne lata zachowywały one równolegle charakter kaucji gwarancyjnej. Użycie przez ustawodawcę w art. 105b ust. 9 ustawy o VAT zwrotu "przeznacza się na pokrycie zaległości" oznaczało, że środki zgromadzone uprzednio jako zabezpieczenie uzyskiwały nową podstawę prawną pozostawania w dyspozycji organu. Przestawały być utrzymywane na poczet możliwych, przyszłych zobowiązań, a zostawały przyporządkowane istniejącej i skonkretyzowanej zaległości podatkowej. Skutkiem tej czynności było zaspokojenie wierzyciela podatkowego w zakresie odpowiadającym zaliczanej kwocie.

Z ekonomicznego i prawnego punktu widzenia następował rezultat właściwy zapłacie podatku: zobowiązanie podatkowe wygasało w odpowiedniej części, a organ uzyskiwał środki już nie jako depozyt zabezpieczający, lecz jako należność podatkową.

Nie można zaakceptować stanowiska Organu, według którego zaliczenie wywołuje skutek zapłaty jedynie dla celów rozliczenia zaległości, ale jednocześnie nie powoduje zmiany charakteru prawnego samych środków. Prowadziłoby to do przypisywania jednej czynności dwóch wzajemnie sprzecznych skutków:

1. - definitywnego – w zakresie wygaśnięcia zaległości podatkowej,
2. - niedefinitywnego – w zakresie dalszego istnienia kaucji.

Organ niekonsekwentnie przyjął konstrukcję, według której kaucja została skutecznie zaliczona na podatek, lecz jednocześnie miała nadal istnieć jako kaucja aż do jej zwrotu w 2025 r. Takiej hybrydowej konstrukcji nie da się wyprowadzić z art. 105b ust. 9 ustawy o VAT. Zaliczenie kaucji nie było czasowym przesunięciem środków, ani ich dalszym przechowywaniem na rachunku depozytowym. Było wykonaniem zabezpieczenia. Wraz z wykonaniem zabezpieczenia znikał jego przedmiot, a następowało zaspokojenie zabezpieczonej wierzytelności.

Szczególnie istotne znaczenie dla wykładni art. 105b ust. 9 ma art. 105b ust. 9b ustawy o VAT. Przepis ten określał okres naliczania odsetek od kaucji gwarancyjnej, wskazując jako moment końcowy:

1. - dzień zwrotu kaucji albo
2. - dzień jej zaliczenia na poczet zaległości podatkowej.

Nie jest to wyłącznie regulacja techniczna dotycząca sposobu liczenia odsetek. Przepis ten wyznaczał czasowe granice istnienia kaucji jako odrębnego stosunku prawnego. Gdyby po zaliczeniu na zaległość kaucja nadal istniała w niezmienionym charakterze, brak byłoby racjonalnego powodu, dla którego ustawodawca kończyłby naliczanie właściwych dla niej odsetek dokładnie w dniu zaliczenia. Ustawodawca nie wskazał, że odsetki ulegają jedynie zawieszeniu, ani że kaucja po zaliczeniu pozostaje nadal kaucją, lecz bez oprocentowania. Wskazał zdarzenia alternatywnie kończące okres oprocentowania: zwrot lub zaliczenie. Prowadzi to do wniosku, że oba te zdarzenia kończyły byt prawny kaucji. W przypadku zwrotu, środki ponownie przechodziły do dyspozycji podatnika. W przypadku zaliczenia środki traciły funkcję zabezpieczającą i stawały się świadczeniem na poczet podatku.

Przeciwna wykładnia prowadziłaby do trudnego do zaakceptowania rezultatu.

Te same środki byłyby kwalifikowane jako podatek, gdy organ zaliczał je na zaległość i uznawał tę zaległość za wygasłą, lecz jako kaucja, gdy po uchyleniu decyzji wymiarowej należało ustalić zasady zwrotu i oprocentowania. Oznaczałoby to uzależnienie kwalifikacji prawnej środków nie od treści ustawy i charakteru dokonanej czynności, ale od tego, która kwalifikacja jest w danym momencie korzystniejsza dla Skarbu Państwa. Taki rezultat jest sprzeczny z zasadą spójności systemu prawa oraz z zasadą zaufania do organów podatkowych.

Należało odnieść się do znaczenia przepisów przejściowych ustawy zmieniającej z 9 sierpnia 2019 r., w szczególności do art. 9 ust. 6 i 7 tej ustawy. Przepisy te miały charakter przejściowy i regulowały sposób postępowania z kaucjami gwarancyjnymi istniejącymi w chwili uchylenia regulacji kaucyjnych. Nie można jednak wyprowadzać z nich normy, zgodnie z którą kaucja wcześniej skutecznie zaliczona na zaległość podatkową odżywa jako kaucja po późniejszym uchyleniu decyzji wymiarowej. Przepisy przejściowe mogły regulować wyłącznie sytuację kaucji nadal istniejących w dniu wejścia w życie nowych przepisów. Nie mogły przywrócić charakteru kaucji środkom, które już 30 listopada 2017 r. zostały przeznaczone na pokrycie zaległości podatkowej. Należy odróżnić:

1. - kaucję niewykorzystaną, pozostającą nadal zabezpieczeniem w chwili zmiany prawa,
2. - środki, które wcześniej zostały zaliczone na konkretną zaległość podatkową.

Tylko pierwsza kategoria mogła podlegać dalszym zasadom zwrotu kaucji przewidzianym w regulacji przejściowej. W drugiej sytuacji, przedmiotem późniejszego zwrotu nie była już istniejąca kaucja, lecz kwota uprzednio zarachowana jako podatek. Art. 9 ust. 6 i 7 ustawy zmieniającej nie ustanawiał również żadnego mechanizmu "odwrócenia" zaliczenia. Nie przewidywał, że po uchyleniu decyzji wymiarowej środki zaliczone na podatek należy ponownie uznać za kaucję. Organ stworzył zatem taką konstrukcję bez wyraźnej podstawy ustawowej.

Organ niesłusznie w konsekwencji przyjął, że przepisy art. 105b ustawy o VAT jako regulacja szczególna wyłączają zastosowanie przepisów Ordynacji podatkowej o nadpłacie. Tak było jedynie do momentu, w którym środki pozostawały kaucją gwarancyjną. Zasada lex specialis derogat legi generali nie może być stosowana w oderwaniu od zakresu przedmiotowego norm. Przepis szczególny wyłącza przepis ogólny tylko w takim zakresie, w jakim reguluje tę samą sytuację. Art. 105b ustawy o VAT regulował:

1. - wniesienie kaucji,
2. - jej utrzymywanie,
3. - zwrot,
4. - oprocentowanie w okresie, w którym środki miały charakter kaucji,
5. - zaliczenie kaucji na zaległość podatkową.

Nie regulował natomiast skutków późniejszego uchylenia decyzji określającej zaległość, na poczet której kaucję już zaliczono. W szczególności, art. 105b nie odpowiadał na pytanie, jaki charakter ma świadczenie zaliczone na nieistniejący podatek po prawomocnym wyeliminowaniu z obrotu prawnego decyzji wymiarowej. W tym zakresie nie występował zbieg norm szczególnej i ogólnej. Kończył się zakres zastosowania przepisów kaucyjnych, a rozpoczynał zakres zastosowania przepisów dotyczących podatku zapłaconego nienależnie. Nie można zatem przyjąć, że art. 105b ustawy o VAT wyłącza art. 72 Ordynacji podatkowej także po ustaniu kaucji. Przepisy te dotyczą kolejnych faz stanu prawnego:

1. - art. 105b ustawy o VAT – okresu istnienia kaucji i jej wykorzystania,
2. - art. 72 i nast. Ordynacji podatkowej – skutków stwierdzenia, że podatek zapłacony wskutek wykorzystania kaucji był nienależny.

Nie ma między nimi sprzeczności.

Zgodnie z art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Dla zastosowania tego przepisu konieczne jest ustalenie:

1. - czy doszło do zapłaty podatku,
2. - czy podatek był należny.

Obie przesłanki zostały w niniejszej sprawie spełnione. Zaliczenie kaucji na poczet zaległości podatkowej doprowadziło do zaspokojenia należności podatkowej. Nie ma znaczenia, że źródłem środków był wcześniej depozyt kaucyjny, a nie odrębny przelew dokonany przez podatnika z oznaczeniem "zapłata podatku". O charakterze zapłaty decyduje nie pierwotne pochodzenie środków, lecz cel i skutek ich rozliczenia. Jeżeli organ zarachował określoną kwotę na poczet zobowiązania podatkowego i w tym zakresie uznał zaległość za uregulowaną, to doszło do zapłaty podatku w znaczeniu materialnoprawnym.

Decyzja wymiarowa, z której wynikała zaległość, została uchylona, a postępowanie podatkowe umorzone. Oznaczało to, że brak było podstawy do określenia Spółce zobowiązania w wysokości przyjętej przez organ. Skoro zobowiązanie, na poczet którego zaliczono środki, nie istniało, to pobrana kwota była podatkiem zapłaconym nienależnie. Nie jest przy tym konieczne, aby w chwili zapłaty decyzja była już uchylona. Nadpłata może powstać jako następstwo późniejszego wyeliminowania z obrotu prawnego podstawy wymiaru. Istotne jest to, że po ostatecznym ukształtowaniu sytuacji prawnej podatnika świadczenie nie znajdowało oparcia w istniejącym zobowiązaniu podatkowym. Organ nie mógł więc ograniczyć się do stwierdzenia, że w dniu zaliczenia decyzja wymiarowa pozostawała wykonalna.

Z punktu widzenia instytucji nadpłaty rozstrzygające jest to, czy ostatecznie istniała materialnoprawna podstawa zatrzymania świadczenia jako podatku. Uchylenie decyzji wymiarowej i umorzenie postępowania spowodowało, że środki zaliczone 30 listopada 2017 r. z kaucji na pokrycie zobowiązania, zostały pobrane na poczet nieistniejącej zaległości.

Skoro środki stanowiły nadpłatę w rozumieniu art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, organ powinien był rozpoznać wniosek Spółki według przepisów regulujących stwierdzenie i zwrot nadpłaty. Art. 75 Ordynacji podatkowej określa tryb dochodzenia nadpłaty przez podatnika. Organ nie mógł zmienić przedmiotu postępowania i rozpoznać wniosku tak, jakby Spółka domagała się ponownego zwrotu kaucji. Z pism Spółki wynikało, że jej żądanie dotyczyło nadpłaty powstałej wskutek zaliczenia kaucji na nieistniejącą zaległość, a zwłaszcza brakującego oprocentowania. Pomimo doprecyzowania żądania pismem z 26 sierpnia 2025 r. organ rozpoznał sprawę jako wniosek o zwrot kaucji. Oznaczało to nierozpoznanie materialnej istoty żądania.

W ponownym postępowaniu, organ powinien ustalić właściwy moment powstania nadpłaty oraz termin jej zwrotu, biorąc pod uwagę:

1. - datę zaliczenia środków na poczet zaległości,
2. - datę i skutek uchylenia decyzji wymiarowej,
3. - datę decyzji umarzającej postępowanie,
4. - datę faktycznego zwrotu kwoty głównej.

Sąd nie przesądza szczegółowego wyliczenia, ponieważ należy ono w pierwszej kolejności do organu, jednak organ nie może uchylić się od zastosowania art. 77 przez samo nazwanie wypłaty zwrotem kaucji.

Oprocentowanie nadpłaty, o jakim mowa w art. 78 o.p. nie stanowi świadczenia o charakterze uznaniowym, ani odszkodowania przyznawanego według zasad słuszności. Jest ustawowym następstwem powstania nadpłaty w przypadkach i za okres określony w tym przepisie. Jego funkcją jest zrekompensowanie podatnikowi okresu, w którym pozostawał pozbawiony możliwości dysponowania środkami pieniężnymi nienależnie pozostającymi w dyspozycji państwa.

Organ błędnie uznał, że skoro przepisy o kaucji nie odsyłają wyraźnie do art. 78 Ordynacji podatkowej, oprocentowanie nadpłaty jest wyłączone. Brak odesłania byłby istotny, gdyby zwracano kaucję nadal istniejącą jako kaucja. Po zaliczeniu jej na podatek podstawą stosowania art. 78 nie jest jednak odesłanie zawarte w art. 105b ustawy o VAT, lecz bezpośrednio art. 72 i nast. Ordynacji podatkowej.

Odsetki przewidziane w art. 105b ust. 9b ustawy o VAT rekompensowały okres utrzymywania środków jako kaucji. Oprocentowanie z art. 78 Ordynacji podatkowej dotyczy okresu pozostawania w dyspozycji organu kwoty będącej nienależnie zapłaconym podatkiem. Są to odmienne świadczenia odnoszące się do odmiennych etapów prawnych tych samych środków. Ich zastosowanie nie prowadzi do podwójnego oprocentowania tego samego okresu. Organ powinien dokonać prawidłowego rozgraniczenia okresów oraz uwzględnić kwoty już wypłacone, tak aby nie doszło ani do podwójnej kompensacji, ani do pozbawienia podatnika należnego oprocentowania.

Art. 78a Ordynacji podatkowej reguluje sposób zaliczania częściowego zwrotu nadpłaty w sytuacji, w której kwota zwrócona przez organ nie pokrywa łącznie kwoty głównej nadpłaty i należnego oprocentowania. Przepis ten służy zapobieganiu sytuacji, w której organ uznawałby częściowy zwrot wyłącznie za spłatę kwoty głównej, pozostawiając oprocentowanie poza rozliczeniem. Jeżeli zatem zwrot z 23 czerwca 2025 r. w wysokości 1.278.276,18 zł nie pokrywał całej nadpłaty wraz z należnym oprocentowaniem, organ powinien był zbadać, w jakich proporcjach zwrócona kwota podlega zaliczeniu na należność główną i oprocentowanie. Odmowa zastosowania art. 78a była bezpośrednią konsekwencją błędnego założenia, że zwracane środki nie stanowiły nadpłaty. Po przyjęciu prawidłowej kwalifikacji prawnej zastosowanie art. 78a nie może zostać pominięte. Organ powinien jednak uwzględnić również wypłatę 72.116 zł oraz ustalić, w jakim zakresie kwota ta zaspokoiła należne Spółce oprocentowanie.

Stanowisko organu zakłada w istocie, że po uchyleniu decyzji wymiarowej środki zaliczone wcześniej na podatek ponownie uzyskały charakter kaucji i jako kaucja zostały zwrócone podatnikowi. Taki mechanizm nie wynika z żadnego przepisu. Prawo podatkowe nie zna konstrukcji automatycznego odżycia kaucji po uchyleniu decyzji wymiarowej. Do odtworzenia stosunku kaucyjnego konieczna byłaby wyraźna norma ustawowa. Żadnej takiej regulacji nie ustanowiono. Nie można jej stworzyć w drodze wykładni, zwłaszcza że prowadziłaby ona do ograniczenia prawa podatnika do oprocentowania nadpłaty. Organ zastąpił lukę w swoim rozumowaniu normą, której ustawodawca nie przewidział: przyjął, że po odpadnięciu podstawy wymiaru zwracana jest "dawna kaucja", mimo że została ona wcześniej definitywnie zużyta na zapłatę podatku. Taka wykładnia pozostaje w sprzeczności z art. 120 Ordynacji podatkowej i art. 7 Konstytucji RP, nakazującymi organom działać na podstawie i w granicach prawa.

Należy też zwrócić uwagę, że sam tytuł przelewu nie przesądza o kwalifikacji materialnoprawnej świadczenia. Sąd nie opiera zatem rozstrzygnięcia wyłącznie na tym, że organ oznaczył wypłatę jako "zwrot nadpłaty z podatku VAT". Okoliczność ta ma jednak znaczenie jako element oceny spójności stanowiska organu. Organ, dokonując wypłaty kwoty głównej powiązał ją z nadpłatą VAT i decyzją z 30 maja 2025 r. Dopiero w postępowaniu wszczętym w celu uzyskania dalszego oprocentowania zaczął utrzymywać, że był to wyłącznie zwrot kaucji. Zmiana ta wymagała szczególnie przekonującego uzasadnienia, którego w zaskarżonej decyzji zabrakło. Organ nie wyjaśnił, dlaczego przy zwrocie kwoty głównej traktował środki jako związane z nadpłatą VAT, a przy ocenie oprocentowania uznał je za kaucję. Okoliczność tą podnoszono w skardze jako przejaw wewnętrznej niespójności stanowiska organów.

Wskazana wyżej błędna wykładnia prawa materialnego przełożyła się na sposób przeprowadzenia postępowania. Organ nie rozpoznał właściwie istoty żądania Spółki. Skoncentrował się na pytaniu, jakie oprocentowanie przysługuje od kaucji gwarancyjnej, podczas gdy powinien był w pierwszej kolejności rozstrzygnąć, czy po 30 listopada 2017 r. środki w ogóle nadal pozostawały kaucją. W konsekwencji Organ:

1. - nie ustalił prawidłowo momentu zmiany charakteru prawnego środków,
2. - nie zbadał przesłanek powstania nadpłaty,
3. - nie ustalił właściwego okresu oprocentowania,
4. - nie zastosował art. 78a Ordynacji podatkowej,
5. - nie odniósł się w sposób wyczerpujący do argumentu dotyczącego definitywnego skutku zaliczenia.

Uzasadnienie decyzji nie zawiera pełnego wyjaśnienia, na jakiej podstawie prawnej kaucja miałaby istnieć nadal po jej zaliczeniu. Samo powołanie się na brak odesłania do art. 78 Ordynacji podatkowej nie odpowiadało na zasadnicze pytanie o kwalifikację środków po zaliczeniu. Doszło zatem również do naruszenia art. 121 § 1, art. 122, art. 124, art. 187 § 1 oraz art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej. Naruszenia te mogły mieć istotny wpływ na wynik sprawy, ponieważ prawidłowe określenie charakteru prawnego środków prowadziło do zastosowania innego reżimu prawnego.

Z akt wynikało ponadto, że organ odwoławczy nie wyznaczył Spółce przed wydaniem decyzji siedmiodniowego terminu do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego. Obowiązek wynikający z art. 200 § 1 Ordynacji podatkowej stanowi konkretyzację zasady czynnego udziału strony w postępowaniu. Nie można go utożsamiać wyłącznie z prawem do zapoznania się z nowymi dokumentami. Strona ma prawo przed wydaniem decyzji przedstawić końcowe stanowisko także co do sposobu oceny zgromadzonego materiału i jego znaczenia prawnego. W niniejszej sprawie spór miał wprawdzie przede wszystkim charakter prawny, lecz właśnie z tego względu zapewnienie stronie możliwości odniesienia się do ostatecznej koncepcji organu miało istotne znaczenie. Organ przyjął szczególną konstrukcję dalszego istnienia kaucji po jej zaliczeniu. Spółka powinna mieć możliwość przedstawienia końcowej argumentacji dotyczącej tej kwalifikacji przed wydaniem decyzji.

Nie każde naruszenie art. 200 § 1 Ordynacji podatkowej automatycznie prowadzi do uchylenia decyzji. W tej sprawie uchybienie to należy jednak oceniać łącznie z nierozpoznaniem istoty żądania oraz niepełnym odniesieniem się do argumentacji dotyczącej skutku zaliczenia kaucji. W takim ujęciu brak realizacji prawa strony do końcowego wypowiedzenia się mógł mieć istotny wpływ na wynik sprawy.

Przy ponownym rozpoznaniu sprawy organ będzie zobowiązany przyjąć, że kaucja gwarancyjna utraciła swój odrębny byt prawny z chwilą zaliczenia jej 30 listopada 2017 r. na poczet zaległości podatkowej i od tego momentu środki pobrane z kaucji pełniły funkcję zapłaty podatku. Po uchyleniu decyzji wymiarowej i umorzeniu postępowania kwota zaliczona na nieistniejące zobowiązanie podlega ocenie jako podatek zapłacony nienależnie w rozumieniu art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, do czego mają zastosowanie przepisy, szczególności art. 75, art. 77, art. 78 i art. 78a Ordynacji podatkowej.

Należy przy tym rozgraniczyć okres, w którym środki miały charakter kaucji, od okresu, w którym pozostawały w dyspozycji organu jako kwota zaliczona na podatek. Należy przy tym uwzględnić kwoty już wypłacone, w tym zwrot 1.278.276,18 zł i oprocentowanie w wysokości 72.116 zł, tak aby uniknąć podwójnego naliczenia świadczeń.

Sąd nie przesądza ostatecznej wysokości należności. Ustalenie jej wymaga dokonania obliczeń przez organ przy uwzględnieniu wszystkich dat, wypłat oraz zasad oprocentowania właściwych dla poszczególnych okresów.

Z tych względów Sąd, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) oraz lit. c) ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postepowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r., poz. 143, dalej: p.p.s.a). uchylił zaskarżoną decyzję. Ponieważ wadliwa wykładnia prawa materialnego została przyjęta również przez organ pierwszej instancji, a pozostawienie tej decyzji w obrocie prawnym utrudniałoby prawidłowe ponowne rozpoznanie sprawy, Sąd na podstawie art. 135 p.p.s.a. uchylił także decyzję Naczelnika Trzeciego M. Urzędu Skarbowego w R..

O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 200, art. 205 § 2 oraz art. 209 p.p.s.a. Na koszty te, w łącznej wysokości 16.254 zł złożyły się: uiszczony wpis stosunkowy od skargi w kwocie 5.437 zł, należność pełnomocnika strony skarżącej będącego adwokatem w wysokości 10.800 zł (§ 14 ust. 1 pkt 1 lit. a) w zw. z § 2 pkt 7 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności adwokackie (t.j. Dz.U. z 2026 r., poz. 215) oraz opłata od pełnomocnictwa w wysokości 17 zł.