Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańskuz 6 sierpnia 2026 r., sygn. akt III SA/Gd 158/26

Uzasadnienie

S. Sp. z o.o. z siedzibą w G. (dalej także jako: "wnioskodawca", "skarżąca spółka", "strona skarżąca" lub "spółka") złożyła wniosek o dofinasowanie projektu "[...]" w ramach programu regionalnego Fundusze Europejskie dla Pomorza 2021-2027, dla Działania 1.1. Badania i innowacje w przedsiębiorstwach.

Agencja Rozwoju Pomorza S.A. z siedzibą w Gdańsku - Instytucja Pośrednicząca (dalej również jako: "organ") pismem z dnia 12 marca 2026 r. poinformowała wnioskodawcę, że w wyniku przeprowadzonej oceny wykonalności i oceny zgodności z zasadami horyzontalnymi wniosek o dofinansowanie projektu, zarejestrowany pod numerem [...], uzyskał negatywną ocenę wykonalności i nie został zakwalifikowany do oceny strategicznej. W ocenie członków Komisji Oceny Projektów projekt nie spełniał następujących kryteriów wykonalności: 2.1.1. Kryteria wykonalności rzeczowej - "Możliwe warianty", "Zakres rzeczowy projektu", "Nakłady na realizację projektu"; 2.1.2. Kryteria wykonalności instytucjonalnej - "Potencjał wnioskodawcy/partnera"; 2.1.3. Kryteria wykonalności finansowej - "Pomoc publiczna", "Budżet projektu".

Spółka pismem z dnia 18 lutego 2026 r. wniosła protest, w którym podniosła zarzuty o charakterze proceduralnym w zakresie przeprowadzonej oceny, dotyczące braku wezwania jej do wyjaśnień lub korekty wniosku oraz zarzuciła wadliwą ocenę projektu w zakresie zakwestionowanych kryteriów.

Instytucja Pośrednicząca pismem z dnia 12 marca 2026 r. poinformowała spółkę o nieuwzględnieniu jej protestu.

Na wstępie uzasadnienia rozstrzygnięcia protestu podkreślono, że przytoczone w proteście zapisy art. 45 ustawy z dnia 28 kwietnia 2022 r. o zasadach realizacji zadań finansowanych ze środków europejskich w perspektywie finansowej 2021-2027 (tekst jednolity: Dz. U. z 2025 r., poz. 1733 ze zm.; dalej jako "ustawa wdrożeniowa") oraz postanowienia pkt. 6.2 i 8 Regulaminu wyboru projektu nie obligują Instytucji do wezwania wnioskodawcy do złożenia wyjaśnień w zakresie projektu. Natomiast zasada równego traktowania wnioskodawców, polega na stosowaniu jednolitych reguł oceny wobec wszystkich uczestników naboru, a nie na obowiązku każdorazowego wzywania wnioskodawców do uzupełniania lub doprecyzowania informacji zawartych we wniosku, instytucja prowadzi ocenę projektów zgodnie z zasadami określonymi w Regulaminie wyboru projektów oraz w ustawie wdrożeniowej, stosując te same reguły wobec wszystkich wnioskodawców.

W orzecznictwo sądów administracyjnych zwraca się uwagę, że procedura wyboru projektów ma charakter konkursowy i opiera się na ocenie wniosku w kształcie złożonym w terminie naboru. Wezwanie do uzupełnień ma charakter pomocniczy i nie może prowadzić do istotnej modyfikacji projektu po zakończeniu naboru. Wezwanie do uzupełnień nie ma na celu prowadzenia z wnioskodawcą procesu rekonstruowania projektu poprzez uzupełnienia lub wyjaśnienia, które prowadziłyby do istotnej zmiany treści wniosku. W złożonym proteście wnioskodawca przyjmuje błędne stanowisko, że każde wystąpienie wątpliwości po stronie eksperta obliguje do wezwania wnioskodawcy do złożenia wyjaśnień.

Następnie dokonano ponownej weryfikacji wniosku o dofinansowanie projektu z uwzględnieniem zarzutów przedstawionych proteście, stwierdzając, że brak jest przesłanek do zmiany dotychczasowej negatywnej oceny projektu w ramach kryterium "Możliwe warianty", "Zakres rzeczowy projektu", "Nakłady na realizację projektu", "Potencjał wnioskodawcy/partnerów", "Pomoc publiczna", "Budżet projektu".

Spółka, kwestionując rozstrzygnięciem Instytucji Pośredniczącej w sprawie jej protestu, wniosła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku skargę, w której zarzuciła naruszenie:

1. 1. art. 55 ustawy wdrożeniowej, w szczególności przez brak zapewnienia w trakcie uzupełnienia lub poprawiania wniosków o dofinansowanie projektu równego traktowania wnioskodawców;
2. 2. art. 45 ust. 1-2 ustawy wdrożeniowej oraz podrozdziału 3.5 pkt. 2 Wytycznych Ministra Funduszy i Polityki Regionalnej dotyczących wyboru projektów na lata 2021-2027 (MFiPR/2021-2027/5(2), w szczególności przez dokonanie oceny wniosku o dofinansowanie oraz protestu z naruszeniem zasady przejrzystości, rzetelności i równego traktowania wnioskodawców;
3. 3. postanowień pkt. 6.2 i 8 Regulaminu Wyboru Projektów, przez brak wezwania Wnioskodawcy do wyjaśnienia lub korekty wniosku o dofinansowanie w zakresie aspektów, co do których Ekspert zgłosił wątpliwości lub zastrzeżenia na etapie oceny wykonalności i zgodności z zasadami horyzontalnymi;
4. 4. kryteriów oceny wyboru projektów, skutkujących nienależytą pierwotną i ponowną oceną projektu/wniosku o dofinansowanie.

W skardze zawarto wniosek o uwzględnienie skargi i stwierdzenie, że ocena projektu została przeprowadzona w sposób naruszający prawo i naruszenie to miało istotny wpływ na wynik oceny oraz o przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia oraz o przyznanie na rzecz strony skarżącej kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego.

Wniesiono ponadto o przeprowadzenie dowodu z:

1. 1. "Listy wnioskodawców do których na etapie oceny wykonalności oraz oceny zgodności z zasadami horyzontalnymi zostały wysłane wezwania do uzupełnienia lub korekty wniosku dot. naboru [...]" udostępnionej przez Agencję Rozwoju Pomorza S.A. jako informacja publiczna wraz z wiadomością e-mail, do której ta informacja została załączona,
2. 2. Listy wnioskodawców, którzy zostali zakwalifikowani do oceny strategicznej,
3. - na okoliczność, że wszyscy wnioskodawcy (z wyjątkiem jednego), którzy zostali zakwalifikowani do oceny strategicznej, zostali - na etapie oceny wykonalności oraz oceny zgodności z zasadami horyzontalnymi - wezwani do uzupełnienia lub korekty wniosku o dofinansowanie; co świadczy o oczywistym nierównym traktowaniu wnioskodawców i oczywistym naruszeniu zasady przejrzystej oceny wniosków.

Agencja Pośrednicząca, ustosunkowując się do zarzutów podniesionych skardze, w piśmie z dnia 19 czerwca 2026 r. podtrzymała stanowisko wyrażone w piśmie z dnia 12 marca 2026 r. zawierające rozstrzygnięcie protestu złożonego na etapie oceny wykonalności i oceny zasadności z zasadami horyzontalnymi projektu, wnosząc o oddalenie skargi w całości.

Odnosząc się do głównego zarzutu skargi, organ podniósł, że zasadniczy błąd skargi polega na utożsamieniu możliwości uzupełnienia lub poprawienia wniosku z obowiązkiem każdorazowego wezwania wnioskodawcy do takiego uzupełnienia lub poprawienia. Z przepisu art. 55 ustawy wdrożeniowej, nie wynika roszczenie wnioskodawcy o skierowanie wezwania ani obowiązek instytucji do wzywania każdego wnioskodawcy w każdym przypadku stwierdzenia braków, niespójności, niewystarczającego uzasadnienia lub niejasności w dokumentacji aplikacyjnej.

Sformułowanie "na wezwanie właściwej instytucji" ma zasadnicze znaczenie. Oznacza ono, że uzupełnienie lub poprawienie wniosku jest możliwe wówczas, gdy właściwa instytucja skieruje wezwanie, w zakresie w tym wezwaniu określonym i zgodnie z regulaminem wyboru projektów. Ustawa nie przewiduje automatyzmu wezwania. Nie przewiduje również zasady, zgodnie z którą negatywna ocena projektu może zostać dokonana wyłącznie po uprzednim umożliwieniu wnioskodawcy poprawienia lub uzupełnienia wniosku.

Skarżąca powołuje się na pkt 6.2 i 8 Regulaminu wyboru projektów, twierdząc, że skoro regulamin przewiduje możliwość uzupełniania i poprawiania wniosku w odniesieniu do wszystkich kryteriów poza kryterium formalnym, dotyczącym poprawności złożenia wniosku o dofinansowanie, to IP-ARP była zobowiązana do wezwania jej do uzupełnień lub korekt. Stanowisko to opiera się na błędnym odczytaniu regulaminu. Regulamin ten określa zakres, w jakim uzupełnienia lub korekty są dopuszczalne, jeżeli IP-ARP skieruje do wnioskodawcy wezwanie. Nie oznacza to jednak, że każde kryterium, które potencjalnie może być przedmiotem uzupełnienia lub korekty, musi być obligatoryjnie poprzedzone wezwaniem do poprawienia wniosku przed wydaniem negatywnej oceny.

Czym innym jest określenie dopuszczalnego zakresu ewentualnych uzupełnień lub korekt, a czym innym ustanowienie obowiązku skierowania wezwania. Regulamin określa zarówno dopuszczalny zakres uzupełnień i korekt, jak i tryb ich złożenia, przyjmując, że mogą one zostać dokonane wyłącznie na wezwanie IP-ARP i w zakresie przez nią wskazanym.

Nie jest również trafny zarzut skarżącej, jakoby zastrzeżenie w regulaminie, że możliwość wezwania wnioskodawcy do złożenia uzupełnień lub korekt jest wyłączną prerogatywą IP-ARP i nie ma charakteru obligatoryjnego, było sprzeczne z ustawą wdrożeniową. Zastrzeżenie to należy odczytywać zgodnie z art. 55 ustawy wdrożeniowej, a więc jako potwierdzenie, że wezwanie nie ma charakteru automatycznego i może zostać skierowane wyłącznie w warunkach uzasadnionych charakterem stwierdzonych braków lub niejasności, zakresem dopuszczalnych uzupełnień oraz koniecznością zachowania konkurencyjnego charakteru naboru.

Skarżąca powołuje się również na Wytyczne dotyczące wyboru projektów na lata 2021-2027, wskazując, że każdy wnioskodawca znajdujący się w określonej sytuacji musi mieć możliwość dokonania poprawek lub uzupełnień w jednakowym zakresie. Argument ten nie podważa prawidłowości działania IP-ARP. Kluczowe znaczenie ma bowiem zwrot "znajdujący się w określonej sytuacji".

Skarżąca nie wykazała, że znajdowała się w sytuacji porównywalnej z wnioskodawcami, do których skierowano wezwania, zwłaszcza co do charakteru, zakresu i znaczenia stwierdzonych braków.

Przyjęcie stanowiska skarżącej prowadziłoby w praktyce do wniosku, że każda negatywna ocena kryterium, w której wskazano braki, niespójności lub niedostateczne uzasadnienie, musiałaby zostać poprzedzona wezwaniem do uzupełnień. Taka wykładnia nie znajduje podstawy w ustawie wdrożeniowej i prowadziłaby do wypaczenia konkurencyjnego charakteru naboru.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje

Zgodnie z art. 1 § 1 i § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (tekst jednolity: Dz. U. z 2024 r., poz.1267) sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem.

Z kolei przepis art. 3 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jednolity: Dz. U. z 2026 r., poz. 143; dalej w skrócie jako "p.p.s.a.") stanowi, że sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. Kontrola ta obejmuje przede wszystkim orzekanie w sprawach skarg na rozstrzygnięcia, akty i czynności określone w art. 3 § 2 powołanej ustawy.

Stosownie do art. 3 § 3 tej ustawy, sądy administracyjne orzekają także w sprawach, w których przepisy ustaw szczególnych przewidują sądową kontrolę i stosują środki określone w tych przepisach. Ustawą szczególną, przewidującą kontrolę sądów administracyjnych sprawowaną w stosunku do działania organów administracji publicznej jest ustawa z dnia 28 kwietnia 2022 r. o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowanych w perspektywie finansowej 2021-2027 (tekst jednolity: Dz.U. z 2025 r., poz. 1733 zwana dalej - "ustawą wdrożeniową").

W myśl art. 73 ust. 8 pkt 1-3 ustawy wdrożeniowej, w wyniku rozpoznania skargi sąd może:

1. 1) uwzględnić skargę, stwierdzając, że:
2. a) ocena projektu została przeprowadzona w sposób naruszający prawo i naruszenie to miało istotny wpływ na wynik oceny, przekazując jednocześnie sprawę właściwej instytucji w celu ponownego rozpatrzenia podjętego przez nią rozstrzygnięcia w przedmiocie nieuwzględnienia protestu, o którym mowa w art. 69 ust. 1 pkt 2, albo w przedmiocie negatywnej ponownej oceny, o której mowa w art. 69 ust. 4 pkt 2,
3. b) pozostawienie protestu bez rozpatrzenia było nieuzasadnione, przekazując sprawę do ponownego rozpatrzenia właściwej instytucji, która pozostawiła protest bez rozpatrzenia;
4. 2) oddalić skargę w przypadku jej nieuwzględnienia;
5. 3) umorzyć postępowanie w sprawie, jeżeli jest ono bezprzedmiotowe.

Należy zauważyć, że w ustawie wdrożeniowej ustawodawca inaczej niż w ustawie Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi nie wskazał, że naruszenie prawa to naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy czy inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Oznacza to, że ocena projektów zgłoszonych do objęcia finansowaniem, nie może być wykonywana przez sądy administracyjne w sposób sprzeczny z przyznaną tym sądom w art. 184 Konstytucji RP rolą, a zatem w sposób inny niż w stosunku do aktów wymienionych w art. 3 § 1 p.p.s.a. Jest to więc kontrola dokonywana wyłącznie w płaszczyźnie zgodności z prawem.

Przedmiotem kontroli sądowej skarżąca spółka uczyniła: informację z dnia 12 marca 2026 r., nr (Kp/DIF/SIKS/016/26; ARO-DIF.433.38.2025) o nieuwzględnieniu przez Agencję Rozwoju Pomorza S.A. (Instytucję Pośredniczącą) protestu złożonego na etapie oceny wykonalności i oceny zgodności z zasadami horyzontalnymi, dotyczącego wniosku o dofinansowanie projektu pt. "[...]", który został zarejestrowany pod nr [...].

Przedmiotowy wniosek został złożony przez skarżącą spółkę w ramach naboru nr ([...]) dla Działania 1.1. Badania i innowacje w przedsiębiorstwach w ramach programu regionalnego Fundusze Europejskie dla Pomorza 2021-2027 w zakresie projektów dotyczących prac badawczo-rozwojowych w przedsiębiorstwach ([...]), prowadzonego w konkurencyjnym sposobie wyboru projektów przez Agencję Rozwoju Pomorza S.A.

Nie może budzić wątpliwości, że to na wnioskodawcy ubiegającym się o dofinansowanie w ramach danego konkursu spoczywa obowiązek rzetelnego i wyczerpującego wypełnienia wniosku (por. wyrok NSA z dnia 9 sierpnia 2011 r., sygn. akt. II GSK 1500/11). Obowiązek starannego przygotowania dokumentacji aplikacyjnej, zgodnie z wymogami konkursu, ciąży zawsze na wnioskodawcy. Brak podanej informacji lub też podanie informacji w sposób niejednoznaczny winien zostać oceniony negatywnie. Jest też oczywiste, a zarazem akcentowane w orzecznictwie, że podmiot przystępujący do konkursu winien znać jego zasady, gdyż są one publikowane i dostępne dla wszystkich w jednakowy sposób. Każdy uczestnik konkursu wyraża akceptację dla zasad konkursu i w dalszych swych działaniach w postępowaniu konkursowym, chcąc uzyskać pomoc musi się do tych zasad precyzyjnie stosować.

Jak stanowi art. 1 ust. 1 ustawy wdrożeniowej, określa ona zasady realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowanych w perspektywie finansowej 2021-2027, podmioty uczestniczące w realizacji tych programów i polityki oraz tryb współpracy między nimi.

Wnioskodawcy, w przypadku negatywnej oceny projektu, o której mowa w art. 56 ust. 5 i 6, wybieranego w sposób konkurencyjny, przysługuje prawo wniesienia protestu w celu ponownego sprawdzenia złożonego przez niego wniosku w zakresie spełniania kryteriów wyboru projektów (art. 63 ustawy wdrożeniowej).

Protest jest rozpatrywany przez instytucję: 1) zarządzającą albo 2) pośredniczącą - jeżeli została ustanowiona dla danego programu i instytucja zarządzająca powierzyła jej zadania w tym zakresie na podstawie porozumienia albo umowy, o których mowa w art. 9 ust. 1 (art. 66 tej ustawy).

W przypadku nieuwzględnienia protestu, negatywnej ponownej oceny projektu lub pozostawienia protestu bez rozpatrzenia, wnioskodawca może w tym zakresie wnieść skargę do sądu administracyjnego (art. 73 ust. 1 ustawy wdrożeniowej).

Kontrola legalności stanowiska instytucji zarządzającej lub pośredniczącej zajętego w stosunku do protestu złożonego przez stronę skarżącą musi odbywać się przede wszystkim z uwzględnieniem przepisów ustawy wdrożeniowej. Niewątpliwie też, w świetle przepisów tej ustawy właściwa instytucja przeprowadza konkurs na podstawie określonego przez siebie regulaminu. Jakkolwiek regulamin ten nie jest źródłem prawa w rozumieniu art. 87 Konstytucji RP, tym niemniej spełnia kryteria źródeł prawa w szerokim tego słowa znaczeniu. Przyjmuje się w judykaturze, że stanowi wraz z przepisami powszechnie obowiązującymi podstawę sądowej kontroli przewidzianej w omawianej ustawie. Zaskarżona do wojewódzkiego sądu administracyjnego ocena projektu powinna być zatem kontrolowana pod kątem jej zgodności z przepisami prawa materialnego oraz z przepisami postępowania, którymi są regulacje ustawowe oraz regulacje zawarte w systemie realizacji programu operacyjnego (zob. wyrok WSA w Gliwicach z dnia 5 grudnia 2012 r., sygn. akt III SA/Gl 1453/12).

Zgodnie z art. 50 ust. 1 ustawy wdrożeniowej, w celu wyboru projektów do dofinansowania właściwa instytucja przeprowadza nabór wniosków o dofinansowanie projektu, zwany dalej "naborem". Warunkiem przeprowadzenia naboru przez właściwą instytucję jest:

1. 1) przyjęcie regulaminu wyboru projektów oraz
2. 2) udostępnienie regulaminu wyboru projektów potencjalnym wnioskodawcom (ust.2).

Udostępnienie regulaminu wyboru projektów, o którym mowa w ust. 2 pkt 2, w przypadku konkurencyjnego sposobu wyboru projektów następuje w formie ogłoszenia o naborze upublicznianego na stronie internetowej właściwej instytucji oraz na portalu (ust. 3).

Ogłoszenie o naborze zawiera nazwę właściwej instytucji, wskazanie przedmiotu naboru, informację o potencjalnych wnioskodawcach, termin składania wniosków o dofinansowanie projektu, regulamin wyboru projektów oraz dane do kontaktu (ust. 4).

Z treści art. 53 ust. 1 ustawy wynika, że w celu dokonania oceny projektów właściwa instytucja powołuje komisję oceny projektów oraz określa regulamin jej pracy.

W skład komisji oceny projektów wchodzą pracownicy właściwej instytucji posiadający wiedzę, umiejętności, doświadczenie lub wymagane uprawnienia w dziedzinie objętej programem, w ramach której jest dokonywany wybór projektów (art. 53 ust. 2 ustawy). Eksperci komisji oceny projektów są odpowiedzialni za jakość podejmowanych decyzji, tj. za obiektywną i rzetelną ocenę udokumentowaną w kartach oceny projektów, w szczególności za jasność oraz przejrzystość wyników oceny, wypełnienie wszystkich pól w kartach oceny projektów oraz szczegółowe uzasadnienie oceny każdego kryterium.

Zgodnie z art. 54 ustawy, projekt podlega ocenie pod względem spełnienia kryteriów wyboru projektów. Stosownie zaś do art. 43 ustawy, wybrany do dofinansowania może zostać wyłącznie projekt spełniający kryteria wyboru projektów.

Nie było w sprawie kwestionowane, że wymogi formalne wniosek skarżącej o dofinansowanie spełnił (1 etap oceny formalnej). Natomiast przedmiotowy wniosek uzyskał negatywną ocenę na 2 etapie, to jest na etapie oceny wykonalności i zgodności z zasadami horyzontalnymi oraz nie przeszedł do kolejnego etapu, a mianowicie do 3 etapu oceny strategicznej i wyboru projektów do dofinansowania.

Istotę sporu a zarazem zasadniczy zarzut skargi, jak i złożonego protestu, stanowiło naruszenie podstawowych zasad postępowania w zakresie wyboru projektów: zasady przejrzystości, rzetelności i równego traktowania wnioskodawców. W konsekwencji czego, zdaniem skarżącej spółki, doszło do naruszenia przepisów art. 45 ust. 1-2 i art. 55 ustawy wdrożeniowej. Naruszenia tych zasad skarżąca spółka upatrywała nie tylko w braku wezwania jej do wyjaśnienia lub korekty wniosku ale przede wszystkim w zapisach postanowień punktu 6.2 i 8 Regulaminu wyboru projektów dla naboru wniosków o dofinansowanie projektów dla Działania 1.1. Badania i innowacje w przedsiębiorstwach w ramach programu regionalnego Fundusze Europejskie dla Pomorza 2021-2027 w zakresie projektów dotyczących prac badawczo-rozwojowych w przedsiębiorstwach ([...]), stanowiącego załącznik do uchwały Zarządu Województwa Pomorskiego nr [...] z dnia 27 czerwca 2025r. (w skrócie: "regulamin wyboru").

W informacji z dnia 12 marca 2026 r. o nieuwzględnieniu protestu podniesiono m.in., że zapisy ustawy wdrożeniowej oraz regulaminu nie obligują Instytucji do wezwania wnioskodawcy do złożenia wyjaśnień w zakresie projektu. Natomiast zasada równego traktowania, polega na stosowaniu jednolitych reguł oceny wobec wszystkich uczestników naboru, a nie na obowiązku każdorazowego ich wzywania do uzupełniania lub doprecyzowania informacji zawartych we wniosku. Instytucja prowadzi ocenę projektów zgodnie z zasadami określonymi w regulaminie wyboru projektów oraz w ustawie wdrożeniowej, stosując te same reguły wobec wszystkich, zaś wezwanie do uzupełnień ma charakter pomocniczy i nie może prowadzić do istotnej modyfikacji projektu po zakończeniu naboru.

Należy zgodzić się z Instytucją Pośredniczącą, że wezwanie do uzupełnień nie ma na celu rekonstruowanie projektu poprzez uzupełnienia lub wyjaśnienia, które prowadziłyby do istotnej zmiany treści wniosku ani nie przewiduje zasady, zgodnie z którą negatywna ocena projektu może zostać dokonana wyłącznie po uprzednim umożliwieniu wnioskodawcy poprawienia lub uzupełnienia wniosku. Także przywołany przez organ wyrok NSA z dnia 13 listopada 2024 r., sygn. I GSK 1379/24 potwierdza brak automatyzmu w wezwaniach kierowanych do wnioskodawców.

Wobec tak zarysowanych stanowisk, w pierwszej kolejności należy podnieść, że zgodnie z art. 45 ust. 1 ustawy wdrożeniowej, właściwa instytucja przeprowadza postępowanie w zakresie wyboru projektów do dofinansowania w sposób przejrzysty, rzetelny i bezstronny.

Właściwa instytucja zapewnia równy dostęp do informacji o warunkach i sposobie wyboru projektów do dofinansowania oraz równe traktowanie wnioskodawców (ust. 2).

W ugruntowanym orzecznictwie sądów administracyjnych wskazuje się, że zasada przejrzystości reguł oceny projektów realizuje się przede wszystkim w obowiązku zapewnienia powszechnie dostępnej i pełnej informacji o trybie i warunkach wyboru projektów, pozostając w ścisłej korelacji z zasadą rzetelności, która związana jest z ustanowieniem jasnych i zrozumiałych dla wnioskodawców kryteriów wyboru projektów, zgodności postępowania właściwej instytucji z ustanowionymi w danym trybie regułami oraz wszechstronnym uzasadnieniem wyboru, co odnosi się również do należytego umotywowania dokonanej oceny projektu. Zasada bezstronności ustanawia zakaz wprowadzania preferencji dla określonych grup czy rodzajów wnioskodawców lub projektów. Równy dostęp do informacji, będący emanacją traktatowej zasady równości w dostępie do pomocy, nakłada na właściwą instytucję obowiązek publikowania informacji niezbędnych do realizacji równego dostępu do pomocy w zakresie ubiegania się o dofinansowanie projektów (por. wyrok NSA z dnia 26 października 2017 r., sygn. akt II GSK 3252/17 i przywołane w nim orzecznictwo).

W orzecznictwie i doktrynie trafnie wskazuje się na fundamentalne znaczenie zasady przejrzystości, dopełniającej zasadę równego traktowania, mającej na celu wyłączenie ryzyka faworyzowania i arbitralności ze strony instytucji przeprowadzającej nabór wniosków o dofinansowanie.

Poglądy judykatury i literatury prawa są również zgodne, że - co do zasady - organy, aby ich działanie pozostawało w zgodzie z zasadą przejrzystości, muszą ustanowić jednoznaczne warunki i zasady postępowania w przedmiocie wyboru projektów. W szczególności kryteria wyboru projektów powinny być precyzyjne, aby wnioskodawcy mieli wszelkie niezbędne informacje potrzebne do prawidłowego zrozumienia wymogów uzyskania płatności. Umieszczenie w treści dokumentacji konkursowej niejednoznacznych postanowień uznaje się za naruszenie zasady przejrzystości. Jednoznaczne postanowienia zaś to takie, które dopuszczają jedną tylko możliwą interpretację (por. wyrok NSA z dnia 30 sierpnia 2017 r., sygn. akt II GSK 2636/17 i powołany tam Komentarz do ustawy o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowanej w perspektywie finansowej 2014-2020 pod red. R. Goździka; Wyd. Sejmowe, 2016, komentarz do art. 37 i wskazane tam orzecznictwo). Powyższe poglądy należy w pełni zaaprobować.

Z treści powyższych przepisów ustawy wdrożeniowej wynika zatem jednoznacznie, że właściwa instytucja zobowiązana jest do przeprowadzenia wyboru projektów z poszanowaniem wymienionych tam zasad i nie ulega wątpliwości, że naruszenie tych zasad świadczy o przeprowadzeniu oceny projektu z naruszeniem prawa i to w sposób - mający istotny wpływ - na wynik oceny.

Kontrola sądowa sprowadza się nie do merytorycznej weryfikacji wniosku, ale do zbadania, czy przeprowadzona procedura konkursowa oraz dokonana w jej trakcie ocena projektu nie naruszają powyższych reguł. Jak podkreślił NSA w wyroku z 19 października 2022 r., sygn. akt I GSK 1324/22, treść merytoryczna oceny nie mieści się w granicach kontroli sądu administracyjnego, to oceniający jest bowiem ekspertem w danej dziedzinie. Granice kontroli sądowej w przypadku nieuwzględnienia protestu są określone przede wszystkim przepisami ustawy wdrożeniowej. Sąd administracyjny rozstrzyga zatem o prawidłowości samego postępowania prowadzącego do wydania zaskarżonego rozstrzygnięcia, mając na uwadze również to, czy nie doszło do naruszenia w tym procesie przepisów prawa materialnego. Kontrola stanowiska organu nieuwzględniającego protestu sprowadza się, jak wyjaśnił WSA w Kielcach w wyroku z 26 września 2024 r., sygn. akt I SA/Ke 353/24 do zbadania, czy dokonana ocena projektu nie narusza wyżej przedstawionych reguł równości, przejrzystości, bezstronności czy rzetelności w ramach postępowania konkursowego. Oznacza to, że Sąd nie jest uprawniony do weryfikacji merytorycznej wniosku - projektu.

Przy dokonywaniu kontroli działania organu dokonującego oceny projektu sąd nie dokonuje ponownej oceny projektu lecz uprawniony jest do kontroli dokonanej i sporządzonej oceny w kontekście przestrzegania kryteriów tej oceny. Sąd, jak wyżej wskazano, jedynie kontroluje ocenę dokonywaną przez organ w kontekście przestrzegania reguł równości, przejrzystości, bezstronności czy rzetelności w ramach postępowania konkursowego. Dlatego też w orzecznictwie akcentowany jest pogląd, zgodnie z którym zarzut naruszenia art. 45 ustawy wdrożeniowej uznać należy za uzasadniony w przypadku nieprecyzyjnego i niejednoznacznego ustalenia kryteriów wyboru, dowolności przy dokonywaniu oceny, tak w kontekście ustalonych kryteriów wyboru, jak i okoliczności przedstawionych przez wnioskodawcę oraz braku dokonania wyczerpującej oceny i przedstawienia jej uzasadnienia (por. wyrok WSA w Łodzi z 14 lutego 2018 r., III SA/ Łd 1072/17; wyrok WSA w Kielcach z 26 września 2024 r., sygn. akt I SA/Ke 353/24, wyrok WSA w Gliwicach z 12 marca 2025 r., sygn. akt III SA/Gl 142/25).

W aspekcie zasadniczego przedmiotu sporu, trzeba podkreślić, że trafnie przyjmuje się też, że obowiązek poszanowania wskazanych wyżej zasad dotyczy każdego etapu konkursu - począwszy od momentu przygotowywania regulaminu konkursu i formularza aplikacyjnego, aż po zakończenie tego postępowania konkursowego - i zasady te mają charakter normatywny, stanowiąc gwarancję równego traktowania wszystkich potencjalnych beneficjentów pomocy unijnej i znajdują umocowanie w zasadzie równego dostępu do pomocy wywodzącej się z traktatowej zasady równości, a rzetelność wyboru projektów rozumieć należy jako działanie sumienne, solidne, staranne i zgodne z określonymi zasadami i obowiązkami (por. wyroki NSA: z 14 czerwca 2017 r., II GSK 1549/17, z 20 czerwca 2017 r., sygn. akt II GSK 1597/17).

Przechodząc dalej, to stosownie do art. 55 ust. 1 ustawy wdrożeniowej, na wezwanie właściwej instytucji wnioskodawca może uzupełnić lub poprawić wniosek o dofinansowanie projektu w zakresie określonym w wezwaniu, zgodnie z regulaminem wyboru projektów. Właściwa instytucja w trakcie uzupełniania lub poprawiania wniosku o dofinansowanie projektu zapewnia równe traktowanie wnioskodawców.

Wezwanie, o którym mowa w ust. 1, przekazywane jest drogą elektroniczną. Termin określony w wezwaniu liczy się od dnia następującego po dniu przekazania wezwania (ust. 2).

W razie stwierdzenia we wniosku o dofinansowanie projektu oczywistej omyłki pisarskiej lub rachunkowej właściwa instytucja może poprawić ją z urzędu, informując o tym wnioskodawcę (ust. 3).

Ustawodawca przewiduje więc możliwość uzupełnienia i poprawienia wniosku "w zakresie określonym w wezwaniu". Innymi słowy, możliwe jest tzw. sanowanie wniosku. Jednocześnie ustawa wdrożeniowa akcentuje, że w trakcie uzupełniania lub poprawiania wniosku o dofinansowanie projektu, właściwa instytucja zapewnia "równe traktowanie wnioskodawców".

Regulamin wyboru projektów ma charakter wiążący zarówno dla ustanawiającej go właściwej instytucji, jak i dla podmiotów aplikujących w podlegającym jego regulacjom postępowaniu konkursowym. W regulaminie określa się m.in. kryteria wyboru projektów, i co ważne w realiach rozpoznawanej sprawy, zakres w jakim możliwe jest uzupełnianie lub poprawianie wniosków o dofinansowanie projektu.

I tak, zgodnie z art. 51 ust. 1 ustawy wdrożeniowej, regulamin wyboru projektów określa w szczególności: 1) kwotę przeznaczoną na dofinansowanie projektów;

1. 2) maksymalny, dopuszczalny poziom dofinansowania projektu lub maksymalną, dopuszczalną kwotę dofinansowania projektu;
2. 3) kryteria wyboru projektów;
3. 4) wskazanie sposobu wyboru projektów do dofinansowania oraz jego opis;
4. 5) właściwy system teleinformatyczny, w którym można złożyć wniosek o dofinansowanie projektu, oraz sposób dostępu do formularza wniosku o dofinansowanie projektu;
5. 6) termin składania wniosków o dofinansowanie projektu;
6. 7) załączniki do wniosku o dofinansowanie projektu, o ile wymagane jest ich złożenie, oraz sposób, formę i termin ich przedłożenia;
7. 8) zakres, w jakim możliwe jest uzupełnianie lub poprawianie wniosków o dofinansowanie projektu;
8. 9) sposób komunikacji między wnioskodawcą a właściwą instytucją;
9. 10) czynności, które powinny zostać dokonane przed zawarciem umowy o dofinansowanie projektu lub podjęciem decyzji o dofinansowaniu projektu, oraz termin ich dokonania. Natomiast w przypadku konkurencyjnego sposobu wyboru projektów regulamin wyboru projektów określa dodatkowo: 1) typy projektów podlegających dofinansowaniu;

1. 2) opis procedury oceny projektów, w tym wskazanie, czy ocena jest podzielona na etapy;
2. 3) wzór umowy o dofinansowanie projektu lub decyzji o dofinansowaniu projektu;
3. 4) informację o przysługujących wnioskodawcy środkach odwoławczych oraz instytucjach właściwych do ich rozpatrzenia (art. 51 ust. 2).

Jak wynika z punktu 6.2 (Ocena projektów) Regulaminu wyboru projektów dla naboru wniosków o dofinansowanie projektów dla Działania 1.1. Badania i innowacje w przedsiębiorstwach w ramach programu regionalnego Fundusze Europejskie dla Pomorza 2021-2027 w zakresie projektów dotyczących prac badawczo-rozwojowych w przedsiębiorstwach ([...]), w ramach naboru projekty podlegać będą ocenie, która podzielona została na następujące etapy:

1 etap oceny formalnej, 2 etap oceny wykonalności i zgodności z zasadami horyzontalnymi, 3 etap oceny strategicznej i wyboru projektów do dofinansowania.

Oceny projektów na wszystkich etapach dokonywać będzie KOP (Komisja Oceny Projektów) w oparciu o właściwe kryteria wyboru projektów zatwierdzone przez KM FEP 2021-2027).

Podstawę oceny stanowić będą informacje zamieszczone przez wnioskodawcę we wniosku o dofinansowanie (tj. formularzu wniosku oraz ewentualnych załącznikach), uzupełnieniach lub korektach składanych wyłącznie na wezwanie instytucji organizującej nabór w toku prowadzonej oceny oraz dodatkowych dokumentach wskazanych w definicjach poszczególnych kryteriów oraz w niniejszym Regulaminie.

Z punktu 6.2 regulaminu wyboru wynika więc, że podstawę oceny mają stanowić nie tylko informacje zamieszczone we wniosku czy w jego załącznikach, ale również w "uzupełnieniach lub korektach", składanych na wezwanie instytucji organizującej nabór w toku prowadzonej oceny. Uprawnione jest zatem twierdzenie, że uzupełninie wniosku lub korekta wniosku ma bezpośredni wpływ na jego ocenę. Innymi słowy, uzupełnienie i korekta, nie są dla oceny wniosku obojętne. Tym bardziej, że uzupełnienie i korekta wniosku nie mogą się odnosić do kryterium formalnego lecz tylko do pozostałych kryteriów naboru. Zgodnie bowiem z punktem 8 regulaminu wyboru ("Zakres i sposób składnia uzupełnień i korekt wniosku"), składanie uzupełnień i korekt wniosku o dofinansowanie możliwe jest w odniesieniu do wszystkich kryteriów wyboru projektów z wyłączeniem kryterium formalnego ("Poprawność złożenia wniosku o dofinansowanie").

Wobec zapisów regulaminu naboru wezwanie mimo, że nie ma obligatoryjnego charakteru, jest ważnym elementem oceny wniosku. Tym samym regulamin powinien określać w sposób jednoznaczny "zakres", w którym takie wezwanie wnioskodawców, biorących udział w naborze, jest możliwe. Ponieważ składanie uzupełnień i korekt wniosku o dofinansowanie dotyczy wszystkich kryteriów wyboru, poza kryterium formalnym, zakres uzupełnienia lub korekty wniosku, na kolejnych etapach oceny powinien być uregulowany (lub w jakikolwiek sposób zostać określony).

Przedmiotowy regulamin wyboru - wbrew obowiązkowi - wynikającemu z art. 51 ust. 1 punkt 8 ustawy wdrożeniowej nie określił "zakresu" możliwych uzupełnień i korekt wniosku o dofinansowanie. Przepis ten, co istotne w rozpoznawanej sprawie, jednoznacznie stanowi o określeniu w regulaminie zakresu, w jakim możliwe jest uzupełnianie lub poprawianie wniosków o dofinansowanie projektu. Brak ten, czyni zapisy regulaminu wyboru nieprecyzyjnymi i niejasnymi. Trudno uznać aby zasada przejrzystości została w takiej sytuacji zachowana. Nie można tym samym zgodzić się z organem, że regulamin wyboru określa zarówno dopuszczalny zakres uzupełnień i korekt, jak i tryb ich złożenia, przyjmując, że mogą one zostać dokonane wyłącznie na wezwanie IP-ARP i w zakresie przez nią wskazanym.

Odnośnie ostatniej spornej kwestii (wyłączności wezwania), to określenie zakresu uzupełnienia lub korekty wniosku jest ważne z innego jeszcze powodu a mianowicie możliwość wezwania do uzupełnienia lub poprawienia wniosku jest wyłączną prerogatywą IP ARP (Instytucji Pośredniczącej). W punkcie 8 regulaminu wyboru wskazano: że uzupełnienia i korekty składane są wyłącznie na polecenie IP-ARP elektronicznie w zakresie i terminie określonych w pisemnym wezwaniu kierowanym do wnioskodawcy pocztą elektroniczną na adresy e-mail wskazane w formularzu wniosku o dofinansowanie i/lub w Aplikacji WOD2021 (jeśli dotyczy). Nadto, w przypadku niezłożenia uzupełnień lub korekt w zakresie lub w terminie określonym w wezwaniu, wystosowane zostanie wezwanie dodatkowe z terminem odpowiedzi wskazanym przez IP-ARP.

Tak więc, możliwość wezwania wnioskodawcy do złożenia uzupełnień lub korekt jest wyłączną prerogatywą Instytucji Pośredniczącej i jednocześnie nie ma charakteru obligatoryjnego. Rację ma organ, że zapisy ustawy wdrożeniowej nie obligują do wezwania wnioskodawcy do złożenia wyjaśnień odnośnie projektu, jak też do jego uzupełnień czy korekt, nie przewidują również automatyzmu wezwania. Nie każde też wystąpienie wątpliwości po stronie eksperta obliguje do wezwania do złożenia wyjaśnień.

Niemniej, w świetle przywołanych postanowień regulaminu wyboru, brak określenia zakresu lub innych kryteriów, którymi Instytucja Pośrednicząca kieruje się przy wezwaniu, przy jednoczesnym zastrzeżeniu wyłączności takiej prerogatywy, czyni przedmiotową czynność całkowicie dowolną i nie pozwala na kontrolę. Narusza to, zdaniem Sądu, podstawową zasadę przejrzystości oraz transparentności a w konsekwencji przekłada się bezpośrednio na naruszenie zasady równości w traktowaniu wnioskodawców. Nie jest bowiem wiadome dlaczego wezwanie było lub może zostać skierowane do określonego wnioskodawcy, jak również co jest lub może być jego przedmiotem.

Tym samym trudno jest mówić "o stosowaniu jednolitych reguł naboru wobec wszystkich uczestników naboru". Brak jest bowiem przesłanek (podstaw) do dokonania oceny w tym przedmiocie. Jakiekolwiek twierdzenia organu o zachowaniu powyższych zasad w realiach rozpoznawanej sprawy są gołosłowne a przede wszystkim nieweryfikowalne.

Nadto, nie może ujść uwadze, że w przypadku złożenia uzupełnień lub korekt niewynikających z wezwania, zostaną one pominięte w ocenie. Jak bowiem wskazano w punkcie 8 regulaminu wyboru, w przypadku złożenia uzupełnień lub korekt niewynikających z wezwania, zostaną one pominięte w ocenie - projekt w tym zakresie zostanie oceniony na podstawie informacji zamieszczonych w pierwotnie złożonej dokumentacji. Ten zapis regulaminu dodatkowo wzmacnia przedstawioną argumentację.

Zatem w świetle poczynionych rozważań, nie budzi wątpliwości Sądu, że regulamin naboru, narusza podstawowe zasady postępowania konkursowego a mianowicie zasadę przejrzystej oceny wniosków i ścisłe powiązaną z nią zasadę równego traktowania wnioskodawców. W tym spornym aspekcie sprawy trzeba również zauważyć, że poza sporem było, że skarżąca spółka na drugim etapie naboru nie była wzywana do uzupełnienia lub korekty wniosku, co w jej ocenie skutkowało nie przejściem do kolejnego etapu naboru. Swoje stanowisko, skarżąca spółka motywowała okolicznością skierowania na tym etapie wezwań do innych wnioskodawców, którzy po ich otrzymaniu, przeszli dalej. Na poparcie swojego stanowiska do skargi załączyła "Listę wnioskodawców, do których na etapie oceny wykonalności i zgodności z zasadami horyzontalnymi zostały wysłane wezwania do uzupełnienia lub korekty wniosku dot. naboru nr [...]" (vide: - k. 42 - 42v. akt sądowych, lista).

Lista ta obejmuje 53 podmioty uczestniczące w przedmiotowym naborze. Jak wskazuje skarżąca spółka wszyscy wnioskodawcy (poza jednym), którzy zostali wezwani do uzupełnienia lub korekty wniosku przeszli do kolejnego etapu - etapu oceny strategicznej. Co ważne, Instytucja Pośrednicząca, nie zakwestionowała tych okoliczności (vide: - k. 382 i nast. akt sądowych, pismo z dnia 19 czerwca 2026 r., stanowiące odpowiedź na zarzuty skargi). W zaistniałej sytuacji, wobec brzmienia regulaminu wyboru, Sąd nie może ocenić czy skarżąca spółka znajdowała się (czy też nie) w sytuacji porównywalnej z wnioskodawcami, do których skierowano wezwania.

Nie można tej okoliczności wykazać z uwagi na brak jakichkolwiek kryteriów w tym zakresie. Tym samym oczekiwanie organu, wyrażone na tle Wytycznych dotyczących wyboru projektów na lata 2021-2027 Ministra Funduszy i Polityki Regionalnej, dowiedzenia przez skarżącą spółkę, że znajdowała się w sytuacji porównywalnej z wnioskodawcami, do których skierowano wezwania, co do charakteru, zakresu i znaczenia stwierdzonych braków, jest niezasadne. Stosownie do regulacji zawartej w tych Wytycznych w punkcie 2 podrozdziału 3.5. (Równe traktowanie wnioskodawców), procedury spełniają zasady równego traktowania wnioskodawców, jeśli zakładają, że wnioskodawcy, którzy znajdują się w określonej sytuacji, będą traktowani tak samo. Zatem każdy wnioskodawca znajdujący się w określonej sytuacji musi mieć możliwość dokonania poprawek lub uzupełnień w jednakowym (takim samym) zakresie.

W sytuacji, gdy kryterium nie zostało precyzyjnie określone, a praktyka jego stosowania nie jest jednolita, nie można uznać, że ocena została przeprowadzona zgodnie z art. 45 ustawy wdrożeniowej, i to niezależnie od zasadności innych postawionych w skardze zarzutów. Przeprowadzenie naboru projektów, z naruszeniem zasad określonych w ww. przepisach ustawy wdrożeniowej (zasady przejrzystości i zasady równości), jak już podniesiono, stanowi istotne naruszenie prawa, mające wpływ na wynik dokonanej oceny.

Zasada przejrzystości reguł oceny projektów ma charakter instrumentalny w relacji do zasady równości, formułując wobec właściwej instytucji przeprowadzającej wybór projektów do dofinansowania obowiązek jasnego, precyzyjnego i dostępnego dla wszystkich wnioskodawców (beneficjentów) określenia kryteriów kwalifikowania projektów (tak też: WSA w Poznaniu w wyroku z dnia 31 maja 2017 r., sygn. akt III SA/Po 226/17). Nadto, jak wskazuje się w orzecznictwie sądów administracyjnych naruszenie art. 45 ustawy wdrożeniowej ma miejsce w przypadku nieprecyzyjnego i niejednoznacznego ustalenia kryteriów wyboru, dowolności przy dokonywaniu oceny, tak w kontekście ustalonych kryteriów wyboru, jak i okoliczności przedstawionych przez wnioskodawcę oraz braku dokonania wyczerpującej oceny i przedstawienia jej uzasadnienia (por. wyrok WSA w Gliwicach z 12 marca 2025 r., sygn. akt III SA/Gl 142/25).

Reasumując powyższe, Sąd uznał, że skarga jest uzasadniona. Doszło bowiem do naruszenia wskazanych w skardze przez skarżącą spółkę przepisów ustawy wdrożeniowej, co jednoznacznie wynika z dokonanych rozważań. Przy ponownym rozpoznaniu sprawy należy uwzględnić uwagi zawarte w niniejszym uzasadnieniu.

Mając na uwadze powyższe, na podstawie art. 73 ust. 8 pkt 1 lit. a ustawy wdrożeniowej Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku orzekł, jak w punkcie 1 sentencji wyroku.

O kosztach postępowania orzeczono w punkcie 2 sentencji wyroku na podstawie art. 76 ustawy wdrożeniowej w związku z art. 209 i art. 205 § 2 p.p.s.a. w związku z § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (tekst jednolity: Dz. U. z 2023 r., poz. 1935 ze zm.), zasądzając na rzecz skarżącego 697 zł, przy czym na kwotę tę składają się równowartość: uiszczonego wpisu sądowego od skargi (200 zł) i opłaty skarbowej od pełnomocnictwa (17 zł) oraz wynagrodzenie pełnomocnika będącego radcą prawnym (480 zł).

Powołane w treści niniejszego uzasadnienia orzeczenia sądów administracyjnych dostępne są w internetowej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych (orzeczenia.nsa.gov.pl).