Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiuz 27 sierpnia 2026 r., sygn. akt I SA/Wr 51/26

Uzasadnienie

Przedmiotem skargi P. S.A. z siedzibą w W. (dalej: strona, skarżąca, spółka, podatnik) jest decyzja Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Jeleniej Górze (dalej: SKO, Kolegium, organ odwoławczy) z 13 listopada 2025 r., znak SKO/41/P-78/25, uchylająca w całości decyzję Burmistrza Miasta L. (organ podatkowy I instancji, Burmistrz) z 26 lutego 2025 r., znak WF.3120.34.1.2018/2025, określającą spółce wysokość zobowiązania w podatku od nieruchomości za rok 2016 r. i orzekająca o określeniu spółce wysokości zobowiązania w podatku od nieruchomości za 2016 r. w kwocie 128 338 zł oraz o umorzeniu postępowania organu pierwszej instancji w pozostałej części, co do określonego za ten rok zobowiązania w podatku od nieruchomości w kwocie 14 489,00 zł.

Postępowanie przed organami podatkowymi.

Z akt sprawy wynika, że spółka złożyła deklarację na podatek od nieruchomości za 2016 r. oraz kolejne korekty wykazując m.in. przedmioty opodatkowania podlegające zwolnieniu od podatku od nieruchomości, na podstawie w art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy z 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (Dz. U. z 2014, poz. 849 ze zm.; dalej: u.p.o.l).

Organ podatkowy wszczął z urzędu postępowanie w sprawie określenia spółce wysokości zobowiązania w podatku od nieruchomości za 2016 r. w zakresie gruntów linii kolejowej nr [...] (tj. działek nr [...] i [...] obręb C., [...] obręb U. i [...] obręb O.).

Decyzją z 18 czerwca 2018 r., nr Fn.2.3120.34.2018, Burmistrz określił spółce wysokość zobowiązania w podatku od nieruchomości za rok 2016 r. Organ podatkowy I instancji na bazie zebranego materiału dowodowego ocenił, że ww. linia kolejowa została zlikwidowana uchwałą P.(1) S.A. oraz zarządzeniem Dyrektora Generalnego P., a z przeprowadzonych oględzin wynika, że przedmiotowa linia kolejowa praktycznie nie istnieje, brak jest tam torów kolejowych zaś pozostała infrastruktura porośnięta jest gęstą roślinnością. Decyzja o likwidacji linii kolejowej trwale uniemożliwia przewożenie osób i rzeczy oraz wyklucza udostępnienie linii licencjonowanym przewoźnikom kolejowym, co oznacza, że zwolnienie z opodatkowania przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. nie znajduje zastosowania.

Uzasadniając opodatkowanie przedmiotowych gruntów według najwyższej stawki podatkowej organ podatkowy wskazał, że przedmiotem działalności spółki jest m.in. wynajem i zarządzanie nieruchomościami własnymi lub dzierżawionymi oraz działalność polegająca na kupnie i sprzedaży nieruchomości na własny rachunek.

Organ podatkowy I instancji wyjaśnił, że co do zasady jako grunt znajdujący się w posiadaniu przedsiębiorcy podlega on opodatkowaniu maksymalną stawką podatkową. Przy czym, w opinii Burmistrza, w rozpatrywanej sprawie nie występują względy techniczne, o których mowa w art. 1a ust. 1 pkt 3 u.p.o.l. Decyzja spółki o likwidacji linii spowodowana była prawdopodobnie względami ekonomicznymi, czyli nieopłacalnością prowadzenia ruchu kolejowego na tej linii. Ponadto podatnik nie podjął żadnych działań w celu zagospodarowania przedmiotowych gruntów.

Po rozpatrzeniu odwołania strony organ odwoławczy decyzją z 29 października 2018 r., znak SKO/41/P-157/2018 utrzymał w mocy decyzję organu I instancji.

Postępowanie przed Sądem I instancji.

Od decyzji SKO spółka wniosła skargę do Wojewódzkiego sądu Administracyjnego we Wrocławiu, w której spółka zarzuciła naruszenie: 1) art. 120, art. 121 § 1, art. 122, art. 181 i art. 187 § 1 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2018 r., poz. 800 ze zm.; dalej: o.p.), poprzez przeprowadzenie postępowania w sposób podważający zaufanie do organów podatkowych oraz poprzez nierozpoznanie całości materiału dowodowego w sposób wyczerpujący i w konsekwencji błędne ustalenie stanu faktycznego;

2) art. 2 ust. 3 pkt 3 u.p.o.l. przez pominięcie tych przepisów w sprawie i uznanie, że grunt związany z linią kolejową stanowi odrębny przedmiot opodatkowania, podczas gdy dla spornych gruntów położonych w ciągu linii "Y" nie została wydana decyzja o jej likwidacji, a zatem nadal stanowi budowlę – linię kolejową, na którą składają się nasypy, podtorza, a także przyległy pas gruntu oraz budynki, budowle i urządzenia przeznaczone do prowadzenia ruchu kolejowego wraz z zajętymi pod nie gruntami.

Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w wyroku z 29 maja 2019 r., I SA/Wr 364/19, ocenił, że skarga zasługuje na uwzględnienie, albowiem zaskarżona decyzja, jak i poprzedzająca ją decyzja organu I instancji zostały wydane z naruszeniem prawa w stopniu powodującym konieczność wyeliminowania z obrotu prawnego. Sąd dopatrzył się naruszenia art. 165 § 1, § 2 i § 4 o.p. w związku z art. 21 § 3 o.p. i art. 6 ust. 9 i 10 u.p.o.l. w stopniu mającym istotny wpływ na wynik sprawy. Sąd uchylił zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzje organu I instancji na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c w zw. z art. 135 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2018 r., poz. 1302, ze zm.).

Sąd ocenił, że art. 21 § 3 o.p. nie przewiduje sytuacji zakwestionowania deklaracji w części. Jeśli organ podatkowy stwierdza, że podatnik w deklaracji wykazał nieprawidłowo wysokość zobowiązania podatkowego za dany okres rozliczeniowy wówczas wydaje decyzję, w której określa prawidłową wysokość zobowiązania podatkowego. Sąd wskazał, że w deklaracji na 2016 r. spółka uznała linię kolejową nr [...] przebiegającą przez grunty położone na terenie gminy za budowlę wchodzącą w skład infrastruktury kolejowej (wraz ze spornymi gruntami przez które przebiega), zwolnioną z opodatkowania podatkiem od nieruchomości na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. Organy podatkowe kwestionują podstawę do zwolnienia z podatku od nieruchomości gruntów po zlikwidowanej linii kolejowej.

Następnie, nie weryfikując wszystkich danych wykazanych przez spółkę w deklaracji, wydają decyzję określającą zobowiązanie spółki podatku od nieruchomości za 2016 r. od gruntów po, jak przyjmują, zlikwidowanej, czy nieistniejącej linii kolejowej nr [...]. W konsekwencji organ odwoławczy zaskarżoną decyzją usankcjonował istnienie w obrocie prawnym podwójnej – choć różnej w skutkach podatkowych - kwalifikacji spornych gruntów. Jak wskazał Sąd, jest to wynik błędnego przekonania, że organowi podatkowemu I instancji służy prawo, do zakwestionowania deklaracji podatkowej w podatku od nieruchomości w części i wszczęcia podstępowania podatkowego tylko w odniesieniu do niektórych przedmiotów opodatkowania ujętych w deklaracji, a następnie określenia w tej części podatku na innych zasadach niż przyjęte w deklaracji. Zdaniem Sądu, decyzja zastępuje deklarację podatnika złożoną w ramach samoobliczenia podatku.

W tej sytuacji mimo, że w postępowaniu kwestionowano jedynie część rozliczenia, tj. w stosunku do przedmiotów opodatkowania ujawnionych w deklaracji podatnika jako budowla podlegająca zwolnieniu podatkowemu, to wszczęcie postępowania powinno dotyczyć zobowiązania podatkowego za rok podatkowy (tj. co najmniej wszystkich objętych deklaracją przedmiotów opodatkowania), a w konsekwencji decyzja wydana w wyniku jego przeprowadzenia winna odnosić się do całości rozliczenia dokonanego przez Spółkę w deklaracji. W ocenie Sądu, przyjęta przez organy podatkowe koncepcja zobowiązania deklaracyjno-decyzyjnego jest niedopuszczalna i wynika z błędnej wykładni art. 21 § 3 o.p., który to przepis został powołany jako podstawa prawna rozstrzygnięcia w decyzji organu I instancji.

Sąd stwierdził, że wobec wagi stwierdzonego uchybienia procesowego, odnoszenie się do pozostałych zarzutów zawartych w skardze jest przedwczesne.

Postępowanie przed Sądem II instancji.

Skargę kasacyjną od przedstawionego powyżej wyroku wniosło Kolegium zaskarżając wyrok w całości, podnosząc zarzuty naruszenia przepisów prawa materialnego i procesowego.

Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie, po rozpoznaniu skargi kasacyjnej, wyrokiem z 18 października 2022 r., III FSK 1510/21, uchylił zaskarżony wyrok w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu we Wrocławiu.

NSA wskazał, że z akt sprawy wynika, że strona skarżąca jest prowadzącą działalność gospodarczą osobą prawną, a więc podmiotem uprawnionym/zobowiązanym do obliczenia, zadeklarowania i zapłacenia w wysokości zgodnej z prawem podatku od nieruchomości na prawnej zasadzie samoobliczenia podatku. NSA wskazał, że w przypadku zobowiązań podatkowych obliczanych i wykonywanych według zasady samoobliczenia, podatnik i organ podatkowy mają do czynienia z zobowiązaniem podatkowym powstającym z mocy prawa, w relacji do którego wydawana jest decyzja o określeniu wysokości zobowiązania podatkowego.

Dalej NSA wskazał, że w omawianym przypadku zobowiązań podatkowych powstających ex lege, przestrzegający prawa podatnik zobowiązany jest do odtworzenia podatkowego stanu faktycznego danego okresu podatkowego, w relacji do którego, na zasadzie samoobliczenia, deklaruje i płaci podatek w zgodnej z prawem wysokości.

NSA wskazał, że zgodnie z art. 21 § 1 pkt 1 i art. 21 § 3 O.p. oraz art. 6 ust. 9 u.p.o.l. sprawa, w której podatnik wskazuje w deklaracji podatkowej przedmiot opodatkowania, lecz powołuje się w tym zakresie na zwolnienie podatkowe, zasadniczo różni się prawnie od takiej, w której podatnik w ogóle nie wykazuje określonego, mającego znaczenie prawnopodatkowe przedmiotu, czyli nie ujmuje go w deklaracji podatkowej. W tym drugim przypadku organ podatkowy wydaje decyzję o opodatkowaniu, lecz nie odnosi się rozstrzygająco do treści deklaracji złożonej przez podatnika. Zdaniem NSA, organ podatkowy nie kwestionuje wówczas wyliczenia podatku wynikającego z deklaracji, lecz określa wysokość zobowiązania podatkowego w zakresie takiego przedmiotu opodatkowania, co do którego podatnik w ogóle się nie wypowiedział składając deklarację. Wówczas wydanie decyzji określającej nie ma wpływu na wyliczenie podatku przez podatnika, czyli nie dochodzi do weryfikacji deklaracji i "zastąpienia" jej decyzją określającą wysokość zobowiązania podatkowego.

W konsekwencji, jeżeli podatnik nie wykazał określonego przedmiotu opodatkowania w podatku od nieruchomości w deklaracji i organ określił wysokość zobowiązania podatkowego z tego tytułu, to w obrocie prawnym funkcjonuje deklaracja w odniesieniu do części przedmiotów opodatkowania i decyzja w odniesieniu do pozostałych części. W sytuacji zaś, gdyby organ podatkowy określił wysokość zobowiązania podatkowego od części przedmiotów opodatkowania wykazanych w deklaracji, wówczas w odniesieniu do tych samych przedmiotów funkcjonowałaby w obrocie zarówno deklaracja, jak i decyzja, zaś sytuacja taka jest niedopuszczalna.

NSA wskazał, że zobowiązanie podatkowe dotyczące tego samego przedmiotu opodatkowania może wynikać albo z deklaracji podatnika, albo z decyzji określającej.

NSA wyjaśnił, że w rozpoznanej sprawie zbadał deklaracje podatkowe skarżącej, uznając, że nie wynika z nich jednak dostatecznie, niewątpliwie, precyzyjnie i jasno, jakie, mające znaczenie dla spornego opodatkowania przedmioty zostały przez podatnika zgłoszone, ponieważ wykazanie powyższe ogranicza się do podania powierzchni, bez przyporządkowania jej do określonych przedmiotów. NSA uznał, że w aspekcie treści skargi należało więc przeanalizować wynik samoobliczenia podatku strony w odniesieniu do pozostałych materiałów sprawy a rezultaty tych czynności badawczych przedstawić w uzasadnieniu wyroku, zgodnie z wymogami i standardami wynikającymi z unormowanie art. 141 § 4 p.p.s.a. W ocenie NSA zaniechania w powyższym zakresie stanowią naruszenie art. 141 § 4 p.p.s.a., które mogły mieć istotny wpływ na wynik sprawy, ponieważ uniemożliwiają ocenę prawidłowości rozstrzygnięcia w zakresie: uprawnienia/zobowiązania organu podatkowego do wydania decyzji podatkowej w relacji do wszystkich przedmiotów samoobliczenia spornego podatku od nieruchomości lub odnośnie do poszczególnych, niezadeklarowanych, jako współpodstawa faktyczna wyniku samooliczenia, mających podatkowoprawne znaczenie przedmiotów.

Ponowne postępowanie przed Sądem I instancji.

Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu, wyrokiem z 6 lipca 2023 r., I SA/Wr 957/22, uchylił zaskarżoną decyzję SKO z 29 października 2018 r., znak SKO/41/P-157/2018. W uzasadnieniu Sąd wyjaśnił, że rozpoznając ponownie sprawę, będąc związany wyżej przedstawioną wykładnią dokonaną przez NSA, stwierdził, że z zebranego materiału dowodowego istotnie nie wynika, jakie przedmioty opodatkowania są objęte deklaracją złożoną przez podatnika, a tym samym jakie konkretnie przedmioty objęte są zwolnieniem wykazanym w deklaracji na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a, b, c u.p.o.l. W aktach sprawy znajduje, się jedynie wykaz nieruchomości gruntowych sporządzony przez podatnika, a Sąd nie jest w stanie ocenić czy wykaz ten jest kompletny i które spośród wymienionych tam nieruchomości objęte są deklaracją podatkową.

Sąd zauważył, że w przedłożonych wraz ze skargą aktach postępowania podatkowego, nie znajduje się żadne pismo podatnika, w którym wskazałby on wyraźnie, że grunty po zlikwidowanej linii kolejowej nr [...] wykazał w deklaracji, jako objęte przedmiotowym zwolnieniem. Jak wyżej wskazano, nie można też tej okoliczności ustalić na podstawie zebranego materiału dowodowego.

Podkreślił, że NSA uwzględniając skargę kasacyjną organu jednoznacznie wyjaśnił, że w sytuacji, gdyby organ podatkowy określił wysokość zobowiązania podatkowego od części przedmiotów opodatkowania wykazanych w deklaracji, wówczas w odniesieniu do tych samych przedmiotów funkcjonowałaby w obrocie zarówno deklaracja, jak i decyzja, zaś sytuacja taka jest niedopuszczalna.

W ocenie WSA w takiej sytuacji organ podatkowy powinien umorzyć postępowanie podatkowe, jeżeli wszczęte zostało jedynie w zakresie poszczególnych przedmiotów opodatkowania objętych deklaracją. Natomiast w sytuacji, gdyby spółka wskazanego przedmiotu opodatkowania nie zawarła w złożonej przez siebie deklaracji, organ podatkowy I instancji mógłby wydać decyzję określającą wysokość zobowiązania podatkowego w odniesieniu do tego, skonkretyzowanego przedmiotu opodatkowania. Jeżeli jednak zostanie ustalone, że spółka wykazała sporne grunty w deklaracji i wyliczyła podatek od nieruchomości z ich uwzględnieniem, zaś zdaniem Burmistrza nastąpiło to błędnie, gdyż spółka nie miała prawa skorzystania ze zwolnienia z opodatkowania, to Burmistrz powinien wydać decyzję określającą w stosunku do wszystkich przedmiotów opodatkowania wskazanych w deklaracji, gdyż zakwestionowanie zwolnienia bezpośrednio wpływa na wysokość wyliczonego w deklaracji podatku, oczywiście pod warunkiem prawidłowo wszczętego postępowania w tym zakresie, jak i biorąc pod uwagę termin przedawnienia takiego zobowiązania podatkowego.

Zatem w ocenie WSA, Kolegium rozpoznając ponownie sprawę powinno w pierwszej kolejności ustalić, czy wskazane wyżej grunty po zlikwidowanej linii kolejowej nr [...] były objęte przedmiotową deklaracją, a następnie, mając na względzie wykładnię przepisów przedstawionych w uzasadnieniu niniejszego wyroku, wydać stosowne rozstrzygnięcie.

Ponowne postępowanie przed organami podatkowymi.

SKO decyzją z 17 czerwca 2024 r., znak SKO.P/41/9/24 uchyliło w całości decyzję Burmistrza z 18 czerwca 2018 r. i przekazało sprawę do ponownego rozpatrzenia organowi I instancji.

Po przekazaniu materiałów tej sprawy do pierwszej instancji, Burmistrz Miasta L., postanowieniem z dnia 30 sierpnia 2024 roku, nr WF.3120.67.2024, wszczął z urzędu postępowanie podatkowe w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości za 2016 rok, w zakresie wszystkich przedmiotów opodatkowania, posiadanych przez P. S.A. na terenie Miasta i Gminy L. Po ponownym rozpatrzeniu sprawy Burmistrz decyzją z 26 lutego 2025 r., znak WF.3120.34.1.2018/2025, określił spółce wysokość zobowiązania w podatku od nieruchomości za 2016 r. w kwocie 142 827 zł.

Burmistrz wyjaśnił, że bezspornym jest fakt, iż linia kolejowa nr [...] nie spełnia przesłanek umożliwiających korzystanie ze zwolnienia od podatku od nieruchomości dla infrastruktury kolejowej. Organ podatkowy I instancji przenalizował przesłanki zastosowania zwolnienia od podatku od nieruchomości w odniesieniu do gruntów pozostałych po linii kolejowej nr [...] i uznał, że nie korzystają one ze zwolnienia z na mocy art. 7 ust.1 pkt 1, art. 7 ust.1 pkt 1a u.p.o.l. Organ stwierdził, iż będące własnością spółki grunty po zlikwidowanej linii kolejowej nr [...] podlegają opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości stawką dla gruntów związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej.

Organ podatkowy I instancji uznał, że podatnik w 2016 r., jako użytkownik wieczysty, nieprawidłowo zastosował wobec gruntów - których powierzchnia oraz klasyfikacja zostały ustalone zgodnie z zapisami ewidencji gruntów - zwolnienie z opodatkowania podatkiem od nieruchomości związane ze zlikwidowaną linią kolejową nr [...] o łącznej powierzchni [...] m2, na które składają się działki o numerach:

1. – [...] obręb C. o powierzchni [...] m2;
2. – [...] obręb C. o powierzchni [...] m2;
3. – [...] obręb U. o powierzchni [...] m2;
4. – [...] obręb O. o powierzchni [...] m2.

Ponadto nie budziło wątpliwości organu podatkowego zakres zadeklarowanych do opodatkowania przez spółkę gruntów pozostałych, budynków związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej, budynków mieszkalnych, budynków pozostałych oraz budowli.

Od decyzji tej strona wniosła odwołanie, po rozpatrzeniu którego SKO, decyzją z 13 listopada 2025 r., znak SKO/41/P-78/25, uchyliło w całości decyzję Burmistrza z 26 lutego 2025 r., znak WF.3120.34.1.2018/2025, określającą spółce wysokość zobowiązania w podatku od nieruchomości za rok 2016 r. i orzekło o określeniu spółce wysokości zobowiązania w podatku od nieruchomości, za 2016 r. w kwocie 128 338 zł oraz o umorzeniu postępowania organu pierwszej instancji, w pozostałej części, co do określonego za ten rok zobowiązania w podatku od nieruchomości w kwocie 14 489,00 zł.

W uzasadnieniu organ odwoławczy wyjaśnił że, co do samej zasady, w decyzji Burmistrza zobowiązanie podatkowe naliczone zostało spółce za 2016 r. w prawidłowej wysokości. W decyzji organu podatkowego I instancji opodatkowano nie tylko grunty linii kolejowej nr [...], tj. działki nr [...] i [...], obręb C., nr [...], obręb U. i nr [...], obręb O., lecz również grunty, budynki i budowle, wykazane w złożonej przez spółkę deklaracji podatkowej, w zakresie, w którym nie była przez podatnika i organ podatkowy zakwestionowana.

SKO wyjaśniło, że przyczyną wydania decyzji Burmistrza jest zakwestionowanie przez organ I instancji prawa spółki do zwolnienia z podatku od nieruchomości w odniesieniu do gruntów będących w użytkowaniu wieczystym spółki, położonych na terenie Gminy L., pozostałych po zlikwidowanej linii kolejowej nr [...], składających się z działek o następujących numerach ewidencyjnych: [...], obręb C., o powierzchni [...] m2, [...], obręb C., o powierzchni [...] m2, [...], obręb U., o powierzchni [...] m2 oraz [...], obręb O., o powierzchni [...] m2.

Zdaniem SKO z materiałów sprawy wynika, że w odniesieniu do powyższych gruntów w złożonej za 2016 r. deklaracji spółka objęła powyższe grunty zwolnieniem z podatku od nieruchomości, wywiedzionym z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l.

Burmistrz uznał, że ww. grunty, związane ze zlikwidowaną linią kolejową nr [...], ze zwolnienia takiego nie korzystają. W nawiązaniu do pozostałej części zobowiązania podatkowego, określonego w zaskarżonej decyzji, zostało ono naliczone w sposób i w rozmiarze, wynikającym ze złożonej przez podatnika deklaracji, a więc nie stanowiło przedmiotu sporu pomiędzy organem podatkowym oraz podatnikiem.

Kolegium uznało, że w świetle przepisów art. 70 § 1, § 6 pkt 2 i § 7 pkt 2 o.p., w sprawie tej nie doszło do upływu terminu przedawnienia prawa do określenia P. S.A., w formie decyzji deklaratoryjnej, za 2016 r. zobowiązania w podatku od nieruchomości w odniesieniu do gruntów linii kolejowej nr [...], wykazanych przez podatnika jako zwolnione od tego podatku.

Zdaniem Kolegium, w świetle przepisu art. 70 § 6 pkt 2 o.p., rozpoczęty, w odniesieniu do 2016 r., bieg terminu przedawnienia uległ zawieszeniu, z dniem wniesienia przez stronę skargi na decyzję SKO z 29 października 2018 r., tj. 7 grudnia 2018 r. Z ustaleń Kolegium wynika, że po uwzględnieniu okresu zawieszenia biegu terminu przedawnienia, począwszy od dnia następnego po dniu doręczenia Kolegium prawomocnego wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z 6 lipca 2023 roku, I SA/Wr 956/22 [omyłkowo wskazano sygnaturę wyroku dot. roku 2015 r., wyrok dot. 2016 r. nosi sygnaturę I SA/Wr 957/22 – dopisek Sądu], co nastąpiło 26 października 2023 r., upływ terminu przedawnienia zobowiązania w podatku od nieruchomości za 2016 r. nastąpi z 23 listopada 2026 r. Na tej podstawie SKO oceniło, że termin ten jeszcze nie upłynął, dlatego organ odwoławczy nie utracił kompetencji do merytorycznego rozpatrzenia złożonego odwołania.

SKO podkreśliło, że jak wynika z brzmienia art. 70 § 6 pkt 2 i § 7 pkt 2 o.p., przewidziane w nich zawieszenie biegu terminu przedawnienia może być stosowane jedynie do tych zobowiązań podatkowych, za 2016 r., które były przedmiotem rozstrzygnięcia w uchylonej decyzji Burmistrza z 18 czerwca 2018 r. Kolegium uznało, że bieg tego terminu nie uległ zawieszeniu w odniesieniu do zobowiązania, określonego za 2016 r. w stosunku do tego przedmiotu, który został przez spółkę objęty złożoną za 2016 r. deklaracją jako podlegający opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości i w odniesieniu do którego podatek (w części nie zakwestionowanej) został uiszczony. W odniesieniu do tego przedmiotu opodatkowania, w ocenie organu odwoławczego, termin przedawnienia zobowiązania podatkowego upłynął 31 grudnia 2021 r. Mając to na uwadze Kolegium, powołując się na art. 208 § 1 o.p. w związku z art. 70 § 1 o.p., uchyliło decyzję Burmistrza w części, obejmującej zobowiązanie w kwocie 14 489,00 zł i umorzyło w tej części postępowanie organ pierwszej instancji.

Odnosząc się do kwestii możliwości zastosowania zwolnienia podatkowego wynikającego z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. wobec spornych gruntów, SKO zasadniczo podzieliło ustalenia faktyczne, wykładnię przepisów ustawy oraz ocenę prawną sprawy, przedstawioną w uzasadnieniu decyzji Burmistrza. Kolegium uznało także, że brak jest podstaw do kwestionowania wysokości zobowiązania podatkowego, określonego na rzecz P. S.A. w wydanej za 2016 r. decyzji podatkowej, w odniesieniu do gruntów, w granicach których usytuowana była zlikwidowana linia kolejowa nr [...].

Ponowne postępowanie przed Sądem I instancji.

Od powyższej decyzji strona skarżąca – reprezentowana przez profesjonalnego pełnomocnika (doradcę podatkowego) – wniosła pismem z 19 grudnia 2025 r. skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu. Strona zarzuciła w szczególności naruszenie przepisów materialnego prawa podatkowego oraz przepisów postępowania podatkowego, które miało istotny wpływ na rozpoznanie i rozstrzygnięcie sprawy, w szczególności:

1. 1. art. 59 § 1 pkt 9 o.p. poprzez niezastosowanie tego przepisu i nieuznanie, że zobowiązanie podatkowe wygasło wskutek przedawnienia;
2. 2. art. 70 § 1 o.p. poprzez błędne przyjęcie, że bieg terminu przedawnienia został skutecznie zawieszony;
3. 3. art. 6 ust. 9 pkt 1 u.p.o.l. w zw. z art. 21 § 1 pkt 1 o.p. poprzez wadliwe określenie zobowiązania w sposób nieobejmujący całego przedmiotu opodatkowania;
4. 4. art. 165 § 1 o.p. poprzez wszczęcie postępowania jedynie do części przedmiotów opodatkowania;
5. 5. art. 207 § 1 i art. 210 § 1 pkt 6 ustawy o.p. poprzez wydanie decyzji w sposób nieobejmujący całego zobowiązania;
6. 6. art. 208 § 1 o.p. poprzez zaniechanie umorzenia postępowania podatkowego jako bezprzedmiotowego;
7. 7. art. 247 § 1 pkt 2 o.p. poprzez wydanie decyzji po upływie terminu przedawnienia;
8. 8. art. 122 § 1 i 187 § 1 o.p. poprzez niewyjaśnienie rzeczywistego zakresu postępowania i jego wpływu na bieg terminu przedawnienia.

Skarżąca wniosła o:

1. 1. uchylenie w całości zaskarżonej decyzji oraz poprzedzającej ją decyzji organu I instancji,
2. 2. umorzenie postępowania podatkowego jako bezprzedmiotowego wobec wygaśnięcia zobowiązania z mocy prawa,
3. 3. zasądzenie na rzecz skarżącej kosztów postępowania sądowego, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.

SKO w odpowiedzi na skargę wniosło o jej oddalenie podtrzymując dotychczasowe stanowisko.

W odpowiedzi na wezwanie Sądu skarżąca w piśmie z 15 maja 2026 r. wyjaśniła, że w deklaracji pierwotnej na podatek od nieruchomosci na 2016 r. w części F nie została wykazana wielkość powierzchni gruntów zwolnionych. W korektach deklaracji za: 04.2016, 09.2016, 11.2026 ujęto w części F informację o przedmiotach zwolnionych. W wykazanej powierzchni gruntów zwolnionych: [...] m2 została ujęta m.in. powierzchnia gruntów działek: nr [...] o pow. [...] m2, obręb C.; nr [...] o pow. [...] m2, obręb U. oraz nr [...], o pow. [...] m2 obręb O. Działka nr [...] o łącznej powierzchni: [...] m2, obręb C., została wykazana w deklaracji: w części D1- [...] m2 jako związana z prowadzoną działalności gospodarczą, powierzchnia [...] m2 została wykazana jako grunty pozostałe, natomiast w części F deklaracji została wykazana pozostała powierzchnia tj. [...] m2 - grunty zwolnione z opodatkowania podatkiem od nieruchomości.

SKO pismem z 20 21 maja 2026 r. poinformowało, że grunty linii kolejowej nr [...] uznane zostały za objęte zwolnieniem z podatku od nieruchomości, na podstawie art.7 ust.1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., na podstawie złożonej deklaracji podatkowej.

Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu zważył, co następuje.

Skarga jest zasadna.

Na wstępie należy wskazać, że – zgodnie z art. 1 § 1 i § 2 ustawy z 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz.U. z 2024 r., poz. 1267, ze zm.) – sąd administracyjny sprawuje wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej. Kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. Na mocy art. 3 § 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r., poz. 143 ze zm.; dalej: p.p.s.a.), sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. Kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na decyzje administracyjne (art. 3 § 2 pkt 1 p.p.s.a.). Wskutek takiej kontroli decyzja może zostać uchylona, w całości albo w części, w razie stwierdzenia, że naruszono przepisy prawa materialnego, które to naruszenie miało wpływ na wynik sprawy lub doszło do takiego naruszenia przepisów prawa procesowego, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, ewentualnie w razie naruszenia prawa w sposób dający podstawę do wznowienia postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a-c p.p.s.a.).

W przypadku kwalifikowanego naruszenia prawa sąd stwierdza nieważność decyzji (art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a.). Zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a, przy czym ograniczenie to nie ma zastosowania w rozpatrywanej sprawie.

Sąd wskazuje, że zgodnie z art. 153 p.p.s.a. ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie. Związanie samego sądu administracyjnego oceną i wskazaniami, co do dalszego postępowania, w rozumieniu art. 153 p.p.s.a., oznacza, że nie może on formułować nowych ocen prawnych, które są sprzeczne z wyrażonym wcześniej poglądem, lecz zobowiązany jest do podporządkowania się mu w pełnym zakresie oraz konsekwentnego reagowania w razie stwierdzenia braku zastosowania się organu administracji publicznej do wskazań w zakresie dalszego postępowania.

Jednocześnie podkreślono, że obowiązek podporządkowania się ocenie prawnej wyrażonej w wyroku sądu administracyjnego ciążący na organie administracji oraz sądzie, może być wyłączony tylko w przypadku istotnej zmiany stanu prawnego lub faktycznego, a także po wzruszeniu wyroku. Ocena prawna wyrażona w orzeczeniu sądu wiąże w sprawie ten sąd oraz organ administracji publicznej w przyszłości, ilekroć dana sprawa będzie przedmiotem rozpoznania przez sąd i organ, jeżeli ocena prawna wyrażona w tym orzeczeniu nie zostanie uchylona w prawem określonym trybie i jeżeli nie uległy zmianie przepisy prawne stanowiące podstawę oceny w danej sprawie (wyrok NSA z 12 marca 2026 r., I FSK 472/21).

W podobnych sprawach, dotyczących tego samego podatnika i tych samych organów podatkowych, WSA we Wrocławiu wypowiadał się w wyroku z 13 maja 2026 r., I SA/Wr 82/26 w zakresie zobowiązania z tytułu podatku od nieruchomości za 2017 r. i w wyroku z 16 czerwca 2026 r., I SA/Wr 856/25 w zakresie zobowiązania z tytułu podatku od nieruchomości za 2015 r. Sąd w składzie orzekającym w niniejszej sprawie poglądy przedstawione w ww. judykatach podziela dlatego przyjmuje je zasadniczo za własne.

WSA we Wrocławiu w wyroku z 6 lipca 2023 r., I SA/Wr 957/22, rozpoznając skargę na poprzednią decyzję, w sprawie opodatkowania spornych gruntów, uchylił zaskarżoną decyzję SKO, wskazując w uzasadnieniu, że jest związany wyżej przedstawioną wykładnią dokonaną przez NSA. Sąd wskazał, że z zebranego materiału dowodowego istotnie nie wynika, jakie przedmioty opodatkowania są objęte deklaracją złożoną przez podatnika, a – tym samym – jakie konkretnie przedmioty objęte są wskazanym w deklaracji zwolnieniem, o którym stanowi przepis art. 7 ust. 1 pkt 1) lit. a), b) i c) u.p.o.l. Nie można również okoliczności tej ustalić na podstawie zebranego materiału dowodowego.

Sąd podkreślił, przywołując uzasadnienie wyroku NSA, że w sytuacji, gdyby organ podatkowy określił wysokość zobowiązania podatkowego od części przedmiotów opodatkowania wykazanych w deklaracji, wówczas w odniesieniu do tych samych przedmiotów funkcjonowałaby w obrocie zarówno deklaracja, jak i decyzja, zaś sytuacja taka jest niedopuszczalna. WSA wskazał, że w takiej sytuacji organ podatkowy powinien umorzyć postępowanie podatkowe, jeżeli wszczęte zostało jedynie w zakresie poszczególnych przedmiotów opodatkowania objętych deklaracją. Natomiast w sytuacji, gdyby spółka wskazanego przedmiotu opodatkowania nie zawarła w złożonej przez siebie deklaracji, organ I instancji mógłby wydać decyzję określającą wysokość zobowiązania podatkowego w odniesieniu do tego, skonkretyzowanego przedmiotu opodatkowania. Jeżeli jednak zostanie ustalone, że spółka wykazała sporne grunty w deklaracji i wyliczyła podatek od nieruchomości z ich uwzględnieniem, zaś – zdaniem Burmistrza – nastąpiło to błędnie, gdyż spółka nie miała prawa skorzystania ze zwolnienia z opodatkowania, to wówczas powinien on wydać decyzję określającą w stosunku do wszystkich przedmiotów opodatkowania wskazanych w deklaracji.

Sąd wskazał, że zakwestionowanie zwolnienia wpływa bowiem bezpośrednio na wysokość wyliczonego w deklaracji podatku. Oczywiście wydanie w takim przypadku decyzji określającej mogłoby nastąpić pod warunkiem prawidłowo wszczętego postępowania w tym zakresie, jak i przy wzięciu pod uwagę terminu przedawnienia takiego zobowiązania podatkowego.

W ocenie Sądu, SKO rozpoznając sprawę ponownie, powinno w pierwszej kolejności ustalić, czy wskazane wyżej grunty po zlikwidowanej linii kolejowej nr [...] ("Y") były objęte przedmiotową deklaracją, a następnie, mając na względzie wykładnię przepisów przedstawionych w uzasadnieniu wyroku, wydać stosowne rozstrzygnięcie.

Organy podatkowe nie przeprowadziły w tym zakresie postępowania dowodowego tylko na podstawie akt sprawy - na podstawie których wcześniej sądy obu instancji oceniły, że z nich to nie wynika - uznały, że sporne grunty były objęte deklaracją i zostały wykazane jako zwolnione z opodatkowania. Wyjaśnić należy, że strona w toku postępowania, nie kwestionowała ustalenia organów co do objęcia przedmiotowych gruntów deklaracją, podkreślając nawet w odwołaniu, że wszczęcie postępowania jedynie w stosunku do niektórych gruntów objętych deklaracją było kwestionowane przez NSA.

Sąd, w przedmiotowym wyroku z 6 lipca 2023 r., uchylając decyzję wskazał, że jeżeli zostanie ustalone, że spółka wykazała sporne grunty w deklaracji i wyliczyła podatek od nieruchomości z ich uwzględnieniem, zaś – zdaniem Burmistrza – nastąpiło to błędnie, gdyż spółka nie miała prawa skorzystania ze zwolnienia z opodatkowania, to wówczas powinien wydać decyzję określającą w stosunku do wszystkich przedmiotów opodatkowania wskazanych w deklaracji.

Zaznaczyć też należy, że Sąd w uzasadnieniu wyroku wskazał na konieczność wzięcia pod uwagę terminu przedawnienia takiego zobowiązania podatkowego.

Wyjaśnić trzeba, że na mocy art. 134 § 1 p.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a. Jednak jak stanowi § 2 ww. artykułu, sąd nie może wydać orzeczenia na niekorzyść skarżącego, chyba że stwierdzi naruszenie prawa skutkujące stwierdzeniem nieważności zaskarżonego aktu lub czynności.

Skoro organ ocenił, że w sprawie doszło do przedawnienia zobowiązań w odniesieniu do tej części nieruchomości objętych złożoną deklaracją, w stosunku do których nie wszczęto postanowieniem z 10 października 2017 r. postępowania podatkowego, w konsekwencji – w ocenie SKO – nie ma do nich zastosowania zawieszenie biegu terminu przedawnienia (art. 70 § 6 pkt 2 o.p.), to w sprawie organ powinien był uchylić zaskarżoną decyzję w całości i umorzyć postępowanie podatkowe w sprawie.

Należało tak uczynić, ponieważ Sądy obu instancji wskazały, że w sytuacji, gdyby organ podatkowy określił wysokość zobowiązania podatkowego od części przedmiotów opodatkowania wykazanych w deklaracji, wówczas w odniesieniu do tych samych przedmiotów (objętych jedna deklaracją) funkcjonowałaby w obrocie zarówno deklaracja, jak i decyzja. Zatem umorzenie przez SKO w zaskarżonej decyzji postępowania w stosunku do niektórych należności podatkowych wynikających z przedmiotów opodatkowania wykazanych w deklaracji i określenie zobowiązania podatkowego tylko do innych z nich - gruntów, prowadzi do sytuacji, gdy w obrocie prawnym występuje zarówno deklaracja jak i decyzja, a taka sytuacja - jak wskazano w wyrokach wydanych w sprawie, którymi tutejszy Sąd i organy są związane - jest niedopuszczalna.

Sąd podkreśla ponadto, że obecnie, wobec – jak ocenił to organ odwoławczy - przedawnienia zobowiązania podatkowego w zakresie niektórych przedmiotów opodatkowania, wykazanych w deklaracji (które to przesądzenie SKO nie może podlegać ocenie Sądu, bowiem ewentualna odmienna ocena byłaby niekorzystna dla skarżącej, a Sąd nie dostrzega naruszenia prawa skutkującego stwierdzeniem nieważności zaskarżonej decyzji), brak jest możliwości prowadzenia postępowania celem niewątpliwego ustalenia jakie przedmioty opodatkowania zostały ujawnione w złożonej deklaracji, w tym, czy objęte nią były sporne grunty.

Sąd zauważa, że organy wprawdzie wskazały w decyzjach, że sporne grunty były objęte deklaracją, a strona tego nie kwestionowała w odwołaniu, lecz w aktach administracyjnych sprawy brak jest jednoznacznych wyjaśnień strony w tym zakresie, a jak wyżej wskazano nie ma obecnie możliwości prowadzenia postępowania podatkowego w tym kierunku, wobec przedawnienia – jak to oceniło SKO – niektórych zobowiązań podatkowych objętych deklaracją. NSA w prawomocnym wyroku z 18 października 2022 r., III FSK 1510/21 jednoznacznie przesądził, że na podstawie akt sprawy takich ustaleń przeprowadzić nie można. Jak bowiem wyjaśnił NSA "zbadał deklaracje podatkowe (...). Nie wynika z nich jednak dostatecznie, niewątpliwie, precyzyjnie i jasno, jakie, mające znaczenie dla spornego opodatkowania przedmioty zostały przez podatnika zgłoszone, ponieważ wykazanie powyższe ogranicza się do podania powierzchni, bez przyporządkowania jej do określonych przedmiotów".

Dodatkowo wskazać należy, że w piśmie procesowym z 15 maja 2026 r. – złożonym w toku postępowania sądowoadministracyjnego – skarżąca wyjaśniła, że w przypadku działki nr [...] o łącznej powierzchni: [...] ha, powierzchnia [...] m2 została wykazana w deklaracji jako związana z prowadzeniem działalności gospodarczej, a powierzchnia [...] m2 została wykazana jako grunty pozostałe, natomiast w części F deklaracji została wykazana pozostała powierzchnia tj. [...] m2 jako grunty zwolnione z opodatkowania podatkiem od nieruchomości. W tej sytuacji – gdyby ta okoliczność została potwierdzona – opodatkowanie przez SKO w zaskarżonej decyzji całej powierzchni ww. działki nr [...] skutkowało w zakresie powierzchni [...] m2 i [...] m2 jej podwójnym opodatkowaniem, to jest zarówno w deklaracji jak i w decyzji Kolegium, co narusza art. 2 ust.1 pkt 1 u.p.o.l.

Konkludując, składając deklarację podatkową na podatek od nieruchomości podatnik wyznacza granicę sprawy podatkowej. Decydując o objęciu deklaracją za dany rok wskazanych składników swojego majątku, podlegających opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości, podatnik przesądza jednocześnie o tym, że łączna kwota podatków związanych z tymi składnikami majątku stanowi "zobowiązanie podatkowe" za dany rok podatkowy (nie wyklucza to możliwości złożenia kolejnych deklaracji dotyczącej innych nieruchomości lub obiektów budowlanych). To zobowiązanie podatkowe wynika albo ze złożonej przez podatnika deklaracji, albo z decyzji organu podatkowego, która może zastąpić tę deklarację. Po ujęciu przez podatnika wybranych składników majątku w deklaracji za dany rok podatkowy niedopuszczalnym jest, aby organ podzielił wynikające z takiej deklaracji zobowiązanie podatkowe na części, tj. zobowiązanie podatkowe wynikające z deklaracji (w odniesieniu do części objętych deklaracją składników majątku) i zobowiązanie podatkowe wynikające z decyzji (w odniesieniu do innej części składników majątku ujętych w deklaracji).

Tymczasem, w wyrokowanej sprawie, w konsekwencji rozstrzygnięcia podjętego przez SKO w zaskarżonej decyzji, podatek związany z częścią składników majątku spółki, które zostały ujęte w kwestionowanej deklaracji, stanowi zobowiązanie podatkowe spółki za 2016 r. wynikające z tej deklaracji, kolejne zobowiązanie podatkowe za 2016 r., związane z inną częścią składników majątku objętych deklaracją – jak przyjął organ odwoławczy – zostało określone w decyzji organu odwoławczego, nadto część składników majątku (co nie wynika jednak z dowodów zebranych w toku postępowania podatkowego, bowiem – wbrew ocenom prawnym sformułowanych w prawomocnych wyrokach – organ nie dokonał szczegółowych ustaleń w zakresie tego, jakie składniki majątku i w jaki sposób zostały ujęte deklaracji; wynika to wyłącznie z oświadczenia spółki złożonego na etapie postępowania sądowoadministracyjnego) zostałaby opodatkowana podwójnie, tj. w niezakwestionowanej przez SKO części deklaracji oraz w decyzji organu odwoławczego.

Powyższe uzasadniało uchylenie zaskarżonej decyzji na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) p.p.s.a., gdyż doszło do naruszenia przepisów postępowania tj. 233 § 1 pkt 2 lit. a i art. 208 o.p. oraz art. 153 p.p.s.a., które miało istotny wpływ na wynik sprawy, a w efekcie doszło do naruszenia przepisów prawa materialnego, tj. art. 5 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., które miało wpływ na wynik sprawy. W konsekwencji, mając na uwadze, że jak ustaliło SKO w zaskarżonej decyzji, w sprawie doszło do upływu terminu przedawniania części zobowiązań podatkowych (co – jak już wyjaśniono - wobec brzmienia art. 134 § 2 p.p.s.a. nie może podlegać odmiennej ocenie Sądu, skutkującej wydaniem orzeczenia na niekorzyść skarżącej) Sąd, na podstawie art. 135 p.p.s.a. uchylił decyzję organu podatkowego I instancji.

Ponadto zgodnie z art. 145 § 3 p.p.s.a., w przypadku, o którym mowa w 145 § 1 pkt 1 i 2 p.p.s.a., sąd stwierdzając podstawę do umorzenia postępowania administracyjnego, umarza jednocześnie to postępowanie. W ocenie Sądu w realiach rozpatrywanej sprawy ziściła się przesłanka do umorzenia postępowania podatkowego w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego za 2016 r. Jak już wyżej wskazano, nie ma podstaw do określenia skarżącej zobowiązania podatkowego w stosunku do wszystkich przedmiotów opodatkowania, z uwagi na ustalony przez organ odwoławczy upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w stosunku do części z nich.

O kosztach postępowania sądowego (6 417 zł) Sąd orzekł na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 2 i § 4 p.p.s.a., zasądzając na rzecz strony skarżącej zwrot kosztów postępowania niezbędnych do celowego dochodzenia praw, uwzględniając uiszczony wpis od skargi (1 000 zł), opłatę skarbową od dokumentu stwierdzającego udzielenie pełnomocnictwa (17 zł) oraz wynagrodzenie profesjonalnego pełnomocnika (5 400 zł), ustalone według stawki z § 2 ust. 1 pkt 1 lit. f rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2018 r., poz. 1687).