Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodziz 10 września 2026 r., sygn. akt I SA/Łd 920/22

Uzasadnienie

Postanowieniem z dnia 10 października 2022 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi umorzył postępowanie odwoławcze wszczęte zażaleniem na postanowienie Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty z dnia 12 lipca 2022 r., przedłużające wobec E sp. z o.o. z siedzibą w Ł. termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do dnia 31 sierpnia 2022 r. w wysokości 135.500,00 zł wykazanej w deklaracji podatkowej VAT-7 za wrzesień 2019 r.

Rozstrzygnięcie to zapadło na podstawie wskazanych ustaleń faktycznych w sprawie.

W dniu 30 października 2019 r. wpłynęła do Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego Łódź- Bałuty korekta deklaracji strony dotycząca podatku od towarów i usług VAT-7 za miesiąc wrzesień 2019 r., w której wykazano kwotę do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni w wysokości 135.500,00 zł i do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w wysokości 465,00 zł. Organ I instancji dokonał czynności sprawdzających w zakresie prawidłowości wykazanego zwrotu. Ustalił na podstawie dokumentów, że zadeklarowana do zwrotu przez E sp. z o.o. nadwyżka podatku naliczonego nad należnym związana jest z wydatkami poniesionymi przez spółkę na zakup od firmy informatycznej "[...]", NIP [...] prac badawczo - rozwojowych VR w związku z realizowanym przez E sp. z o.o. projektem B+R, na podstawie następujących faktur nr: [...] z dnia 12 lipca 2019 r., wartość netto 160.000,00 zł, podatek VAT 36.800,00 zł; [...] z dnia 7 sierpnia 2019 r., wartość netto 240.000,00 zł, podatek VAT 55.200,00 zł; [...] z dnia 12 września 2019 r., wartość netto 200.000,00 zł, podatek VAT 46.000,00 zł; [...] z dnia 9 października 2019 r., wartość netto 50.000,00 zł, podatek VAT 11.500,00 zł.

W celu dokonania analizy przedłożonych dokumentów organ podatkowy

I instancji przedłużył termin jego zwrotu do dnia 31 marca 2020 r., a następnie do dnia 30 czerwca 2020 r.

W dniu 29 maja 2020 r. Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty wszczął wobec strony kontrolę podatkową w zakresie zasadności zwrotu podatku VAT za m-c wrzesień 2019 r., prawidłowości i terminowości rozliczeń podatku VAT za okres lipiec - sierpień 2019 r. oraz październik - grudzień 2019 r.

W toku kontroli przedłożono umowę inwestycyjną i umowę wspólników zawartą w dniu 7 stycznia 2019 r. pomiędzy D sp. z o.o. Alternatywna Spółka Inwestycyjna Spółka komandytowo-akcyjna, KRS [...], NIP [...], a D. K. (założycielem) wraz z załącznikami, umowę o wsparcie (powierzenie grantu). W celu analizy przedłożonych dokumentów przedłużano zwrot kolejnymi postanowieniami do dnia 31 grudnia 2021 r.

W związku z koniecznością dalszej weryfikacji zwrotu Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty wszczął w dniu 4 października 2021 r. wobec wskazanej spółki postępowanie podatkowe w sprawie podatku od towarów i usług za lipiec 2019 r. - grudzień 2019 r. i jednocześnie ponownie przedłużył termin dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za wrzesień 2019 r. do dnia 31 maja 2022 r., a następnie do dnia 29 lipca 2022 r.

W wyniku dokonanych ustaleń organ I instancji w dniu 12 lipca 2022 r. wydał postanowienie nr 1009-SKP.4103.7.2022.36.KRSz w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za wrzesień 2019 r. w kwocie 135.500 zł do dnia 31 sierpnia 2022 r.

W treści postanowienia organ I instancji powołując m.in. art. 87 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j.: Dz.U. z 2021 r., poz. 685 z późn. zm.), zwanej ustawą o VAT, wskazał na przesłanki, którymi kierował się przy przedłużeniu terminu zwrotu, tj: na wątpliwości związane z prawidłowością rozliczenia podatku od towarów i usług za wrzesień 2019 r. w zakresie przedstawionej dokumentacji pod kątem prawidłowości odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur VAT wystawionych przez firmę "[...]", koniecznością całościowego przeanalizowania protokołu kontroli merytorycznej projektu realizowanego przez spółkę E B+R wydanego przez Narodowe Centrum Badań i Rozwoju, a także analizy i ustosunkowania się do twierdzeń i wniosków zawartych w piśmie Strony z dnia 5 lipca 2022 r.

Strona nie zgadzając się z argumentacją przedstawioną przez Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty złożyła zażalenie na wskazane postanowienie z dnia 12 lipca 2022 r.

W wyniku rozpoznania wniesionego środka odwoławczego, postanowieniem z dnia 10 października 2022 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi umorzył postępowanie odwoławcze na podstawie art. 233 § 1 pkt 3 w zw. z art. 239 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j.: Dz.U. z 2021 r., poz. 1540 ze zm.), zwanej O.p.

Organ odwoławczy dokonując wykładni art. 87 ust. 2 ustawy o VAT w oparciu o przytoczone orzecznictwo sądów administracyjnych podniósł, że wbrew tezom zażalenia, organ I instancji w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia wskazał na wątpliwości uzasadniające konieczność weryfikacji rozliczenia Strony oraz zasadność przedłużenia terminu zwrotu, w tym odnosząc się do konieczności przeprowadzenia określonych dowodów i ich analizy. Niezależnie od powyższego, DIAS zwrócił uwagę, że w analizowanej sprawie doszło do zmiany stanu prawnego, która miała miejsce pomiędzy wydaniem postanowienia przez organ pierwszej instancji, a datą rozstrzygnięcia sprawy w drugiej instancji, co spowodowało, że rozpatrywanie sprawy w postępowaniu odwoławczym stało się bezprzedmiotowe.

Mianowicie, wydanie w dniu 15 września 2022 r. przez Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty decyzji wymiarowej nr 1009-SKP.4103.7.2022.58, którą określono w podatku od towarów i usług zobowiązanie podatkowe między innymi za wrzesień 2019 r. w kwocie 2.035,00 zł, nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za wrzesień 2019 r. w wysokości 0,00 zł, nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy wykazany przez podatnika za wrzesień 2019 r. w terminie 60 dni w wysokości 0,00 zł oraz ustalono dodatkowe zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za wrzesień 2019 r. w wysokości 46.000,00 zł i jej doręczenie pełnomocnikowi skarżącej, spowodowało w ocenie DIAS bezprzedmiotowość postępowania odwoławczego zainicjowanego zażaleniem na postanowienie Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty z dnia 12 lipca 2022 r. przedłużające termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do dnia 31 sierpnia 2022 r., wykazanej w deklaracji podatkowej VAT-7 za wrzesień 2019 r. w wysokości 135.500,00 zł, z uwagi na brak przedmiotu sporu, tj. brak deklaracji podatkowej za wskazany okres z wykazaną ww. kwotą do zwrotu bezpośredniego, co jest konsekwencją zakwestionowania przez Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty w decyzji z dnia 15 września 2022 r. zadeklarowanej przez Spółkę kwoty zwrotu bezpośredniego i określenie za ten okres rozliczeniowy między innymi kwoty zobowiązania podatkowego do wpłaty.

W skardze na to postanowienie pełnomocnik skarżącej zarzucił:

1. - naruszenie art. 233 § 1 pkt 3 w zw. z art. 239 O.p. poprzez błędną wykładnię przepisów i niewłaściwe ich zastosowanie, bowiem w sprawie nie zapadła jeszcze decyzja ostateczna w administracyjnym toku postępowania, gdyż skarżąca wniosła odwołanie od decyzji pierwszoinstancyjnej i trudno wobec tego uznać, że zniknął przedmiot postępowania, albo sprawa została już ostatecznie rozstrzygnięta, a dopiero to czyniłoby to postępowanie odwoławcze bezprzedmiotowym;
2. - błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie przepisu art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT poprzez uznanie przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi, iż przepisy umożliwiające przeprowadzenie postępowania weryfikującego pozwalają na nieograniczoną w czasie możliwość wstrzymywania zwrotu nadwyżki podatku VAT;
3. - naruszenie art. 284b § 1, § 2 i § 3 art. 291 § 4 O.p. poprzez uznanie przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej, że Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty nie dopuścił się naruszenia zasady prowadzenia kontroli podatkowej ponad czas zakreślony w upoważnieniu do jej przeprowadzenia, a przez to ponad termin wyznaczony przepisami prawa wydłużył termin do zwrotu podatku VAT;
4. - naruszenie art. 87 ust. 2 zdanie 2 ustawy o VAT poprzez to, że organ I instancji mimo obowiązku nie wskazał okoliczności uzasadniających przedłużenie terminu zwrotu. W postanowieniu wydawanym w takim przedmiocie organ powinien każdorazowo wskazywać przewidywany, najbardziej prawdopodobny termin zakończenia czynności związanych ze zwrotem, aby możliwe było zbadanie zachowania reguły proporcjonalności tego instrumentu w konkretnej sytuacji;
5. - naruszenie przepisów prawa procesowego poprzez uchybienie art. 120 i art. 121 § 1 O.p. który stanowi, że postępowanie podatkowe powinno być prowadzone w sposób budzący zaufanie podatnika do organów podatkowych w zakresie wskazanym w skardze.

W konkluzji postawionych zarzutów pełnomocnik skarżącej wniósł o uchylenie zakwestionowanego postanowienia w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania organowi odwoławczemu oraz zasądzenie kosztów postępowania na rzecz Skarżącej według norm przepisanych.

W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe stanowisko w sprawie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi zważył, co następuje

Zgodnie z art. 119 pkt 3 oraz art. 120 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j.: Dz.U. z 2026 r., poz. 143 z późn. zm.), zwanej p.p.s.a., jeżeli przedmiotem skargi jest postanowienie wydane w postępowaniu administracyjnym, na które służy zażalenie albo kończące postępowanie, a także postanowienie rozstrzygające sprawę co do istoty oraz postanowienia wydane w postępowaniu egzekucyjnym i zabezpieczającym, na które służy zażalenie, sprawa może być rozpoznana w trybie uproszczonym na posiedzeniu niejawnym w składzie trzech sędziów.

Stosownie zaś do art. 3 § 1 p.p.s.a., sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. W ramach owej kontroli sąd administracyjny nie przejmuje sprawy administracyjnej do jej końcowego załatwienia, lecz ocenia, nie będąc przy tym związany granicami skargi, czy przy wydawaniu zaskarżonego aktu nie naruszono reguł postępowania administracyjnego i czy prawidłowo zastosowano prawo materialne.

Sąd uwzględniając skargę na decyzję lub postanowienie uchyla decyzję lub postanowienie w całości albo w części, jeżeli stwierdzi naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego, bądź inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt 1 p.p.s.a.). Przy czym stosownie do art. 134 § 1 p.p.s.a. rozstrzygając daną sprawę sąd, co zasady, nie jest związany zarzutami i wnioskami skargi, może zastosować przewidziane ustawą środki w celu usunięcia naruszenia prawa w stosunku do aktów lub czynności wydanych lub podjętych we wszystkich postępowaniach prowadzonych w granicach sprawy, której dotyczy skarga, jeżeli jest to niezbędne dla końcowego jej załatwienia (art. 135 p.p.s.a.).

Natomiast w razie nieuwzględnienia skargi, sąd skargę oddala odpowiednio w całości albo w części (art. 151 p.p.s.a.).

Rozpoznając w trybie uproszczonym w tak zakreślonej kognicji skargę - Sąd uznał, że nie zasługuje ona na uwzględnienie. Organy podatkowe nie dopuściły się bowiem naruszenia prawa w sposób, który skutkowałby uchyleniem zaskarżonego postanowienia.

Istota sporu w niniejszej sprawie sprowadza się do oceny, czy prawidłowo organ odwoławczy umorzył, jako bezprzedmiotowe postępowanie zażaleniowe od postanowienia Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty z dnia 12 lipca 2022 r. przedłużającego termin zwrotu podatku od towarów i usług wykazanego w deklaracji podatkowej, w sytuacji gdy pomiędzy datą wydania postanowienia w pierwszej instancji, a datą rozstrzygnięcia o umorzeniu postępowania w drugiej instancji została wydana decyzja wymiarowa, określająca zobowiązanie podatkowe w miejsce deklarowanego zwrotu.

Powyższe zagadnienie było przedmiotem analizy sądów administracyjnych i na tym tle zarysowały się dwie odmienne linie orzecznicze.

Pierwsza z nich prezentuje stanowisko zgodnie z którym, wydanie decyzji wymiarowej w VAT nie uzasadnia umorzenia postępowania zażaleniowego w sprawie przedłużenia terminu zwrotu (vide: wyroki: NSA z dnia 6 sierpnia 2021 r., I FSK 1041/21; z dnia 11 lipca 2024 r., I FSK 1524/20; z dnia 19 października 2021 r., I FSK 1707/21).

W tej grupie orzeczeń zapoczątkowanej przez wyrok NSA z dnia 6 sierpnia 2021 r., I FSK 1041/21, Sąd stanął na stanowisku, że takie postępowanie organu odwoławczego prowadzi do utożsamienia ze sobą przedmiotu postępowania prowadzonego przez organ pierwszej instancji z przesłankami, które umożliwiają prowadzenie tego postępowania, które w istocie stanowią przedmiot umorzonego postępowania zażaleniowego. O ile przedmiotem postanowienia wydanego w trybie art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT jest przedłużenie terminu zwrotu różnicy podatku z uwagi na konieczność dokonania dodatkowej weryfikacji rozliczeń podatnika, to przedmiotem postępowania zażaleniowego jest ponowne zbadanie przesłanek do wydania takiego postanowienia, a więc przesłanek do prowadzenia w tym przedmiocie dalszego postępowania weryfikacyjnego, które czasowo zawiesza prawo podatnika do rozporządzania zwrotem nadwyżki podatku naliczonego.

Ponadto, potencjalne nabycie przez podatnika z mocy prawa (w sposób konstytutywny) wykazanej w deklaracji nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wyprzedza - zarówno w ujęciu chronologicznym, jak i co do mocy skutku prawnego

1. - następcze wydanie przez organ odwoławczy, a na dodatek w innym postępowaniu, decyzji określającej wymiar podatku. Najdalej idącym skutkiem takiego stanu rzeczy jest pominięcie przez organ także tego, że w przedmiocie postępowania głównego decyzja wymiarowa nie została jeszcze poddana kontroli sądów administracyjnych pod względem zgodności z prawem, co może skutkować koniecznością zwrotu Skarżącej podatku wraz z odsetkami od określonego terminu. Przedmiot postępowania zażaleniowego (...) nie przestał zatem istnieć.

W końcu, umorzenie postępowania zażaleniowego prowadzi do niemożliwego do zaakceptowania w demokratycznym państwie prawnym wyjęcia postanowień wydawanych przez naczelników urzędów skarbowych w trybie art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT spod rzeczywistej kontroli sądów administracyjnych, co w sposób istotny narusza standard ochrony własności jednostki, gdyż w tych kategoriach należy postrzegać skutek prawny w postaci potencjalnego nabycia przez podatnika z mocy prawa zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wraz z odsetkami.

Przeciwne stanowisko zaprezentowane zostało m.in. w wyrokach NSA: z dnia 18 marca 2025 r., I FSK 2149/21; z dnia 26 lutego 2025 r., I FSK 1611/21; wyroku WSA w Łodzi z dnia 24 stycznia 2018 r., I SA/Łd 1071/17; czy wyrokach WSA we Wrocławiu: z dnia 14 września 2018 r., I SA/Wr 553/18; z dnia 9 października 2018 r., sygn. akt I SA/Wr 736/18 i z dnia 31 sierpnia 2018 r., I SA/Wr 568/18.

W orzeczeniach tych stwierdzono, że skoro nie ma już przedmiotu sporu, jakim było dokonanie zwrotu wynikającego z deklaracji złożonej przez podatnika, to wystąpiła bezprzedmiotowość postępowania zażaleniowego, co uzasadniało jego umorzenie.

Sąd rozpoznający niniejszą sprawę podziela w całości argumenty zawarte w drugiej grupie orzeczeń jednocześnie podnosząc, że pierwszą grupę poglądów cechuje wewnętrzna sprzeczność argumentacji i nieuwzględnienie ratio legis zarówno instytucji zwrotu należnego podatku (art. 87 ust.2 ustawy o VAT), jak i samoobliczenia podatku oraz instytucji umorzenia postępowania przewidzianej w art. 233 § 1 pkt 3 O.p.

Z przepisu art. 87 ustawy o VAT wynika, że wprowadza on dwie równorzędne zasady dotyczące sposobu postępowania z nadwyżką VAT: otrzymanie jej zwrotu na rachunek bankowy, albo przeniesienie jej na następne okresy rozliczeniowe. Wybór sposobu postępowania został pozostawiony podatnikowi. Jeśli wybierze on tzw. zwrot bezpośredni, zasady jego dokonania określa m.in. art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, określając termin zwrotu i możliwość przedłużenia tego terminu oraz miejsce jego dokonania (np. rachunek bankowy).

Zgodnie bowiem z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 6 i 6a, następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju albo na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo

1. - kredytowej, której jest członkiem, wskazany w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, lub na wskazany przez podatnika rachunek banku mającego siedzibę na terytorium kraju lub na rachunek spółdzielczej kasy oszczędnościowo-kredytowej, jako zabezpieczenie udzielanego przez ten bank lub przez tę kasę kredytu, na podstawie złożonego przez podatnika do naczelnika urzędu skarbowego, w terminie do złożenia deklaracji podatkowej, pisemnego, nieodwołalnego upoważnienia organu podatkowego, potwierdzonego przez bank lub spółdzielczą kasę oszczędnościowo-kredytową udzielających kredytu, do przekazania tego zwrotu.

Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.

Zatem w świetle art. 87 ust. 2 ustawy o VAT przedłużenie terminu zwrotu jest możliwe, gdy zasadność zwrotu wymaga dodatkowej weryfikacji (sprawdzenia). Rozwiązanie to ma służyć zabezpieczeniu interesów budżetu Państwa i unikaniu dokonywania zwrotów, które w wyniku późniejszych działań administracji podatkowej (jednoznacznego ustalenia stanu faktycznego) mogłyby okazać się nienależnymi. Przepis art. 87 ust. 2 zd. 2 ustawy o VAT nie zawiera konkretnych przesłanek nakazujących weryfikację zasadności zwrotu. Wystarczy więc powzięta przez organ podatkowy uzasadniona wątpliwość co do prawidłowości zwrotu.

Ten szczególny charakter analizowanej instytucji, niewątpliwie dolegliwej dla podatnika, pociąga za sobą określone obowiązki po stronie organu podatkowego. W konsekwencji odroczenie zwrotu VAT powinno być należycie i wyczerpująco uzasadnione, tak by nie było wątpliwości, że w danej sprawie rzeczywiście istnieje konieczność dokonania dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu różnicy podatku, zgodnie z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT (vide: wyrok NSA z dnia 22 listopada 2023 r., I FSK 2058/22).

W realiach przedmiotowej sprawy istotne znaczenie ma interpretacja użytego w art. 87 ust. 2 ustawy o VAT pojęcia organ i rozważenie, kiedy następuje zakończenie weryfikacji zasadności zwrotu. Sąd podziela w tej kwestii rozważania zaprezentowane w wyroku NSA z dnia 26 lutego 2025 r., I FSK 1611/21.

W orzeczeniu tym Sąd wskazał, że jako "zakończenie weryfikacji rozliczenia" należy rozumieć zakończenie weryfikacji przewidzianej w ramach wskazanych w art. 87 ust. 2 ustawy o VAT procedur – czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, postępowania podatkowego, postępowania kontrolnego na podstawie przepisów o kontroli skarbowej. W przypadku gdy weryfikacja zwrotu związana jest z przeprowadzaniem postępowania podatkowego, tak jak w przedmiotowym przypadku, końcem tej weryfikacji jest bądź umorzenie postępowania w sprawie, bądź wydanie decyzji wymiarowej.

Jak wskazano przykładowo w orzeczeniu Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 15 maja 2023 r., I FSK 1371/20, po wydaniu decyzji wymiarowej nie jest już dopuszczalne wydanie postanowienia w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu podatku od towarów i usług, ponieważ ma ono rację bytu tylko do czasu zakwestionowania deklaracji. Podobnie przyjął Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 28 września 2023 r. w sprawie o sygn. akt I FSK 582/23, zapadłym w podobnym do niniejszej sprawy stanie faktycznym.

W realiach stanu faktycznego powoływanego wyroku naczelnik urzędu skarbowego wydał decyzję, w której określił stronie zobowiązanie podatkowe w miejsce zadeklarowanego zwrotu, która następnie została utrzymana w mocy decyzją organu odwoławczego. Następnie w sprawie orzekały sądy administracyjne obu instancji. Ostatecznie organ odwoławczy uchylił decyzję organu pierwszej instancji i przekazał temu organowi sprawę do ponownego rozpatrzenia, a organ pierwszej instancji postępowanie umorzył. W wyroku wskazano, że weryfikacja zasadności zwrotu została zakończona decyzją wymiarową (kwestionującą wykazany w deklaracji przez podatnika podatek do zwrotu).

Natomiast zainicjowane przez stronę postępowanie odwoławcze i następnie przeprowadzone postępowanie sądowe nie stanowiło kontynuacji postępowania weryfikacyjnego, o którym mowa w art. 87 ust. 2 ustawy o VAT. Z faktu, że organ po prawomocnym wyroku sądowym uchylającym wcześniejszą decyzję obowiązany jest zakończyć postępowanie, np. poprzez umorzenie postępowania, nie można przy tym wywieść, że następuje reaktywacja weryfikacji zasadności zwrotu, raz już zakończonej przez organ z wynikiem negatywnym dla podatnika.

Jeszcze innym orzeczeniem, na które zwrócono uwagę w przytoczonym wyroku w sprawie o sygn. akt I FSK 1611/21, jest wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 22 stycznia 2025 r., I FSK 1517/21. Sąd ten, orzekając w sprawie dotyczącej przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku, zwrócił uwagę na to, że postępowanie odwoławcze uzależnione jest od inicjatywy strony. Jak wskazał, skoro weryfikacja rozliczenia podatnika ma być dokonywana w ramach określonych postępowań, to postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu podatku może być wydane tylko w momencie prowadzenia tych postępowań.

Nadto, tego rodzaju postanowienie nie może zostać wydane w trakcie postępowania odwoławczego. Przedłużenie terminu zwrotu, o którym mowa w art. 87 ust. 2 ustawy o VAT rozciąga się tylko na procedury uruchamiane przez organ podatkowy pierwszej instancji; to on bowiem decyduje o tym, czy zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, natomiast postępowanie odwoławcze - uzależnione od inicjatywy strony - bez wątpienia do takich nie należy. W powołanym wyroku Sąd podkreślił również, że w razie uchylenia decyzji wydanej w pierwszej instancji przez organ odwoławczy, organ pierwszej instancji nie nabywa ponownie uprawnienia do wydawania dalszych postanowień o przedłużeniu terminu zwrotu podatku.

W dalej cytowanym wyroku I FSK 1611/21, NSA podkreślił, iż art. 87 ust. 2 u.p.t.u. nie można interpretować rozszerzająco w taki sposób, że zasadność zwrotu może weryfikować również inny organ niż organ pierwszej instancji, już po wydaniu decyzji wymiarowej, również z tego powodu, że interesy Skarbu Państwa oraz podatnika powinny być równoważone. Możliwość przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku ma zabezpieczać interes budżetowy Skarbu Państwa przed próbą wyłudzenia nienależnego zwrotu podatku. Z drugiej jednak strony, konieczność zwrotu różnicy podatku od towarów i usług, wynika z zasady neutralności tego podatku, będącej jego podstawową zasadą konstrukcyjną. Innymi słowy zwrot różnicy podatku nie jest ulgą, czy przywilejem podatkowym. Brak zwrotu podatku w terminie może łączyć się nadto z dotkliwymi konsekwencjami dla podatnika, zwłaszcza, spowodować zachwianie jego płynności finansowej lub jej utratę.

Stąd w orzecznictwie sądów administracyjnych wielokrotnie podkreśla się, że prawo organu do przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku powinno być realizowane jedynie w sytuacjach wyjątkowych. Interpretowanie art. 87 ust. 2 u.p.t.u. w taki sposób, że organem weryfikującym zasadność zwrotu różnicy podatku może być inny organ niż organ pierwszej instancji, a sama weryfikacja może trwać jeszcze po wydaniu decyzji wymiarowej w pierwszej instancji, w czasie postępowania odwoławczego czy nawet postępowania sądowoadministracyjnego i ponownego postępowania podatkowego, gdy ostatecznie decyzja wymiarowa okazała się niezgodna z prawem i dokonano zwrotu różnicy podatku, prowadzi do następujących skutków. Mianowicie taka interpretacja art. 87 ust. 2 u.p.t.u. skutkowałaby koniecznością przyjęcia, że to podatnik musi ponieść konsekwencje niezgodnego z prawem działania organu podatkowego – otrzymując ostatecznie oprocentowanie w wysokości określonej w art. 87 ust. 2 zdanie trzecie u.p.t.u., które jest niższe niż oprocentowanie wynikające z art. 87 ust. 7 u.p.t.u., a z drugiej strony niezgodne z prawem działanie organu podatkowego wywoływałoby dla tego organu, pod kątem finansowym, takie same konsekwencje jak działanie zgodne z prawem.

W następnej kolejności Sąd podnosi, że podatek od towarów i usług jest oparty na zasadzie samoobliczenia przez podatnika tego podatku. Wymaga on złożenia deklaracji podatkowej, w której podatnik określa wysokość podatku do zapłaty. Korekta deklaracji posiada ten sam walor. Deklaracja lub korekta deklaracji, aż do momentu wyeliminowania jej z obrotu prawnego są oświadczeniami woli podatnika z wszelkimi skutkami prawnymi wiążącymi się z takim oświadczeniem.

W przypadku, gdy zostanie wszczęte postępowanie kontrolne czy podatkowe, w którym ujawnione zostaną nieprawidłowości i zostanie wydana decyzja - stwierdzająca nadpłatę czy też zaległość podatkową - z obrotu prawnego wyeliminowana zostaje deklaracja podatkowa. Wydanie przez organ podatkowy decyzji określającej zobowiązanie podatkowe w innej wysokości niż deklarowana przez podatnika koryguje bowiem jego oświadczenie wynikające ze złożonej deklaracji. Wydanie decyzji wymiarowej anuluje zatem samoobliczenie.

Jasno wyraził to NSA w przywołanym orzeczeniu I FSK 1611/21 wskazując, że decyzja wymiarowa, o której mowa w art. 21 § 3a O.p. zastępuje deklarację. Sąd ten zaznaczył również, że trudno jest logicznie uzasadnić pogląd, iż po wydaniu takiej decyzji wymiarowej, w której organ określił, że podatnikowi przysługuje zwrot podatku w innej wysokości, zastępując tym samym złożoną deklarację, a więc zweryfikował negatywnie zasadność zwrotu podatku, to jednak po wydaniu tego typu decyzji nadal prowadzi weryfikację zasadności zwrotu.

Sąd nie podziela stanowiska skarżącej, że wydanie decyzji wymiarowej nie daje podstawy do umorzenia postępowania w sprawie przedłużenia terminu zwrotu VAT, gdyż sprawa nie została ostatecznie zakończona.

Jak zasadnie wskazał organ w odpowiedzi na skargę, następstwem obowiązującej w podatku od towarów i usług zasady samoobliczenia są postanowienia art. 99 ust. 12 ustawy o VAT stanowiącego, iż zobowiązanie podatkowe, kwotę zwrotu różnicy podatku, kwotę zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku, o której mowa w art. 87 ust. 1 przyjmuje się w kwocie wynikającej z deklaracji podatkowej, chyba że organ podatkowy określi je w innej wysokości. Dopóki zwrot podatku VAT nie zostanie określony w innej wysokości wiążąca jest kwota wynikająca z deklaracji podatkowej VAT-7. W takiej sytuacji organ pierwszej instancji w celu weryfikacji zasadności zwrotu, uprawniony jest tylko do przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT wykazanego w deklaracji podatkowej, co w przedmiotowej sprawie uczyniono.

Natomiast w sytuacji wydania przez organ I instancji w sprawie decyzji podatkowej za dany okres rozliczeniowy, decyzja taka z mocy prawa zmienia rozliczenie podatkowe strony. Zatem w takiej sytuacji samorozliczenie podatkowe Strony zastąpione zostaje indywidualnym aktem administracyjnym w postaci decyzji podatkowej, który wiąże organ podatkowy oraz Podatnika (do czasu jego ewentualnego wzruszenia przez organ podatkowy pierwszej lub drugiej instancji lub przez sąd administracyjny, która to sytuacja w dacie wydawania przez organ odwoławczy rozstrzygnięcia nie zaistniała). Stąd też, o ile zgodzić się należy ze Stroną, że wydana w sprawie Strony decyzja nie jest decyzją ostateczną na skutek złożonego skutecznie odwołania, niemniej jednak regulacja art. 99 ust. 12 ustawy o VAT jest jasna - decyzja organu I instancji, nawet nieostateczna, jeżeli pozostaje w obrocie prawnym zmienia samowymiar podatnika, uchylając de facto złożoną przez niego deklarację podatkową. Powyższe znajduje odzwierciedlenie chociażby w wyroku NSA z dnia 18 grudnia 2024 r., I FSK 903/24.

Organ odwoławczy, rozpoznając zażalenie złożone na postanowienie wydane w toku postępowania kontrolnego (podatkowego), wydaje rozstrzygnięcie przewidziane w art. 233 § 1 O.p., a więc może także umorzyć postępowanie odwoławcze. Umorzenie postępowania skutkuje tym, że nie ma przesłanek do orzekania w danej sprawie. Przesłanką umorzenia postępowania jest bezprzedmiotowość postępowania "z jakiejkolwiek przyczyny" (art. 208 § 1 O.p.), czyli z każdej przyczyny powodującej brak jednego z elementów stosunku prawnego w odniesieniu do jego strony podmiotowej albo przedmiotowej (vide: wyrok WSA w Łodzi z dnia 24 stycznia 2018 r., I SA/Łd 1071/17).

Skoro zatem w niniejszej sprawie wygasło (nie wywiera żadnych skutków prawnych) postanowienie z dnia 12 lipca 2022 r. przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za wrzesień 2019 r. w kwocie 135.500 zł do dnia 31 sierpnia 2022 r. - wykazanej przez skarżącą w korekcie deklaracji VAT-7 za wrzesień 2019 r., na skutek określenia zobowiązania podatkowego i braku kwoty podatku do zwrotu, bezprzedmiotowym stało się postępowanie odwoławcze (zażaleniowe) w tym zakresie. Bezsporny brak podstaw prawnych o którym mowa w art. 208 § 1 O.p. był zatem przeszkodą do merytorycznego rozpoznania przez organ odwoławczy zakwestionowanego postanowienia organu I instancji.

Sąd zaznacza również, że przedmiotem sprawy nie jest sam zwrot a legalność postanowienia wydanego w przedmiocie zwrotu a zatem – co do zasady – organ odwoławczy powinien był oceniać legalność zaskarżonego postanowienia na dzień jego wydania (vide: wyrok WSA w Łodzi z dnia 17 czerwca 2021 r., I SA/Łd 335/21).

Niemniej, w tej kwestii w zaskarżonym postanowieniu organ odwoławczy odniósł się przyczyn przedłużenia przez organ I instancji terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, wskazując na konieczność weryfikacji rozliczenia strony, w tym zaistniałą potrzebę przeprowadzenia określonych dowodów i ich analizy. Organ w odpowiedzi na skargę podniósł także, że Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty w wydanym postanowieniu wyszczególnił kwestie, które stały się podstawą do przedłużenia terminu zwrotu podatku za wrzesień 2019 r. Jako zasadniczą podstawę wydania postanowienia z dnia 12 lipca 2022 r. organ

I instancji wskazał konieczność potwierdzenia zasadności uwzględnienia odliczenia podatku naliczonego z kwestionowanych faktur wystawionych przez firmę M. J., zaś organ odwoławczy uznał prawidłowość uzależnienia przez organ

I instancji dokonania zwrotu na rzecz Skarżącej od całości zgromadzonego materiału dowodowego.

Organ odwoławczy nie mógł jednak tracić z pola widzenia i abstrahować od tego, że zmieniła się sytuacja prawna i stan faktyczny sprawy. Na skutek zmiany okoliczności faktycznych, zakończenia postępowania podatkowego i określenia skarżącej zobowiązania podatkowego w miejsce zadeklarowanego zwrotu, w momencie wydawania zaskarżonego rozstrzygnięcia organ odwoławczy nie był już uprawniony do merytorycznego rozpoznania zażalenia, gdyż nie było podstaw prawnych do orzekania w przedmiocie zwrotu podatku na skutek określenia zobowiązania podatkowego w miejsce deklarowanego zwrotu.

Zaznaczyć należy, że samo wydanie decyzji wymiarowej i jej funkcjonowanie w obrocie na dzień wydania zaskarżonego postanowienia, potwierdza zasadność przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym.

Słusznie zatem Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi, na podstawie art. 233 § 1 pkt 3 O.p. umorzył postępowanie odwoławcze i nie może w tym zakresie być mowy o naruszeniu zasady dwuinstancyjności postępowania. W sytuacji kiedy deklaracja upada, brak jest wszystkich elementów materialnoprawnych uprawniających organ odwoławczy na podstawie art. 87 ust. 2 ustawy o VAT do badania oceny zasadności postanowienia w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym.

Po określeniu innej wysokości zobowiązania podatkowego, w tym wypadku podatku do zapłaty w miejsce zadeklarowanego zwrotu podatku, Strona może skorzystać ze środków zaskarżenia przysługujących jej od decyzji wymiarowej, a w razie jej ewentualnego uchylenia uzyska należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej.

Z tych względów, Sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a. oddalił skargę o czym orzekł, jak w sentencji.

dch