Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodziz 3 września 2026 r., sygn. akt I SA/Łd 66/26

Uzasadnienie

Postanowieniem z 28 listopada 2025 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi, po rozpatrzeniu zażalenia J. W. Spółka Jawna z siedzibą w Ł., na postanowienie Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty z 9 września 2025 r. wydanego w sprawie przedłużenia do 31 stycznia 2026 r. terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za czerwiec 2025 r.

Jak wynika z akt sprawy, w dniu 22 lipca 2025 r. J. W. Spółka Jawna złożyła deklarację VAT-7 (plik JPK_V7M) za czerwiec 2025 r., wykazując nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym w kwocie 36.727,00 zł, w tym: do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni kwotę 20.000,00, do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy kwotę 16.727,00 zł.

Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź – Bałuty, w wyniku analizy struktury zakupów i sprzedaży, przedłożonych dokumentów podatkowych, powziął szereg wątpliwości co do prawidłowości rozliczenia przez Spółkę podatku od towarów i usług za czerwiec 2025 r. W związku z koniecznością dokonania weryfikacji zasadności zadeklarowanego zwrotu, postanowieniem z 9 września 2025 r., na podstawie art. 216 § 1, art. 274b, art. 277 ustawy z 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (DZ.U. z 2025 r., poz. 111) dalej: O.p., art. 87 ust. 2 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2025 r. poz. 775) dalej: u.p.t.u., przedłużył termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na rachunek bankowy za czerwiec 2025 r. do 31 stycznia 2026 r. Organ zauważył m.in. niepokojące zjawisko nabywania przez Spółkę opakowań do leków recepturowych mających znaczną wartość w stosunku do surowca farmaceutycznego, z którego wykonywane są leki recepturowe, w kontekście wprowadzenia od stycznia 2024 r. limitów refundacji na surowce farmaceutyczne, przy jednoczesnym braku limitu na opakowania.

Podatnik nie zgadzając się z rozstrzygnięciem organu wniósł zażalenie, zaskarżając postanowienie z 9 września 2025 r. w całości. Strona odwołująca zarzuciła naruszenie przepisów:

1. - art. 125 § 1 O.p. poprzez brak podejmowania działań wnikliwie i szybko, posługując się możliwie najprostszymi środkami prowadzącymi do załatwienia sprawy;
2. - art. 210 § 4 w zw. z art. 217 oraz art. 219 O.p. poprzez brak wskazania konkretnych przyczyn, rzeczywiście uzasadniających odmowę dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym;
3. - art. 87 ust. 2 u.p.t.u. poprzez przedłużenie terminu zwrotu VAT w sytuacji, gdy brak ku temu rzeczywistych podstaw, zaś praktyka stosowania tego przepisu przez organ podatkowy sprzeciwia się jego istocie, gdyż prowadzi do rażącego naruszenia zasady neutralności podatku od towarów i usług;
4. - art. 183 Dyrektywy 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej - poprzez brak zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w rozsądnym terminie i bez ryzyka finansowego dla podatnika.

Spółka wniosła o uchylenie w całości zaskarżonego postanowienia i dokonanie zwrotu nadwyżki VAT naliczonego nad należnym za czerwiec 2025 r.

Opisanym na wstępie postanowieniem z 28 listopada 2025 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 w związku z art. 239 i art. 13 § 1 pkt 2 lit. a, art. 274b O.p., art. 87 ust. 2 u.p.t.u. utrzymał w mocy rozstrzygnięcie organu pierwszej instancji.

W uzasadnieniu organ odwoławczy wskazując na treść art. 87 ust. 2, ust. 2b u.p.t.u. oraz art. 274b O.p., wyjaśnił, że zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, nie przebiega automatycznie i nie zależy wyłącznie od wykazania go w deklaracji sporządzanej przez podatnika. W przypadku wątpliwości co do zasadności zwrotu organ podatkowy tj. właściwy naczelnik urzędu skarbowego, może przedłużyć termin deklarowanej do zwrotu nadwyżki podatku do czasu sprawdzenia czy jest ona uzasadniona. Organ zaznaczył, że na etapie wydania postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu nadwyżki podatku organ podatkowy decyduje wyłącznie o konieczności dalszego badania zasadności tego zwrotu, nie zaś o samej zasadności zwrotu.

Nie można zatem wymagać od organu podatkowego wydającego postanowienie w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, aby już na etapie postępowania w zakresie weryfikacji zwrotu podatku VAT wskazał na konkretne ustalenia, co do faktów podważających zasadność tego zwrotu. Nadto, jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.

Organ dodał, że przepis art. 87 u.p.t.u. jest polskim odpowiednikiem regulacji zawartych m.in. w art. 183 Dyrektywy 2006/112/WE i daje pewną autonomię proceduralną państw członkowskich, której zakres wyznaczają zasady równoważności i skuteczności. Trybunał wyjaśnił, że o ile państwa członkowskie dysponują pewnym zakresem swobody przy ustalaniu trybów zwrotu nadwyżki VAT, o tyle procedury te nie mogą podważać zasady neutralności podatkowej, przenosząc na podatnika, w całości lub w części, ciężar tego podatku.

Nadto przepis art. 87 ust. 2 u.p.t.u. był przedmiotem analizy Trybunału Konstytucyjnego, który w wyroku z 13 października 2008 r. (K 16/07, OTK-A 2008, nr 8, poz. 136) stwierdził, że przedłużenie terminu dokonania zwrotu nie narusza konstytucyjnych zasad wyrażonych w art. 2 Konstytucji RP oraz art. 217 Konstytucji RP.

Organ odwoławczy podzielił wątpliwości organu pierwszej instancji, co do zasadności zwrotu deklarowanego przez stronę podatku za czerwiec 2025 roku. Zdaniem organu wynikają one m.in. z okoliczności nawiązania kontaktu przez Spółkę z kontrahentami, w tym brak wiedzy o kontrahentach, wystawiania recept przez trzech lekarzy na rzecz pacjentów z trzech DPS-ów z całej Polski, ilości wystawionych recept -268, brak fizycznych możliwości Spółki zrealizowania tak dużej ilości recept na leki recepturowe biorąc pod uwagę osoby, które de facto się tym zajmowały, tj.: pracownik i wspólnik Spółki – J. W.. Wyjaśnił, że w celu oceny zasadności zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, powstałej z tytułu transakcji w tym miesiącu - organ podatkowy jest obowiązany rzetelnie ustalić stan faktyczny dotyczący tych transakcji. Zwrócił uwagę, że organ pierwszej instancji wystąpił do [...] Oddziału Wojewódzkiego Narodowego Funduszu Zdrowia oraz Centrum e-Zdrowia celem pozyskania informacji mogących mieć wpływ na ustalenie stanu faktycznego w zakresie dokonywanych przez Aptekę transakcji.

Uwzględnił materiał dowodowy pozyskany w trakcie kontroli podatkowych prowadzonych wobec wcześniejszych okresów od maja 2023 r. do stycznia 2024 r., jak i na etapie czynności sprawdzających w celu ustalenia stanu faktycznego dotyczącego rozliczeń Strony, przebiegu transakcji z kontrahentami, zakupów oraz wykazanych dostaw.

W opinii organu odwoławczego uzasadnienie skarżonego postanowienia przekonuje, że z podanych przez organ pierwszej instancji względów Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty powziął uzasadnione wątpliwości co do zasadności zwrotu deklarowanego podatku. Organ podatkowy w zaskarżonym postanowieniu, przedłużając termin zwrotu podatku od towarów i usług, wskazał na powody odmowy dokonania zwrotu w ustawowym terminie, przedstawił istniejące w tym przedmiocie wątpliwości oraz wyjaśnił, dlaczego uznał, że takie wątpliwości wystąpiły. Dyrektor podkreślił ponadto, że przesłanką do wydania kwestionowanego postanowienia nie był sam fakt wykazania przez podatnika nadwyżki do zwrotu, jak sugeruje strona, lecz obiektywne wątpliwości, co do zasadności zwrotu. Za niezasadne organ odwoławczy uznał zarzuty zażalenia, dotyczące niewskazania przez organ pierwszej instancji jakiegokolwiek argumentu, który przemawiałby za koniecznością przedłużenia terminu zwrotu wykazanej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za czerwiec 2025 roku.

Na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi z 28 listopada 2025 r. J. W. Spółka Jawna z siedzibą w Ł. wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi.

Zaskarżonemu postanowieniu Strona zarzuciła naruszenie następujących przepisów prawa, które miało istotny wpływ na wynik sprawy:

1. 1) art. 145 § 2 O.p. poprzez doręczenie zaskarżonego postanowienia na konto w e-Urzędzie Skarbowym, a zatem na adres, który nie został podany w pełnomocnictwie, co narusza normę, iż pisma doręcza się pełnomocnikowi pod adresem wskazanym w pełnomocnictwie;
2. 2) art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 239 O.p. oraz art. 87 ust. 2 u.p.t.u. i art. 125 § 1 O.p. poprzez utrzymanie w mocy postanowienia organu pierwszej instancji o przedłużeniu terminu zwrotu VAT za czerwiec 2025 r. do 31 stycznia 2026 r. w sytuacji, gdy kontrola zasadności zwrotu VAT jest z założenia kontrolą doraźną, a szybkość ma tutaj aspekt kluczowy, co za tym idzie - działania organów nie powinny powodować, że uzyskanie takiego zwrotu jest nadmiernie utrudnione lub w praktyce wręcz niemożliwe;
3. 3) art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 239 O.p. oraz art. 87 ust. 2 u.p.t.u. poprzez utrzymanie w mocy postanowienia organu pierwszej instancji o przedłużeniu terminu zwrotu VAT do 31 stycznia 2026 r. w sytuacji, gdy brak ku temu rzeczywistych podstaw, argumentacja przedstawiana przez organ pierwszej instancji powtarzana jest w sprawach skarżącej od wielu miesięcy, zaś praktyka stosowania tego przepisu przez organy podatkowego sprzeciwia się jego istocie, gdyż prowadzi do rażącego naruszenia zasady neutralności podatku od towarów i usług;
4. 4) art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 239 O.p. oraz art. 125 § 1 i art. 121 § 1 O.p. poprzez utrzymanie w mocy postanowienia organu pierwszej instancji o przedłużeniu terminu zwrotu VAT w sytuacji, gdy organ ten nie podejmuje działań wnikliwie i szybko, posługując się możliwie najprostszymi środkami prowadzącymi do załatwienia sprawy, co prowadzi do realnej groźby niewypłacalności i upadłości skarżącej.

Nadto Strona zarzuciła naruszenie:

1. 1) art. 183 Dyrektywy 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej - poprzez jego nieuwzględnienie i niezastosowanie skutkujące brakiem zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w rozsądnym terminie i bez ryzyka finansowego dla podatnika, co narusza zasadę neutralności VAT oraz zasadę proporcjonalności;
2. 2) art. 87 ust. 2 u.p.t.u. - poprzez jego błędną wykładnię, pomijającą konieczność uwzględnienia zasad: szybkości, rozsądnego terminu, proporcjonalności, neutralności - a zatem zasad zdefiniowanych i rozwiniętych w orzecznictwie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej.

Pełnomocnik Spółki wniósł o uznanie, że zaskarżone postanowienie nie weszło do obrotu prawnego, ewentualnie uchylenie w całości zaskarżonego postanowienia oraz poprzedzającego go postanowienia organu pierwszej instancji, skierowanie sprawy do rozpoznania w trybie uproszczonym, zasądzenie na rzecz skarżącej kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych.

W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi, podtrzymując argumentację zawartą w zaskarżonym postanowieniu, wniósł o jej oddalenie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi zważył, co następuje

Skarga nie jest zasadna.

W myśl art. 3 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j.: Dz. U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.), zwanej p.p.s.a., sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. Oznacza to, iż Sąd bada legalność zaskarżonej decyzji, tj. jej zgodność z prawem materialnym określającym prawa i obowiązki stron oraz prawem procesowym regulującym postępowanie przed organami administracji publicznej.

Sąd rozpoznający sprawę nie może zmienić zaskarżonej decyzji, a jedynie uwzględniając skargę może ją uchylić, stwierdzić jej nieważność lub niezgodność z prawem, a może to uczynić, stosownie do unormowania zawartego w art. 145 § 1 p.p.s.a., jeśli stwierdzi naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy; naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego; inne naruszenie przepisów postępowania, jeśli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy. W przypadku zaś, gdy nie zachodzą okoliczności wskazane w art. 145 § 1 p.p.s.a., skarga zgodnie z art. 151 p.p.s.a. podlega oddaleniu. Wedle przepisu art. 134 § 1 p.p.s.a. rozstrzygając daną sprawę, sąd nie jest związany zarzutami i wnioskami skargi, może zastosować przewidziane ustawą środki w celu usunięcia naruszenia prawa w stosunku do aktów lub czynności wydanych lub podjętych we wszystkich postępowaniach, prowadzonych w granicach sprawy, której dotyczy skarga, jeżeli jest to niezbędne dla końcowego jej załatwienia (art. 135 p.p.s.a.).

Rozpoznając skargę w tak zakreślonej kognicji, Sąd stwierdził, że skarga nie zasługuje na uwzględnienie, organ odwoławczy nie naruszył prawa w sposób prowadzący do uchylenia zaskarżonego aktu.

W pierwszej kolejności, przed przystąpieniem do kontroli merytorycznej, należy odnieść się do najdalej idącego zarzutu skargi dotyczącego naruszenia art. 145 § 2 O.p. poprzez doręczenie zaskarżonego postanowienia na konto pełnomocnika w e-Urzędzie Skarbowym, a zatem na adres, który nie został podany w pełnomocnictwie, co zdaniem strony narusza normę, iż pisma doręcza się pełnomocnikowi pod adresem wskazanym w pełnomocnictwie.

Jak wynika z akt sprawy, z przedłożonego przy zażaleniu dokumentu pełnomocnictwa opatrzonego datą 11 września 2025 r., ustanowiony pełnomocnik – r.pr. K. J. - wskazał jako drogę komunikacji adres email oraz e-doręczenie (AE:[...]). Jednocześnie, co doprecyzował pełnomocnik na etapie postępowania sądowego, w dniu 19 lutego 2024 r. wyraził zgodę na doręczanie korespondencji na konto w e-Urzędzie Skarbowym. Tym samym na użytek prowadzonego postępowania w sprawie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za czerwiec 2025 roku pełnomocnik strony skarżącej, będący radcą prawnym, wskazał inny kanał komunikacji elektronicznej aniżeli wcześniej wybrany przez siebie sposób doręczeń na konto w e-Urzędzie Skarbowym.

Zgodnie z przepisem art. 145 § 1 O.p. pisma doręcza się stronie, a gdy strona działa przez przedstawiciela - temu przedstawicielowi. Jeżeli ustanowiono pełnomocnika, pisma doręcza się pełnomocnikowi pod adresem wskazanym w pełnomocnictwie (art. 145 § 2 O.p.).

Przepis art. 145 § 2 O.p. ma charakter szczególny względem art. 145 § 1 O.p., ustanowienie pełnomocnika modyfikuje zwykły model komunikacji organu z samą stroną. Od chwili skutecznego ustanowienia pełnomocnika, adresatem pism procesowych staje się bowiem pełnomocnik, a nie bezpośrednio strona.

Z kolei, co wynika z przepisu art. 144 § 1a O.p. organ podatkowy doręcza pisma na adres do doręczeń elektronicznych, chyba że doręczenie następuje na konto w systemie teleinformatycznym organu podatkowego albo w siedzibie organu podatkowego.

W myśl art. 144 § 5 O.p. doręczanie pism pełnomocnikowi będącemu adwokatem, radcą prawnym lub doradcą podatkowym oraz organom administracji publicznej następuje za pomocą środków komunikacji elektronicznej albo w siedzibie organu podatkowego.

Wykładając przywołane przepisy Ordynacji podatkowej, Sąd w składzie rozpoznającym niniejszą sprawę podziela stanowisko przedstawione przez Naczelny Sąd Administracyjny w składzie siedmiu sędziów, w uzasadnieniu wyroku z 3 sierpnia 2026 r., sygn. akt I FSK 1307/25, zgodnie z którym podstawową formą doręczania pism pełnomocnikowi jest ich kierowanie na adres do doręczeń elektronicznych wskazany w pełnomocnictwie złożonym przez pełnomocnika do akt postępowania podatkowego (zasada). Z formy tej nie korzysta się jednak, jeśli doręczenie następuje w siedzibie samego organu albo w sytuacji doręczenia na konto w systemie teleinformatycznym organu, do którego e-Urząd Skarbowy bez wątpienia należy (wyjątek od zasady). Niedokonany tryb zawartego w tym przepisie słowa "następuje" nie czyni jednak niedopuszczalnym skierowania przez organ do doręczenia pisma na adres do doręczeń elektronicznych, jeśli jego doręczenie na konto w systemie lub doręczenie w siedzibie organu, nie doszło ostatecznie do skutku.

W realiach niniejszej sprawy zdaniem pełnomocnika skarżącego decyzja nie została mu skutecznie doręczona, gdyż nie została doręczona na właściwy adres, wskazany w pełnomocnictwie i tym samym nie wywołuje skutków prawnych. Jednocześnie pełnomocnik nie sformułował w treści skargi wniosku o jej odrzucenie lecz o uznanie, że zaskarżone postanowienie nie weszło do obrotu prawnego, ewentualnie uchylenie w całości zaskarżonego postanowienia oraz poprzedzającego go postanowienia organu pierwszej instancji. Pełnomocnik nie podnosi, że nie miał możliwości zapoznania się z treścią rozstrzygnięcia i argumentacją organu. Przeciwnie, sposób sformułowania skargi potwierdza, że pełnomocnik mimo doręczenia rozstrzygnięcia organu odwoławczego przez inny kanał komunikacji, zapoznał się z rozstrzygnięciem i argumentami organu, co umożliwiło sformułowanie zarzutów i wniosków końcowych, a nader złożenie skargi w terminie.

Korespondencja nie trafiła zatem bezpośrednio do strony skarżącej, lecz do umocowanego pełnomocnika, w tej sytuacji ocena skutków doręczenia musi uwzględniać rzeczywiste dotarcie pisma do pełnomocnika, który fizycznie zapoznał się z pismem i podjął skuteczną obronę.

Orzecznictwo NSA, wypracowane z uwzględnieniem uchwał NSA – z 18 marca 2019 r. o sygn. I FPS 3/18 oraz z 7 marca 2022 r. o sygn. I FPS 4/21 – jak wskazał NSA w przywołanym już uzasadnieniu orzeczenia w sprawie o sygn. akt I FSK 1307/25, prowadzi do wniosku, że prawo strony do działania przez pełnomocnika i obowiązek organu doręczania pism temu pełnomocnikowi, podlegają ścisłej ochronie prawnej z tym wszakże, że nie należy automatycznie rozszerzać sankcji bezskuteczności właściwej pominięciu pełnomocnika na przypadek, w którym pełnomocnik otrzymał pismo przez inny kanał elektroniczny. Dystynkcja ta wpisuje się tym samym w dotychczasową linię orzeczniczą Naczelnego Sądu Administracyjnego, spełniając jednocześnie istotne dla ochrony praw i wolności jednostek, proceduralne funkcje gwarancyjne, dostosowując je do współczesnych realiów cyfrowego modelu doręczeń.

Nie można też pominąć, że Sąd uwzględniając skargę na decyzję lub postanowienie uchyla decyzję lub postanowienie w całości albo w części, jeżeli stwierdzi naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego, bądź inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt 1 p.p.s.a.).

W przypadku przepisów procesowych nie wystarczy jedynie zarzucenie ich naruszenia, lecz konieczne jest wykazanie wpływu tego naruszenia na wynik rozstrzygnięcia sprawy. Oznacza to obowiązek strony wykazania związku między zarzucanym naruszeniem przepisu procesowego a treścią rozstrzygnięcia. Takiego związku strona nie wykazała i nie dostrzegł Sąd z urzędu. Pominięcie takiego związku prowadziłoby do nadmiernego formalizmu, który nie wynika również z przywołanych uchwał NSA (I FPS 3/18 oraz I FPS 4/21) i prowadziłby do zredukowania doręczenia do czysto formalnej czynności procesowej oderwanej od jego celu. Gwarancyjna funkcja przepisu art. 145 § 2 O.p. nie temu służy. Przepisy o doręczeniach nie są celem samym w sobie, lecz mają zapewnić stronie możliwość obrony.

Nie znajdując zatem podstaw do uznania, że gwarancje procesowe Spółki zostały naruszone, Sąd nie widzi podstaw do przyjęcia, że doręczenie pełnomocnikowi Spółki zaskarżonego postanowienia poprzez kanał odmienny niż podany w pełnomocnictwie wywołało negatywne dla strony skutki prawne. Skarżący nie poniósł uszczerbku procesowego.

W konsekwencji powyższego, przechodząc do kontroli merytorycznej, przypomnieć należy, że zaskarżonym postanowieniem z 28 listopada 2025 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi utrzymał w mocy zaskarżone przez stronę – J. W. Spółka Jawna z siedzibą w Ł.- postanowienie Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty z 9 września 2025 r. przedłużające do 31 stycznia 2026 r. termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za czerwiec 2025 rok.

Rozstrzygnięcie sporu w niniejszej sprawie sprowadza się do rozstrzygnięcia, czy w świetle ustalonych okoliczności faktyczno – prawnych sprawy organ uprawniony był do wydania rozstrzygnięcia na podstawie art. 87 ust. 2 u.p.t.u.

Zgodnie zaś z art. 87 ust. 2 zdanie pierwsze u.p.t.u., zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 6, następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju lub na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazane w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, lub na wskazany przez podatnika rachunek banku lub na rachunek spółdzielczej kasy oszczędnościowo-kredytowej, jako zabezpieczenie udzielanego przez ten bank lub przez tę kasę kredytu, na podstawie złożonego przez podatnika, do naczelnika urzędu skarbowego, w terminie do złożenia deklaracji podatkowej, pisemnego, nieodwołalnego upoważnienia organu podatkowego, potwierdzonego przez bank lub spółdzielczą kasę oszczędnościowo-kredytową udzielających kredytu, do przekazania tego zwrotu.

Z kolei co wynika z art. 87 ust. 2 zdanie drugie i trzecie u.p.t.u., jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.

W świetle art. 87 ust. 2 u.p.t.u. przedłużenie terminu zwrotu jest zatem możliwe, gdy jego zasadność wymaga dodatkowej weryfikacji (sprawdzenia). Rozwiązanie to ma służyć zabezpieczeniu interesów budżetu państwa i unikaniu dokonywania zwrotów, które w wyniku późniejszych działań administracji podatkowej mogłyby okazać się nienależnymi. Przepis art. 87 ust. 2 zdanie 2 u.p.t.u. nie zawiera konkretnych przesłanek nakazujących weryfikację zasadności zwrotu. Wystarczy więc powzięta przez organ podatkowy wątpliwość co do zasadności zwrotu (por. wyroki NSA: z 26 października 2016 r., sygn. akt I FSK 774/15 oraz z 20 stycznia 2017 r., sygn. akt I FSK 716/15; wyrok WSA w Warszawie z 8 grudnia 2015 r., sygn. akt III SA/Wa 2384/15 – dostępne, jak i pozostałe przywołane w niniejszym uzasadnieniu, w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych pod adresem http://cbosa.nsa.gov.pl).

Nadto, na tle art. 87 ust. 2 zdanie drugie u.p.t.u., orzecznictwo sądów administracyjnych prezentuje pogląd, że jego zastosowanie opiera się na uznaniu administracyjnym. Samo uznanie zaś jest limitowane okolicznością w postaci stwierdzenia, że zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania. Stwierdzenie to powinno być dokonywane w oparciu o co najmniej uprawdopodobnione przesłanki. Przewidziany warunek zakłada, że przed upływem ustawowego terminu zwrotu podjęte zostały czynności zmierzające do zweryfikowania jego zasadności, lecz nie dały one jeszcze rezultatu lub jest on niejednoznaczny (tak: wyrok NSA z 5 października 2016 r., sygn. akt I FSK 87/15).

Odnotować również trzeba, że Trybunał Konstytucyjny w wyroku z 13 października 2008 r., K 16/07, uznał, że art. 87 ust. 2 u.p.t.u. (w brzmieniu obowiązującym w 2008 r.) jest zgodny z art. 2 i art. 64 ust. 1 i 2 w zw. z art. 31 Konstytucji. W wyroku tym Trybunał Konstytucyjny rozważał także zgodność tej regulacji z prawem unijnym, w szczególności dyrektywą 2006/112/WE Rady z 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. U. UE. nr 347, poz. 1). Powołując się na orzecznictwo TS (m.in. na wyrok z 18 grudnia 1997 r., w sprawach połączonych Garage Molenheide, C-286/94; Peter Schepens, C-340/95; Bureau Rik Decan-Business Research & Development NV, C-401/95 i Sanders BVBA, C-47/96) Trybunał uznał, że prawo unijne dopuszcza przedłużenie terminu zwrotu podatku w sytuacji, gdy istnieją wątpliwości co do zasadności zwrotu podatku.

Trybunał nie zakwestionował więc instytucji przedłużenia terminu zwrotu podatku, wskazując m.in. na cel jej przyjęcia, którym jest "(...) możliwość kontroli przez organy podatkowe, że wykazywana przez podatnika nadwyżka podatku naliczonego nad należnym jest zgodna z rzeczywistością". Regulacja ta ma służyć zwalczaniu oszustw podatkowych i nadużyć. Kwestionowany przepis powinien być traktowany jako jeden instrumentów równoważenia praw podatnika i interesów Skarbu Państwa.

Przepis ten nie narusza więc zasady neutralności VAT i nie pociąga ryzyka finansowego dla podatnika (gwarantuje zwrot wraz z odsetkami), nie przekracza granic swobodnego uznania, jakim dysponują państwa członkowskie na mocy art. 183 Dyrektywy 2006/112/WE. Przepis art. 87 ust. 2 u.p.t.u. w omawianym zakresie znajduje oparcie w treści art. 273 dyrektywy 2006/112/WE z 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. U. UE seria L z 2006 r. Nr 347/1 ze zm.), zgodnie z którym państwa członkowskie mogą, poza obowiązkami wymienionymi w tytule XI tej dyrektywy, nakładać inne obowiązki, jakie uznają za niezbędne dla zapewnienia prawidłowego poboru VAT i zapobieżenia oszustwom podatkowym. Procedura dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu podatku jest zatem dopuszczalna, a jej celem jest przede wszystkim ochrona interesów budżetowych Skarbu Państwa przed próbą wyłudzenia nienależnych nadwyżek podatku naliczonego nad należnym.

Kończąc uwagi natury ogólnej zaakcentować należy, że w postanowieniu o przedłużeniu terminu zwrotu organ decyduje wyłącznie o konieczności dalszego badania zasadności zwrotu, a nie o samej zasadności zwrotu. Nie chodzi zatem o wykazanie, że zwrot jest niezasadny ani o wykazanie, że istnieją dowody przemawiające za niezasadnością zwrotu (por. wyrok NSA z 11 lutego 2015 r., sygn. akt I FSK 2127/13). Ustawodawca nie uzależnia możliwości przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku VAT od wykazania przez organ, że zwrot ten jest nienależny, lecz od uznania, że konieczna jest weryfikacja (sprawdzenie zasadności) tego zwrotu. Organ obowiązany jest natomiast wykazać, że istnieją okoliczności przemawiające za potrzebą dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu podatku (por. wyrok NSA z 11 lutego 2015 r., sygn. akt I FSK 2058/13).

Mając powyższe na uwadze Sąd doszedł do przekonania, że w zaskarżonym w kontrolowanej sprawie postanowieniu przedłużającym termin zwrotu podatnikowi nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za czerwiec 2025 roku organ podatkowy wykazał konkretne przyczyny konieczności dokonania dodatkowej weryfikacji zasadności przedmiotowego zwrotu.

Organy ustaliły, że strona – J. W. Sp.J. - rozpoczęła działalność gospodarczą w 2007 r., w ramach której prowadzi aptekę stacjonarną w Ł., przy ul. [...] oraz w jej ramach aptekę internetową pn. [...], sklep internetowy [...] oraz posiada konto na platformie sprzedażowej Allegro.pl o nazwie [...]. Wspólnikami są J. W. i A. C., przy czym Pan W. jest też pracownikiem. Organy analizując strukturę rozliczeń Spółki zauważył, że od stycznia 2011 r. do kwietnia 2023 r. podatnik nie występował o zwrot podatku od towarów i usług, a w rozliczeniach za te okresy wykazywał kwoty do wpłaty lub nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc, rozliczaną w kolejnych okresach. Jednakże od maja 2023 roku Spółka zaczęła wykazywać zwroty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku VAT. Organy dostrzegły gwałtowny wzrost nabyć towarów (m.in. komponentów do produkcji leków recepturowych) opodatkowanych stawką 23% i realizacji (dostaw) tych leków, opodatkowanych stawką 8%.

Analizując strukturę nabyć za czerwiec 2025 roku organy stwierdziły, że głównym kontrahentem mającym udział w nabyciach w wysokości 48.07 % jest podmiot N. sp. z o.o. (dawniej N.1 SP.J.) sprzedający stronie komponenty do leków recepturowych oraz opakowania do tych leków (średnia stawka podatku w wysokości 21,23 % świadczy o tym, że strona nabywa od wskazanego kontrahenta głównie komponenty i opakowania).

Dążąc do zobrazowania schematu transakcji zawieranych z ww. dostawcą organy sięgnęły do osobowych źródeł dowodowych. Z zeznań J. W. i A. C., którzy potwierdzili transakcje z ww. firmą wynika, że kontakt do hurtowni N. został znaleziony za pośrednictwem Internetu. Spółka nie zawierała z tym podmiotem pisemnej umowy o współpracy handlowej (w przeciwieństwie do umów zawieranych z innymi firmami dostarczającymi inne leki), wszystkie uzgodnienia były dokonywane telefonicznie lub mailowo, tym samym kontakt z tym podmiotem odbywał się wyłącznie telefonicznie; żaden ze wspólników Spółki nie był w siedzibie i miejscu prowadzenia działalności dostawcy. Z zeznań J. W. wynika, że: nie pamięta adresu tej firmy, nie zna żadnych nazwisk przedstawicieli, a rozmawiał tylko z pracownikami (Panią L. i Panem D. z firmy N.). Od wskazanego dostawcy Spółka nie otrzymała żadnej oferty handlowej; w przeciwieństwie do firm, od których nabywała inne towary (leki) od N. nie przyjeżdżał żaden przedstawiciel. Również A. C. nie potrafiła wskazać żadnych szczegółów transakcji z ww. dostawcą.

Porównując strukturę nabyć za kontrolowany miesiąc organy stwierdziły, że nie odbiega ona od struktury nabyć za wcześniej weryfikowane okresy rozliczeniowe m.in. okresy, za które wydawano postanowienia o przedłużeniu zwrotu tzn. grudzień 2023 r., styczeń 2024 r, marzec 2024 r., kwiecień 2024 r, lipiec 2024 r, listopad 2024 r, grudzień 2024 r., styczeń 2025 r., luty 2025 r., marzec 2025 r., kwiecień 2025 r, maj 2025 r.

Mając na uwadze powyższe oraz ustalenie, że strona zatrudnia pracownika i wspólnika Spółki – J. W., organy poddały w wątpliwość fizyczne możliwości wytworzenia przez Spółkę deklarowanej w kontrolowanym okresie ilości leków recepturowych. Wskazały, że w czerwcu 2025 roku, co wynika z informacji przekazywanych przez NFZ i Centrum e-Zdrowia, strona zadeklarowała realizację 268 recept. Co więcej ta ilość recept, podobnie jak w miesiącach poprzednich, została wystawiona przez trzech lekarzy, na rzecz pacjentów przebywających w trzech domach opieki społecznej na terenie całej Polski (co potwierdzają, w swoich zeznaniach, wspólnicy Spółki: J. W. - przesłuchanie w dniu 23 maja 2024 r. i A. C. - przesłuchanie w dniu 11 czerwca 2024 r.).

Zasadnie wątpliwość organów wzbudziły również przedstawione przez wspólników okoliczności przekazywania recept do Spółki oraz odbioru gotowych leków. J. W. zeznał, że recepty były przywożone przez kierowców DPS – ów, ale ich imion i nazwisk nie pamiętał; zeznał również, że recepty były też przesyłane mailowo; kierowcy również odbierali leki i paragony - pod koniec tygodnia; płacili też za część wnoszoną przez pacjenta; należności za leki regulowane były wyłącznie gotówką. A. C. także zeznała, że ze strony DPS - ów nikt się nie kontaktował ze spółką w sprawie leków recepturowych oraz, że jedynym kontaktem jest osoba, której imienia i nazwiska nie pamięta, do której wspólnicy spółki dzwoniąc informowali, że leki są gotowe do odbioru. A. C. nie wiedziała kto przyjeżdżał po odbiór leków, wskazując, że zasadą był obiór leków po wcześniejszym umówieniu terminu odbioru, czyli po wcześniejszym zgłoszeniu telefonicznym do nieznanej jej osoby; numeru telefonu do tej osoby również nie wskazała. Pani C. zeznała też, że przy odbiorze leków był J. W. albo M. (pracownik).

W przedmiotowej sprawie, organ pierwszej instancji prowadził również korespondencję z [...] Oddziałem Wojewódzkim NFZ (odpowiedź pisemna z 14 lipca 2025 r.) oraz Centrum e-Zdrowie (odpowiedzi na piśmie z 14 lipca 2025 r. oraz 8 września 2025 r.), mającą na celu pozyskanie informacji, mogących mieć wpływ na ustalenie stanu faktycznego w zakresie dokonywanych przez Spółkę transakcji. W odpowiedzi uzyskał zestawienie danych zawierające wnioskowane informacje, które to pliki są obecnie przedmiotem pogłębionej analizy. Ma to na celu "prześledzenie" ścieżki - od otrzymania recepty do wydania leku i ustalenie prawidłowości rozliczeń podatku należnego i naliczonego. Szczegółowa analiza danych obejmuje również częstotliwość realizowanych w aptece recept oraz dane pacjentów, lekarzy i DPS w kontekście realizacji recept na te same leki recepturowe, dla tych samych pacjentów, w tym samym okresie - również przez inne apteki.

NFZ potwierdził to, o czym informował w pismach przedkładanych na potrzeby poprzednich miesięcy, iż od początku 2023 r. obserwuje rosnące koszty refundacji leków recepturowych. Proceder związany ze wzrostem obrotu lekiem recepturowym obserwuje także w Aptece J. W.. Podjęcie współpracy w ww. obszarze przez wybranych lekarzy, zdaniem NFZ wskazuje na manipulowanie obrotem refundowanymi lekami recepturowymi. Poinformował, iż w tej materii zostały złożone do prokuratury przez prezesa NFZ zawiadomienia o możliwości popełnienia przestępstwa.

Słusznie, w ocenie faktycznego przebiegu i rzetelności transakcji, organy za istotną uznały przekazaną przez NFZ informację. Organy podatkowe nie przekroczyły swoich kompetencji występując do NFZ o uzyskanie szczegółowych informacji dotyczących poprawności przyznanej refundacji za leki, ponieważ jak trafnie podniesiono w postanowieniach organów podatkowych obu instancji, cena surowców i opakowań niezbędnych do wyprodukowania leków recepturowych wpływa zarówno na wysokość kwoty refundacji, jak i na wysokość podatku naliczonego, a w konsekwencji wysokość nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazywanej przez Spółkę do zwrotu na rachunek bankowy. Na podstawie informacji uzyskanych od NFZ, organy podatkowe mogą wnioskować o nieprawidłowym rozliczeniu VAT za badany w niniejszej sprawie okres w sytuacji, gdy w odniesieniu do wcześniejszych rozliczeń (z udziałem tych samych kontrahentów) podatnik skorygował kwotę refundacji za leki w wysokości 385.835,21 zł, usuwając kwestionowane przez NFZ recepty na leki recepturowe.

W ocenie Sądu, uwzględniając wskazane przez organy wątpliwości, na akceptację zasługuje stanowisko wywiedzione w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia. Organ odwoławczy wskazał na powody odmowy dokonania zwrotu w ustawowym terminie, przedstawił istniejące w tym przedmiocie wątpliwości oraz wskazał, dlaczego uznał, że takie wątpliwości wystąpiły. Słusznie zwrócił uwagę, że druga z pisemnych odpowiedzi od Centrum e-Zdrowie z 8 września 2025 r., załącznik excel zawierający dane dot. recept na leki recepturowe realizowanych w Aptece J. W. sp.j., wymaga pogłębionej analizy, co za tym czasu. Zasadnie wskazał także, że konieczność przeprowadzenia dodatkowej weryfikacji zadeklarowanego zwrotu z uwagi wątpliwości co do jego zasadności wynika również z okoliczności, które swoje źródło mają w poprzednich okresach rozliczeniowych i ustaleniach poczynionych w poprzednich okresach rozliczeniowych. Negatywna dla Spółki weryfikacja prawidłowości rozliczeń podatkowych podatnika w podatku od towarów i usług za poprzednie okresy rozliczeniowe może zatem uzasadniać przedłużenie terminu zwrotu za okres objęty badanym postanowieniem.

Przepis art. 87 ust. 2 zdanie drugie u.p.t.u. nie daje podstaw do tego, aby wykluczyć możliwość przedłużenia terminu zwrotu ze względu na okoliczność, że trwa postępowanie weryfikujące prawidłowość rozliczeń podatnika za wcześniejsze okresy rozliczeniowe (vide. wyroki NSA z 5 lipca 2016 r., sygn. akt I FSK 1539/15 oraz z 8 listopada 2018 r., sygn. akt I FSK 2059/17).

Reasumując, zdaniem Sądu wszystkie okoliczności wzięte pod uwagę razem i w całokształcie dały podstawę do powzięcia wątpliwości o prawidłowości wykazanego zwrotu co w zaskarżonym postanowieniu prawidłowo wykazano. Nie można przy tym pominąć, co już akcentowano, że w przypadku niesłusznego wstrzymania zwrotu różnicy podatku naliczonego nad należnym, gdy przeprowadzone postępowanie wyjaśniające wykaże zasadność zwrotu nadwyżki podatku, podatnikowi wypłaca się należną kwotę zwrotu powiększoną o odsetki w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia terminu płatności podatku lub rozłożenia go na raty (art. 87 ust 2 zd. trzecie u.p.t.u.).

Mając na uwadze zarzuty skargi koncentrujące się wokół zasady szybkości i prostoty postępowania podatkowego (art. 125 O.p.), Sąd jest zdania, że zasada ta nie może być rozumiana jako modyfikacja uregulowań zawartych w art. 87 ust. 2 u.p.t.u., która stanowi podstawę prawną do wydania zaskarżonego postanowienia. Skoro ustawodawca redagując przepis art. 87 ust. 2 u.p.t.u. nie zawarł w nim żadnego ograniczenia czasowego, nakazującego organowi dokonania zwrotu podatku VAT w określonym okresie (np. rok). Jak również nie zakreślił maksymalnej liczby postanowień wydanych na podstawie art. 87 ust. 2 u.p.t.u. to omawianego przepisu nie można wykładać w taki sposób, który niweczyłby spełnienie celu tego przepisu, tj. umożliwienie organowi podatkowemu tymczasowego wstrzymania się ze zwrotem podatku do momentu zakończenia weryfikacji zasadności tego zwrotu w przypadku zaistnienia dostatecznych wątpliwości w tym zakresie (por. wyrok NSA z 30 listopada 2022 r., sygn. akt I FSK 749/19).

Dopuszczone prawem przedłużenie terminu zwrotu podatku i prowadzenie weryfikacji rozliczenia podatnika w toku czynności sprawdzających nie może być odbierane jako naruszenie zasady zaufania podatnika do organów podatkowych (art. 121 § 1 O.p.), czy też naruszenie zasady legalizmu (art. 120 O.p.).

Sąd dostrzega przy tym, że argumentacja przedstawiana przez organy powtarzana jest w sprawach Spółki. Jednakże trudno oczekiwać aby było inaczej w sytuacji gdy w dotychczas badanych transakcjach ujawniony został ten sam schemat współpracy z tymi samymi dostawcami, w zmiennym natężeniu w poszczególnych miesiącach, gdzie również ustalono, na podstawie informacji przekazywanych przez NFZ i Centrum e-Zdrowia, iż odbiorcami leków recepturowych są pensjonariusze DPS na terenie całej Polski, a póla lekarzy wystawiających recepty jest ograniczona. Znamiennym dla działalności Spółki jest również sporządzanie leków recepturowych przekraczających możliwości kadrowe apteki. We wszystkich dotychczasowych sprawach organ zauważył niepokojące zjawisko nabywania przez Spółkę opakowań do leków recepturowych mających znaczną wartość w stosunku do surowca farmaceutycznego, z którego wykonywane są leki recepturowe, w kontekście wprowadzenia od stycznia 2024 r. limitów refundacji na surowce farmaceutyczne, przy jednoczesnym braku limitu na opakowania. Schemat ten ma charakter trwały, bowiem występuje w wielu kolejnych miesiącach działalności Spółki aż do wydania przez organy rozstrzygnięć w przedmiocie weryfikacji zwrotu VAT-u.

Reasumując, w ocenie Sądu organy podatkowe nie naruszyły zarówno wskazanych w skardze przepisów prawa materialnego, jak i przepisów postępowania. Uzasadnienie zaskarżonego postanowienia jest wyczerpujące i jasne, wywody logiczne, spójne i mające oparcie w zgromadzonym materiale dowodowym, a organ odwoławczy wskazał i rozważył okoliczności, które uzasadniały konieczność przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku. Strona skarżąca nie podważyła poczynionych przez organy ustaleń faktycznych i ich oceny. W konsekwencji ustalenia te są wiążące w procesie subsumpcji normy materialnoprawnej w ustalonych przez organy okolicznościach faktycznych.

Mając na uwadze wszystkie powyższe okoliczności i nie dopatrując się naruszenia wskazanych w skardze przepisów prawa, jak również innych naruszeń, które Sąd jest zobligowany brać pod uwagę z urzędu, a zatem nie znajdując podstaw do uwzględnienia skargi, Sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a. orzekł jak w sentencji.

mko