Uzasadnienie
Decyzją z dnia 14 czerwca 2018 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w Łodzi określił I. sp. z o.o. w K. (dalej także: Skarżąca lub Spółka) nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy za październik 2015 r. w wysokości 109.149 zł, w miejsce zadeklarowanej przez skarżącą w deklaracji VAT-7 w wysokości 3.881.149 zł. Podstawą tej decyzji było m.in. poczynione przez organ ustalenie, że w październiku 2015 r. skarżąca obniżyła podatek należny o podatek naliczony w wysokości 3.772.000 zł wynikający z faktury z dnia 30 października 2015 r. nr [...] wystawionej przez A. Sp. z o.o. w Ł., dokumentującej nabycie zabudowanej nieruchomości nr [...] (wartość brutto nabycia
- - 20.172.000 zł). Zdaniem organu, faktura ta została wystawiona jedynie w celu otrzymania przez skarżącą środków pieniężnych z kolejnej transzy dotacji z Polskiej Agencji Rozwoju Przedsiębiorczości (PARP) oraz zwrotu podatku VAT, o który skarżąca wystąpiła do właściwego urzędu skarbowego. Dlatego - w ocenie organu
I instancji – skarżącej nie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego z ww. faktury, ponieważ faktura ta nie odzwierciedlała rzeczywistej transakcji.
Po rozpatrzeniu odwołania skarżącej od tej decyzji Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi (dalej także: DIAS) decyzją z dnia 17 stycznia 2020 r. uchylił zaskarżoną decyzję w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia przez organ I instancji.
Po ponownym przeprowadzeniu postępowania Naczelnik Łódzkiego Urzędu Celno-Skarbowego w Łodzi (dalej także: NUC-S) decyzją z dnia 23 września 2020 r. ponownie określił nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy skarżącej za październik 2015 r. w wysokości 109.149 zł. Organ I instancji ponownie uznał, że skarżącej nie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego w wysokości 3.772.000 zł, wynikającego z faktury z dnia 30 października 2015 r. nr [...] wystawionej przez A. Sp. z o.o., ponieważ faktura ta nie odzwierciedlała rzeczywistej transakcji. Organ stwierdził, że wystawienie przez spółkę A. tej faktury - za będącą cały czas w budowie nieruchomość w K. - miało na celu uzyskanie płynności finansowej przez skarżącą (środki otrzymane z dotacji PARP oraz ze zwrotu podatku VAT) w celu ukończenia inwestycji i oddania jej do użytkowania. Organ uznał także, że nieruchomość nie mogła pełnić docelowej funkcji produkcyjno
- - magazynowej, gdyż budowa nie została dokończona. Na cele magazynowe obiekt ten mógł być natomiast wykorzystywany dopiero po stosownym formalnym odbiorze.
Po rozpatrzeniu odwołania od tej decyzji, DIAS decyzją z dnia 9 czerwca 2022 r. utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję organu I instancji.
W skardze wniesionej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi Skarżąca zaskarżyła tę decyzję w całości, zarzucając naruszenie:
- 1. prawa materialnego, tj.:
- a) art. 70 § 6 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tekst jednolity: Dz. U. z 2021 r., poz. 1540 z późn. zm., dalej także: O.p.) przez uznanie, że bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego uległ zawieszeniu przez wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe, podczas gdy postępowanie karne skarbowe wszczęto tuż przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania i miało ono na celu wyłącznie niedoprowadzenie do przedawnienia,
- b) art. 70 § 1 O.p. przez brak uznania, że w sprawie doszło do przedawnienia, a więc organ nie mógł wydać decyzji określającej wysokość zwrotu podatku naliczonego nad należnym w innej kwocie niż wskazana w deklaracji za październik 2015 r.,
- c) art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2011 r. nr 177, poz. 1054 z późn. zm., dalej także: u.p.t.u.) poprzez jego zastosowanie w okolicznościach sprawy niedających podstaw do jego stosowania,
- 2. przepisów postępowania, w szczególności:
- a) art. 233 § 2 O.p. poprzez niezasadne nieuwzględnienie zarzutów postawionych decyzji NUC-S dotyczących naruszenia:
- • art. 121 i art. 122 O.p. poprzez nieprowadzenie postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, niepodjęcie wszelkich możliwych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy,
- • art. 187 O.p. poprzez niezebranie i niewyczerpujące rozpatrzenie całego materiału dowodowego sprawy,
- • art. 191 O.p. poprzez niedokonanie oceny co do istotnych okoliczności sprawy, poprzestanie przez organ podatkowy na błędnym, arbitralnym, niepopartym rzetelnym rozpatrzeniem materiału dowodowego, stwierdzeniu fikcyjności kwestionowanej transakcji,
- • art. 123 i art. 190 O.p. poprzez przeprowadzenie postępowania w sposób uniemożliwiający udział strony w przesłuchaniu świadków, których zeznania zostały wykorzystane do zakwestionowania jej stanowiska,
- • art. 197 O.p. poprzez niepowołanie biegłych, w sytuacji gdy dla rozstrzygnięcia istotnych dla sprawy kwestii konieczna jest znajomość wiedzy specjalistycznej,
- • art. 199a O.p. poprzez ignorowanie precyzyjnie i zgodnie wyrażonego przez strony zamiaru, w toku interpretacji treści stosunku prawnego,
- • art. 210 § 4 O.p. poprzez nieuwzględnienie w uzasadnieniu wszystkich dowodów, a w szczególności tych niewygodnych dla obrony przyjętej przez organ tezy.
W związku z powyższym, Skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji organu odwoławczego w całości oraz uchylenie poprzedzającej ją decyzji NUC-S, ewentualnie o uchylenie zaskarżonej decyzji organu odwoławczego i zasądzenie kosztów postępowania.
W odpowiedzi na skargę, organ wniósł o jej oddalenie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi wyrokiem z dnia 28 lutego 2023 r., sygn. akt I SA/Łd 647/22 oddalił skargę Spółki na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi z dnia 9 czerwca 2022 r. w przedmiocie określenia w podatku od towarów i usług nadwyżki podatku naliczonego nad podatkiem należnym do zwrotu na rachunek bankowy za październik 2015 r.
W ocenie Sądu pierwszej instancji warunki skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego Skarżącej w podatku VAT za październik 2015 r. zostały spełnione. Przed upływem terminu przedawnienia wszczęto postępowanie karne skarbowe, które miało związek z niewykonaniem opisanych zobowiązań podatkowych, także przed tym terminem zawiadomiono pełnomocnika Skarżącej o wszczęciu owego postępowania oraz jego skutkach z punktu widzenia biegu terminu przedawnienia. Okoliczności sprawy dowodzą jednocześnie, że wszczęcie postępowania karnego nie miało charakteru instrumentalnego, lecz zmierzało w rzeczywistości do realizacji celów tego postępowania, tj. wykrycia popełnienia przestępstwa i zebrania materiału dowodowego.
WSA wskazał, że w rozpoznanej sprawie spór między stronami dotyczył prawa do odliczenia VAT naliczonego z faktury nr [...] z dnia 30 października 2015 r. wystawionej przez A. Sp. z o.o., mającej dokumentować dostawę zabudowanej nieruchomości (wartość brutto 20.172.000 zł) w określonym stanie w związku z określonym celem gospodarczym, co zresztą wynikało z opisu zawartego na samej fakturze. Została ona opatrzona adnotacją: Projekt pt. "[...]", Umowa o dofinansowanie nr [...] z 30.06.2014 r. Wydatek poz. 1 z FV [...] zgodny z harmonogramem rzeczowo-finansowym. Zakup gruntu (1.1), zakup nieruchomości (2.1), Kategoria wydatków: Koszty przeniesienia własności gruntu lub użytkowania wieczystego gruntu. Koszty przeniesienia prawa własności budynku lub budowli, "Projekt jest współfinansowany ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego". Faktura została zatwierdzona pod względem merytorycznym i formalno
- - rachunkowym przez prezesa zarządu Skarżącej – W. B..
Sąd pierwszej instancji przywołał obszerny stan faktyczny niniejszej sprawy i wskazał, że jego zdaniem organy w sposób nie budzący wątpliwości ustaliły, że treść faktury nie odpowiadała temu, co było przedmiotem dostawy w rzeczywistości. Wyjaśnił, że wszystko dowodzi, że organ trafnie zakwestionował prawo Skarżącej do odliczenia podatku naliczonego z faktury z 30 października 2015 r., bowiem faktura ta dotyczyła obiektu docelowo planowanego w związku z umową o dofinansowanie z PARP i w tym celu została wystawiona. Stwierdzała ona więc czynność, która w istocie nie została dokonana, przedmiotem dostawy nie był ten obiekt (grunt z budynkami o funkcji produkcyjno-magazynowej z niezbędnym zapleczem administracyjno-biurowo
- - socjalnym), lecz grunt z budynkiem o funkcji magazynowej. Świadczą o tym nie tylko przedstawione w sprawie dowody, w tym zeznania świadków, opinie biegłych i oględziny, ale także znajdujące się w aktach dokumenty z postępowania karnego prowadzonego przeciwko W. B., K. M., K. R. z tytułu działań na szkodę PARP (akt oskarżenia [...] z 21 czerwca 2019 r., protokół rozprawy przed Sądem Okręgowym w Ł. z 25 czerwca 2020 r., sygn. akt [...]). Wynika z nich, że stan nieruchomości w dacie jej nabycia nie odpowiadał temu, co wynikało z faktury, a co przełożyło się na znaczne zawyżenie wartości nieruchomości podanej na fakturze. Powód wystawienia faktury takiej treści był oczywisty, chodziło o udokumentowanie ukończenia robót w celu otrzymania przez Skarżącą kolejnej transzy z dotacji z PARP, a jednocześnie uzyskania zwrotu VAT. Faktura nie dokumentowała więc rzeczywistego zdarzenia, lecz zdarzenie przyszłe (potencjalnie) i jako taka nie mogła stanowić podstawy prawa do odliczenia (art. 88 ust. 3a pkt 4 u.p.t.u.).
Od powyższego wyroku skargę kasacyjną wywiodła Skarżąca.
Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z dnia 25 marca 2026 r., I FSK 1129/23 uchylił zaskarżony wyrok w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Łodzi.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi zważył, co następuje
Skarga zasługiwała na uwzględnienie, choć nie wszystkie zarzuty skargi okazały się uzasadnione.
Na wstępie należy wskazać, że niniejsza sprawa była przedmiotem wyrokowania NSA, który w wyniku złożonej przez Spółkę skargi kasacyjnej wyrokiem z dnia 25 marca 2026 r., I FSK 1129/23 uchylił zaskarżony wyrok w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Łodzi.
W związku z powyższym, w rozpatrywanej przez Sąd orzekający sprawie zachodzi sytuacja przewidziana w art. 190 zdanie pierwsze ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2026 r. poz. 143 z późn. zm., dalej także: p.p.s.a.), zgodnie z którym sąd, któremu sprawa została przekazana, związany jest wykładnią prawa dokonaną w tej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny. Powołany wyżej przepis w sposób jednoznaczny wyznacza kierunek postępowania Sądu I instancji, który nie posiada już, na tym etapie postępowania sądowoadministracyjnego, swobody w zakresie wykładni prawa, jak również nie może odstąpić od wskazań co do dalszego postępowania.
Jak podkreśla się w piśmiennictwie, z określenia "związany wykładnią prawa" należy wyprowadzić wniosek, że wojewódzki sąd administracyjny nie jest związany oceną NSA co do stanu faktycznego sprawy, albowiem ocena ta nie jest wykładnią przepisów prawa (J. P. Tarno, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, Wydawnictwo Prawnicze LexisNexis, Warszawa 2004, s. 268). Jednakże w pozostałym zakresie, ocena wyrażona przez NSA wiąże sąd rozpoznający sprawę ponownie.
W judykaturze i doktrynie zwraca się również uwagę, że wojewódzki sąd administracyjny może odstąpić od zawartej w orzeczeniu NSA wykładni prawa jedynie w wyjątkowych sytuacjach, w szczególności, jeżeli stan faktyczny sprawy ustalony w wyniku ponownego jej rozpoznania uległ tak zasadniczej zmianie, że do nowo ustalonego stanu faktycznego należy stosować przepisy prawa odmienne od wyjaśnionych przez NSA (por. wyrok SN z dnia 9 lipca 1998 r., sygn. akt I PKN 226/98, OSNAP 1999, Nr 15, poz. 486), jak również w przypadku, gdy przy niezmienionym stanie faktycznym sprawy, po wydaniu orzeczenia przez NSA, zmienił się stan prawny (tak: H. Knysiak-Molczyk (w:) H. Knysiak-Molczyk, M. Romańska, T. Woś, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, Wydawnictwo Prawnicze LexisNexis 2005).
Zarówno w orzecznictwie, jak i doktrynie przyjmuje się, że "związanie wykładnią prawa" oznacza wykładnię przepisów prawa materialnego, procesowego, jak i kwestii zastosowania określonego przepisu prawa, jako podstawy do wydania określonego aktu. Przez ocenę prawną rozumie się wyjaśnienie istotnej treści przepisów prawnych i sposobu ich stosowania w rozpoznawanej sprawie, zaś wskazania co do dalszego postępowania stanowią z reguły konsekwencje oceny prawnej. Dotyczą one sposobu działania w toku ponownego rozpoznania sprawy i mają na celu wskazanie kierunku, w którym powinno zmierzać przyszłe postępowanie dla uniknięcia wadliwości. Pojęcie wykładni prawa należy rozumieć również jako wiążącą ocenę prawidłowości zastosowania przepisów postępowania odnoszących się do postępowania dowodowego, więc przesądzenia, że ustalony przez organ stan faktyczny jest prawidłowy (por. wyrok NSA z dnia 11 kwietnia 2018 r. sygn. akt I FSK 2019/17, Lex nr 2494616).
Ponadto, moc wiążąca wyroku oznacza, że dana kwestia kształtuje się tak, jak stwierdzono w prawomocnym orzeczeniu. Odnosi się to zarówno do wykładni prawa, jego zastosowania w zaistniałym stanie faktycznym, jak również oceny tego stanu (por. wyrok NSA z dnia 20 września 2018 r. sygn. akt II FSK 2370/18, Lex nr 2571956).
Reasumując, Sąd orzekający w niniejszej sprawie związany jest oceną prawną dokonaną w zakresie stanu faktycznego, wykładnią przepisów prawa materialnego, jak i procesowego dokonaną przez Naczelny Sąd Administracyjny
Odnosząc powyższe uwagi do okoliczności rozpoznawanej sprawy, WSA w Łodzi nie stwierdził zaistnienia przesłanek umożliwiających odstąpienie od oceny prawnej wyrażonej w wyroku NSA z dnia 25 marca 2026 r. o sygn. akt I FSK 1129/23. Oznacza to, że dalsze rozważania na temat legalności zaskarżonego aktu muszą być prowadzone w oparciu o stanowisko Sądu wyższej instancji.
Naczelny Sąd Administracyjny w ww. wyroku odniósł się do zarzutu dotyczącego instrumentalnego wszczęcia postępowania karno-skarbowego. Podkreślił, że istotne dla tej oceny pozostaje stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego wyrażone w uchwale z dnia 24 maja 2021 r., sygn. akt I FPS 1/21, w której sformułowano tezę, że ocena przesłanek zastosowania przez organy podatkowe przy wydawaniu decyzji podatkowej art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p. mieści się w granicach sprawy sądowej kontroli legalności tej decyzji. Nie oznacza to jednak, że w każdym przypadku wszczęcie postępowania o przestępstwo skarbowe w niewielkim odstępie czasowym przed terminem przedawnienia zobowiązania podatkowego oznacza, że zostało ono wszczęte w sposób instrumentalny, tj. w celu nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Jak wskazano w uzasadnieniu powołanej uchwały NSA "Dopiero bowiem w świetle wszechstronnej analizy okoliczności konkretnej sprawy podatkowej, związanych najczęściej ze zbliżającym się upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, podejmowanymi wcześniej w postępowaniu podatkowym czynnościami dowodowymi i aktywnością prowadzącego je organu podatkowego, można ustalić czy instytucji wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe nie wykorzystano jedynie do instrumentalnego wywołania skutku w postaci nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Taki wniosek może potwierdzić fakt wszczęcia tego postępowania w sytuacji, gdy z oczywistego braku przyczyn podmiotowych lub przedmiotowych (por. art. 1 k.k.s.) lub istnienia negatywnych przesłanek procesowych, wymienionych w art. 17 § 1 k.p.k., jasne jest już w momencie wydania postanowienia, że cele postępowania karnego skarbowego nie będą mogły być zrealizowane. O braku woli realizowania celów postępowania karnego skarbowego, a tym samym sztucznym wykorzystaniu instrumentu z tego postępowania do przedłużenia terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, może świadczyć również brak realnej aktywności organów postępowania przygotowawczego po wszczęciu takiego postępowania".
Z motywów uchwały wynika, że rolą sądu jest badanie akt podatkowych w celu ustalenia, czy w rozpatrywanej sprawie zachodzą okoliczności uzasadniające podejrzenie instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego. Dopiero bowiem w przypadkach wątpliwych sąd administracyjny może skutecznie czynić organowi zarzut niewyjaśnienia w uzasadnieniu decyzji, że wszczęcie owego postępowania nie miało charakteru pozorowanego (zob. wyrok NSA z 25 maja 2022 r., sygn. akt I FSK 96/22; wszystkie wyroki dostępne pozostają w internetowej bazie orzeczeń na stronie www.orzeczenia.nsa.gov.pl). Jak wskazał NSA w wyroku z 29 września 2022 r., sygn. akt I FSK 226/22, w świetle wszechstronnej analizy okoliczności konkretnej sprawy podatkowej, związanych najczęściej ze zbliżającym się upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, podejmowanymi wcześniej w postępowaniu podatkowym czynnościami dowodowymi i aktywnością prowadzącego je organu podatkowego, można ustalić, czy instytucji wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo (wykroczenie) skarbowe nie wykorzystano jedynie do wywołania skutku w postaci nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Taki wniosek może potwierdzić fakt wszczęcia tego postępowania w sytuacji, gdy już w momencie wydania postanowienia wiadomym jest, że cele postępowania karnego skarbowego nie będą mogły być zrealizowane. W niektórych przypadkach może to być także brak realnej aktywności organów postępowania przygotowawczego po wszczęciu takiego postępowania (wyrok NSA z 8 kwietnia 2022 r., sygn. akt II FSK 1420/21).
Istotną tezą płynącą z powyższych judykatów jest to, że po pierwsze samoistna bliskość upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie uprawnia wniosku o instrumentalnym wszczęciu postępowania, a po drugie, że o instrumentalnym wszczęciu można mówić wyłącznie w sytuacji, gdy zawieszenie biegu terminu przedawnienia stanowi jedyny powód wszczęcia tego postępowania – w szczególności w sytuacji, gdy a priori można stwierdzić, że cele postępowania karno-skarbowego nie zostaną zrealizowane, a także gdy postępowanie wszczynane jest "prewencyjnie", przed zebraniem w postępowaniu kontrolnym/podatkowym materiału dowodowego mogącego leżeć u podstaw podejrzenia o popełnieniu przestępstwa. W niniejszej sprawie w dacie wydawania postanowienia o wszczęciu postępowania wydano już po raz drugi decyzję wymiarową w pierwszej instancji i materiał dowodowy w sprawie został zebrany w sposób mogący dawać podstawy finansowemu organowi przygotowawczemu do wszczęcia postępowania.
Słusznie wskazuje przy tym pełnomocnik Skarżącego, że podstawy ku tej czynności być może winny być stwierdzone wcześniej, jednak nie świadczy to o instrumentalności samego wszczęcia. Następcze zwieszenie dochodzenia po kilku czynnościach dowodowych w oczekiwaniu na prawomocną decyzję podatkową również samoistnie tezy o instrumentalnym wszczęciu postępowania nie statuuje. Na gruncie k.k.s. od dłuższego czasu toczy się bowiem dyskurs w zakresie tego rodzaju zawieszeń postępowań, z którego wynika dopuszczalność tego rodzaju decyzji procesowych (por. literaturę do art. 114a k.k.s.).
W ocenie NSA, zarzut naruszenia art. 151 p.p.s.a. w zw. z art. 70 § 1 w zw.
z art. 70 § 6 pkt 1, w zw. z art. 70c, art. 121 § 1 oraz art. 125 § 1 O.p., poprzez błędne ustalenie, że wszczęcie postępowania karnoskarbowego w niniejszej sprawie nie miało charakteru instrumentalnego, podczas gdy działania organów skarbowych jednoznacznie wskazują na to, iż wszczęcie postępowania karnoskarbowego miało charakter pozorny i służyło wyłącznie uniknięciu przedawnienia zobowiązana przez zawieszenie biegu jego terminu - okazał się bezpodstawny.
Naczelny Sąd Administracyjny natomiast za uzasadnione uznał zarzuty naruszania prawa materialnego. Wskazał, że w kwestii tej organy podatkowe prezentowały stanowisko, iż z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) u.p.t.u., w myśl którego w przypadku gdy wystawiono faktury, faktury korygujące lub dokumenty celne stwierdzające czynności, które nie zostały dokonane, faktury te i dokumenty celne nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego. Analiza tego przepisu wskazuje, że ograniczenie w nim zawarte odnosi się m.in. do faktur, które nie opisują rzeczywistych zdarzeń gospodarczych. Za utrwalony należy uznać pogląd, że uprawnienie do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego nie istnieje, gdy wystawiona faktura w rzeczywistości nie odpowiada faktycznemu zdarzeniu gospodarczemu. W szczególności zaś, gdy zdarzenie gospodarcze w ogóle nie zaistniało, zaistniało w innej niż wskazano dacie lub w rozmiarach innych niż wynika to z faktury bądź zaistniało między innymi, niż to stwierdza faktura, podmiotami gospodarczymi, podatnik traci prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający z takiego dokumentu.
Warunkiem realizacji prawa do odliczenia podatku VAT nie jest zatem samo posiadanie faktury ani zapłata należności, ale faktyczne wykonanie czynności. NSA podkreślił, że Sąd pierwszej instancji – co do zasady – zaakceptował wskazaną wyżej argumentację i odnosząc się do kwestii możliwości odliczenia z zakwestionowanej faktury części podatku naliczonego dotyczącej czynności rzeczywiście wykonanej, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi podzielił pogląd, że "przepis art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. b) u.p.t.u. należy interpretować w ten sposób, że w przypadku gdy zebrany w sprawie materiał dowodowy daje organowi podatkowemu możliwość określenia wartości rzeczywistej transakcji wykazanej w kwocie zawyżonej na fakturze, podatnikowi - z uwagi na zasadę neutralności i proporcjonalności - przysługuje prawo do odliczenia podatku w części odpowiadającej rzeczywistej wartości transakcji" (wyrok NSA z 29 września 2017 r., sygn. akt I FSK 16/16, gdzie chodziło o faktury zakupu usług brukarskich i materiałów budowlanych służących wykonaniu usług brukarskich). NSA zaznaczył, że zdaniem Sądu pierwszej instancji w rozpoznanej sprawie sytuacja była inna.
Spór między stronami dotyczył prawa do odliczenia VAT naliczonego z faktury nr [...] z dnia 30 października 2015 r. wystawionej przez A. Sp. z o.o., mającej dokumentować dostawę zabudowanej nieruchomości (wartość brutto 20.172.000 zł) w określonym stanie, w związku z określonym celem gospodarczym, co zresztą wynikało z opisu zawartego na samej fakturze. Została ona opatrzona adnotacją: Projekt pt.: "[...]", Umowa o dofinansowanie nr [...] z 30.06.2014 r. Wydatek poz. 1 z FV [...] zgodny z harmonogramem rzeczowo-finansowym. Zakup gruntu (1.1), zakup nieruchomości (2.1), Kategoria wydatków: Koszty przeniesienia własności gruntu lub użytkowania wieczystego gruntu. Koszty przeniesienia prawa własności budynku lub budowli, "Projekt jest współfinansowany ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego". Faktura została zatwierdzona pod względem merytorycznym i formalno-rachunkowym przez prezesa zarządu skarżącej – W. B..
Faktura ta mogłaby stanowić podstawę do odliczenia podatku naliczonego, gdyby jej treść odpowiadała temu, co było przedmiotem dostawy w rzeczywistości. Prawo do odliczenia przysługiwałoby wówczas w całości, bo nie można wyróżnić "części" czynności w sytuacji, gdy przedmiotem transakcji jest sprzedaż gruntu wraz z posadowionym na nim budynkiem w określonym stanie, jako warunku realizacji wskazanego na fakturze celu gospodarczego. Zdaniem Sądu, w przypadku takiej transakcji nie można wyodrębnić części dostawy - jej przedmiotem albo jest, albo nie jest oznaczony wcześniej dla potrzeb realizacji określonego celu gospodarczego obiekt. Wyklucza to, zdaniem Sądu, prawo do odliczenia "w części" odnoszącej się do gruntu lub gruntu i budynku znajdującego się w stanie, który istniał faktycznie w dacie wystawienia faktury, a zakwestionowanie jedynie prawa do odliczenia "w części" odnoszącej się do obiektu, który mógłby nadawać się do działalności gospodarczej w przyszłości.
Faktura dotyczyła wszak obiektu planowanego (docelowego), a nie istniejącego w rzeczywistości. Finalnie Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi uznał, że organ trafnie zakwestionował prawo skarżącej do odliczenia podatku naliczonego z faktury z 30 października 2015 r., bowiem faktura ta dotyczyła obiektu docelowo planowanego - w związku z umową o dofinansowanie z PARP - i w tym celu została wystawiona. Stwierdzała ona więc czynność, która w istocie nie została dokonana - przedmiotem dostawy nie był bowiem ten obiekt (grunt z budynkami o funkcji produkcyjno-magazynowej z niezbędnym zapleczem administracyjno-biurowo-socjalnym), lecz grunt z budynkiem o funkcji magazynowej. Świadczą o tym nie tylko przedstawione wyżej dowody, w tym zeznania świadków, opinie biegłych i oględziny, ale także znajdujące się w aktach dokumenty z postępowania karnego prowadzonego przeciwko W. B., K. M., K. R. z tytułu działań na szkodę PARP (akt oskarżenia [...] z 21 czerwca 2019 r., protokół rozprawy przed Sądem Okręgowym w Ł. z 25 czerwca 2019 r., sygn. akt [...]).
Wynika z nich, że stan nieruchomości w dacie jej nabycia nie odpowiadał temu, co wynikało z faktury, a co przełożyło się na znaczne zawyżenie wartości nieruchomości podanej na fakturze. Powód wystawienia faktury takiej treści był oczywisty - chodziło o udokumentowanie ukończenia robót w celu otrzymania przez skarżącą kolejnej transzy z dotacji z PARP, a jednocześnie uzyskania zwrotu VAT. Faktura nie dokumentowała więc rzeczywistego zdarzenia, lecz zdarzenie przyszłe (potencjalnie) i jako taka nie mogła stanowić podstawy prawa do odliczenia (art. 88 ust. 3a pkt 4 u.p.t.u.).
Odnosząc się do powyższej argumentacji NSA przypomniał, że w przypadku VAT, zgodnie z zasadą ogólną ustanowioną w art. 73 dyrektywy 2006/112/WE, podstawę opodatkowania odpłatnych dostawy towarów lub świadczenia usług stanowi świadczenie wzajemne rzeczywiście otrzymane z tego tytułu przez podatnika. Owo świadczenie wzajemne jest zatem wartością subiektywną, czyli rzeczywiście otrzymaną, a nie wartością oszacowaną według kryteriów obiektywnych (zob. wyroki TSUE:
z 5 lutego 1981 r. w sprawie 154/80 Coöperatieve Aardappelenbewaarplaats, Rec. s. 445, pkt 13; z 20 stycznia 2005 r. w sprawie C-412/03 Hotel Scandic Gåsabäck, Zb.Orz. s. I-743, pkt 21; z 9 czerwca 2011 r. w sprawie C-285/10 Campsa Estaciones de Servicio, Zb.Orz. s. I-5059, pkt 28). Jak stwierdził TSUE w wyroku z 26 kwietnia 2012 r. w sprawach połączonych Balkan and Sea Properties ADSIC (C-621/10) i Prowadninwest OOD (C129/11), gdy towary lub usługi są dostarczane lub świadczone po sztucznie niskiej lub sztucznie wysokiej cenie między stronami, którym w związku z transakcją przysługuje pełne prawo do odliczenia, na tym etapie nie występuje uchylanie się od opodatkowania, czy unikanie opodatkowania. Jedynie na etapie konsumenta końcowego lub w wypadku podatnika mieszanego, posiadającego tylko proporcjonalne prawo do odliczenia, sztucznie niska lub sztucznie wysoka cena może doprowadzić do utraty wpływów podatkowych.
Jak wskazał Rzecznik generalny w tych sprawach w pkt 30: "W zakresie dotyczącym omawianej transakcji podatek jest całkowicie neutralny dla obu jej stron i pozostanie taki bez względu na ukształtowanie ceny. Na tym etapie nie występuje również "utrata" dochodów podatkowych. Tylko wtedy, gdy łańcuch dostaw kończy się na konsumencie – lub częściowo kończy się na mieszanym podatniku korzystającym z proporcjonalnego prawa do odliczenia – sztucznie niska lub sztucznie wysoka cena może doprowadzić do utraty dochodów podatkowych. Dopiero bowiem w tym momencie łączna kwota podatku VAT należna w związku z całym łańcuchem dostaw, ostatecznie "krystalizuje się" i kwota ta jest proporcjonalna tylko do ceny końcowej, niezależnie od kwot naliczonych wcześniej na kolejnych etapach obrotu".
W rozpatrywanej sprawie nie wykazano, aby któryś z podatników: Skarżąca lub A. Sp. z o.o., należeli do kategorii tzw. podatników "mieszanych", tzn. niemających pełnego prawa do odliczenia, wobec czego powyższe stwierdzenia mają bezpośrednie odniesienia do zakwestionowanej faktury wystawionej przez A. Sp. z o.o. Nie ustalono też, czy dostawca wykazała i rozliczyła podatek należny wynikający ze spornej faktury.
NSA podkreślił, że wskazane orzeczenia TSUE wyrażone zostały wprawdzie na tle zagadnień dotyczących kreowania podstawy opodatkowania, ale nie można pomijać, że odwrotnością podatku należnego uzależnionego od wielkości podstawy podatkowania, jest podatek naliczony, kwestionowany w niniejszej sprawie.
Jak słusznie bowiem wskazał NSA w wyroku z 15 listopada 2019 r., sygn. akt I FSK 1312/19 (opubl. CBOSA) na tle natomiast zagadnień dotyczących podatku naliczonego, TSUE w wyroku z 21 lutego 2006 r. w sprawie C-255/02 Halifax plc i in. stwierdził, że zakaz nadużyć jest bezprzedmiotowy wówczas, gdy dane transakcje mogą mieć inne uzasadnienie, niż tylko osiągnięcie korzyści podatkowych. Nawet jednak stwierdzenie istnienia nadużycia nie może prowadzić do sankcji, dla której niezbędna byłaby jasna i jednoznaczna podstawa prawna, lecz do obowiązku zwrotu jako zwykłej konsekwencji tego stwierdzenia, jako powodującego, iż odliczenia naliczonego podatku VAT stają się w części lub w całości nienależne. Z powyższego wynika, iż transakcje, których dokonanie stanowi nadużycie powinny zostać przedefiniowane w taki sposób, aby odtworzyć sytuację, która istniałaby, gdyby nie dokonano transakcji stanowiących wspomniane nadużycie.
Jeżeli w niniejszej sprawie organy podatkowe nie zakwestionowały samego faktu dokonania dostawy zabudowanej nieruchomości, ale kwestionowały ilość, stan i wartość budynków mających służyć planowanej działalności gospodarczej, to brak jest podstaw do stwierdzenia, że w sprawie tej doszło do nadużycia. Nie określiły w jakim zakresie kwestionują tenże rozmiar wykonanych prac oraz jaką ich wartość.
W ocenie NSA, w niniejszej sprawie organy podatkowe, przy akceptacji Sądu pierwszej instancji, pozbawiły Skarżącą prawa do odliczenia całości podatku naliczonego z zakwestionowanej faktury wystawionej na jego rzecz przez A. Sp. z o.o., mimo ustaleń, że faktura dokumentowała nabycie nieruchomości z naniesionymi na niej określonymi nieruchomościami w określonym stanie technicznym. Rozstrzygnięcie takie stanowi naruszenie art. 88 ust. 3a pkt 4 u.p.t.u., poprzez uniemożliwienie podatnikowi rozliczenia faktur w tej części, w jakiej dotyczą one faktycznego nabycia towarów, co godzi w zasadę neutralności VAT oraz jest sprzeczne z zasadą proporcjonalności. Jeżeli TSUE nawet w przypadku nadużycia prawa stwierdził, że o ile transakcje, których dokonanie stanowi nadużycie, powinny zostać przedefiniowane w taki sposób, aby odtworzyć sytuację, która istniałaby, gdyby nie dokonano transakcji stanowiących wspomniane nadużycie, to tym bardziej w okolicznościach takich, jak w tej sprawie, kiedy organy nie kwestionują faktu nabycia nieruchomości, lecz jej stan i wartość, organy powinny określić niekwestionowaną przez nie wartość naniesionych budynków i podlegający odliczeniu podatek naliczony.
Sąd II instancji zwrócił przy tym uwagę na okoliczność, że zarówno Sąd pierwszej instancji, jak i Skarżąca powołują się na wyrok NSA z 29 września 2017 r. (sygn. akt I FSK 16/16), zgodnie z którym przepis art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. b) u.p.t.u. należy interpretować w ten sposób, że w przypadku, gdy zebrany w sprawie materiał dowodowy daje organowi podatkowemu możliwość określenia wartości rzeczywistej transakcji wykazanej w kwocie zawyżonej na fakturze, podatnikowi - z uwagi na zasadę neutralności i proporcjonalności - przysługuje prawo do odliczenia podatku w części odpowiadającej rzeczywistej wartości transakcji (tak też w wyroku NSA z 18 maja 2017 r., sygn. akt I FSK 1916/15).
Tutejszy Sąd ponownie rozpatrując niniejszą sprawę podziela i przyjmuje za swoje stanowisko NSA wyrażone w wyroku z dnia z dnia 25 marca 2026 r., I FSK 1129/23, którym dodatkowo jest związany na podstawie art. 190 p.p.s.a.
W związku z powyższym badając rozpoznawaną sprawę w ramach swojej kognicji, Sąd stwierdził naruszenia prawa materialnego, które skutkowały koniecznością wyeliminowania z obrotu prawnego zaskarżonej decyzji. Organ odwoławczy dopuścił się bowiem naruszenia art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) u.p.t.u. poprzez jego zastosowanie w okolicznościach rozpoznawanej sprawy, w sytuacji w której DIAS nie wykazał w sposób prawidłowy podstaw do całkowitego pozbawienia Skarżącej prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktury nr [...] z dnia 30 października 2015 r.
Oznacza to, że zasadne okazały się również zarzuty Skarżącej naruszenia przez DIAS zasad ogólnych postępowania podatkowego wyrażonych w art. 121 § 1 oraz art. 122 O.p. - poprzez nieprowadzenie postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów i niepodjęcie wszelkich, możliwych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy. Organ naruszył także art. 187 O.p. poprzez niezebranie i niewyczerpujące rozpatrzenie całego materiału dowodowego sprawy, jak i art. 191 O.p. poprzez niedokonanie oceny co do istotnych okoliczności sprawy i poprzestanie na niepopartym rzetelnym rozpatrzeniem materiału dowodowego, stwierdzeniu fikcyjności kwestionowanej transakcji.
Natomiast niezasadny okazał się zarzut dotyczący przedawnienia. Tutejszy Sąd w ślad za stanowiskiem wyrażonym w wyroku z dnia 25 marca 2026 r. o sygn. akt I FSK 1129/23 stwierdza, że wszczęcie postępowania karnoskarbowego w rozpoznawanej sprawie nie miało charakteru instrumentalnego. Nastąpiło skuteczne zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania w podatku od towarów i usług za październik 2015 r. DIAS był zatem uprawniony do przeprowadzenia postępowania merytorycznego za ten okres w świetle art. 70 § 1 O.p.
Przy ponownym rozpoznaniu sprawy DIAS będzie zobowiązany uwzględnić wykładnię prawa materialnego przedstawioną w uzasadnieniu niniejszego wyroku, a następnie dokonać weryfikacji swego stanowiska w kontekście jej wpływu na treść zapadłego wobec Skarżącej rozstrzygnięcia ostatecznego w przedmiocie nadwyżki podatku naliczonego nad podatkiem należnym do zwrotu w podatku od towarów i usług za październik 2015 r.
Dlatego mając na uwadze wszystkie przedstawione powyżej okoliczności Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i lit. c) p.p.s.a., uchylił zaskarżoną decyzję, o czym orzekł, jak w pkt 1 sentencji rozstrzygnięcia.
W związku z uwzględnieniem skargi, Sąd na podstawie art. 200 i art. 205 § 2 p.p.s.a., zasądził na rzecz Skarżącego zwrot kosztów postępowania o czym orzekł, jak w pkt 2 sentencji wyroku.
ds