Uzasadnienie
Pismem z dnia 20 maja 2026 r., nr 2605-SKA-3.4033.65.2026 Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego w Kielcach (dalej: naczelnik, organ) zawiadomił o wykreśleniu w tym dniu z rejestru podatników VAT/VAT-UE podmiotu H. spółki z ograniczoną odpowiedzialnością w K. (dalej: spółka, skarżąca). Jako podstawę prawną podjętej czynności organ wskazał art. 96 ust. 9a pkt 3 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz.U. z 2026 r. poz. 622, dalej: ustawa o VAT). Wyjaśnił, że w deklaracjach VAT – 7 od sierpnia 2025 r. nie wykazano sprzedaży, nabycia towarów lub usług, ani importu towarów z kwotami podatku do odliczenia. Zgodnie z wyjaśnieniami spółki nie wynika to ze specyfiki prowadzonej działalności gospodarczej. Opisane zawiadomienie zostało doręczone doradcy podatkowemu P. Z., będącemu pełnomocnikiem ogólnym spółki.
Na powyższą czynność wykreślenia z rejestru podatników VAT/VAT-UE spółka wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Kielcach.
Zarzuciła naruszenie art. 96 ust 9a pkt 3 ustawy o VAT poprzez jego błędne zastosowanie i przyjęcie, że brak wykazania sprzedaży lub nabyć w deklaracjach nie wynika ze specyfiki prowadzonej działalności gospodarczej. Wniosła o uchylenie zaskarżonej czynności w całości, przeprowadzenie dowodu z dokumentu w postaci Exclusive Supply Agreement z 10 kwietnia 2026 r., na okoliczność wykazania realności prowadzonej działalności, zamiaru wykonywania czynności opodatkowanych oraz wyjaśnienia przyczyn czasowego braku obrotu wynikającego ze specyfiki działalności, jak również zasądzenie zwrotu kosztów postępowania sądowego.
W uzasadnieniu skargi podniesiono, że obecny brak obrotu należy do specyfiki działalności spółki, co jest ściśle związane z jej tymczasowym zatrzymaniem operacyjnym. Przerwa ta ma charakter przejściowy i przygotowawczy do realizacji nowych kontraktów. Dowodem potwierdzającym powyższe oraz zamiar kontynuowania działalności opodatkowanej jest dokument Exclusive Supply Agreement z dnia 10.04.2026 r., którego kopie dołączono. Zdaniem strony zawarcie tej umowy w kwietniu 2026 r. jednoznacznie wskazuje, że spółka pozostaje aktywnym podmiotem gospodarczym i podejmuje realne działania w celu generowania obrotów.
Tym samym, czasowy brak raportowania sprzedaży w deklaracjach jest uzasadniony modelem biznesowym i specyfiką branży, a nie zaprzestaniem wykonywania czynności opodatkowanych. Okoliczności te potwierdza również wyjaśnienie złożone w toku czynności sprawdzających na które powołuje się organ błędnie je interpretując. Dodano, że realizacja kontraktu odbywa się na składzie podatkowym do czego wymagana jest rejestracja VAT-UE, a zatem zaskarżona czynność uniemożliwia spółce prowadzenie działalności gospodarczej i jest przyczyną strat.
W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie.
Wskazał, że H. Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w K. rozpoczęła działalność z dniem 1 marca 2001 r. Zgodnie z Krajowym Rejestrem Sądowym prezesem zarządu jest S. A., natomiast pełnomocnikiem ogólnym spółki jest P. Z. (data udzielenia pełnomocnictwa 18 lipiec 2023 r.). Przeważającym PKD podmiotu jest sprzedaż hurtowa napojów bezalkoholowych (G4634B). Spółka jako podatnik podatku od towarów i usług zgodnie z właściwością miejscową rozlicza się drogą elektroniczną składając pliki JPK_VAT z deklaracją (strukturą JPK_V7M) za miesiące od listopada 2019 r. w Drugim Urzędzie Skarbowym w Kielcach. Za okres od sierpnia 2025 r. do marca 2026 r. skarżąca nie wykazywała w swoich plikach JPK, częściach ewidencyjnych i deklaracyjnych przesyłanych do Drugiego Urzędu Skarbowego w Kielcach, sprzedaży, nabycia towarów lub usług ani importu towarów z kwotami podatku do odliczenia. Deklaracja za kwiecień 2026 r. z dnia 21 maja 2026 r. złożona po wykreśleniu z rejestru podatników VAT/VAT-UE również została wygenerowana zerowa.
Organ podał dalej, że mając na względzie treść art. 155 § 1 w zw. z art. 272 pkt 4 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tj. Dz. U. z 2026 r. poz. 622) przeprowadzono w dniu 20 maja 2026 r. rozmowę telefoniczną z księgową K. C., a z przebiegu tej rozmowy w tym samym dniu sporządzono notatkę służbową. Organ podał, że osoba ta jest pracownicą pełnomocnika P. Z. i jest odpowiedzialna za prowadzenie i sporządzanie dokumentacji dla spółki. K. C. poinformowała, że kontakt z prezesem S. A. jest utrudniony, nie otrzymują żadnych dokumentów i spółka wygasza swoją działalność, a zerowe pliki JPK od sierpnia 2025 r. nie są związane z sezonowością prowadzonej przez spółkę działalności.
Powyższe zdaniem organu uzasadniało podjętą w dniu 20 maja 2026 r. czynność.
Odnosząc się do zarzutów skargi podniesiono, że wykreślenie podatnika z rejestru podatników VAT czynnych odbywa się w procedurze czynności sprawdzających. Zgodnie z dominującą linią orzeczniczą sądów administracyjnych, potwierdzoną w uchwale NSA sygn. akt I FPS 3/23 z dnia 23.10.2023 r. bezsporne jest, że wykreślenie podatnika z rejestru podatników czynnych podatku od towarów i usług w trybie art. 96 ust. 9 oraz 9a ustawy o VAT następuje poprzez dokonanie czynności materialno-technicznej. Zwrócono uwagę, że dołączony do skargi dokument nie został przetłumaczony na język polski oraz nosi datę 10 kwietnia 2026 r. Tymczasem wykreślenie z rejestru związane z niewykazywaniem kwot sprzedaży, nabycia towarów lub usług ani importu towarów z kwotami podatku do odliczenia obejmuje okres od sierpnia 2025 r. do marca 2026 r.
W piśmie procesowym z dnia 15 lipca 2026 r. stanowiącym uzupełnienie skargi skarżąca podniosła naruszenie podstawowych zasad postępowania podatkowego w tym zasady jawności postępowania dla stron, zasady przekonywania i zasady prawdy obiektywnej. Wskazała, że organ nie przeprowadził żadnego postępowania dowodowego, nie podjął się nawiązania kontaktu ze skarżącą spółką lub jej przedstawicielem, a w zawiadomieniu zawarte zostało zdanie "Zgodnie z Pana/spółki wyjaśnieniami, nie wynika to ze specyfiki prowadzonej działalności gospodarczej." Nikt natomiast nie pytał spółki, jaką prowadzi działalność i z czym związana jest przerwa w tej działalności.
Nawiązując do treści art. 96 ust. 9e ustawy o podatku od towarów i usług podano, że decyzja o wykreśleniu powinna być poprzedzona uzyskaniem wyjaśnień podatnika, a nie jakiejkolwiek osoby mającej zdanie, a nawet wiedzę na jego temat. Pozyskanie tych wyjaśnień powinno być poprzedzone poinformowaniem podatnika na jakiej podstawie i w jakim celu są one zbierane. Organ powinien też ustalić "specyfikę" działalności podatnika, a nie tylko czy działalność "jest sezonowa". Definicja "sezonowa" jest definicją węższą od "specyficzna". Jednocześnie wyjaśniono, że K. C. nie jest pełnomocnikiem spółki i nie jest członkiem jej organów uprawnionym do jej reprezentowania.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Kielcach zważył, co następuje
Zgodnie z art. 1 § 1 i 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (t.j. Dz. U. z 2024 r., poz. 1267), sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej. Kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. Z kolei według art. 3 § 2 pkt 4 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2026 r., poz. 143, dalej: "p.p.s.a."), kontrola działalności administracji publicznej obejmuje orzekanie w sprawach skarg na inne niż określone w pkt 1-3 akty lub czynności z zakresu administracji publicznej dotyczące uprawnień lub obowiązków wynikających z przepisów prawa, z określonymi wyłączeniami.
Ponadto, stosownie do art. 146 § 1 p.p.s.a., uwzględniając skargę na czynność, o której mowa w art. 3 § 2 pkt 4 p.p.s.a. sąd stwierdza bezskuteczność czynności, a przepis art. 145 § 1 pkt 1 p.p.s.a. stosuje odpowiednio. Do stwierdzenia bezskuteczności czynności konieczne jest uznanie przez sąd, że czynność ta narusza prawo materialne w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy lub przepisy prawa procesowego w stopniu mającym istotny wpływ na wynik sprawy albo narusza prawo dające podstawę do wznowienia postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a-c p.p.s.a.). Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną (art. 134 § 1 p.p.s.a.).
Dokonując kontroli sądowej zaskarżonej czynności w tak zakreślonych granicach, sąd stwierdził, że skarga zasługuje na uwzględnienie. Podejmując zaskarżoną czynność naczelnik naruszył bowiem przepisy prawa, mianowicie art. 155 § 1 O.p. oraz art. 274 § 1 pkt 2 O.p. poprzez zaniechanie podjęcia niezbędnych w sprawie ustaleń, które to naruszenie mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy. W konsekwencji doszło do naruszenia przepisów prawa materialnego tj. art. 96 ust 9a pkt 3 oraz art. 96 ust 9e ustawy o VAT poprzez ich wadliwe, gdyż co najmniej przedwczesne zastosowanie w sprawie. Powyższe uzasadniało stwierdzenie bezskuteczności zaskarżonej czynności.
Przedmiotem kontroli sądu jest czynność naczelnika, polegająca na wykreśleniu spółki z rejestru podatników VAT/VAT-UE. Istota sporu sprowadza się zatem do oceny zgodności z prawem tej czynności.
Na wstępie wyjaśnienia wymaga, że Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale z dnia 23 października 2023 r., sygn. akt I FPS 3/23 rozstrzygnął spór, co do formy prawnej wykreślenia podatnika z rejestru VAT orzekając, że powinno ono nastąpić poprzez dokonanie czynności materialno-technicznej.
Czynności materialno-techniczne to działania organów administracji, które będąc czynnościami faktycznymi, oparte są na wyraźnej podstawie prawnej i wywołują konkretne skutki prawne. Od aktów administracyjnych czynności materialno-techniczne różnią się tym, że są działaniami faktycznymi, które nie powodują powstania żadnej normy postępowania, przy czym cechuje je możliwość ich realizacji przez przymus państwowy (J. Starościak, Prawne formy działania administracji, Warszawa 1957, s. 302). Czynności te wywołują zatem skutki prawne poprzez fakty, z którymi obowiązujące przepisy prawa wiążą powstanie określonych konsekwencji w sferze stosunków prawnych (M. Masternak, Czynności materialno- techniczne jako prawna forma działania administracji publicznej, Toruń 2018, s. 145).
Aby kontrola dokonywana przez sąd w tym zakresie nie była iluzoryczna, organ winien wykazać, na czym oparł swoje ustalenia dotyczące spełnienia przesłanek warunkujących wykreślenie podatnika z rejestru VAT, poprzez przedstawienie sądowi materiału dowodowego, w oparciu o który dokonał wykreślenia podatnika z rejestru.
Tylko bowiem w takim przypadku pozwoli to sądowi na zbadanie, czy zaistniały okoliczności określone jako ustawowe przesłanki wykreślenia. Czynność wykreślenia podatnika z jednej strony nie wymaga zatem przeprowadzenia postępowania podatkowego, z drugiej jednak obliguje organ do przedstawienia dowodów pozwalających stwierdzić zaistnienie przesłanek wykreślenia podatnika z rejestru VAT wynikających z przepisów normujących ww. wykreślenie (por. wyrok NSA z dnia 8 września 2022 r., sygn. akt I FSK 1352/19, CBOSA).
Zdaniem sądu organ nie sprostał wyżej opisanym obowiązkom i w realiach sprawy przyjęcie zaistnienia okoliczności określonych w art. 96 ust 9a pkt 3 ustawy o VAT było co najmniej przedwczesne.
Zauważyć bowiem należy, że zgodnie z treścią tego przepisu, wykreśleniu z urzędu z rejestru jako podatnik VAT podlega także podatnik, który składał przez 6 kolejnych miesięcy lub 2 kolejne kwartały deklaracje, o których mowa w art. 99 ust. 1, 2 lub 3, w których nie wykazał sprzedaży lub nabycia towarów lub usług z kwotami podatku do odliczenia, z zastrzeżeniem ust 9b-9f. Podkreślenia jednak wymaga, że, w myśl art. 96 ust. 9e ustawy o VAT przepis ust. 9a pkt 3 nie ma zastosowania, w przypadku gdy niewykazanie sprzedaży lub nabycia towarów lub usług z kwotami podatku do odliczenia wynikało, zgodnie z wyjaśnieniami podatnika, ze specyfiki prowadzonej działalności gospodarczej. Stosownie do art. 97 ust. 16 ustawy o VAT, wykreślenie podatnika z rejestru jako podatnika VAT, o którym mowa w art. 96 ust. 6 i 8-9a, jest równoznaczne z wykreśleniem z rejestru jako podatnika VAT UE. Przepisy art. 96 ust. 9g-9j stosuje się odpowiednio.
Nie ulega zatem wątpliwości, że z treści art. 96 ust 9e ustawy o VAT wynika uprzedni nakaz ustalenia przez organ, czy niewykazanie sprzedaży lub nabycia towarów lub usług z kwotami podatku do odliczenia wynikało, zgodnie z wyjaśnieniami podatnika, ze specyfiki prowadzonej działalności gospodarczej. W razie bowiem pozytywnej odpowiedzi na to pytanie, przepis ust. 9a pkt 3 nie będzie miał zastosowania. Unormowanie to stanowi zatem negatywną przesłankę wykreślenia z rejestru, co oznacza, że naczelnik urzędu skarbowego nie może wykreślić podatnika, który złoży wyjaśnienia, że brak wykazania sprzedaży lub nabycia towarów lub usług wynika ze specyfiki prowadzonej przezeń działalności.
Z uwagi na jednoznaczne i nie budzące wątpliwości unormowanie wynikające z art. 96 ust. 9e ustawy o VAT, wykreślenie z rejestru podatnika podatku od towarów i usług na podstawie art. 96 ust. 9a pkt 3 ustawy o VAT powinno zostać poprzedzone wezwaniem podatnika do złożenia wyjaśnień dotyczących specyfiki prowadzonej przezeń działalności.
W myśl art. 155 § 1 O.p. organ podatkowy może wezwać stronę lub inne osoby do złożenia wyjaśnień, zeznań, przedłożenia dokumentów lub dokonania określonej czynności osobiście, przez pełnomocnika lub na piśmie, jeżeli jest to niezbędne dla wyjaśnienia stanu faktycznego lub rozstrzygnięcia sprawy.
Natomiast stosownie do treści art. 274 § 1 pkt 2 O.p. w razie stwierdzenia, że deklaracja zawiera błędy rachunkowe lub inne oczywiste omyłki bądź że wypełniono ją niezgodnie z ustalonymi wymaganiami, organ podatkowy w zależności od charakteru i zakresu uchybień: zwraca się do składającego deklarację o jej skorygowanie oraz złożenie niezbędnych wyjaśnień, wskazując przyczyny, z powodu których informacje zawarte w deklaracji podaje się w wątpliwość.
W realiach kontrolowanej sprawy nie można przyjąć, aby organ zadośćuczynił obowiązkowi dokonania koniecznych ustaleń, w zakresie określonym w art. 96 ust 9e ustawy o VAT, co warunkowało dalszą możliwość podjęcia zaskarżonej czynności wykreślenia z rejestru podatników VAT/VAT-UE. Podatnik nie został bowiem prawidłowo wezwany do udzielenia stosownych wyjaśnień.
Analiza akt sprawy wskazuje, że organ ograniczył się do przeprowadzenia rozmowy telefonicznej z K. C., księgową, z której następnie została sporządzona notatka służbowa. Zdaniem sądu powyższe w żaden sposób nie świadczy o podjęciu skutecznych i zgodnych z prawem czynności, zmierzających do uzyskania wyjaśnień w zakresie specyfiki prowadzonej przez podatnika działalności gospodarczej.
Słusznie w tym kontekście podnosi skarżąca, że K. C. nie była osobą upoważnioną do składania oświadczeń w imieniu spółki. Organ nie wykazał takiego upoważnienia i nie wynika ono również z akt sprawy.
Organ nie dopełnił tym samym obowiązku dokonania koniecznych w sprawie ustaleń, co warunkowało następnie możliwość podjęcia zakwestionowanej czynności wykreślenia z rejestru. Nie zwrócił się bowiem o udzielenie stosownych wyjaśnień do pełnomocnika ogólnego spółki, ani do samego podatnika.
Błędne jest zatem stwierdzenie organu, że do wykreślenia podmiotu doszło po uzyskaniu stosownej informacji, że niewykazanie, w składanych kolejno deklaracjach, sprzedaży lub nabycia towarów lub usług z kwotami podatku do odliczenia wynikało, ze specyfiki prowadzonej działalności gospodarczej.
Biorąc powyższe pod uwagę sąd stwierdził bezskuteczność zaskarżonej czynności.
Wobec stwierdzonych uchybień proceduralnych i będącej ich konsekwencją przedwczesności zastosowania przepisów prawa materialnego przez organ, na obecnym etapie postępowania sądowego nie podlegała kontroli kwestia samej specyfiki prowadzonej przez spółkę działalności gospodarczej. Dlatego sąd, postanowieniem wydanym na rozprawie w dniu 27 sierpnia 2026 r., na podstawie art. 106 § 3 p.p.s.a. odmówił przeprowadzenia dowodu z dokumentu, wnioskowanego na potwierdzenie okoliczności realności prowadzenia przez spółkę działalności gospodarczej i zamiaru wykonywania przez nią czynności opodatkowanych.
Mając na uwadze powyższe, działając na podstawie art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c p.p.s.a., sąd orzekł jak w punkcie 1 sentencji wyroku. O zwrocie kosztów postępowania sądowego orzeczono w punkcie 2 sentencji wyroku, na podstawie art. 200, art. 205 § 2 i 4 p.p.s.a.