Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicachz 9 lipca 2026 r., sygn. akt I SA/Gl 1360/25

Uzasadnienie

1. 1. S S.A. w B. (dalej: skarżąca lub spółka) wniosła skargę na decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Katowicach (dalej: organ odwoławczy lub Kolegium) z 12 września 2025 r. nr SKO.FP/41.4/394/2025/0 w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za rok 2019.
2. 2. Stan sprawy.
3. 2.1. Skarżąca w dniu 28 grudnia 2023 r. złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości za lata 2018-2021 wraz ze skorygowanymi deklaracjami podatkowymi za ww. okres.

Zdaniem spółki z uwagi na treść przepisu art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (t.j. Dz. U. z 2025 r. poz. 707 z późn. zm. - u.p.o.l.) w brzmieniu obowiązującym w 2019 r. przysługiwało jej prawo ze zwolnienia z podatku od nieruchomości dla gruntów, budynków i budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej.

Organ podatkowy celem zweryfikowania poprawności złożonego wniosku i skorygowanych deklaracji wezwał spółkę do przedłożenia:

1. a) odnośnie warunku w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a - udostępnienia infrastruktury kolejowej przewoźnikom kolejowym,
2. - kserokopii świadectw bezpieczeństwa dla bocznic kolejowych wymienionych w załącznikach do deklaracji,
3. - dokumentów wskazujących na faktyczne/rzeczywiste udostępnianie przedmiotowej infrastruktury kolejowej przewoźnikom w roku 2019,
4. b) odnośnie warunku art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b i lit. c - jest wykorzystywana do przewozu osób lub tworzy linie kolejowe o szerokości 1.435 mm,
5. - dokumentów potwierdzających, iż przedmiotowa infrastruktura spełniała definicję transportu publicznego,
6. c) odnośnie warunku wynikającego z art. 7 ust. 1 pkt 1a dokumentów w postaci decyzji lub rozporządzenia wyrażającego zgodę na likwidację linii bądź odcinków - wydanych w trybie przewidzianym w przepisach o transporcie kolejowym- do czasu przeniesienia ich własności lub prawa użytkowania wieczystego - z wyjątkiem zajętych na działalność inną niż działalność, o której mowa w przepisach o transporcie kolejowym;
7. - dokumentów będących w posiadaniu spółki wskazujących, że jest ona podmiotem uprawnionym do skorzystania ze zwolnienia podatkowego przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 oraz art. 7 ust. 1 pkt 1a u.p.o.l.

Pismem z dnia 26 lutego 2024 r. spółka odpowiedziała, że nie jest w stanie przesłać wymaganych dokumentów we wskazanym terminie, tym samym organ przesunął termin załatwienia sprawy do dnia 29 marca 2024 r.

Pismem z dnia 4 kwietnia 2024 r. spółka wyjaśniła, iż w złożonej deklaracji podatnik korzystał ze zwolnienia przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. gdyż udostępniał wskazane w deklaracji oraz we wniosku nieruchomości korzystającemu z bocznicy kolejowej podmiotowi, spółce P sp. z. o.o. na podstawie umowy nr [...] z dnia 29 listopada 2002 r. Zgodnie z przedmiotową umową zarządcą przedmiotowej infrastruktury była spółka P sp. z o.o. Na podstawie zawartej umowy podmiot korzystał z elementów infrastruktury kolejowej zlokalizowanej na działkach objętych przedmiotowym zwolnieniem. Ponadto spółka wystąpiła do J oraz P sp. z o.o. o udostępnienie umów zawartych z P1 S.A. na korzystanie z bocznicy kolejowej "[...] w C. Z uwagi na brak przesłania stosownych dokumentów, decyzją z dnia 24 czerwca 2024 r. organ odmówił stwierdzenia nadpłaty za rok 2019.

Po wniesieniu odwołania od ww. decyzji, Kolegium pismem z dnia 18 lipca 2025 r. wezwało skarżącą do przedłożenia wszystkich dokumentów odnośnie spełnienia któregokolwiek z warunków określonych w art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l.

W odpowiedzi na powyższe strona nadesłała umowę zawartą pomiędzy P sp. z o.o., a P2 S.A. wraz z aneksami do umowy.

1. 2.2. Po rozpoznaniu odwołania od decyzji organu pierwszej instancji, Kolegium mocą decyzji zaskarżonej w nn. sprawie, utrzymało ją w mocy.

W uzasadnieniu wskazało, że zasadniczym problemem, który należy rozstrzygnąć, jest uprawnienie strony do zwolnienia z podatku od nieruchomości w związku z ulokowaniem na niej infrastruktury kolejowej. Kwestia ta jest regulowana w art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. na mocy, którego zwalnia się od podatku od nieruchomości:

1. 1) grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która:
2. a) jest udostępniana przewoźnikom kolejowym lub
3. b) jest wykorzystywana do przewozu osób, lub
4. c) tworzy linie kolejowe o szerokości torów większej niż 1435 mm.

Kolegium wyjaśniło, że zakres pojęcia infrastruktury kolejowej został określony w załączniku Nr 1 do ustawy z dnia 28 marca 2003 r. o transporcie kolejowym (t.j. Dz. U. z 2025 r. poz. 1234 z późn. zm. - u.t.k.). Wskazano tam elementy wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, pod warunkiem że tworzą część linii kolejowej, bocznicy kolejowej lub innej drogi kolejowej, lub są przeznaczone do zarządzania nimi, obsługi przewozu osób lub rzeczy, lub ich utrzymania - w tym m.in. systemy oświetleniowe do celów ruchu kolejowego i bezpieczeństwa, przejazdy kolejowo-drogowe i przejścia w poziomie szyn, w tym urządzenia i systemy służące zapewnieniu bezpieczeństwa ruchu drogowego i pieszego; oraz grunty, oznaczone jako działki ewidencyjne, na których znajdują się wymienione elementy. Oznacza to, że zwolnione od podatku od nieruchomości mogą być tylko takie budynki, budowle i grunty, które zostały wymienione w załączniku nr 1 ustawy o transporcie kolejowym, tworzące część linii kolejowej lub bocznicy kolejowej lub innej drogi kolejowej i jednocześnie są udostępniane przewoźnikom kolejowym lub wykorzystywane do przewozu osób lub tworzą linie kolejowe o szerokości torów większej niż 1435 mm.

Drugim warunkiem wymaganym do uzyskania zwolnienia, który stanowi zasadniczy przedmiot sporu pomiędzy stroną, a organem podatkowym, stanowi przesłanka udostępniania infrastruktury kolejowej. W ustawie o podatkach i opłatach lokalnych nie zawarto definicji legalnej wskazanego pojęcia, jednak uregulowane jest ono w art. 29 u.t.k.

W przedmiotowej sprawie podstawową kwestię, która jest przedmiotem sporu, stanowi udostępnianie w roku 2019 infrastruktury kolejowej przewoźnikom. Samo istnienie infrastruktury kolejowej zostało wykazane w postępowaniu.

Warunkiem koniecznym do zastosowania przedmiotowego zwolnienia jest udostępnianie infrastruktury kolejowej przewoźnikom kolejowym. Skarżąca pomimo przesłanego wezwania nie przedłożyła dokumentu, na który się powołała tj. umowy z dnia 29 listopada 2002 r., nr [...], zgodnie z którą zarządcą infrastruktury kolejowej w roku 2019 r. była spółka P sp. z o.o. Strona w odpowiedzi na wezwanie Kolegium z dnia 18 lipca 2025 r. przedłożyła jedynie umowy oraz aneksy do umów zawartych pomiędzy P sp. z o.o., a P2 S.A.

Wskazano również, iż możliwość korzystania z udostępnianej infrastruktury kolejowej (zarówno faktycznego jak i potencjalnego) jest uzależniona od posiadania określonych dokumentów uprawniających do ich eksploatacji. Brak tych dokumentów uniemożliwia jakiekolwiek legalne udostępnianie infrastruktury kolejowej. To oznacza, że brak świadectwa bezpieczeństwa w roku 2019 uniemożliwiał legalne użytkowanie infrastruktury kolejowej na podstawie umowy z dnia 29 listopada 2002 r. nr [...], a tym samym nie została spełniona przesłanka udostępniania, warunkująca możliwość zastosowania zwolnienia podatkowego.

Stwierdzono też, że samo posiadanie umowy o udostępnianie infrastruktury kolejowej nie może być podstawą zwolnienia, jeżeli ta infrastruktura nie mogła być legalnie użytkowana w 2019 r. z uwagi na brak świadectwa bezpieczeństwa.

1. 3.1. Powyższa decyzja została zaskarżona do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach.

Zarzucono jej naruszenie:

1. - art 120, art. 121 oraz art. 187 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2026 r. poz. 622 z późn. zm. - o.p.) poprzez niewyjaśnienie wszystkich okoliczności w sprawie, przeprowadzenie postępowania w sposób podważający zaufanie do organów podatkowych i w konsekwencji błędne ustalenie stanu faktycznego,
2. - art 7 ust 1 pkt 1 u.p.o.l. poprzez uznanie, że wskazane przez skarżącą nieruchomości nie wchodzą w skład infrastruktury kolejowej, podlegającej zwolnieniu z podatkowania na podstawie wskazanego przepisu.

Wniesiono o uchylenie zaskarżonej decyzji w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia.

W uzasadnieniu wskazano, że nie budzi wątpliwości fakt istnienia ww. infrastruktury w badanym okresie oraz że była ona w posiadaniu przewoźnika kolejowego.

W ocenie skarżącej istotnym jest wyłącznie udostępnienie faktyczne infrastruktury kolejowej przewoźnikowi, aby możliwe było zastosowanie przedmiotowego zwolnienia i ze zwolnienia korzysta zarówno sama infrastruktura jak również nieruchomości, na których ta infrastruktura jest posadowiona.

Bez znaczenia dla potrzeb zastosowania przedmiotowego zwolnienia pozostaje okoliczność czy ww. infrastruktura udostępniona przewoźnikowi kolejowemu spełniała określone warunki techniczne, czy też była faktycznie wykorzystywana przez tego przewoźnika.

Wskazano, że organ pierwszej instancji jak również organ odwoławczy nie dociekali prawdy materialnej. Status infrastruktury kolejowej wynika z wydanych przez Urząd Transportu Kolejowego - organ centralnej administracji publicznej, gdzie występując do ww. organu organ podatkowy pierwszej instancji mógł ustalić, na podstawie danych - nr działki, czy dana infrastruktura stanowiła w danym okresie infrastrukturę czynną.

Organy podatkowe wskazują, że zastosowanie zwolnienia uzależnione jest od spełnienie dodatkowych nie wskazanych wprost w przepisach ustawy o podatkach i opłatach lokalnych przepisów, podczas gdy zdaniem skarżącej wyłącznym kryterium wynikającym z przepisów art. 7 ust. 1 pkt. 1 u.p.o.l. jest faktyczne udostępnienie infrastruktury przewoźnikowi kolejowemu, bez znaczenia jest czy infrastruktura ta jest wykorzystywana faktycznie czy też nie. Zgodnie z wiedzą skarżącej infrastruktura ta zdatna była do użytkowania i była faktycznie wykorzystywana przez przewoźnika.

1. 3.2. W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach zważył co następuje

1. 4. Skarga nie jest zasadna.

Spór w nn. sprawie sprowadzał się do odpowiedzi na pytanie, czy infrastruktura kolejowa, jaką dysponuje skarżąca, w stanie faktycznym niniejszej sprawy może korzystać ze zwolnienia z podatku od nieruchomości na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l.

Zgodnie z tym przepisem zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym.

5. W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego np. wyrok z 6 sierpnia 2025 r., sygn. akt III FSK 747/22 przyjmuje się, że art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. odsyła do ustawy o transporcie kolejowym wyłącznie w zakresie zwrotu "infrastruktura kolejowa", nie zaś sposobu rozumienia pozostałych przesłanek zwolnienia. Dla prawidłowego zdekodowania pojęcia "jest udostępnienia przewoźnikom kolejowym" nie ma zatem podstaw do sięgania do przepisów o transporcie kolejowym.

Błędne było zatem odwoływanie się przez Kolegium do ustawy o transporcie kolejowym w zakresie rozumienia pojęcia "udostępnienie infrastruktury" (art. 29 u.t.k.) czy też wprowadzanie na podstawie tej ustawy obowiązku przedstawienia świadectwa bezpieczeństwa, o którym mowa w art. 17e u.t.k. Uchybienie to jednakże nie miało wpływu na wynik sprawy, które mogłoby skutkować uchyleniem zaskarżonej decyzji, a to z uwagi na poniższe okoliczności.

W kontekście przesłanki określonej w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w orzecznictwie i w piśmiennictwie jednolicie wskazuje się, że użyty zwrot "jest udostępniana przewoźnikom kolejowym" oznacza faktyczne umożliwienie korzystania z infrastruktury przez przewoźnika kolejowego (por. L. Etel, R. Dowgier, G. Liszewski, B. Pahl, Podatki i opłaty lokalne. Komentarz, LEX 2020, art. 7), co stanowi istotną zmianę względem stanu prawnego sprzed 1 stycznia 2017 r., w którym obowiązek udostępnienia mógł mieć charakter wyłącznie potencjalny. W takiej sytuacji przesłankę tę należy interpretować literalnie, w oparciu o gramatyczne brzmienie przepisu, uwzględniając przyjęte w języku polskim znaczenie słowa "udostępnia". Udostępnienie zaś to możliwość skorzystania z danego obiektu przez inne podmioty niż władający obiektem (por. wyrok NSA z 25 maja 2022 r., III FSK 610/21).

Jak wskazał Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 5.11.2025 r., III FSK 977/24, warunek udostępnienia infrastruktury kolejowej podmiotowi wskazanemu w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. zostaje spełniony również wówczas, gdy jest ona faktycznie wykorzystywana, eksploatowana przez licencjonowanego przewoźnika kolejowego, co nie oznacza, że grunty i obiekty wymienione w załączniku nr 1 pkt 11-12 u.t.k. muszą znajdować się w wyłącznym posiadaniu tego podmiotu. Wystarczające jest w tym wypadku zapewnienie takiemu przewoźnikowi dostępu do wyszczególnionych w załączniku nr 1 u.t.k. elementów infrastruktury kolejowej w każdej prawnie dopuszczalnej formie i jego faktyczna eksploatacja przez ten podmiot.

Zatem celem wypełnienia przesłanki, o której mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., w badanym roku podatkowym musi wystąpić faktyczne udostępnienie infrastruktury przewoźnikowi kolejowemu.

W nn. sprawie w ocenie Sądu powyższa okoliczność nie została przez skarżącą wykazana.

Skarżąca pomimo wezwania zarówno przez organ pierwszej instancji jak i organ odwoławczy nie przedłożyła dokumentu, na który się powołała tj. umowy z dnia 29 listopada 2002 r. nr [...] zgodnie, z którą zarządcą infrastruktury kolejowej w roku 2019 r. była P sp. z o.o. Skarżąca w odpowiedzi na wezwanie Kolegium z dnia 18 lipca 2025 r. przedłożyła jedynie umowy oraz aneksy do umów zawartych pomiędzy P sp. z o.o., a P2 S.A.

6. Sąd wskazuje przy tym, że stosownie do art. 75 § 2 pkt 1 lit. a) i § 3 o.p. wszczęcie postępowania w sprawie stwierdzenie nadpłaty podatku następuje na wniosek podatnika złożony wraz z korektą deklaracji.

Zasadniczym celem postępowania podatkowego w sprawie stwierdzenia nadpłaty podatku jest ustalenie czy doszło do zapłaty podatku w zawyżonej wysokości. Ustalenie tych okoliczności niewątpliwie wymaga czynnego udziału samego podatnika, bez względu na to, w jaki sposób jest prawnie rozłożony ciężar dowodu.

Wynikający z art. 122 o.p. dla organu podatkowego obowiązek podejmowania wszelkich niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy w postępowaniu podatkowym, nie oznacza jeszcze, że podatnik jest całkowicie zwolniony z obowiązku współdziałania z organem podatkowym w celu wykazania podstawowych kwestii dla ustalenia rozmiaru i okoliczności powstania uszczerbku w majątku podatnika z tytułu zapłaty podatku. Przyjęcie odmiennego poglądu nie znajduje również oparcia w art. 187 § 1 o.p. stanowiącego procesową gwarancję art. 122 o.p. Nie ulega wątpliwości, że wynikający z niego obowiązek wszechstronnego zebrania materiału dowodowego i rozpatrzenia go w sposób wyczerpujący zobowiązuje organ podatkowy do starannego działania, lecz z drugiej strony tworzy podstawę prawną dla działań tego organu, na przykład, gdy chodzi o prawo żądania przedłożenia przez podatnika niezbędnych do końcowego załatwienia sprawy dokumentów.

Nie bez znaczenia dla określenia roli podatnika w tym postępowaniu pozostaje również to, że postępowanie to jest wszczynane na jego wniosek. Oznacza to, że powinien on już we wniosku zawrzeć nie tylko treść żądania (art. 168 o.p.), ale również jego uzasadnienie, a w razie wątpliwość przedstawić żądaną przez organ dokumentację, co pozwoliłoby organowi podatkowemu nie tylko na rozpoznanie wniosku bez zbędnej zwłoki, ale również na realizację normy prawnej § 4 art. 75 o.p. Rodzaj tego postępowania, jak też jego przedmiot zobowiązuje podatnika do aktywnego współdziałania z organem w wyjaśnieniu stanu faktycznego, co oczywiście nie zwalnia organu podatkowego z obowiązku podejmowania działań zmierzających do załatwienia sprawy.

Innymi słowy w postępowaniu wszczętym z wniosku o stwierdzenie nadpłaty na podatniku ciąży nie tylko złożenie odpowiedniej korekty, ale także wykazanie zasadności jej złożenia. W przypadku wątpliwości organ podatkowy ma obowiązek wezwać podatnika o przedłożenie dokumentów wykazujących zasadność takiego wniosku, co organ w nn. sprawie uczynił. Wszelako wciąż brakuje w aktach sprawy niezbędnego dokumentu do wykazania przesłanki zwolnienia, tj. umowy z dnia 29 listopada 2002 r. nr [...] zgodnie, z którą zarządcą infrastruktury kolejowej w roku 2019 r. była P sp. z o.o. Nie można powyżej okoliczności wyprowadzać z domniemania, że skoro spółka P zawarła umowę z P2 S.A. to była do tego uprawniona.

Niezależnie od powyższego wskazać należy, że skarżąca nie wykazała także czy infrastruktura kolejowa stanowiła w 2019 r. infrastrukturę czynną, a tylko taka infrastruktura może korzystać ze zwolnienia z podatku od nieruchomości.

1. 7. Zdaniem Sądu, w niniejszej sprawie zgromadzony materiał dowodowy oraz przedstawiona w zaskarżonej decyzji jego ocena odpowiada zasadom postępowania podatkowego, a zastosowane przepisy prawa materialnego były adekwatne do prawidłowo ustalonego stanu faktycznego. Równocześnie w zaskarżonej decyzji, w sposób adekwatny do ustalonego stanu faktycznego, słusznie odmówiono spółce zastosowania przepisów statuujących zwolnienie z podatku od nieruchomości.
2. 8. Mając na uwadze powyższe, Sąd na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2026 r. poz. 143 z późn. zm.) oddalił skargę.