Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicachz 14 lipca 2026 r., sygn. akt I SA/Gl 116/26

Uzasadnienie

Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Katowicach (dalej: organ odwoławczy) postanowieniem z 17 listopada 2025 r. nr 2401-IEN.7010.28.2025, UNP: 2401-25-284762, po rozpoznaniu zażalenia T spółka jawna w Z. (dalej: Spółka, skarżąca), na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 239 oraz art. 62 § 1 i § 4 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2025 r. poz. 111 z późn. zm.), dalej: O.p. utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego w Z. (dalej: organ pierwszej instancji) z 10 lipca 2025 r. nr [...], którym wpłata z 22 marca 2021 r. w kwocie 11.530.951,00 zł została zaliczona na poczet zaległości w podatku od towarów i usług za okres od stycznia do kwietnia 2014 r. oraz czerwiec 2014 r.: łącznie należność główna - 7.398 389,00 zł, łącznie odsetki - 4.132 562,00 zł.

Powyższe postanowienie organu odwoławczego zastało wydane w następującym stanie faktycznym i prawnym:

Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w K. (dalej: Naczelnik UCS) decyzją z 16 grudnia 2020 r. nr [...] określił Spółce zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za okres od stycznia do kwietnia 2014 r. Decyzja została doręczona pełnomocnikowi Spółki 31 grudnia 2020 r. Decyzja zastąpiła złożone przez Spółkę deklaracje VAT-7 za ww. okresy, w których Spółka wykazała kwoty zwrotu na rachunek bankowy.

Spółka złożyła odwołanie od decyzji Naczelnika UCS. Organ odwoławczy decyzją z 11 sierpnia 2021 r. nr 338000-COP2.4103.5.2021.APL utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję organu pierwszej instancji z 16 grudnia 2020 r.

Spółka wniosła skargę do tut. Sądu na decyzję organu odwoławczego z 11 sierpnia 2021 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach wyrokiem z 15 marca 2022 r., sygn. akt I SA/GI 1448/21 oddalił skargę.

Następnie Spółka wniosła skargę kasacyjną od wyroku Sądu pierwszej instancji. Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 28 października 2025 r., sygn. akt I FSK 1045/22 oddalił skargę kasacyjną.

Spółka 22 marca 2021 r. dokonała wpłaty w wysokości 11.530.951,00 zł w tytule przelewu wskazując, że wpłata dokonana jest na poczet VAT-7 za 2014 rok, w tym odsetki 3.971.510,00 zł.

Organ pierwszej instancji postanowieniem z 29 marca 2021 r. dokonał rozliczenia wpłaty z 22 marca 2021 r. na poczet zaległości w podatku od towarów i usług za okres od stycznia do kwietnia 2014 r. oraz czerwiec 2014 r.

Spółka wniosła zażalenie na powyższe postanowienie.

Organ odwoławczy uchylił postanowienie organu pierwszej instancji i przekazał mu sprawę do ponownego rozpatrzenia.

Organ pierwszej instancji po ponownym rozpatrzeniu sprawy postanowieniem z 5 sierpnia 2022 r. przerachował wpłatę z 22 marca 2021 r. na poczet zaległości w podatku od towarów i usług za okres od stycznia do kwietnia 2014 r. oraz czerwiec 2014 r.

Spółka wniosła zażalenie na powyższe postanowienie.

Organ odwoławczy postanowieniem z 28 października 2022 r. ponownie uchylił postanowienie organu pierwszej instancji i przekazał mu sprawę do ponownego rozpatrzenia.

Organ pierwszej instancji po ponownym rozpatrzeniu sprawy postanowieniem z 8 października 2024 r. przerachował wpłatę z 22 marca 2021 r. na poczet zaległości w podatku od towarów i usług za okres od stycznia do kwietnia 2014 r. oraz czerwiec 2014 r.

Spółka wniosła zażalenie na powyższe postanowienie.

Organ odwoławczy postanowieniem z 15 kwietnia 2025 r. ponownie uchylił postanowienie organu pierwszej instancji i przekazał mu sprawę do ponownego rozpatrzenia.

Organ pierwszej instancji po ponownym rozpatrzeniu sprawy postanowieniem z 10 lipca 2025 r. zaliczył wpłatę z 22 marca 2021 r. na poczet zaległości w podatku od towarów i usług za okres od stycznia do kwietnia 2014 r. oraz czerwiec 2014 r.

Spółka wniosła zażalenie na powyższe postanowienie, zaskarżając je w całości. Zarzuciła naruszenie:

1. 1. art. 54 § 1 pkt 7 O.p. poprzez brak zastosowania, tj. kalkulacje zaległości podatkowej Spółki bez uwzględnienia zawieszenia terminu naliczania odsetek w okresie od 3 sierpnia 2020 r. tj. od dnia wszczęcia postępowania podatkowego, do 31 grudnia 2020 r. tj. do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, który to termin powinien zostać zawieszony ze względu na niedoręczenie decyzji Spółce w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania podatkowego;
2. 2. art. 54 § 2 O.p. poprzez bezpodstawne uznanie, że niedotrzymanie terminu, o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 O.p. nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu podatkowego.

Spółka wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia w całości i orzeczenie co do istoty sprawy, tj. uwzględnienie zawieszenia terminu naliczania odsetek w okresie od 3 sierpnia 2020 r. do 31 grudnia 2020 r.

Organ odwoławczy postanowieniem z 17 listopada 2025 r. utrzymał w mocy postanowienie organu pierwszej instancji z 10 lipca 2025 r.

W pierwszej kolejności organ odwoławczy odniósł do przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za okres od stycznia do kwietnia 2014 r. oraz czerwiec 2014 r., które co do zasady wyrażonej w art. 70 § 1 O.p., przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku, czyli uległoby przedawnieniu z dniem 31 grudnia 2019 r. Jednakże, zgodnie z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. w przedmiotowej sprawie, 19 listopada 2018 r. nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, będącego przedmiotem kontroli celno-skarbowej prowadzonej wobec Spółki, z uwagi na wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe prowadzonego obecnie przez Prokuraturę Regionalną we W. pod sygn. [...]. Organ pierwszej instancji pismem z 29 listopada 2018 r. (doręczonym 4 grudnia 2018 r.), na podstawie art. 70c O.p. zawiadomił podatnika, o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.

Organ odwoławczy zaznaczył, że kwestia przedawnienia była także badana przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w wyroku o sygn. akt I SA/GI 1448/21, a skargę kasacyjną od tego wyroku oddalił Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem wydanym w sprawie o sygn. akt I FSK 1045/22.

Organ odwoławczy wskazał, że osią sporu w przedmiotowej sprawie jest fakt naliczenia odsetek za zwłokę za okres od 3 sierpnia 2020 r. (przekształcenie kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe) do 31 grudnia 2020 r. (doręczenie decyzji określającej zobowiązanie).

Dalej organ odwoławczy wyjaśnił, że Naczelnik UCS postanowieniami z 20 lipca 2020 r., przekształcił kontrolę celno-skarbową nr [...] oraz nr [...] wszczętą wobec Spółki na podstawie upoważnień z 4 kwietnia 2018 r. w postępowanie podatkowe w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług za styczeń, luty, marzec, kwiecień oraz czerwiec 2014 r. Spółka odebrała postanowienie 3 sierpnia 2020 r. Postępowania zostały zakończone wydaniem dwóch decyzji z 16 grudnia 2020 r. nr [...] oraz nr [...]. Decyzje zostały odebrane przez Spółkę 31 grudnia 2020 r. Zatem 3 miesięczny termin na wydanie decyzji upłynął 3 listopada 2020 r.

Organ odwoławczy ustalił, że Naczelnik UCS podejmował niezbędne czynności w trakcie postępowania podatkowego, a mianowicie:

1. 1. uzupełniał materiał dowodowy:
2. - 20 sierpnia 2020 r. wystosował pismo do Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w L. z wnioskiem o przekazanie decyzji w zakresie podatku od towarów i usług za okres od kwietnia do września 2014 r. wydanej dla głównego dostawcy telefonów komórkowych do kontrolowanego tj. I; decyzję otrzymał 31 sierpnia 2020 r.; sentencja i uzasadnienie obejmują 323 strony,
3. - 20 sierpnia 2020 r. skierował pisma do Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w W1. o przekazanie decyzji w zakresie podatku od towarów i usług za II kwartał 2014 r. dla podmiotu I1 sp. z o.o.; decyzję otrzymał 1 września 2020 r.; sentencja i uzasadnienie zawarte są na 16 stronach,
4. - 20 sierpnia 2020 r. wystosował pismo do Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w T. Delegatura w B. o przekazanie decyzji w zakresie podatku od towarów i usług za okres od stycznia do marca 2014 r. wydanej dla K sp. z o.o. oraz wydanej dla E sp. z o.o. za III kwartał 2014 r.; decyzje otrzymał 21 sierpnia 2020 r.; sentencje wraz z uzasadnieniami decyzji obejmują 46 stron dla podmiotu E SP. z o.o. i 35 stron dla podmiotu K sp. z o.o.,
5. - 20 sierpnia 2020 r. wystosował pismo do Naczelnika [...] Urzędu Celno- Skarbowego w G. o przekazanie decyzji w zakresie podatku od towarów i usług za okres od stycznia do kwietnia 2014 r. wydanej dla P sp. z o.o., decyzję otrzymał 25 sierpnia 2020 r.; decyzja ta zawiera 34 strony;
6. 2. włączył do sprawy:
7. - 16 września 2020 r. zgromadzony materiał dowodowy w postaci wyciągów z ww. decyzji przekazanych przez wymienione organy podatkowe oraz uwierzytelnionej kserokopii protokołu z czynności sprawdzających przeprowadzonych przez pracowników organu pierwszej instancji w S S.A. w zakresie prawidłowości i rzetelności dokumentów wystawionych na rzecz Spółki w 2014 r. wraz z załącznikami wskazanymi w ww. protokole,
8. - decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K. z 29 września 2015 r., nr [...] określającą Spółce zobowiązanie w podatku od towarów i usług za maj 2014 r.,
9. - protokół z 25 września 2014 r. z czynności sprawdzających przeprowadzonych w S S.A. wraz z załącznikami, który zawierał 194 strony (dot. VAT za 6/2014); analiza protokołu oraz załączników była konieczna do ustalenia zależności między podmiotami biorącymi udział w transakcjach i podjęcia dalszych czynności procesowych;
10. 3. dokonał badania ksiąg i sporządził protokoły:
11. - 18 września 2020 r. sporządził dwa protokoły badania ksiąg za okresy rozliczeniowe od stycznia do kwietnia oraz za czerwiec 2014 r.; dokumenty zawarte są odpowiednio na 67 i 37 stronach; protokoły zostały doręczone Spółce 30 września 2020 r.; 5 października 2020 r. pełnomocnik Spółki zapoznał się z zebranym materiałem dowodowym,
12. 4. podjął czynności celem zapoznania Spółki ze zgromadzonym materiałem dowodowym i w tym celu postanowieniem z 20 października 2020 r. wyznaczył Spółce siedmiodniowy termin do wypowiedzenia się w tej kwestii (data doręczenia postanowienia: 3 listopada 2020 r.);
13. 5. rozpatrzył składane przez Spółkę wnioski, a mianowicie:
14. - 16 października 2020 r. (w terminie 14 dni od dnia doręczenia protokołów badania ksiąg) Spółka złożyła pismem z 14 października 2020 r. zastrzeżenia do protokołów badania ksiąg podatkowych - 41 stron (1-4/2014) oraz 41 stron (6/2014); do ww. zastrzeżeń Naczelnik UCS odniósł się szczegółowo w uzasadnieniu decyzji kończącej postępowania,
15. - Spółka pismem z 3 listopada 2020 r. wniosła o zawieszenie postępowań podatkowych do czasu rozstrzygnięcia przez Naczelny Sąd Administracyjny sprawy dotyczącej rozliczeń Spółki w zakresie VAT za maj 2014 r. prowadzonej pod sygnaturą I FSK 713/20,
16. - 10 listopada 2020 r. Spółka wypowiedziała się w sprawie zebranego materiału dowodowego podtrzymując swoje stanowisko wyrażone w zastrzeżeniach z 14 października 2020 r. i dodatkowo złożyła wnioski o przeprowadzenie dowodów postaci w przesłuchania świadków, powołania biegłego z dziedziny ekonomii, dokonania oględzin siedziby Spółki oraz o umorzenie postępowań podatkowych, wnioski te liczyły po 5 stron każdy.

Naczelnik UCS w toku prowadzonego postępowania:

1. - postanowieniem z 16 grudnia 2020 r. nie uwzględnił wniosku Spółki o przeprowadzenie ww. czynności dowodowych,
2. - postanowieniem z 16 grudnia 2020 r. nie uwzględnił wniosku Spółki o zawieszenie postępowań podatkowych,
3. - postanowieniem z 16 grudnia 2020 r. nie uwzględnił wniosku Spółki o umorzenie postępowań podatkowych.

Organ odwoławczy zauważył, że Naczelnik UCS sporządził dwie decyzje z 16 grudnia 2020 r.: nr [...] (85 stron) oraz nr [...] (55 stron). Zostały one przesłane za pośrednictwem platformy ePUAP na adres pełnomocnika Spółki, a po dwukrotnym awizowaniu 17 i 25 grudnia 2020 r. zostały uznane za doręczone 31 grudnia 2020 r.

Organ odwoławczy oceniając prowadzone postępowanie wskazał, że pozyskanie orzeczeń dotyczących innych podmiotów biorących udział w transakcjach w zakresie obrotu telefonami, w których powtarzały się numery IMEI występujące w sprawie, było konieczne, bowiem fakty zawarte w ww. dokumentach miały bezpośredni wpływ na ustalenia dokonane w prowadzonych postępowaniach podatkowych. Dokumenty te liczyły łącznie ponad 450 stron.

Organ odwoławczy skonstatował, że odpowiedzi z urzędów wpływały w różnym czasie, a konieczne było wspólne ich zestawienie, zatem czas poświęcony przez Naczelnika UCS był adekwatny do podjętych czynności, a same czynności odbywały się bez zbędnej zwłoki. Zaznaczył, że akta postępowania kontrolnego obejmowały łącznie ponad 7.000 stron, z którymi przed podjęciem pierwszych czynności w postępowaniu podatkowym organ musiał się zapoznać. Obszerność wpływających dokumentów i informacje w nich zawarte także miały wpływ na czasookres podejmowanych czynności.

Ponadto wnioski Spółki z 3 listopada oraz 10 listopada 2020 r., które organ musiał rozpatrzyć przed wydaniem decyzji również miały wpływ na czas wydania decyzji. Organ prowadził postępowania za poszczególne okresy podatku od towarów i usług za 2014 r. równolegle. Do prawidłowego rozliczenia podatku od towarów i usług za czerwiec 2014 r. konieczne było włączenie decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K. z 29 września 2015 r. nr [...] określającej zobowiązanie w podatku od towarów i usług za maj 2014 r., bowiem rozliczenie to miało wpływ na określenie zobowiązania w podatku od towarów i usług za czerwiec 2014 r. Konieczne było również zapoznanie się z tą decyzją.

Organ odwoławczy końcowo wskazał, że w niniejszej sprawie nie zostały naliczone odsetki za czas trwania postępowań odwoławczych od decyzji Naczelnika UCS z 16 grudnia 2020 r., tj. za okres od 16 marca 2021 r. do dnia wpłaty, w związku ze ziszczeniem się przesłanki wynikającej z art. 54 § 1 pkt 3 O.p.

W skardze na postanowienie organu odwoławczego, wniesionej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach, skarżąca zastępowana przez pełnomocnika - adwokata zarzuciła naruszenie:

1. 1. przepisów prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy tj.:
2. a) art. 54 § 1 pkt 7 O.p. poprzez jego niezastosowanie, mimo że decyzja Naczelnika UCS nie została doręczona w terminie trzech miesięcy od dnia wszczęcia postępowania podatkowego, co obligowało organ do uwzględnienia okresu bezodsetkowego przy rozliczeniu odsetek za zwłokę,
3. b) art. 54 § 2 O.p. poprzez jego błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie polegające na uznaniu, że przekroczenie terminu doręczenia decyzji Naczelnika UCS nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu, podczas gdy wskazane przez organ odwoławczy okoliczności (obszerność akt, konieczność pozyskania dokumentów od innych organów, rozpoznanie wniosków dowodowych strony) nie stanowią przesłanek niezależnych od organu w rozumieniu tego przepisu;
4. 2. przepisów postępowania, które miało istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:
5. a) art. 120, art. 121 § 1, art. 122 § 1 oraz art. 191 O.p. poprzez prowadzenie postępowania w sposób sprzeczny z zasadą zaufania do organów podatkowych oraz zasadą prawdy obiektywnej, polegający na wielokrotnym uchylaniu rozstrzygnięć i przyjęciu argumentacji sprzecznej z rzeczywistością, w tym przerzucaniu odpowiedzialności za przekroczenie terminów na Spółkę,
6. b) art. 54 § 1 pkt 7 w zw. z art. 121 § 1 O.p. poprzez nieuwzględnienie okresu bezodsetkowego i obciążenie Spółki skutkami opieszałości Naczelnika UCS, co narusza zasadę prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych.

Skarżąca wniosła o uchylenie w całości zaskarżonego postanowienia organu odwoławczego i poprzedzającego je postanowienia organu pierwszej instancji oraz o zasądzenie kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego. Ponadto skarżąca wniosła o przeprowadzenie rozprawy.

W uzasadnieniu skargi skarżąca podkreśliła, że pomiędzy doręczeniem postanowienia o przekształceniu kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe a doręczeniem decyzji upłynęły 4 miesiące i 28 dni.

Skarżąca nie zgodziła się z przedstawionymi przez organy podatkowe przyczynami uzasadniającymi przekroczenie terminu na wydanie decyzji wskazując:

1. - kontrola podatkowa trwała dwa lata i materiał ten stał się integralną częścią akt, kontrolę i postępowanie podatkowe prowadziły, te same osoby więc nie musiały od nowa analizować akt, a sama obszerność akt i wielowątkowość postępowania nie mogą usprawiedliwiać przekroczenia ustawowych terminów,
2. - dokumenty niezbędne dla rozstrzygnięcia sprawy winny zostać pozyskane w trakcie kontroli, która miała na celu ustalenie wszystkich okoliczności sprawy,
3. - składanie wniosków dowodowych w toku postępowania podatkowego stanowi ustawowe uprawnienie strony i nie może rodzić dla podatnika negatywnych konsekwencji,
4. - art. 54 § 1 pkt 7 O.p. wskazuje na moment doręczenia decyzji, a nie na datę wydania, organ winien tak zaplanować czynności by nie doszło do przekroczenia ustawowych terminów.

Reasumując skarżąca stwierdziła, że okoliczności wskazane przez organ odwoławczy takie jak: analiza akt, rozpoznanie wniosków dowodowych, czy pozyskanie dokumentów stanowią typowe elementy każdego postępowania podatkowego, które ustawodawca uwzględnił, określając terminy jego zakończenia. Nie mogą być one traktowane jako nadzwyczajne i usprawiedliwiające zwłokę.

W odpowiedzi na skargę organ odwoławczy wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe stanowisko w sprawie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach zważył, co następuje

Skarga nie zasługuje na uwzględnienie.

Na wstępie Sąd wyjaśnia, że niniejsza sprawa została rozpoznana w trybie postępowania uproszczonego, ponieważ skarga dotyczyła postanowienia, na które służy zażalenie. Zgodnie bowiem z art. 119 pkt 3 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2026 r. poz. 143 z późn. zm.), dalej: P.p.s.a. w zw. z art. 120 P.p.s.a. sprawa może być rozpoznana w trybie uproszczonym, jeżeli przedmiotem skargi jest postanowienie wydane w postępowaniu administracyjnym, na które służy zażalenie albo kończące postępowanie, a także postanowienie rozstrzygające sprawę co do istoty oraz postanowienia wydane w postępowaniu egzekucyjnym i zabezpieczającym, na które służy zażalenie, czyli na posiedzeniu niejawnym w składzie trzech sędziów.

Zatem odnosząc się do zgłoszonego w skardze wniosku o rozpoznanie sprawy na rozprawie stwierdzić należy, iż żądanie to nie znajduje oparcia w przepisach regulujących tryb i zasady postępowania przed sądami administracyjnym. Zgodnie z § 32 ust. 2 rozporządzenia Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 5 sierpnia 2015 r. - Regulamin wewnętrznego urzędowania wojewódzkich sądów administracyjnych (t.j. Dz.U. z 2024 r. poz. 779), to przewodniczący wydziału orzeczniczego kieruje sprawy, o których mowa w art. 119 P.p.s.a., do rozpoznania w trybie uproszczonym na posiedzeniu niejawnym według kolejności ich wpływu, chyba że przepis szczególny stanowi inaczej. Przepis ten, podobnie jak i art. 119 pkt 3 P.p.s.a., nie przewiduje w tym zakresie wniosku stron postępowania o rozpoznanie sprawy na rozprawie.

Natomiast w myśl art. 122 P.p.s.a., to Sąd rozpoznający sprawę w trybie uproszczonym może przekazać sprawę do rozpoznania na rozprawie, jednakże w niniejszej sprawie nie skorzystano z tej możliwości z uwagi na jej charakter.

Ponadto zauważyć należy, że rozpoznanie sprawy w trybie uproszczonym nie prowadzi do pominięcia stanowiska stron, bowiem podnoszone przez nie argumenty są rozważane w oparciu o akta sprawy, a sprawa po wnikliwej analizie rozpoznawana jest przez sąd w składzie trzech sędziów (art. 120 P.p.s.a.). Zastosowanie więc trybu uproszczonego gwarantowało pełne rozpoznanie sprawy sądowoadministracyjnej.

Przedmiotem sporu w rozpoznawanej sprawie jest kwestia naliczenia skarżącej odsetek za zwłokę za okres od 3 sierpnia 2020 r. (przekształcenie kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe) do 31 grudnia 2020 r. (doręczenie decyzji określającej zobowiązanie). Natomiast nie jest sporne samo zaliczenie wpłaty skarżącej z 22 marca 2021 r.

W pierwszej kolejności Sąd wyjaśnia, że kwestia przedawnienia zobowiązania w podatku od towarów i usług okres od stycznia do kwietnia 2014 r. była już badana przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w wyroku z 15 marca 2022 r., sygn. akt I SA/GI 1448/21, a skargę kasacyjną od tego wyroku oddalił Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 28 października 2025 r., sygn. akt I FSK 1045/22.

Jak rozstrzygnął Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w wyroku z 15 marca 2022 r., sygn. akt I SA/GI 1448/21 co do zasady wyrażonej w art. 70 § 1 O.p. zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług okres od stycznia do kwietnia 2014 r. przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku, czyli uległoby przedawnieniu z dniem 31 grudnia 2019 r. Jednakże, zgodnie z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. w przedmiotowej sprawie, 19 listopada 2018 r. nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego będącego przedmiotem kontroli celno-skarbowej prowadzonej wobec skarżącej, z uwagi na wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe prowadzonego obecnie przez Prokuraturę Regionalną we W. pod sygn. [...]. Zarządzeniem Prokuratora z 19 listopada 2018 r. o objęciu postępowaniem karnym czynów pozostających w związku podmiotowym i przedmiotowym z czynem stanowiącym podstawę jego wszczęcia zarządzono objąć postępowaniem sygn. akt [...] czyny pozostające w związku podmiotowym i przedmiotowym z czynami stanowiącymi podstawę jego wszczęcia i prowadzić je m.in. wobec skarżącej.

W treści ww. zarządzenia Prokurator stwierdził w szczególności, że analiza akt sprawy wskazuje, że niezależnie od zdarzeń aktualnie objętych postępowaniem, w jego toku zebrano dowody wskazujące na uzasadnione podejrzenie popełnienia, w okresie od stycznia 2013 r. do grudnia 2014 r. w ramach innych podmiotów gospodarczych, które występowały w łańcuchach karuzelowych, dalszych przestępstw. Przedmiotowe postępowanie dotyczy zobowiązania, z którego niewykonaniem wiąże się podejrzenie popełnienia przestępstwa skarbowego. W związku z powyższym organ celno-skarbowy pismem z 11 kwietnia 2019 r. (doręczonym 23 kwietnia 2019 r.), na podstawie art. 70c O.p., zawiadomił pełnomocnika skarżącej, o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. W ocenie Sądu wszczęcie postępowania karnoskarbowego wobec Spółki nie było instrumentalne.

Dalej Sąd wskazuje, że w myśl art. 62 § 1 O.p., jeżeli na podatniku ciążą zobowiązania podatkowe z różnych tytułów, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet podatku zgodnie ze wskazaniem podatnika, a w przypadku braku takiego wskazania - na poczet zobowiązania podatkowego o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zobowiązań podatkowych podatnika. W przypadku gdy na podatniku ciążą zobowiązania podatkowe, których termin płatności upłynął, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności we wskazanym przez podatnika podatku, a w przypadku braku takiego wskazania lub braku zaległości podatkowej we wskazanym podatku - na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zaległości podatkowych podatnika.

Od 1 września 2023 r. nastąpiła zmiana brzmienia art. 62 O.p. w ten sposób, że zgodnie z § 4 tego przepisu postanowienia w sprawie zaliczenia wpłaty wydaje się na wniosek podatnika.

Niemniej jednak w niniejszej sprawie zastosowanie ma przepis w poprzednim brzmieniu (obowiązującym na dzień wpłaty). Zgodnie z obowiązującym wówczas brzmieniem § 4: W sprawie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowych, odsetek za zwłokę oraz kosztów upomnienia wydaje się postanowienie, na które służy zażalenie, z zastrzeżeniem § 4a.

Odnosząc się do istoty sporu wskazać trzeba, że zgodnie z art. 54 § 1 O.p. odsetek nie nalicza się:

pkt 3) za okres od dnia następnego po upływie terminu, o którym mowa w art. 139 § 3, do dnia doręczenia decyzji organu odwoławczego, jeżeli decyzja organu odwoławczego nie została wydana w terminie, o którym mowa w art. 139 § 3; pkt 7) za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania.

Z kolei w myśl art. 54 § 2 O.p. przepisu § 1 pkt 3 i 7 nie stosuje się, jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu.

Sąd podziela stanowisko prezentowane w orzecznictwie sądów administracyjnych na tle art. 54 § 2 O.p., że przy ocenie, czy przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu należy mieć na względzie złożoność sprawy, ilość i rodzaj przeprowadzanych dowodów, a także terminowość i celowość czynności podejmowanych przez organ w toku postępowania, prawidłowe zorganizowanie postępowania, czas niezbędny do dokonania czynności organizacyjnych (np. wezwania świadków czy pozyskania informacji od innych organów). Jeżeli czynności te zajmowały odpowiednią ilość czasu i uzasadnione były z uwagi na zawiłość sprawy i jej etap oraz z uwagi na konieczność respektowania uprawnień stron postępowania, to uznać należy, że przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego: z 13 listopada 2009 r., sygn. akt II FSK 2001/08 i II FSK 907/08; z 24 stycznia 2013 r., sygn. akt II FSK 961/11; z 30 czerwca 2016 r., sygn. akt II FSK 1539/14; z 16 lutego 2016 r., sygn. akt II FSK 3441/15; z 19 maja 2016 r., sygn. akt II FSK 804/15; z 28 października 2020 r., sygn. akt II FSK 1768/18; z 9 stycznia 2025 r., sygn. akt FSK 1870/23 - wszystkie wyroki sądów administracyjnych powołane w uzasadnieniu dostępne są w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych).

W tym miejscu przypomnieć należy, że w rozpoznawanej sprawie Naczelnik UCS postanowieniem z 20 lipca 2020 r., doręczonym skarżącej 3 sierpnia 2020 r., przekształcił kontrolę celno-skarbową w postępowanie podatkowe w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów okres od stycznia do kwietnia 2014 r. Postępowanie zostało zakończone wydaniem decyzji z 16 grudnia 2020 r., która została doręczona skarżącej 31 grudnia 2020 r. Zatem 3 miesięczny termin na doręczenie decyzji przez organ pierwszej instancji upłynął 3 listopada 2020 r., a trwał on dokładnie 4 miesiące i 28 dni.

Trzeba jednak zgodzić się z organem odwoławczym, że Naczelnik UCS podejmował niezbędne czynności w trakcie postępowania podatkowego, które spowodowały, że nie był on w stanie zakończyć postępowania w terminie 3 miesięcy.

Po pierwsze Naczelnik UCS uzupełniał materiał dowodowy:

1. - 20 sierpnia 2020 r. skierował pismo do Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w L. o przekazanie decyzji w zakresie podatku od towarów i usług za okres od kwietnia do września 2014 r. wydanej dla głównego dostawcy telefonów komórkowych do skarżącej tj. I; decyzję tę organ otrzymał 31 sierpnia 2020 r.; sentencja i uzasadnienie decyzji liczą 323 strony,
2. - 20 sierpnia2020 r. skierował pisma do Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w W1. o przekazanie decyzji w zakresie podatku od towarów i usług za II kwartał 2014 r. dla podmiotu I sp. z o.o.; organ otrzymał decyzję 1 września 2020 r.; sentencja i uzasadnienie liczą 16 stron,
3. - 20 sierpnia 2020 r. skierował pismo do Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w T. Delegatura w B. o przekazanie decyzji w zakresie podatku od towarów i usług za okres od stycznia do marca 2014 r. wydanej dla K sp. z o.o. oraz wydanej dla E sp. z o.o. za III kwartał 2014 r.; organ otrzymał decyzję 21 sierpnia 2020 r.; sentencje wraz z uzasadnieniami decyzji liczą 46 stron dla podmiotu E SP. z o.o. i 35 stron dla podmiotu K sp. z o.o.,
4. - 20 sierpnia 2020 r. skierował pismo do Naczelnika [...] Urzędu Celno- Skarbowego w G. o przekazanie decyzji w zakresie podatku od towarów i usług za okres od stycznia do kwietnia 2014 r. wydanej dla P sp. z o.o., decyzję otrzymał 25 sierpnia 2020 r.; decyzja liczy 34 strony;

Po drugie Naczelnik UCS włączył do sprawy:

1. - 16 września 2020 r. postanowieniem nr [...] zgromadzony materiał dowodowy w postaci wyciągów z ww. decyzji przekazanych przez wymienione organy podatkowe oraz uwierzytelnionej kserokopii protokołu z czynności sprawdzających przeprowadzonych przez pracowników organu pierwszej instancji w S S.A. w zakresie prawidłowości i rzetelności dokumentów wystawionych na rzecz Spółki w 2014 r. wraz z załącznikami wskazanymi w ww. protokole,
2. - decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K. z 29 września 2015 r., nr [...] określającą skarżącej zobowiązanie w podatku od towarów i usług za maj 2014 r.,
3. - protokół z 25 września 2014 r. z czynności sprawdzających przeprowadzonych w S S.A. wraz z załącznikami, który zawierał 194 strony (dot. VAT za 6/2014); analiza protokołu oraz załączników była konieczna do ustalenia zależności między podmiotami biorącymi udział w transakcjach i podjęcia dalszych czynności procesowych;

Po trzecie Naczelnik UCS dokonał badania ksiąg i sporządził:

1. - 18 września 2020 r. sporządził dwa protokoły badania ksiąg za okresy rozliczeniowe od stycznia do kwietnia oraz za czerwiec 2014 r.; dokumenty liczą odpowiednio 67 i 37 stron; protokoły zostały doręczone skarżącej 30 września 2020 r.; 5 października 2020 r. pełnomocnik skarżącej zapoznał się z zebranym materiałem dowodowym.

Następnie Naczelnik UCS podjął czynności celem zapoznania Spółki ze zgromadzonym materiałem dowodowym i w tym celu postanowieniem z 20 października 2020 r. wyznaczył Spółce siedmiodniowy termin do wypowiedzenia się w tej kwestii (data doręczenia postanowienia: 3 listopada 2020 r.)

Dalej Naczelnik UCS rozpatrzył złożone przez skarżącą wnioski, a mianowicie:

1. - 16 października 2020 r. (w terminie 14 dni od dnia doręczenia protokołów badania ksiąg) Spółka złożyła pismem z 14 października 2020 r. zastrzeżenia do protokołów badania ksiąg podatkowych - 41 stron (1-4/2014) oraz 41 stron (6/2014); do ww. zastrzeżeń Naczelnik UCS odniósł się szczegółowo w uzasadnieniu decyzji kończącej postępowania,
2. - skarżąca pismem z 3 listopada 2020 r. wniosła o zawieszenie postępowań podatkowych do czasu rozstrzygnięcia przez Naczelny Sąd Administracyjny sprawy dotyczącej rozliczeń Spółki w zakresie VAT za maj 2014 r. prowadzonej pod sygnaturą I FSK 713/20,
3. - 10 listopada 2020 r. skarżąca wypowiedziała się w sprawie zebranego materiału dowodowego podtrzymując swoje stanowisko wyrażone w zastrzeżeniach z 14 października 2020 r. i dodatkowo złożyła wnioski o przeprowadzenie dowodów postaci w przesłuchania świadków, powołania biegłego z dziedziny ekonomii, dokonania oględzin siedziby Spółki oraz o umorzenie postępowań podatkowych, wnioski te liczyły po 5 stron każdy.

Zatem Naczelnik UCS nie był w stanie zakończyć prowadzonego postępowania podatkowego w terminie 3 miesięcy, z przyczyn od niego niezależnych. Był bowiem zobligowany do rozpatrzenia wniosków skarżącej, a już wcześniejsze czynności dowodowe były czasochłonne i wymagały analizy nowo pozyskanych, obszernych dokumentów. I tak Naczelnik UCS postanowieniem z 16 grudnia 2020 r. nie uwzględnił wniosku Spółki o przeprowadzenie wnioskowanych czynności dowodowych. Kolejnym postanowieniem z 16 grudnia 2020 r. Naczelnik UCS nie uwzględnił wniosku skarżącej o zawieszenie postępowań podatkowych, a ostatnim postanowieniem z 16 grudnia 2020 r. nie uwzględnił wniosku skarżącej o umorzenie postępowań podatkowych.

Dodatkowym argumentem na czasochłonność i skomplikowany charakter sprawy jest okoliczność, że Naczelnik UCS sporządził dwie obszerne decyzje z 16 grudnia 2020 r. nr [...] (85 stron) oraz nr [...] (55 stron).

Podkreślić należy, że na organie podatkowym, zgodnie z art. 122 i art. 187 § 1 O.p., ciąży obowiązek zebrania materiału dowodowego i rozpatrzenia wszelkich okoliczności sprawy w stopniu niezbędnym dla jej rozstrzygnięcia. Realizacja zasady prawdy obiektywnej wyrażonej we wskazanych przepisach, ma ścisły związek z realizacją zasady praworządności, a prawidłowe ustalenie stanu faktycznego sprawy jest niezbędnym elementem prawidłowego zastosowania normy prawa materialnego. Tym samym przez ustalenie niepełnego, niezgodnego z prawdą stanu faktycznego sprawy, organ narusza prawo. W tej sytuacji na organie ciąży obowiązek określenia z urzędu jakie fakty mają istotne znaczenie dla sprawy i jakie dowody dla udowodnienia tych faktów są potrzebne. Organ z urzędu jest obowiązany do przeprowadzenia wszelkich dowodów służących ustaleniu stanu faktycznego sprawy (por. B. Adamiak, (w:) B. Adamiak, J. Borkowski, R. Mastalski, J. Zubrzycki, Ordynacja podatkowa, Warszawa 2015, str. 625-626, 874-876).

W tej sytuacji nie można przyjąć, że w przypadku, gdy organ prowadzi postępowanie podatkowe w sposób prawidłowy, podejmując czynności w rozsądnych terminach, jednak na skutek okoliczności, za które nie ponosi odpowiedzialności decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, strona może domagać się odstąpienia od naliczania odsetek. Organy nie mogą w celu realizacji zasady szybkości postępowania odstąpić od obowiązku wyjaśnienia wszelkich okoliczności sprawy w celu prawidłowego rozstrzygnięcia sprawy.

Niewątpliwe pozyskanie orzeczeń dotyczących innych podmiotów biorących udział w transakcjach w zakresie obrotu telefonami, w których powtarzały się numery I1 występujące w sprawie, było konieczne, bowiem fakty zawarte w dokumentach miały bezpośredni wpływ na ustalenia dokonane w prowadzonych postępowaniach podatkowych. Dokumenty te liczyły łącznie ponad 450 stron. Skarżąca uczestniczyła w łańcuchu podmiotów dokonujących transakcji w zakresie obrotu telefonami komórkowymi marki iPhone 5s, mających wszelkie znamiona karuzeli podatkowej, nakierowanych wyłącznie na wyłudzenie podatku od towarów i usług. Pozycja Spółki w łańcuchach dostaw, odpowiadała funkcji tzw. brokera, tj. legalnie działającego podmiotu, który dostarcza towar poza granicę do kraju, z którego wcześniej towar ten był sprowadzony przez tzw. znikającego podatnika, i żąda zwrotu podatku, choć nie został on uprzednio zapłacony.

Analiza transakcji i podmiotów uczestniczących w karuzeli jest bardzo żmudna i pracochłonna, a sprawa była wielowątkowa. Obszerność akt, które łącznie mają ponad 7.000 stron (około 175 stron na dzień) prowadzi do wniosku, że do opóźnienia w wydaniu decyzji doszło z przyczyn niezależnych od organu.

Co więcej odpowiedzi z innych organów wpływały w różnym czasie, a konieczne było wspólne ich zestawienie, zatem czas poświęcony przez Naczelnika UCS był adekwatny do podjętych czynności, a same czynności odbywały się bez zbędnej zwłoki.

Odnosząc się z kolei do podnoszonej przez skarżącą kwestii podjęcia pierwszej czynności po około dwóch tygodniach od wszczęcia postępowania wskazać należy, że aby podjąć pierwszą sformalizowaną czynność należy zapoznać się z aktami sprawy (łącznie około 7.000 stron), w tym z wynikiem kontroli, aby stwierdzić czy istnieje ewentualna konieczność uzupełnienia materiału dowodowego.

Obszerność wpływających dokumentów i informacje w nich zawarte także miały wpływ na czasookres podejmowanych czynności. Ponadto wnioski skarżącej z 3 listopada oraz 10 listopada 2020 r., które organ musiał rozpatrzyć przed wydaniem decyzji również miały wpływ na czas wydania decyzji. Organ prowadził postępowania za poszczególne okresy podatku od towarów i usług za 2014 r. równolegle.

Nie można także podzielić argumentacji skarżącej, że dokumenty niezbędne dla rozstrzygnięcia sprawy winny zostać pozyskane w trakcie kontroli. Postępowanie kontrolne i postępowanie podatkowe to dwa odrębne tryby postępowania organów podatkowych.

W świetle powyższych rozważań niezasadne okazały się zarzuty naruszenia prawa materialnego: art. 54 § 1 pkt 7 O.p. oraz art. 54 § 2 O.p.

Sąd wskazuje, że w rozpoznawanej sprawie nie zostały naliczone odsetki za czas trwania postępowań odwoławczych od decyzji Naczelnika UCS z 16 grudnia 2020 r., tj. za okres od 16 marca 2021 r. do dnia wpłaty, tj. 22 marca 2021 r. w związku ze ziszczeniem się przesłanki wynikającej z art. 54 § 1 pkt 3 O.p.

W tym miejscu trzeba także zaznaczyć, że nie zarzucono skarżącej niezgodnego z prawem działania, czy też przyczynienia się do powstania opóźnienia, ale wskazano na obiektywne przesłanki niezależne od organu, które wpłynęły na czas trwania postępowania. W związku z powyższym właściwa i uprawniona pozostaje ocena, iż opóźnienie w wydaniu decyzji powstało i miało związek z zaistnieniem przyczyn niezależnych od organu.

Niezasadne także okazały się zarzuty skargi dotyczące naruszenia przepisów postępowania: art. 120, art. 121 § 1, art. 122 § 1 oraz art. 191 O.p. i to w stopniu, który mógłby mieć istotny wpływ na wynik sprawy

Mając powyższe na uwadze Sąd na podstawie art. 151 P.p.s.a. oddalił skargę.