Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańskuz 25 sierpnia 2026 r., sygn. akt I SA/Gd 416/26

Uzasadnienie

1. 1. Zaskarżoną decyzją z dnia 10 sierpnia 2022 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku (dalej "Dyrektor IAS"), po rozpatrzeniu odwołań Z. Sp. z o.o. z siedzibą w T. (dalej "Skarżąca", "Spółka") od decyzji Naczelnika Pomorskiego Urzędu Skarbowego w Gdańsku (dalej "Naczelnik PUS") z dnia 20 kwietnia 2021 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od sierpnia 2014 r. do lutego 2015 r., utrzymał w mocy decyzje organu pierwszej instancji.
2. 2. Rozstrzygnięcie zapadło na tle następującego stanu faktycznego sprawy:
3. 2.1. Na podstawie wydanego przez Naczelnika PUS upoważnienia do kontroli z dnia 6 marca 2018 r., przeprowadzono wobec Spółki kontrolę podatkową w zakresie prawidłowości rozliczenia z budżetem państwa oraz prawidłowości ewidencjonowania obrotu oraz kwot podatku należnego przy zastosowaniu kas rejestrujących w podatku od towarów i usług za okres od sierpnia 2014 r. do lutego 2015 r.

W wyniku przeprowadzonej kontroli i postępowania podatkowego Naczelnik PUS uznał, że w okresie tym Spółka, z naruszeniem art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz.U. z 2025 r., poz. 775 ze zm., dalej "ustawa o VAT"), obniżyła podatek należny o podatek naliczony w łącznej kwocie 49.331,55 zł wykazany w niedokumentujących rzeczywistych zdarzeń gospodarczych fakturach, które wystawione zostały z tytułu usług marketingowych i transportowych przez A. R.. Na tej podstawie, decyzjami z dnia 20 kwietnia 2021 r. organ dokonał rozliczenia Spółki w zakresie podatku od towarów i usług za miesiące od sierpnia 2014 r. do lutego 2015 r.

Do postępowań prowadzonych z odwołań Spółki przystąpił w charakterze uczestnika postępowania Rzecznik Małych i Średnich Przedsiębiorców.

1. 2.2. Decyzją z dnia 10 sierpnia 2022 r. Dyrektor IAS utrzymał w mocy decyzje Naczelnika PUS z dnia 20 kwietnia 2021 r.

Organ odwoławczy uznał za zasadne połączenie do łącznego rozpoznania odwołań strony z dnia 29 kwietnia 2021r., złożonych odrębnie od decyzji nr 2271-SPP.4103.11.2021 i od decyzji nr 2271-SPP.4103.12.2021 i wydanie jednej decyzji dotyczącej rozliczenia podatku od towarów i usług od sierpnia 2014 r. do lutego 2015 r., ponieważ przedmiot sporu we wszystkich ww. miesiącach jest tożsamy.

Odnosząc się do kwestii przedawnienia zobowiązań podatkowych, Dyrektor IAS podał, że Naczelnik PUS pismem z dnia 7 listopada 2019 r. zawiadomił Spółkę, iż w dniu 31 października 2019 r. nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego z tytułu podatku od towarów i usług za okres od sierpnia 2014 r. do lutego 2015 r. z uwagi na wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe, którego podejrzenie popełnienia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Zawiadomienie to doręczono Spółce w dniu 13 listopada 2019 r., a więc przed upływem terminu przedawnienia.

W ocenie organu odwoławczego, nie ma wątpliwości, że w dacie wszczęcia dochodzenia istniał związek pomiędzy podejrzeniem popełnienia przestępstwa skarbowego a niewykonaniem zobowiązania, od czego, zgodnie z uchwałą NSA w sprawie I FPS 1/21, zależy stwierdzenie, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego nie miało charakteru instrumentalnego i w efekcie wywołało skutek w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych strony. Analiza działań podejmowanych na gruncie prawa karnego skarbowego i prawa podatkowego prowadzi do wniosku, że podejrzenie popełnienia przestępstwa skarbowego wiąże się z niewykonaniem zobowiązania, którego dotyczy przedawnienie. Przy czym, skoro organ dochodzeniowy podjął czynności procesowe, to związek ten istniał już w dacie wszczęcia postępowania karnego skarbowego. Zatem wszczęcie tego postępowania nie miało charakteru instrumentalnego. W konsekwencji w sprawie spełnione zostały przesłanki zawieszenia biegu terminu przedawnienia.

Dyrektor IAS wskazał, że kwestię sporną stanowi prawidłowość zakwestionowania, na podstawie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o VAT, prawa Spółki do obniżenia w okresie od sierpnia 2014 r. do lutego 2015 r. podatku należnego o podatek naliczony wynikający z faktur nieodzwierciedlających rzeczywistych czynności, wystawionych przez A. R. z tytułu usług marketingowych i transportowych. W ocenie organu odwoławczego, ustalony stan faktyczny wskazuje, że usługi marketingowe i transportowe opisane na zakwestionowanych fakturach w rzeczywistości nie zostały wykonane przez A. R..

Organ odwoławczy stwierdził, że Spółka ani w toku kontroli podatkowej ani postępowań podatkowych nie przedłożyła żadnych dowodów potwierdzających wykonie usług udokumentowanych spornymi fakturami, tj. rozliczeń czy zestawień usług marketingowych i transportowych, które rzekomo miały być wykonane, pomimo że pozostałe faktury wystawione przez A. R. zawierają załączniki z wykazem wykonanych usług, przekazane mailem do księgowości i L. R1.. Spółka przedłożyła jedynie zestawienie obrotów z wyliczonym procentem od obrotów, na podstawie których miały być wystawione faktury. Zestawienie to dotyczy przy tym wyłącznie usług marketingowych.

Zdaniem organu, w oparciu o całokształt zgromadzonego materiału dowodowego usługi marketingowe i transportowe, opisane w fakturach wystawionych na rzecz Spółki przez A. R. nie zostały wykonane, co jest przesłanką do zastosowania art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o VAT i skutkuje odmową prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wykazany w kwestionowanych fakturach. Wykazane w zakwestionowanych fakturach usługi marketingowe i transportowe w ogóle nie zostały wykonane, a zatem Spółka musiała być świadoma tej okoliczności i uwzględniając te faktury w rozliczeniu podatku od towarów i usług za okres od sierpnia 2014 r. do lutego 2015 r. nie działała w dobrej wierze.

Dyrektor IAS nie dopatrzył się stawianych w odwołaniach oraz w pismach Rzecznika Małych i Średnich Przedsiębiorców naruszeń przepisów postępowania. W szczególności za bezzasadny uznał zarzut: zaniechania rzetelnej, jurydycznej i ekonomicznej analizy wszystkich aspektów zeznań A. R. i relacji łączących go z podatnikiem; błędnych ustaleń faktycznych, dowolnej i arbitralnej oceny materiału dowodowego poprzez uznanie zeznań A. R. za wiarygodne i odmówieniu wiarygodności zeznaniom: L. R1., A1. D. i J. B., które są zbieżne w zakresie współpracy A. R. ze Spółką, wykonywania czynności koordynatora aptek i znajdują potwierdzenie w historii rachunku bankowego podatnika w B. i jego dokumentacji księgowej. W tym zakresie wskazano, że organy obu instancji nie kwestionowały tego, że A. R. świadczył usługi marketingowe i transportowe, za które otrzymywał wynagrodzenie w formie przelewów, a także, że pozostawał w konflikcie ze Spółką.

Niewątpliwie też wszystkie faktury wystawione przez A. R. zostały ujęte w rozliczeniu podatku od towarów i usług Spółki, a kwoty wykazane na zakwestionowanych fakturach dotyczących usług marketingowych odpowiadają wyliczeniom przedstawionym przez stronę.

Wbrew twierdzeniu Spółki, okoliczności te zostały uwzględnione w podjętych rozstrzygnięciach. Jednocześnie analiza materiału dowodowego wykazała, że A. R. nie wykonał czynności opisanych na spornych fakturach, ale nie na wszystkich, wystawionych przez koordynatora. Przy czym organ wziął też pod uwagę kwestię odnotowywania wpłat gotówkowych w zeszycie, brak dowodów potwierdzających wpłaty na rachunek bankowy strony, wyjaśnienia A. R. odnośnie przyczyn wystawiania pustych faktur i źródła utrzymania kontrahenta spółki, co jednoznacznie wynika z uzasadnienia decyzji.

1. 3.1. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku Skarżąca, reprezentowana przez profesjonalnego pełnomocnika, wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji oraz poprzedzających ją decyzji organu pierwszej instancji, objęcie kontrolą sądową postanowienia z dnia 14 lipca 2022 r. o wyłączeniu jawności części dokumentów - rachunków bankowych A. R., które mają kluczowe znaczenie dla oceny wiarygodności jego zeznań, wskazują na rzeczywisty charakter współpracy między nim a Spółką oraz zaprzeczają oszczerczemu twierdzeniu A. R., iż część przelewów od Spółki wypłacał z konta i w gotówce zwracał do kasy Spółki; zasądzenie kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych. Zaskarżonej decyzji Skarżąca zarzuciła naruszenie:
2. I. przepisów prawa procesowego, które miało wpływ na treść orzeczenia, tj.:
3. 1) art. 121 § 1 w zw. z art. 122, art. 187 § 1 w zw. z art. 191 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2021 r., poz. 1540 ze zm., dalej "O.p.") przez błędną ocenę dowodu w postaci wyciągu z rachunków bankowych A. R. polegającą na pominięciu faktu, iż dowód ten przeczy tezie A. R., iż środki otrzymane od podatnika wypłacał w gotówce ze swojego konta i wpłacał je z powrotem do kasy lub na rachunek podatnika (pozostawiając sobie tylko środki na VAT i PIT), co tym samym nie potwierdza stawianej przez organy podatkowe tezy o tzw. "pustych fakturach" wystawianych przez ww. na rzecz spółki;
4. 2) art. 122 w zw. z art. 127 i art. 187 § 1 O.p. przez zaniechanie rzetelnego rozpatrzenia odwołania i stanowiska wyrażonego do akt na piśmie przez Rzecznika Małych i Średnich Przedsiębiorców oraz ponownego należytego rozpoznania sprawy przez organ odwoławczy; organ odwoławczy zreferował zarzuty Skarżącej i stanowisko Rzecznika Małych i Średnich Przedsiębiorców, ale nie odniósł się merytorycznie do wszystkich kwestii, w szczególności zarzutów proceduralnych Rzecznika;
5. 3) art. 191 § 1 w zw. z art. 122 oraz art. 187 § 1 O.p. przez dowolną i arbitralną ocenę materiału dowodowego przejawiającą się w uznaniu zeznań A. R. za wiarygodne w sytuacji, gdy jego zeznania rażą naiwnością, urągają logice oraz zasadom doświadczenia życiowego z następujących powodów:
6. a) A. R. był w konflikcie z podatnikiem i miał motywację odwetową za to, że Spółka złożyła zawiadomienie o popełnieniu przestępstwa przez A. R., a obciążające Spółkę zeznania A. R. złożył w sytuacji, gdy sam był przesłuchiwany w sprawie karnej wywołanej złożeniem ww. zawiadomienia;
7. b) A. R., będąc przesłuchiwany jako świadek w toku kontroli podatkowej podał, że "nie wie komu zwracał w gotówce kwoty otrzymane od podatnika"; udzielił też absurdalnej wypowiedzi, iż "nie wie co nim kierowało, że zgodził się wystawić faktury niedokumentujące rzeczywistych zdarzeń gospodarczych" – w świetle zasad doświadczenia życiowego, całkowicie niewiarygodne jest by dorosły mężczyzna będący zawodowym handlowcem i marketingowcem prezentował tak daleko zaawansowaną naiwność i rażącą niefrasobliwość;
8. c) A. R. faktycznie świadczył usługi marketingowo-transportowe opisane w umowie łączącej go ze Spółką oraz wystawionych fakturach VAT, czego dowodem jest obszerna korespondencja e-mail wymieniana między A. R. a Spółką, która dotyczyła jedynie kwestii zawodowych;
9. d) z zeznań L. R1. i A1. D., dotyczących zasad i charakteru współpracy z A. R. (których organ odwoławczy nie poddał właściwej ocenie) wynika, że wszystkie działania podejmowane przez A. R. w ramach jego współpracy ze Spółką, takie jak: zdobywanie źródeł zaopatrzenia aptek, składanie zamówień na leki, negocjowanie cen za towar, dowóz towaru, kontakt z hurtowniami i dostawcami, odbiór utargu z działalności aptecznej (których to działań organy podatkowe zdają się nie kwestionować) wchodziły w skład szeroko pojmowanego marketingu, tj. działania i zarządzania w formie zorientowanego na zysk i na klienta;
10. e) zeznania A. R., w zakresie w jakim odnoszą się do kwestionowanych usług, nie znalazły potwierdzenia w zgromadzonym materiale dowodowym, przykładowo: 1) świadek zeznawał m.in. o wpłacaniu gotówki na konto w B1. w T1., w sytuacji gdy Spółka nie posiadała konta w tym banku;
11. 2) świadek zeznawał o istnieniu rzekomego zeszytu z wpłatami gotówkowymi, którego istnieniu kategorycznie zaprzeczyły L. R., A1. D., J. B.; przy czym ta ostatnia była osobą, która prowadziła kasę w Spółce;
12. f) świadek otrzymywał wynagrodzenie przelewem na konto bankowe, co wynika z historii rachunku bankowego Spółki; A. R. nie przedstawił potwierdzenia wypłat gotówki ze swojego konta, którą to gotówkę miałby rzekomo przekazać z powrotem do kasy spółki (brak też jakiegokolwiek potwierdzenia wpłaty do kasy spółki);
13. g) A. R. zeznawał o istnieniu rzekomego "zeszytu", który dokumentowałby zwrot gotówki do kasy podatnika, w sytuacji gdy istnieniu takiego zeszytu zaprzeczyli wszyscy pozostali świadkowie, nie ujawniono tego typu księgowania w trakcie kontroli podatkowej a sam A. R. nie potrafił wskazać kiedy i komu przekazywał gotówkę;
14. h) zarówno zeznania A. R., jak i uzasadnienia decyzji organów obu instancji nie zawarły przekonującego, logicznego wyjaśnienia powodów, dla których A. R. miałby wystawiać faktury niedokumentujące rzeczywistych zdarzeń gospodarczych ani też jakie korzyści miałby osiągnąć z tytułu tego procederu on bądź też Skarżąca;
15. i) naiwne i sprzeczne z zasadami logiki jest stwierdzenie Dyrektora IAS, powtórzone za Naczelnikiem PUS, iż sam A. R. najlepiej wie, jakie faktury wystawiał i czy odzwierciedlają one rzeczywiste zdarzenia gospodarcze - rzeczywistość zdarzeń gospodarczych to okoliczność obiektywna, którą należy ustalić na podstawie całokształtu relacji stron, a nie na podstawie jednostronnego oświadczenia motywowanego odwetem;
16. j) sam organ odwoławczy przyznaje, iż daje wiarę temu, że A. R. faktycznie świadczył na rzecz Spółki usługi transportowe i marketingowe, co całkowicie przeczy tezie, iż kwestionowane faktury wystawione jako wynagrodzenie za te właśnie usługi A. R. jako koordynatora aptek stanowiły "puste" faktury;
17. 4) art. 121 § 1, art. 122 w zw. z art. 187 § 1 w zw. z art. 188 w zw. z art. 229 O.p. przez nieuwzględnienie wniosku Spółki o uzupełniające przesłuchanie A. R., wniosku o konfrontację między L. R1., J1. M., A1. D. i J. B. a A. R., wniosku o przesłuchanie T. P., w sytuacji gdy zeznania A. R. złożone na etapie kontroli podatkowej pełne są nieścisłości i luk logicznych opisanych powyżej, a także są sprzeczne z zeznaniami pozostałych świadków; w świetle ww. regulacji O.p. organ odwoławczy miał obowiązek wyjaśnić oczywiste luki i nieścisłości w zeznaniach A. R. oraz sprzeczności z zeznaniami pozostałych świadków, lecz zamiast tego podjął ryzykowną logicznie polemikę z zarzutami podniesionymi w odwołaniu;
18. 5) art. 125 § 1 O.p. przez prowadzenie postępowania odwoławczego w sposób przewlekły - rozpoznanie odwołania zajęło organowi ponad rok, a mimo to organ nie przeprowadził wszystkich zawnioskowanych przez podatnika wniosków dowodowych;
19. 6) art. 191 § 1 w zw. z art. 187 § 1 O.p. przez dowolną i arbitralną ocenę materiału dowodowego w postaci korespondencji email między A. R. a Spółką, która odzwierciedla zakres czynności i obowiązków służbowych, a została uznana za dowód nieprzydatny w sprawie przez organ odwoławczy;
20. 7) art. 191 § 1 O.p. przez wadliwą ocenę zeznań A. R., polegającą na tym, że organ odwoławczy nie zastosował zasad logiki i konsekwencji przy ich ocenie - dwukrotnie w treści decyzji przyznał, iż daje wiarę temu, że A. R. faktycznie świadczył na rzecz Spółki usługi transportowe i marketingowe, a kwestionuje tylko faktury za okres objęty zakresem postępowania, który to okres krótko poprzedzał termin przedawnienia zobowiązań podatkowych. W innym fragmencie decyzji organ wskazuje, iż "Pan A. R., z inicjatywy Pani L. R1., wystawił faktury, które nie dokumentują rzeczywistych usług marketingowych i transportowych."; wynika z tego, że organ odwoławczy nie jest w stanie zająć jednolitego stanowiska odnośnie najistotniejszego wątku sprawy i sam gubi się w poczynionych ustaleniach. Dyrektor IAS przyznał, iż A. R. faktycznie świadczył usługi marketingowe i transportowe, a zaprzestał ich świadczenia i zszedł na ścieżkę występku i wystawiania "pustych faktur" akurat w kontrolowanym okresie poprzedzającym przedawnienie;
21. 8) art. 121 i art. 191 § 1 w zw. z art. 122 i art. 187 § 1 O.p. przez dowolną i arbitralną ocenę materiału dowodowego, przejawiającą się w odmówieniu wiarygodności zeznaniom L. R1., J1. M., A1. D., J. B., zestawieniom obrotów Spółki złożonym przez A1. D. do protokołu przesłuchania z dnia 26 listopada 2019 r. i J. B., w sytuacji gdy zeznania tych świadków są zbieżne w zakresie tego, że A. R. współpracował ze Spółką w kontrolowanym okresie, wykonując czynności koordynatora aptek, w tym czynności stricte marketingowe i transportowe, z których Spółka odnosiła znaczące korzyści oraz znajdują potwierdzenie w historii rachunku bankowego Spółki w B., zestawieniach obrotów złożonych do protokołu przesłuchania A1. D. z dnia 26 listopada 2019 r. i dokumentacji księgowej prowadzonej przez Spółkę;
22. 9) art. 210 § 1 pkt 6 oraz art. 210 § 4 O.p. przez niewskazanie w uzasadnieniu decyzji konkretnych i przekonujących dowodów świadczących o tym, że usługi marketingowe i transportowe ujęte na kwestionowanych fakturach wystawionych przez A. R. nie zostały wykonane i oparcie się w tym zakresie wyłącznie na zeznaniach A. R. (który pozostawał w konflikcie ze Spółką z uwagi na złożone przez reprezentantów Spółki zawiadomienie o podejrzeniu popełnienia przez niego przestępstwa i tym samym posiadał silną motywację, aby złożyć zeznania szkodzące Spółce), które pozbawione są przymiotu wiarygodności z uwagi na to, że są pozbawione logiki i pozostają w sprzeczności z pozostałym zgromadzonym materiałem dowodowym w sprawie oraz niewskazanie w uzasadnieniu decyzji, dlaczego odmówiono wiary dowodom przeciwnym wskazującym na to, że kwestionowane faktury dokumentują faktycznie wykonane usług na rzecz Spółki;
23. 10) art. 179 § 1 w zw. z art. 187 § 1 O.p. polegające na arbitralnym częściowym wyłączeniu jawności części dokumentów o kluczowym znaczeniu (co miało znaczący wpływ na możliwość realizacji uprawnień procesowych przez Spółkę), tj. rachunków bankowych A. R., które to rachunki i zapisy na nich stanowią istotny dowód na istnienie stałej współpracy gospodarczej między A. R., a Skarżącą i podważają możliwość uznania zeznań A. R. w zakresie w jakim wskazuje on na "pusty" charakter kwestionowanych faktur za wiarygodne; Dyrektor IAS wyłączając jawność rachunków bankowych A. R. (o które sam się zwrócił pismem z dnia 15 kwietnia 2022 r.) powołał się na "interes publiczny" w sytuacji, gdy interes A. R. nie jest interesem publicznym a nawet sam A. R. nie zgłaszał wniosku o utajnienie przekazanych przez niego danych; wyłączenie jawności miało charakter arbitralny - Skarżąca nie ma możliwości zweryfikowania tego, czy wyłączony z jawności materiał rzeczywiście nie dotyczy współpracy A. R. ze Spółką;
24. II. przepisów prawa materialnego, mające wpływ na wynik sprawy, tj.:
25. 1) art. 70 § 1 w zw. z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. przez nieuwzględnienie upływu terminu przedawnienia na skutek nieuprawnionego przyjęcia przez organ podatkowy, iż w sprawie zastosowanie znalazł art. 70 § 6 pkt 1 O.p., gdy nie było podstaw do zawieszenia biegu terminu przedawnienia postępowania podatkowego prowadzonego wobec Spółki za poszczególne miesiące 2014 r. i 2015 r. w podatku od towarów i usług, gdyż postępowanie karnoskarbowe wszczęte przez Naczelnika Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego postanowieniem z dnia 31 października 2019 r. podjęte było jedynie w sposób formalny w celu spowodowania zawieszenia biegu terminu przedawnienia, nie miało w rzeczywistości na celu wykrycia przestępstwa lub wykroczenia skarbowego związanego z niewykonaniem spornego zobowiązania podatkowego;
26. 2) art. 86 ust. 1 w zw. z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o VAT przez przyjęcie, że Spółka nie była uprawniona w rozliczeniu za okres od sierpnia 2014 r. do lutego 2015r. do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego ujętego na fakturach wystawionych przez A. R. z uwagi na to, że faktury te rzekomo stanowią tzw. "puste" faktury, podczas gdy stan faktyczny sprawy nie uprawnia do takich wniosków.

Na podstawie art. 106 § 3 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2022 r. poz. 329 ze zm., dalej "p.p.s.a.") Skarżąca wniosła o przeprowadzenie uzupełniającego postępowania dowodowego w postaci korespondencji email wymienianej między A. R. a Spółką w okresie, którego dotyczyła kontrola podatkowa, celem wykazania faktów: stałej współpracy gospodarczej A. R. i Spółki w okresie objętym kontrolą podatkową, obszernej sprawozdawczości logistyczno-marketingowej składanej przez A. R. Spółce w okresie objętym kontrolą, świadczenia przez A. R. na rzecz Spółki usług marketingowo-organizacyjno-transportowo-sprzedażowych. Konieczność przeprowadzenia tego dowodu w postępowaniu sądowoadministracyjnym wynika z tego, że organ odwoławczy zanegował przydatność i wiarygodność wiadomości email.

1. 3.2. W skardze z dnia 15 września 2022 r. Rzecznik Małych i Średnich Przedsiębiorców wniósł o uchylenie w całości zaskarżonej decyzji oraz decyzji Naczelnika PUS z dnia 20 kwietnia 2021 r., zarzucając naruszenie przepisów postępowania mających istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:
2. - art. 191 O.p. przez brak przeprowadzenia w sposób wyczerpujący postępowania dowodowego przez organ odwoławczy, zgodnie z zasadą dwuinstancyjności, co skutkowało wydaniem przez Dyrektora IAS decyzji utrzymującej w mocy decyzję organu pierwszej instancji;
3. - art. 127 O.p. przez brak ponownego rozpatrzenia sprawy przez Dyrektora IAS, według zasady dwuinstancyjności postępowania i oparcie rozstrzygnięcia wyłącznie o ocenę zgodności z prawem postępowania organu pierwszej instancji;
4. - art. 187 § 1 O.p. przez zajęcie wyłącznie arbitralnego stanowiska, będącego następstwem dowolnie przeprowadzonej oceny materiału dowodowego, dokonanej w sposób sprzeczny z zasadami logicznego rozumowania, co doprowadziło do błędnego przyjęcia, że Spółka uczestniczyła w procederze wystawiania tzw. pustych faktur i przyczyniło się do utrzymania w mocy decyzji organu pierwszej instancji;
5. - art. 188 w zw. z art. 229 O.p. przez ich niezastosowanie i nieprzeprowadzenie przez Dyrektora IAS dodatkowego postępowania dowodowego, tj. uzupełniającego przesłuchania A. R., T. P. oraz dowodu z konfrontacji pomiędzy L. R1., J1. M., A1. D. i J. B. a A. R., w sytuacji gdy uzupełnienie zeznań przyczyniłoby się do wyjaśnienia istotnych dla sprawy kwestii, co skutkowało brakiem wyczerpującego zebrania i rozpatrzenia materiału dowodowego w sprawie, a w konsekwencji wydaniem decyzji utrzymującej w mocy decyzję organu pierwszej instancji.

1. 3.3. W odpowiedzi na skargę Dyrektor IAS wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe stanowisko w sprawie.
2. 4. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku wyrokiem z dnia 11 stycznia 2023 r. sygn. akt I SA/Gd 1146/22 oddalił skargę.

W uzasadnieniu wyroku Sąd pierwszej instancji wskazał, że przedmiotowe zobowiązanie podatkowe nie uległo przedawnieniu, z uwagi na zawieszenie biegu jego terminu stosownie do art. 70 § 1 w zw. z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. Następnie wskazał, że Spółka słusznie została pozbawiona, na podstawie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) ustawy o VAT, prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wykazany w fakturach wystawionych przez A. R., albowiem stwierdzają one czynności niedokonane, zaś sama Spółka nie zachowała szczególnej staranności przy dokumentowaniu wykonania spornych usług, do czego była zobowiązana ze względu na specyfikę usług niematerialnych. Brak dowodów dotyczył zdaniem Sądu również kwestionowanych usług transportowych.

Pełna treść uzasadnienia ww. wyroku, jak i wszystkich przywoływanych orzeczeń, dostępna jest w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych na stronie internetowej orzeczenia.nsa.gov.pl.

5. W wyniku rozpatrzenia wniesionych przez Skarżącą oraz przez Rzecznika Małych i Średnich Przedsiębiorców skarg kasacyjnych, Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z dnia 6 lutego 2026 r. sygn. akt I FSK 733/23 uchylił zaskarżony wyrok w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania WSA w Gdańsku.

W uzasadnieniu wyroku NSA wskazał, że Sąd pierwszej instancji nie odniósł się do wpływu konfliktu powstałego pomiędzy A. R. a Spółką w kontekście wiarygodności zeznań składanych przez niego w toku postępowania podatkowego, ocenianych w kontekście całokształtu okoliczności sprawy, w tym zwłaszcza motywów, dla których miał on, wedle swych zeznań, wystawiać Spółce szereg faktur dokumentujących wykonywane przez niego na rzecz Spółki czynności, spośród których niektóre z nich miały nie odzwierciedlać rzeczywistego przebiegu transakcji, stanowiąc w istocie "faktury puste", nie implikujące po stronie Spółki prawa do odliczenia podatku naliczonego na ich podstawie.

W ocenie NSA, Sąd pierwszej instancji nie wyjaśnił, z jakich to dokładnie względów uznać należało, że niektóre spośród wystawianych przez A. R. faktur i dlaczego akurat one, miały nie odzwierciedlać rzeczywistych czynności, lecz w istocie służyły Spółce wyłącznie w celu bezpodstawnego wygenerowania po jej stronie prawa do odliczenia podatku od towarów i usług. Sąd pierwszej instancji nie wziął pod uwagę również charakteru współpracy stron, charakteryzującej się na świadczeniu na rzecz Spółki przez A. R. usług w sposób ciągły, regularny i systematyczny, co w świetle innej optyki stawia powinność Spółki dokumentowania fakturowanych przez A. R. usług niż miałoby to miejsce w sytuacji świadczenia usług incydentalnych bądź jednorazowych. Okoliczności tej nie skonfrontował Sąd pierwszej instancji także z zeznaniami L. R1. i A1. D., dotyczącymi zasad i charakteru współpracy Spółki z A. R. w zakresie zdobywania źródeł zaopatrzenia aptek, składania zamówień na leki, negocjowania cen za towar, dowozu towaru, kontaktu z hurtowniami i dostawcami oraz odbioru utargu z działalności aptecznej, które zdaniem Spółki wchodziły w skład szeroko rozumianego przez Strony marketingu.

Nie wzięto pod uwagę, iż choć Spółka nie dokumentowała każdej fakturowanej w ten sposób przez A. R. czynności z osobna, to – jak wywodzi Spółka, a co należy poddać sądowej ocenie – wpisywać miały się one w całokształt zadań wykonywanych przez wystawcę faktur na rzecz Spółki, na co wskazywać może treść umowy zawartej między Spółką a A. R. oraz przedłożona do akt sprawy podatkowej obszerna korespondencja mailowa i inne środki dowodowe oceniane w świetle całokształtu zgromadzonego w sprawie materiału.

Sąd pierwszej instancji obowiązany był tym samym zweryfikować, czy czynności te wpisywały się w katalog zadań, wymienionych w pisemnej umowie zawartej między Spółką, a A. R.. Sąd pierwszej instancji nie odniósł się także do zeznań A. R., zgodnie z którymi środki otrzymywane przez niego od Spółki na podstawie wystawianych jej faktur, na wskazany na nich rachunek, miały być zgodnie z treścią tych zeznań, zwracane do kasy Spółki, choć – co zarzuca się w złożonej skardze, a do czego również nie odniósł się Sąd pierwszej instancji – zeznania te mają nie pokrywać się z wyciągami z rachunków bankowych, ani jakichkolwiek potwierdzeń wpłat.

Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, że ocena w przedmiocie prawa Spółki do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego ujętego na fakturach wystawionych przez A. R. wyrażona być może dopiero po dokonaniu wszechstronnej oceny zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego, czego na gruncie niniejszej sprawy, nie uczyniono.

Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że na uwzględnienie nie zasługiwały zarzuty związane z przedawnieniem zobowiązania podatkowego i instrumentalnym wszczęciem postępowania karnego skarbowego, ukierunkowanego – zdaniem skarżących kasacyjnie – nie na realizację celów tego postępowania, lecz wyłącznie na celowe ziszczenie się materialnoprawnego skutku zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego stosownie do art. 70 § 6 pkt 1 O.p.

Całokształt okoliczności sprawy, począwszy od okoliczności zawiadomienia o podejrzeniu popełnienia przestępstwa poprzez podejmowane przez organ czynności wykraczające poza formalną tylko stronę wszczęcia postępowania w sprawie karnej skarbowej i poinformowania podatnika o tym wszczęciu stosownie do art. 70c O.p. przeczy zasadności zarzutu o instrumentalnym, a więc ukierunkowanym wyłącznie na ziszczeniu się materialnoprawnego skutku zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania w trybie art. 70 § 6 pkt 1 O.p.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje

1. 6.1. Skarga zasługuje na uwzględnienie.

1. 6.2. Na wstępie rozważań nad zgodnością z prawem zaskarżonego postanowienia w pierwszej kolejności należy wskazać, że niniejsza sprawa była już przedmiotem rozważań Naczelnego Sądu Administracyjnego, który w wyniku złożonych przez Skarżącą oraz Rzecznika Małych i Średnich Przedsiębiorców skarg kasacyjnych, wyrokiem z dnia 6 lutego 2026 r. sygn. akt I FSK 733/23 uchylił zaskarżony wyrok WSA w Gdańsku z dnia 11 stycznia 2023 r. sygn. akt I SA/Gd 1146/22 i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania tut. Sądowi.

Uchylenie zaskarżonego wyroku przez Naczelny Sąd Administracyjny i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania skutkuje powrotem do takiej sytuacji, która istniała przed wydaniem wyroku przez Wojewódzki Sąd Administracyjny. Stosownie jednak do treści art. 190 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2026 r. poz. 143, dalej "p.p.s.a.") wojewódzki sąd administracyjny, któremu sprawa została przekazana do ponownego rozpoznania, związany jest wykładnią prawa dokonaną w tej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny.

Podkreślić należy, że rozpatrując ponownie sprawę wojewódzki sąd administracyjny, a w ślad za nim następnie również organ, związani są nie tylko wykładnią prawa dokonaną przez sąd kasacyjny, ale również wyrażonymi w orzeczeniu tego sądu ocenami prawnymi i wskazaniami co do dalszego postępowania. Związanie sądu administracyjnego oceną prawną, o jakiej mowa w art. 190 p.p.s.a. oznacza, że Sąd ponownie rozpoznający sprawę nie może formułować nowych ocen prawnych, sprzecznych z poglądem wyrażonym we wcześniejszym orzeczeniu Naczelnego Sądu Administracyjnego, jak również nie może odstąpić od wskazań co do dalszego postępowania, które dotyczą sposobu działania w toku ponownego rozpoznania sprawy i mają na celu wskazanie kierunku, w którym powinno zmierzać przyszłe postępowanie dla uniknięcia wadliwości.

Tym samym uznać należy, że Sąd rozpoznając sprawę przekazaną do ponownego rozpoznania, nie ma całkowitej swobody przy wydawaniu nowego orzeczenia, a okoliczności sprawy znajdujące odzwierciedlenie w jej aktach nie mogą być na nowo rozpoznawane przez Sąd pierwszej instancji w granicach określonych w art. 134 p.p.s.a.

Możliwość odstąpienia od zawartej w orzeczeniu Naczelnego Sądu Administracyjnego wykładni prawa może nastąpić jedynie w sytuacjach wyjątkowych w szczególności, jeżeli stan faktyczny sprawy ustalony w wyniku ponownego jej rozpoznania uległ tak zasadniczej zmianie, że do nowo ustalonego stanu faktycznego należy stosować przepisy prawa odmienne od wyjaśnionych przez Naczelny Sąd Administracyjny (por. wyrok SN z dnia 9 lipca 1998 r. sygn. akt I PKN 226/98, OSNAP 1999, nr 15, poz. 486), jak również w przypadku, gdy przy niezmienionym stanie faktycznym sprawy, po wydaniu orzeczenia przez Naczelny Sąd Administracyjny, zmienił się stan prawny (tak: H. Knysiak-Molczyk [w:] H. Knysiak-Molczyk, M. Romańska, T. Woś, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, Wydawnictwo Prawnicze LexisNexis 2005).

Odnosząc powyższe rozważania do okoliczności rozpoznawanej sprawy, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku nie stwierdził zaistnienia przesłanek umożliwiających odstąpienie od oceny prawnej wyrażonej w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego. Oznacza to, że dalsze rozważania na temat legalności zaskarżonego aktu będą prowadzone w oparciu o stanowisko Sądu wyższej instancji.

6.3. Spór w niniejszej sprawie sprowadza się do ustalenia, czy organ zgodnie z prawem zakwestionował, na podstawie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o VAT, prawo Skarżącej do obniżenia w okresie od sierpnia 2014 r. do lutego 2015 r. podatku należnego o podatek naliczony wynikający z faktur wystawionych przez A. R. z tytułu usług marketingowych i transportowych, które organ ocenił jako nieodzwierciedlające rzeczywistych czynności.

6.4. W pierwszej kolejności należało odnieść się do zarzutu najdalej idącego tj. tego, który oparty jest na twierdzeniach Skarżącej odnośnie przedawnienia jej zobowiązań podatkowych, objętych zaskarżoną decyzją. Sąd zauważa, że kwestia braku przedawnienia przedmiotowych zobowiązań podatkowych w podatku od towarów i usług została przesądzona przez Naczelny Sąd Administracyjny w wydanym w niniejszej sprawie wyroku z dnia 6 lutego 2026 r. sygn. akt I FSK 733/23. Sąd ten wskazał, że nie doszło do instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego, które - wbrew twierdzeniom Skarżącej - nie było ukierunkowane wyłącznie na celowe ziszczenie się materialnoprawnego skutku zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego stosownie do art. 70 § 6 pkt 1 O.p.

Na gruncie niniejszej sprawy, jak wskazał NSA, Naczelnik PUS pismem z dnia 4 czerwca 2019 r. sporządził zawiadomienie karnoskarbowe, które w sierpniu 2019 r. wraz z materiałami zgromadzonymi w sprawie podejrzenia popełnienia czynu zabronionego przez Spółkę (ujęcie w rozliczeniu podatku VAT pustych faktur wystawionych przez pana A. R.) przekazał zgodnie z właściwością Naczelnikowi Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Gdyni. Na tej podstawie Naczelnik Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Gdyni, postanowieniem z dnia 31 października 2019 r. wszczął wobec Spółki dochodzenie w sprawie:

1. - podania w deklaracjach VAT-7 za okresy od sierpnia 2014 r. do lutego 2015 r. nieprawdziwych danych poprzez przyjęcie do rozliczenia nierzetelnych faktur, na których jako wystawca widnieje A. R. i w wyniku tego narażenia na uszczuplenie podatku od towarów i usług należnego od Spółki za ww. miesiące w kwocie 44.530 zł, co doprowadziło także do narażenia na bezpodstawny zwrot podatku za sierpień 2014 r. w wysokości 4.801 zł, tj. o czyn określony w art. 56 § 2 kks w zb. z art. 76 § 3 kks w zb. z art. 62 § 2 kks w zb. z art. 61 § 1 kks w zw. z art. 6 § 2 kks w zw. z art. 7 § 1 kks;
2. - posłużenia się w okresie od 26.08.2014 r. do 23.03.2015 r. przez Spółkę fakturami dotyczącymi usług marketingowych i usług transportowych wystawionymi przez A. R., poświadczającymi nieprawdę co do okoliczności mających znaczenie prawne, tj. o czyn określony w art. 273 kk w zw. z art. 8 § 1 kks.

Powyższe wskazuje, iż między niewykonaniem przedmiotowego zobowiązania podatkowego, a przedmiotem wszczętego postępowania karnego skarbowego zaistniał związek, o którym mowa w art. 70 § 6 pkt 1 O.p. Ponadto Naczelnik PUS, pismem z dnia 7 listopada 2019 r. zawiadomił Skarżącą, iż 31 października 2019 r. nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego z tytułu podatku od towarów i usług za okresy od sierpnia 2014 r. do lutego 2015 r., z uwagi na wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe, którego podejrzenie popełnienia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Zawiadomienie doręczono Spółce 13 listopada 2019 r., a więc przed upływem terminu przedawnienia.

Organ ten w ramach prowadzonego postępowania karnego skarbowego, wystąpił w listopadzie 2019 r. do: Naczelnika Urzędu Skarbowego w Pruszczu Gdańskim o przekazanie informacji i dowodów w zakresie kontroli podatkowych, czynności sprawdzających i postępowań podatkowych prowadzonych wobec pana A. R.; Naczelnika PUS o przekazanie danych pracownic Spółki i protokołów przesłuchań pani L. R1., pana J1. M., pani A1. D. i pani J. B. wraz z załącznikami, celem włączenia ich do akt prowadzonego dochodzenia. Następnie wezwał do osobistego stawiennictwa w charakterze świadka panie A1. D. i J. B. Świadkowie zostali przesłuchani w grudniu 2019 r. W miesiącach styczniu, lipcu oraz wrześniu 2020 r. organ wystąpił do Naczelnika PUS o informacje w sprawie prowadzonego wobec Spółki postępowania podatkowego.

Natomiast w marcu, lipcu i listopadzie 2020 r. wniósł do Sądu Okręgowego w Gdańsku o zwolnienie B2., S. i G. z obowiązku zachowania tajemnicy bankowej odnośnie do rachunków A. R.. Ponadto organ prowadził analizy danych otrzymanych z banków, wnioskował o udostępnienie danych z systemu CERBER, poszukiwał informacji w Bazie Internetowej Regon i poprzez direct.money.pl.

Całokształt powyższych okoliczności, począwszy od okoliczności zawiadomienia o podejrzeniu popełnienia przestępstwa poprzez podejmowane przez organ czynności wykraczające poza formalną tylko stronę wszczęcia postępowania w sprawie karnej skarbowej i poinformowania Spółki o tym wszczęciu stosownie do art. 70c O.p. przeczy – jak wskazał Naczelny Sąd Administracyjny w przywołanym wyroku – zasadności zarzutu o instrumentalnym, a więc ukierunkowanym wyłącznie na ziszczenie się materialnoprawnego skutku zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania w trybie art. 70 § 6 pkt 1 O.p. Oceny tej nie zmienia argumentacja Skarżącej odnosząca się do rzekomego przedawnienia karalności czynu, do jakiego miało zdaniem Spółki dojść po wszczęciu postępowania karnego skarbowego.

Reasumując, Sąd stwierdza, że nie doszło do przedawnienia przedmiotowych zobowiązań Skarżącej w podatku od towarów i usług, z uwagi na skutecznie zawieszenie biegu terminu przedawnienia tych zobowiązań.

6.5. Zakreślając ramy prawne niniejszej sprawy, podkreślić trzeba, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego jest w systemie podatku od towarów i usług fundamentalnym prawem podatnika. W ten sposób realizowana jest zasada neutralności tego podatku przez podatników, która znajduje odzwierciedlenie w at. 86 ust. 1 ustawy o VAT. Zgodnie z tym przepisem w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Prawo do odliczenia zagwarantowane podatnikowi w art. 86 ust. 1 ww. ustawy związane jest jedynie z rzeczywistymi czynnościami, a nie transakcjami, które są sztucznie wykreowane w oparciu o dokumenty, które nie dokumentują takich czynności. Tego rodzaju transakcje nie mogą być uznane za świadczenie usług lub dostawę towarów w rozumieniu art. 7 ust. 1 oraz 8 ust. 1 w zw. z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT. Ma natomiast do nich zastosowanie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o VAT, gdyż w istocie stanowią czynności, które nie zostały dokonane pomiędzy podmiotami uwidocznionymi na fakturze. Zgodnie z powołanym przepisem nie stanowią podstawy do obniżenia kwoty podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury i dokumenty celne w przypadku, gdy wystawione faktury stwierdzają czynności, które nie zostały dokonane – w części dotyczącej tych czynności.

W świetle cytowanych regulacji nie ulega zatem wątpliwości, że tylko faktura rzetelna od strony podmiotowej i przedmiotowej, tzn. dokumentująca rzeczywistą czynność opodatkowaną podatnika, przez niego wykonaną i udokumentowaną tą fakturą, daje jej odbiorcy uprawnienie do odliczenia wykazanego w niej podatku.

W postanowieniu z dnia 6 lutego 2014 r. w sprawie C-33/13 Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej stwierdził, że VI Dyrektywę Rady 77/388/EWG z dnia 17 maja 1977 r. w sprawie harmonizacji ustawodawstw państw członkowskich w odniesieniu do podatków obrotowych - wspólny system podatku od wartości dodanej: ujednolicona podstawa wymiaru podatku, zmienioną dyrektywą Rady 2001/115/WE z dnia 20 grudnia 2001 r., należy tak interpretować, że sprzeciwia się ona temu, aby podatnikowi odmówiono prawa do odliczenia podatku od wartości dodanej należnego lub zapłaconego z tytułu otrzymanych przez niego faktur na tej podstawie, że biorąc pod uwagę przestępstwa lub nieprawidłowości, jakich dopuścił się wystawca faktury dotyczącej tej dostawy, uznaje się, że nie została ona rzeczywiście dokonana przez rzeczonego wystawcę, chyba że zostanie wykazane na podstawie obiektywnych przesłanek - bez wymagania od podatnika podejmowania czynności sprawdzających, które nie są jego zadaniem - iż podatnik ten wiedział lub powinien był wiedzieć, że ta dostawa wiąże się z przestępstwem w dziedzinie podatku od wartości dodanej.

6.6. Wobec postawionych przez Skarżącą zarzutów, w pierwszej kolejności konieczna jest ocena tych, które dotyczą naruszenia przepisów postępowania, w oparciu o które dokonano ustalenia stanu faktycznego sprawy, albowiem tylko prawidłowo ustalony stan faktyczny umożliwia zastosowanie właściwego dla tego stanu faktycznego przepisu podatkowego prawa materialnego, jako normy stanowiącej o treści rozstrzygnięcia. Zatem przed dokonaniem oceny zasadności zarzutów w zakresie naruszenia przepisów prawa materialnego, Sąd poddał ocenie słuszność zarzutów naruszenia przez organ przepisów proceduralnych.

Odnosząc się do tej grupy zarzutów, Sąd podkreśla, że organy podatkowe obowiązane są do podjęcia wszelkich niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy, czemu towarzyszy obowiązek zebrania i wyczerpującego rozpatrzenia całego materiału dowodowego (art. 122 i art. 187 § 1 O.p.). Warunkiem prawidłowego ustalenia stanu faktycznego sprawy jest nie tylko zebranie wszystkich istotnych dla sprawy dowodów, ale również ich prawidłowa ocena. Oceny tej organ powinien dokonać na podstawie własnej wiedzy oraz doświadczenia życiowego, a o jej prawidłowości decyduje to, czy wyciągnięte przez organ wnioski mają logiczne uzasadnienie (art. 191 O.p.). Postępowanie podatkowe powinno być przy tym prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych (art. 121 § 1 O.p). Dowodem jest wszystko, co może przyczynić się do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem (art. 180 § 1 O.p.).

Przeprowadzane dowody powinny być przydatne do dokładnego ustalenia stanu faktycznego i mają zbliżać sprawę do jej wyjaśnienia. Wyniki rozpatrzenia dowodów, dające obraz stanu faktycznego, powinny być przekonująco umotywowane i znajdować odzwierciedlenie w uzasadnieniu rozstrzygnięcia, obrazując proces myślowy, który doprowadził do podjęcia określonych ustaleń i w konsekwencji wydania takiego, a nie innego rozstrzygnięcia. Stosownie zaś do art. 188 O.p. żądanie strony dotyczące przeprowadzenia dowodu należy uwzględnić, jeżeli przedmiotem dowodu są okoliczności mające znaczenie dla sprawy, chyba że okoliczności te stwierdzone są wystarczająco innym dowodem.

Stosownie do ww. przepisu art. 191 O.p. organ podatkowy ocenia na podstawie całego zebranego materiału dowodowego, czy dana okoliczność została udowodniona. Wyrażona w ramach tej regulacji zasada swobodnej oceny dowodów, w swej normatywnej treści, odnosi się do oceny dokonywanej na podstawie całego zebranego materiału dowodowego. Z punktu widzenia analizowanego zarzutu kluczowe staje się zatem uwzględnienie pojęcia całego materiału dowodowego, w stosunku do którego dokonywana jest ocena zgodnie z art. 191 O.p. Ocena zebranego w sprawie materiału dowodowego musi być wszechstronna, oparta na wszystkich zgromadzonych w sprawie dowodach, nie może pomijać określonych dowodów, czy też okoliczności faktycznych i dopiero łączna ocena tych dowodów pozwala odtworzyć rzeczywisty przebieg zdarzeń. O ile zatem pojedyncza okoliczność może nie przesądzać o czymś samoistnie, o tyle kilka pojedynczych okoliczności, ocenionych we wzajemnym powiązaniu, można uznać za znaczące (por. wyrok NSA z 9 października 2025 r., sygn. akt I FSK 1181/22, CBOSA).

Ocena w przedmiocie opisanego powyżej w pkt 6.5. prawa Spółki do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, ujętego na fakturach wystawionych przez A. R., wyrażona być może dopiero w przypadku dokonania wszechstronnej oceny zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego, czego na gruncie niniejszej sprawy – jak wskazał Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 6 lutego 2026 r. sygn. akt I FSK 733/23 – nie uczyniono. Sąd uznał za zasadne podniesione w skardze zarzuty naruszenia przepisów art. 187 § 1, art. 188 i art. 191 O.p. Organ zaniechał bowiem zebrania całego materiału dowodowego, na podstawie którego powinien zostać odtworzony zaistniały w sprawie stan faktyczny, w tym poprzez odmowę przeprowadzenia wnioskowanych przez stronę dowodów z przesłuchania świadka i strony, co skutkowało brakiem wyczerpującego rozpatrzenia całego materiału dowodowego, a tym samym jego dowolną, a nie swobodną oceną, które to zarzuty podnoszone były zarówno przez Skarżącą jak i Rzecznika Małych i Średnich Przedsiębiorców.

Jak wynika z akt sprawy, w dniu 2 grudnia 2013 r. Spółka zawarła z A. R. umowę o koordynowanie pracy aptek, zgodnie z którą Koordynator ds. wsparcia Aptek zobowiązał się do kierowania i prowadzenia spraw związanych z organizacją i zarządzaniem aptek należących do Spółki. W okresie objętym postępowaniem (sierpień 2014 r. – luty 2015 r.). A. R. wystawił na rzecz Spółki faktury, których przedmiotem były usługi marketingowe i transport leków, przewóz leków między aptekami. Według organu odwoławczego, ustalony stan faktyczny sprawy wskazuje, że usługi marketingowe i transportowe opisane na zakwestionowanych fakturach w rzeczywistości nie zostały wykonane przez A. R.. Jednakże ocena ta została dokonana na podstawie nie w pełni zgromadzonego materiału dowodowego, co skutkowało jej dowolnym, a nie swobodnym charakterem.

W sprawie koniecznym bowiem było odniesienie się do wpływu konfliktu powstałego pomiędzy A. R. a Spółką w kontekście wiarygodności zeznań składanych przez niego w toku postępowania podatkowego, ocenianych w kontekście całokształtu okoliczności sprawy, w tym zwłaszcza motywów, dla których miał on, wedle swych zeznań, wystawiać Spółce szereg faktur dokumentujących wykonywane przez niego na rzecz Spółki czynności, spośród których niektóre z nich miały nie odzwierciedlać rzeczywistego przebiegu transakcji, stanowiąc w istocie "faktury puste", nie implikujące po stronie Spółki prawa do odliczenia podatku naliczonego na ich podstawie.

Niezbędne zatem jest wyjaśnienie, z jakich względów uznać należało, że niektóre spośród wystawianych przez A. R. faktur i dlaczego akurat one, miały nie odzwierciedlać rzeczywistych czynności, lecz w istocie służyły Spółce wyłącznie w celu bezpodstawnego wygenerowania po jej stronie prawa do odliczenia podatku od towarów i usług. Wobec powyższego należy wziąć pod uwagę również charakter współpracy stron, polegającej na świadczeniu na rzecz Spółki przez A. R. usług w sposób ciągły, regularny i systematyczny, co w świetle innej optyki stawia powinność Spółki dokumentowania fakturowanych przez A. R. usług, niż miałoby to miejsce w sytuacji świadczenia usług incydentalnych bądź jednorazowych. Okoliczność ta musi być zatem skonfrontowana także z zeznaniami L. R1. i A1. D., dotyczącymi zasad oraz charakteru współpracy Spółki z A. R. w zakresie zdobywania źródeł zaopatrzenia aptek, składania zamówień na leki, negocjowania cen za towar, dowozu towaru, kontaktu z hurtowniami i dostawcami oraz odbioru utargu z działalności aptecznej, które zdaniem Spółki wchodziły w skład szeroko rozumianego przez strony marketingu.

Chociaż Spółka nie dokumentowała każdej fakturowanej w ten sposób przez A. R. czynności z osobna, to – jak wywodzi Skarżąca, a co należy poddać ocenie – wpisywać miały się one w całokształt zadań wykonywanych przez wystawcę faktur na rzecz Spółki, na co wskazywać może treść umowy zawartej między Spółką a A. R. oraz przedłożona do akt sprawy podatkowej obszerna korespondencja mailowa i inne środki dowodowe oceniane w świetle całokształtu zgromadzonego w sprawie materiału. Konieczne jest zatem zweryfikowanie, czy czynności te wpisywały się w katalog zadań, wymienionych w pisemnej umowie zawartej między Spółką, a A. R.. Niezbędne jest również odniesienie się do zeznań A. R., zgodnie z którymi środki otrzymywane przez niego od Spółki na podstawie wystawianych jej faktur, na wskazany na nich rachunek, miały być zgodnie z treścią tych zeznań, zwracane do kasy Spółki.

W związku z niejednoznacznymi wyjaśnieniami A. R., w tym zakresie organ winien rozważyć zasadność ponownego przesłuchania ww. świadka oraz strony postępowania celem ustalenia, czy wypłaty przelanych przez Spółkę środków finansowych, były w istocie dokonywane przez A. R., jeśli tak, to czy były następnie zwracane Spółce, a także w jakiej formie oraz czy istnieją dowody potwierdzające te okoliczności. Dodatkowo zasadnym jest sporządzenie zestawienia przelanych przez Spółkę środków oraz dokonywanych przez A. R. wypłat, w powiązaniu ich z zakwestionowanymi przez organ jako nieodzwierciedlającymi rzeczywistych zdarzeń fakturami.

Ustalenie powyższych okoliczności pozwoliłoby na potwierdzenie, bądź zaprzeczenie, podnoszonym przez A. R. wyjaśnieniom w tym zakresie, zwłaszcza wobec braku spójności i jednolitości jego zeznań. Na marginesie Sąd wskazuje, że przepisy Ordynacji podatkowej nie przewidują – wbrew wywodom strony skarżącej oraz podnoszoną przez Rzecznika Małych i Średnich Przedsiębiorców instytucji przeprowadzenia konfrontacji świadków. Organ podatkowy będzie natomiast zobowiązany do porównania i dokonania oceny dowodów w postaci zeznań świadków (w tym tych przeprowadzonych w ramach uzupełniającego postępowania dowodowego) oraz wyjaśnień strony we wzajemnym powiązaniu i w kontekście całego zgromadzonego materiału dowodowego. Dopiero tak przeprowadzone postępowanie dowodowe pozwoli na prawidłowe odtworzenie zaistniałego w sprawie stanu faktycznego, a następnie dokonanie jego subsumpcji pod stosowne przepisy prawa materialnego.

Podsumowując, Sąd stwierdza, że organ odwoławczy dopuścił się naruszenia wskazanych powyżej przepisów prawa proceduralnego, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Przy ponownym rozpoznaniu sprawy organ podatkowy będzie zobowiązany uwzględnić wskazania co do dalszego postępowania oraz ocenę prawną przedstawioną w uzasadnieniu niniejszego wyroku. Natomiast uznanie zasadności zarzutów naruszenia przepisów art. 187 § 1, art. 188 i art. 191 O.p., uczyniło przedwczesnym odnoszenie się do pozostałych zarzutów skargi, dotyczących przepisów prawa materialnego.

Zdaniem Sądu, natomiast jako niezasadny należało ocenić zarzut arbitralnego, częściowego wyłączenia jawności części dokumentów o kluczowym znaczeniu, które miały znaczący wpływ na możliwość realizacji uprawnień procesowych przez spółkę, tj. rachunków bankowych A. R..

Wyrażone w art. 178 § 1 O.p. prawo wglądu w akta sprawy, sporządzania z nich notatek, kopii lub odpisów stanowi jeden z aspektów zasady jawności postępowania podatkowego (art. 129 O.p.) i zasady czynnego udziału strony w tym postępowaniu (art. 123 § 1 O.p.). Przepis ten nie ma jednak charakteru absolutnego i doznaje określonych ograniczeń, o których mowa w art. 179 § 1 O.p.. Przewidziane w tym przepisie dwa wyjątki od zasady gwarantującej stronie wgląd w akta sprawy zostały ustanowione z uwagi na potrzebę ochrony określonych wartości - informacji niejawnych, bądź interesu publicznego.

W świetle powyższego, zasadnie organ II instancji argumentował w postanowieniu z dnia 14 lipca 2022 r., że w badanej sprawie pozyskane w toku postępowania odwoławczego dokumenty zawierają tzw. dane wrażliwe (podlegające ochronie prawnej). Są to informacje dotyczące operacji zaksięgowanych na rachunkach bankowych A. R., które wykraczają poza "wspólny" dla stron transakcji objętych sporem stan faktyczny sprawy. Zatem z uwagi na ochronę prawną informacji, czyli interes publiczny - konieczne stało się wyłączenie z jawności dokumentów w części "chronionej". Przy czym, wyłączając z jawności część informacji zawartych w ww. dokumentach, w aktach sprawy pozostawiono ich kopie w części nieobjętej tajemnicą.

Ponadto wyłączenie z jawności części danych zawartych w dokumentach, nie odbiera tym dokumentom waloru dowodów w zakresie, w jakim mają one znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy. Dowody takie podlegają ocenie w ramach postępowania podatkowego, jak również weryfikacji w ramach postępowania sądowoadministracyjnego.

Ukształtowanie instytucji wyłączenia jawności materiałów zgromadzonych w postępowaniu rodzi po stronie organu odmawiającego dostępu do dokumentacji obowiązek wyczerpującego uzasadnienia powodów sięgnięcia do art. 179 § 1 O.p.. Prezentowane przez organ motywy rozstrzygnięcia zawierały argumentację usprawiedliwiającą odejście od jawności postępowania w przedstawionym zakresie.

1. 6.7. Sąd wskazuje przy tym, co należy odnotować, że Naczelny Sąd Administracyjny nie zakwestionował w wydanym w dniu 6 lutego 2026 r. sygn. akt I FSK 733/23 wyroku, do czego zarzutów nie podniosła również strona skarżąca, ustaleń organu dotyczących usług transportowych zafakturowanych przez A. R.. Sąd potwierdza, że z ustaleń organów wynika, że na usługi transportu leków między aptekami nie była zawarta umowa. Nie sposób jednak przyjąć, że wynagrodzenie za czynności świadczone nie "na stałe", lecz tymczasowo (jak twierdzi Spółka) wynosi zazwyczaj ponad 11.000 zł brutto miesięcznie, a raz nawet ponad 12.000 zł brutto. Według strony skarżącej, "ustalone wynagrodzenie było ryczałtowe, tak aby koordynator był zawsze dyspozycyjny, przy wykorzystaniu własnego samochodu, dodatkowego czasu pracy, własnej organizacji i podziału zadań." Skarżąca w żaden sposób nie wyjaśniła, jak ustalany był ten ryczałt, nie przedłożyła żadnych wyliczeń. W tej sytuacji uzasadnione były wątpliwości organu co do regulowała należności przez skarżąca Spółkę bez uzyskania od A. R. chociażby zestawienia wykonanych w danym miesiącu transportów, przejazdów między aptekami i hurtowniami, dowodów ponoszonych kosztów za paliwo czy leasing samochodu itp. Zatem nie wiadomo, jak obliczano kwotę wynagrodzenia i de facto za co wynagrodzenie to wypłacano. Istniały zatem uzasadnione wątpliwości co do faktycznego wykonania tych usług. Zwłaszcza, że ww. kwoty były nieadekwatne do określonej w umowie z dnia 2 grudnia 2013 r. kwoty zwrotu kosztów paliwa w wysokości 800 zł miesięcznie. Są bowiem co najmniej 10 razy wyższe (wartość netto z faktury).

1. 6.8. W konsekwencji wobec stwierdzonego powyżej naruszenia przepisów prawa procesowego, które mogło mieć istotny wpływ na rozstrzygnięcie sprawy, zaskarżona decyzja podlegała wyeliminowaniu z obrotu prawnego. Ponownie rozpoznając sprawę organ uwzględni zaprezentowaną w niniejszym uzasadnieniu wyroku ocenę prawną oraz podejmie działania zmierzające do ustalenia stanu faktycznego w sprawie i dokona ponownej oceny zgromadzonych dowodów we wzajemnym powiązaniu. Organ uwzględni treść zapadłego w niniejszej sprawie wyroku NSA z dnia 6 lutego 2026 r. sygn. akt I FSK 733/23. Sąd jednocześnie nie stwierdził konieczności uchylenia decyzji organu pierwszej instancji, bowiem zalecenia sądu mogą zostać wykonane w toku postępowania odwoławczego.

1. 6.9. Mając na względzie przedstawione powyżej okoliczności, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. uchylił zaskarżoną decyzję.

O kosztach postępowania Sąd orzekł w pkt 2 sentencji wyroku, na podstawie art. 200, art. 205 § 2 i art. 209 p.p.s.a. oraz § 14 ust. 1 pkt 1 lit.a) w zw. z § 2 pkt 5 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności adwokackie (Dz.U. z 2023 r. poz. 1964 ze zm,), zasądzając od organu na rzecz Skarżącego kwotę 5.097,00 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania, na którą składa się uiszczony wpis od skargi w kwocie 1480,00 zł, wynagrodzenie pełnomocnika Strony skarżącej w kwocie 3.600,00 zł oraz uiszczona opłata od pełnomocnictwa w kwocie 17,00 zł.