Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Białymstokuz 26 sierpnia 2026 r., sygn. akt I SA/Bk 254/26

Uzasadnienie

W dniu 12 stycznia 2026 r. do Drugiego Urzędu Skarbowego w Białymstoku wpłynął wniosek S. N. (dalej jako: "skarżący"), datowany na 12 stycznia 2025 r., złożony za pośrednictwem pełnomocnika, o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za rok podatkowy od 1 stycznia 2019 r. do 31 grudnia 2019 r. w kwocie 128.513,00 zł i jej zwrot na rachunek bankowy o wskazanym numerze, złożony na podstawie art. 75 § 2 i 3 w zw. z art. 72 § 1 pkt 1 i art. 73 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2025 r. poz. 111, dalej jako: "o.p.").

We wniosku poinformowano, że powstała nadpłata wynika z odliczenia od podstawy opodatkowania kosztów uzyskania przychodów poniesionych przez skarżącego na działalność badawczo-rozwojową. Ponadto wskazano, że nadpłata została wykazana w korekcie zeznania PIT-36L o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) i należnego podatku od osób fizycznych za 2019 r., złożonej do organu 30 grudnia 2025 r. Z wniosku wynika nadto, że skarżący jest prezesem zarządu K. spółki z o.o., będącej komplementariuszem K. spółki z o.o. spółki komandytowej.

Postanowieniem z 16 lutego 2026 r., nr 2004-SPV.4102.190.2026, Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego w Białymstoku odmówił wszczęcia postępowania podatkowego w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r.

Organ pierwszej instancji, powołując się na przepisy art. 72 § 1 pkt 1, art. 75 § 1 - 4, art. 79 § 2, art. 70 § 1 o.p. i art. 45 ust. 1 i ust. 4 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz.U. z 2026 r. poz. 592) oraz art. 80 § 1, art. 165 § 1, art. 165a § 1 o.p., uznał, że wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r. został złożony 12 stycznia 2026 r., tj. po upływie terminu przedawnienia przedmiotowego zobowiązania podatkowego, który przypadał na dzień 31 grudnia 2025 r. Natomiast w ocenie tego organu złożona 30 grudnia 2025 r. korekta, w której wykazano kwotę nadpłaty, nie może być uznana za samodzielny wniosek.

Biorąc pod uwagę fakt, że wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r. został złożony po wygaśnięciu prawa do złożenia takiego wniosku, z uwagi na przedawnienie zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r., organ stwierdził, że postępowanie podatkowe w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r. nie może być wszczęte.

Postanowieniem z 6 maja 2026 r., nr 2001-IOD.4102.6.2026, po rozpoznaniu zażalenia skarżącego, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Białymstoku utrzymał zaskarżone rozstrzygnięcie w mocy.

W uzasadnieniu organ odwoławczy wskazał, że 30 grudnia 2025 r. złożona została do Drugiego US w Białymstoku korekta zeznania o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) w roku podatkowym 2019 - PIT-36L wraz z załącznikami, tj. PIT/B i PITBR skarżącego, z wykazaną kwotą nadpłaty w wysokości 124.893,00 zł. Do korekty zostało dołączone uzasadnienie przyczyn korekty deklaracji ORD-ZU za 2019 r., w którym zawarta została następująca treść uzasadnienia: "Uwzględnienie w rozliczeniu podatkowym wydatków na działalność badawczo-rozwojową (B+R) poniesionych w 2019 roku w K. Sp. z o. o. Sp. K a przypadających na udziały podatnika w wyniku spółki".

Następnie, 12 stycznia 2026 r., do ww. urzędu wpłynął wniosek skarżącego o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r. w kwocie 128.513,00 zł.

Jak wskazał DIAS, porównanie danych wykazanych w złożonej 30 grudnia 2025 r. korekcie zeznania podatkowego PIT-36L za 2019 r. w stosunku do danych wykazanych w korekcie zeznania podatkowego PIT-36L za 2019 r. złożonej 23 października 2020 r., zostało przedstawione w postanowieniu organu pierwszej instancji w Tabeli nr 1. Organ ten, poprzez to porównanie i ustalenie, że kwota do zapłaty wynikająca z korekty zeznania PIT-36L za 2019 r. z 23 października 2020 r. w wysokości 3.621,00 zł została zapłacona w całości, przyjął, że kwota nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych wynosi 128.513,00 zł. Powstanie kwoty nadpłaty nastąpiło wskutek odliczenia od dochodu kwoty 676.386,03 zł w 2019 r. z tytułu wydatków na działalność badawczo-rozwojową (B+R). Z załączonej do korekty zeznania PIT-36L za 2019 r. informacji PITBR wynika, że na kwotę odliczenia od dochodu tych wydatków złożyły się koszty kwalifikowane opisane szczegółowo w skarżonym postanowieniu.

Organ odwoławczy zwrócił uwagę na odrębność instytucji prawnej korekty deklaracji podatkowej od instytucji stwierdzenia nadpłaty podatku, podkreślając, że jedyną drogą uzyskania przez podatnika zwrotu nadpłaty podatku dochodowego od osób fizycznych wynikającego z korekty zeznania podatkowego jest złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty podatku wraz z korektą zeznania, który wszczyna postępowanie podatkowe, jeżeli zawiera żądanie wyznaczające zakres tego postępowania. Z tego też względu korekta zeznania PIT-36L wraz z uzasadnieniem przyczyny korekty deklaracji ORD-ZU nie wszczęła postępowania podatkowego w sprawie stwierdzenia nadpłaty za 2019 r., bowiem podatnik nie wyraził w ten sposób żądania w tym zakresie. Złożenie dokumentów mogących stanowić element obowiązkowy wniosku (podania), nie może być pod względem skutków prawnych równoznaczne ze złożeniem wniosku (podania), które nie spełnia wymogów przewidzianych przepisami prawa.

Natomiast w niniejszej sprawie wniosek o stwierdzenie nadpłaty dotyczący zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r. został złożony do urzędu 12 stycznia 2026 r. i korekta PIT-36L złożona do urzędu 30 grudnia 2025 r. wraz z ORD-ZU jest załącznikiem do tego wniosku.

Termin płatności zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r. upływał z dniem 30 kwietnia 2020 r. Tym samym ustawowy termin przedawnienia tego zobowiązania przypadał na dzień 31 grudnia 2025 r. Wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r., złożony 12 stycznia 2026 r., został złożony po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w tym podatku, a zatem odmowa wszczęcia postępowania była zasadna.

Organ drugiej instancji nie uznał jednocześnie zasadności zarzutów podnoszonych w zażaleniu. DIAS podniósł m.in., że korekta nie może być traktowana jako wniosek o wszczęcie postępowania podatkowego w sprawie stwierdzenia nadpłaty, bowiem podatnik nie wyraził żądania odnośnie stwierdzenia nadpłaty podatku, czyli wszczęcia postępowania. Przy tym, wszystkie elementy wniosku o stwierdzenia nadpłaty z 12 stycznia 2026 r. potwierdzają, że dopiero ono jest w przedmiotowej sprawie podaniem, tj. wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty podatku.

Nie zgadzając się z powyższym rozstrzygnięciem, skarżący wniósł skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Białymstoku. Zaskarżając je w całości, zarzucił naruszenie:

1. 1. przepisów prawa materialnego, tj.:
2. - art. 75 § 3 i § 4 w zw. z art. 168 § 1 o.p., poprzez ich błędną wykładnię polegającą na przyjęciu, że korekta zeznania PIT-36L za 2019 r., złożona do Urzędu Skarbowego 30 grudnia 2025 r., wraz z uzasadnieniem przyczyn złożenia korekty ORD-ZU, stanowiła wyłącznie załącznik do odrębnego wniosku o stwierdzenie nadpłaty, a nie podanie zawierające treść żądania w rozumieniu art. 168 § 1 o.p., podczas gdy z treści tych dokumentów wynikało jednoznacznie zakwestionowanie wysokości uprzednio wykazanego, zawyżonego zobowiązania podatkowego, poprzez wskazanie kwoty nadpłaconego podatku oraz żądanie rozliczenia tej kwoty poprzez zwrot na rachunek bankowy podatnika, którego numer został wskazany bezpośrednio w złożonych dokumentach, a organ podatkowy - opierając się na tych samych dokumentach - dokonał ich merytorycznej analizy i ustalił wysokość oraz mechanizm powstania nadpłaty, co pozostaje w sprzeczności z przyjęciem, że nie zawierały one skutecznego żądania wszczęcia postępowania;
3. - art. 79 § 2 o.p., poprzez jego niewłaściwe zastosowanie, polegające na przyjęciu, że prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasło wskutek upływu terminu przedawnienia przed złożeniem przez skarżącego skutecznego żądania, podczas gdy czynności podjęte 30 grudnia 2025 r., tj. przed upływem terminu przedawnienia, należało kwalifikować jako skuteczne zgłoszenie takiego żądania;
4. 2. przepisów prawa procesowego, które mogły mieć istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:
5. - art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 239 o.p., poprzez ich niewłaściwe zastosowanie, polegające na utrzymaniu w mocy zaskarżonego postanowienia organu pierwszej instancji, pomimo wystąpienia istotnych naruszeń przepisów prawa materialnego i procesowego, a tym samym zaakceptowaniu wadliwej oceny prawnej i faktycznej dokonanej przez ten organ, w szczególności polegającej na przyjęciu, że dokumenty złożone przez skarżącego 30 grudnia 2025 r. nie zawierały skutecznego żądania wszczęcia postępowania o stwierdzenie nadpłaty, przy jednoczesnym dokonaniu ich merytorycznej analizy oraz ustaleniu wysokości i mechanizmu powstania nadpłaty, jak również przy zaniechaniu zastosowania trybu określonego w art. 169 § 1 o.p., co w konsekwencji doprowadziło do bezpodstawnego utrzymania w mocy wadliwego rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji;
6. - art. 165a § 1 w zw. z art. 168 § 1 o.p., poprzez jego niewłaściwe zastosowanie, polegające na odmowie wszczęcia postępowania w sytuacji, gdy nie zachodziły przesłanki do jego zastosowania, albowiem podanie o stwierdzenie nadpłaty zostało skutecznie złożone przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, tj. 30 grudnia 2025 r., wbrew stanowisku organów obu instancji;
7. - art. 169 § 1 o.p., poprzez jego niezastosowanie, polegające na zaniechaniu wezwania skarżącego do usunięcia ewentualnych braków lub doprecyzowania treści podania wynikającego ze złożonej korekty zeznania PIT-36L wraz z uzasadnieniem ORD-ZU, mimo że w ocenie organu dokumenty te nie zawierały wystarczająco jednoznacznie sformułowanego żądania, podczas gdy przepis ten ma charakter gwarancyjny i zobowiązuje organ do umożliwienia stronie uzupełnienia braków podania, które nie uniemożliwiają nadania mu biegu, a dopiero niewykonanie wezwania może uzasadniać negatywne skutki procesowe, zaś organ - zamiast zastosowania trybu określonego w art. 169 § 1 o.p. - niezasadnie sięgnął po instytucję odmowy wszczęcia postępowania, mimo że ewentualne wątpliwości co do treści żądania mogły zostać usunięte w drodze wezwania, co wykluczało zastosowanie art. 165a § 1 o.p.;
8. - art. 121 § 1 o.p., poprzez prowadzenie postępowania w sposób naruszający zasadę zaufania do organów podatkowych, polegające na przyjęciu przez organ pierwszej instancji, a następnie podzieleniu tego stanowiska przez organ drugiej instancji, iż dokumenty złożone przez skarżącego 30 grudnia 2025 r. nie zawierały skutecznego żądania wszczęcia postępowania o stwierdzenie nadpłaty, przy jednoczesnym potraktowaniu ich jako podstawy do merytorycznej weryfikacji sprawy, w tym skierowaniu do skarżącego wezwania e-mailowego z 19 stycznia 2026 r., dotyczącego uzupełnienia informacji i dokumentów odnoszących się do odliczenia ulgi badawczo-rozwojowej, a następnie dokonaniu szczegółowych ustaleń co do wysokości oraz mechanizmu powstania nadpłaty, co pozostaje w oczywistej sprzeczności z późniejszym stanowiskiem organów, jakoby dokumenty te nie zawierały skutecznego żądania procesowego i nie mogły stanowić podstawy do wszczęcia postępowania;
9. - art. 122 o.p., poprzez zaniechanie podjęcia wszelkich niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy, polegające na dokonaniu w ślad za organem pierwszej instancji niepełnej i wybiórczej oceny treści złożonej przez skarżącego korekty zeznania PIT-36L wraz z uzasadnieniem ORD-ZU, w szczególności poprzez przyjęcie, że dokumenty te nie zawierały skutecznego żądania, przy jednoczesnym wykorzystaniu ich jako podstawy do merytorycznej weryfikacji sprawy oraz ustalenia wysokości i mechanizmu powstania nadpłaty, bez wyjaśnienia tej sprzeczności;
10. - art. 124 o.p., poprzez niewyjaśnienie w sposób należyty i spójny przesłanek rozstrzygnięcia, w szczególności poprzez brak logicznego uzasadnienia, dlaczego treść korekty zeznania PIT-36L wraz z ORD-ZU, pomimo jej analizy i przytoczenia przez organ, nie została uznana za podanie zawierające żądanie, co uniemożliwia odtworzenie toku rozumowania organu i narusza zasadę przekonywania strony.

W oparciu o powyższe zarzuty autor skargi wniósł o uchylenie w całości zaskarżonego postanowienia, uchylenie w całości postanowienia organu pierwszej instancji oraz zasądzenie od organu na rzecz skarżącego kosztów postępowania niezbędnych do celowego dochodzenia praw, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych.

W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku zważył, co następuje

Skarga jest niezasadna.

Istota sprawy dotyczy zasadności odmowy wszczęcia postępowania podatkowego w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r., zainicjowanego wnioskiem skarżącego z 12 stycznia 2026 r. Sporne pozostaje jednak przy tym to, czy złożona przez stronę 30 grudnia 2025 r. korekta zeznania o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) w roku podatkowym 2019, wraz z uzasadnieniem korekty, wykazująca kwotę nadpłaty, mogła być uznana za samodzielny wniosek o stwierdzenie nadpłaty, jak chciałaby tego strona skarżąca.

Skład orzekający potwierdza jednak stanowisko organów obu instancji, że instytucje korekty deklaracji podatkowej oraz stwierdzenia nadpłaty podatku należy traktować jako całkowicie odrębne, i wyłącznie skuteczne zainicjowanie drugiej ze wspomnianych może doprowadzić do rzeczywistego zwrotu nadpłaty.

Wypada przypomnieć, że w myśl art. 75 § 1, § 3, § 4 i § 4a o. p., jeżeli podatnik kwestionuje zasadność pobrania przez płatnika podatku albo wysokość pobranego podatku, może złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku. Jeżeli z przepisów prawa podatkowego wynika obowiązek złożenia zeznania (deklaracji), to podatnik, płatnik lub inkasent równocześnie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty jest obowiązany złożyć skorygowane zeznanie (deklarację). Jeżeli prawidłowość skorygowanego zeznania (deklaracji) nie budzi wątpliwości, organ podatkowy zwraca nadpłatę bez wydawania decyzji stwierdzającej nadpłatę. W takim przypadku korekta wywołuje skutki prawne. W decyzji stwierdzającej nadpłatę organ podatkowy określa wysokość zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości w takim zakresie, w jakim powstanie nadpłaty jest związane ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego. W zakresie, w jakim wniosek jest niezasadny, organ odmawia stwierdzenia nadpłaty.

Z kolei stosownie do art. 79 § 2 i § 3 o.p., prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o zwrot nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, chyba że ustawy podatkowe przewidują inny tryb zwrotu podatku. Decyzję w sprawie stwierdzenia nadpłaty na wniosek złożony przed upływem terminu przedawnienia można wydać także po upływie tego terminu.

Jak natomiast wynika z art. 80 § 1 i § 3 o.p., prawo do zwrotu nadpłaty podatku wygasa po upływie 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin jej zwrotu. Złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty, zwrot nadpłaty lub zaliczenie jej na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych przerywa bieg terminu do zwrotu nadpłaty.

Nadto art. 165 § 1 o.p. wskazuje, że postępowanie podatkowe wszczyna się na żądanie strony lub z urzędu, po myśli art. 168 § 2 o. p. podanie powinno zawierać co najmniej treść żądania, wskazanie osoby, od której pochodzi, oraz jej adres (miejsca zamieszkania lub zwykłego pobytu, siedziby albo miejsca prowadzenia działalności) lub adres do doręczeń w kraju, identyfikator podatkowy, a w przypadku nierezydentów - numer i serię paszportu lub innego dokumentu stwierdzającego tożsamość, lub inny numer identyfikacyjny, o ile nie posiadają identyfikatora podatkowego, a także czynić zadość innym wymogom ustalonym w przepisach szczególnych.

Punktem wyjścia do rozważań jest, jak już zostało zasygnalizowane, stwierdzenie odrębności instytucji prawnej korekty deklaracji podatkowej od instytucji nadpłaty podatku. Wskazuje na to nie tylko systematyka Ordynacji podatkowej, gdzie każda z tychże uregulowana została w innym rozdziale działu trzeciego, ale przede wszystkim odmienność treści każdej z tych regulacji. Korekta deklaracji podatkowej jest oświadczeniem wiedzy podatnika i może być także oświadczeniem jego woli. Jest zdarzeniem prawnym, wywierającym wpływ na stosunek podatkowy i stanowiącym przejaw formalnego stosunku podatkowego, jako akcesoryjnego wobec materialnego stosunku podatkowego (por. S. Babiarz, w: Ordynacja podatkowa. Komentarz, Warszawa 2015, s. 524). Złożenie korekty deklaracji wprawdzie może, ale nie musi, być powiązane ze złożeniem wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Wniosek taki wynika z art. 81b § 2a o.p., który to przepis odnosi się wprost do przypadku złożenia korekty wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, co a contrario oznacza, że możliwe jest także złożenie korekty bez wymienionego wniosku.

Wynika to także z art. 81 § 1 o.p., który to przepis stanowi, że podatnicy, płatnicy i inkasenci mogą skorygować uprzednio złożoną deklarację, jeżeli odrębne przepisy nie stanowią inaczej, a brak przepisu wiążącego i uzależniającego możliwość złożenia korekty od jednoczesnego złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty.

Jakkolwiek możliwe jest złożenie korekty deklaracji bez jednoczesnego złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, wykluczone jest złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty bez jednoczesnego złożenia korekty deklaracji; stanowi o tym wprost art. 75 § 3 o.p. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 13 grudnia 2017 r., I GSK 2335/15 (powoływane orzeczenia sądów administracyjnych dostępne w CBOSA, http://orzeczenial.nsa.gov.pl) wskazał, że korekta stanowi wyraz formalny wniosku o stwierdzenie nadpłaty i wywołuje skutek materialny tylko w jednym przypadku – gdy prawidłowość korekty nie budzi wątpliwości i organ podatkowy zwraca nadpłatę bez wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę (art. 75 § 4 o.p.); poza tym korekta dzieli los tego wniosku, co oznacza, że w przypadku wydania decyzji odmawiającej stwierdzenia nadpłaty dołączona do tego wniosku skorygowana deklaracja nie wywołuje skutków prawnych.

Uprawnione jest więc stwierdzenie, że poza nielicznymi wypadkami wynikającymi wprost z przepisów prawa (np. przewidziany w ustawie o podatku od towarów i usług tryb zwrotu podatku) jedyną drogą do uzyskania przez podatnika zwrotu nadpłaconego przez niego podatku jest wystąpienie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty (art. 75 § 1 o.p.), który to wniosek winien być uzupełniony o złożenie korekty uprzednio złożonej deklaracji wraz z wyjaśnieniem przyczyn korekty. Można dodać, że ponieważ zakres postępowania wyznacza przedmiot wniosku, a przyczyna powstania nadpłaty może odnosić się tylko do części podstawy faktycznej zobowiązania podatkowego, rozstrzygnięcie wniosku o stwierdzenie nadpłaty nie w każdym przypadku musi być poprzedzone postępowaniem w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego, o którym mowa w art. 21 § 3 o.p. (uchwała NSA z 27 stycznia 2014 r., II FPS 5/13).

W realiach niniejszej sprawy skarżący 30 grudnia 2025 r. złożył korektę deklaracji w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r. wraz z uzasadnieniem przyczyn tej korekty, zaś 12 stycznia 2026 r. sporny wniosek o stwierdzenie nadpłaty. Bezsprzecznie wniosek o stwierdzenie nadpłaty został złożony już po upływie terminu przedawnienia przedmiotowego zobowiązania podatkowego.

Sąd nie znalazł podstaw do uwzględnienia twierdzenia skarżącego, że korektę z 30 grudnia 2025 r. organ winien był uznać za samodzielny wniosek o stwierdzenie nadpłaty, z którego to miałoby wynikać, że strona kwestionuje wysokość uprzednio wykazanego zobowiązania podatkowego oraz domaga się rozliczenia nadpłaty wynikającej z korekty.

Ponieważ przedmiotem skorygowanej deklaracji było zobowiązanie w podatku dochodowym od osób fizycznych, a regulująca ten podatek ustawa podatkowa nie przewiduje innego trybu zwrotu podatku (art. 75 § 6 o.p.), niż stwierdzenia nadpłaty, samo złożenie korekty deklaracji podatkowej wraz z uzasadnieniem tej korekty nie uprawniało organów podatkowych do wszczęcia i prowadzenia postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty.

Jakkolwiek należy zgodzić się ze stroną, że o kwalifikacji prawnej nie decyduje nazwa pisma, a jego treść, sąd nie ma wątpliwości, że ze spornej korekty nie wynikało żądanie stwierdzenia nadpłaty, lecz zmiana danych rozliczeniowych wobec tych wykazanych w poprzedniej korekcie. Natomiast to dopiero wniosek złożony 12 stycznia 2026 r. wyczerpywał wszystkie znamiona formalne wniosku wszczynającego postępowanie o stwierdzenie nadpłaty. Nie było podstaw do uznania tego wniosku za pismo uzupełniające, w którym rzekomo miały być doprecyzowane przyczyny korekty. Interpretacja tegoż pisma jest bowiem jednoznaczna i nie budzi żadnych wątpliwości. Żądanie stwierdzenia nadpłaty nie wynikało zatem, co postuluje strona, z dokumentów złożonych 30 grudnia 2025 r., a dopiero z omawianego pisma z 12 stycznia 2026 r.

Celnie zauważył przy tym organ, powołując się na wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 2 marca 2018 r., II FSK 85/17, iż pismo, które oprócz uzasadnienia dla istnienia nadpłaty i zasadności złożenia korekty deklaracji, zawiera dodatkowe elementy, szczególnie dotyczące zwrotu nadpłaty, nie może być interpretowane jako zwykłe uzasadnienie korekty deklaracji, a stanowi już w wystarczającym zakresie wniosek o zwrot nadpłaty, a zatem a contrario: pismo niezawierające takiego żądania – jak w sprawie niniejszej – nie może stanowić wniosku o stwierdzenie nadpłaty.

Mając na uwadze powyższe, sąd za niezasadne uznał podnoszone w skardze zarzuty naruszenia art. 75 § 3 i § 4 w zw. z art. 168 § 1 o.p., albowiem opisane wyżej okoliczności nie uzasadniają uznania, że korekta złożona 30 grudnia 2025 r., wraz z uzasadnieniem, stanowiła w istocie wniosek o stwierdzenie nadpłaty.

W oparciu o błędne założenie, że podanie-korekta złożona 30 grudnia 2025 r. miała inicjować postępowanie o stwierdzenie nadpłaty, strona podniosła zarzut zaniechania wezwania jej do usunięcia ewentualnych braków lub doprecyzowania treści pisma, mimo że "w ocenie organu dokumenty te nie zawierały wystarczająco jednoznacznie sformułowanego żądania". Takie stanowisko skarżącej nie znajduje jednak oparcia w realiach sprawy. Złożona korekta była formalnie poprawna i zupełna. Organy podatkowe nie były uprawnione do wystosowania do skarżącego wezwania w trybie art. 169 § 1 o.p. o usunięcie braków formalnych korekty deklaracji, zwłaszcza przez złożenie wniosku, którego zarówno samo złożenie, jak i treść, zakres i wspierająca go argumentacja pozostaje w wyłącznej gestii podatnika (skarżącego), a który nadto, w związku z treścią art. 165 § 1 o.p., inicjuje postępowanie na żądanie strony. Zarzut naruszenia art. 169 § 1 o.p. jest zatem bezzasadny.

Wbrew twierdzeniom autora skargi, organ pierwszej instancji nie dokonał w sprawie analizy merytorycznej, ustalenia wysokości oraz mechanizmu powstania nadpłaty, co miałoby pozostawać w sprzeczności z przyjęciem, że dokumenty złożone 30 grudnia 2025 r. nie zawierały skutecznego żądania wszczęcia postępowania. Należy raz jeszcze podkreślić odrębność instytucji prawnej korekty deklaracji podatkowej od instytucji stwierdzenia nadpłaty podatku. Za organem należy powtórzyć, że w związku ze spornym wnioskiem z 12 stycznia 2026 r. organ podjął czynności: wezwania z 2 lutego 2026 r. w zakresie pełnomocnictwa z 19 grudnia 2025 r. udzielonego przez skarżącego i dołączonego do ww. wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za rok 2019, tj. do prawidłowego uwierzytelnienia złożonego pełnomocnictwa lub do złożenia nowego pełnomocnictwa szczególnego lub pełnomocnictwa ogólnego, jak też wydał postanowienie z 16 lutego 2026 r. o odmowie wszczęcia postępowania podatkowego w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r. Z kolei, w ramach czynności sprawdzających podjętych w zakresie weryfikacji korekty złożonej 30 grudnia 2025 r., w okresie od 19 do 29 stycznia 2026 r. organ wzywał stronę drogą mailową do weryfikacji informacji o odliczeniu od podstawy obliczenia podatku kosztów uzyskania przychodów w związku z zaliczeniem do nich wydatków na działalność badawczo-rozwojową PITBR.

To zatem, iż organ pierwszej instancji prowadził czynności sprawdzające co do złożonej korekty deklaracji, nie oznacza ani merytorycznego rozpoznania wniosku o stwierdzenie nadpłaty, ani też rezygnacji z badania przesłanek dopuszczalności tego postępowania. Podjęcie przez organ czynności sprawdzających przed wydaniem postanowienia o odmowie wszczęcia postępowania nie oznacza też, że organ był zobowiązany do merytorycznego rozpoznania sprawy i nie zmienia charakteru rozstrzygnięcia, skoro w sprawie zaistniała obiektywna przesłanka wniesienia żądania po upływie ustawowego terminu.

W konsekwencji powyższego, z uwagi na uznanie, że wniosek o stwierdzenie nadpłaty został złożony 12 stycznia 2026 r., a więc po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r., który przypadał na 31 grudnia 2025 r., słuszne było stanowisko organu, iż przedmiotowy wniosek złożony został już po wygaśnięciu prawa do jego złożenia, przez co postępowanie nie mogło być wszczęte. W realiach niniejszej sprawy nie wystąpiły instytucje przerywające ani zawieszające bieg terminu przedawnienia. Tym samym zarzut naruszenia art. 79 § 2 o.p. należało uznać za bezzasadny, podobnie jak, mające w tym wypadku charakter wynikowy, zarzut naruszenia: art. 165a § 1 w zw. z art. 168 § 1 o.p., jak również art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 239 o.p.

Pozostałe podnoszone w sprawie zarzuty naruszenia przepisów postępowania, tj. art. 121 § 1, art. 122 i art. 124 o.p., mają zasadniczo charakter wtórny i opierają się na błędnym założeniu strony, co do niewłaściwego uznania przez organy, że dokumenty złożone przez podatnika 30 grudnia 2025 r. nie zawierały skutecznego żądania wszczęcia postępowania o stwierdzenie nadpłaty, przy jednoczesnym wykorzystaniu ich jako podstawy do merytorycznej weryfikacji sprawy, co autor skargi łączy z naruszeniem ww. zasad postępowania. Jak jednak stwierdził skład orzekający, postępowanie zostało przeprowadzone w sposób zgodny z literą prawa, zaś sam fakt, iż strona nie akceptuje rozstrzygnięcia organu, jako wyniku wcześniejszego procedowania, nie usprawiedliwia stawianych zarzutów.

Skład nie dopatrzył się w sprawie żadnych innych naruszeń przepisów, które prowadziłyby do wyeliminowania zaskarżonego rozstrzygnięcia z obrotu prawnego.

W oparciu o powyższe, sąd orzekł o oddaleniu skargi w myśl art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r. poz. 143).

Marcin Kojło Małgorzata Anna Dziemianowicz Barbara Romanczuk