Uzasadnienie
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 29 sierpnia 2025 r., sygn. akt I SA/Kr 498/25 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie oddalił skargi Agencji Mienia Wojskowego w [...] (dalej: skarżąca lub Agencja) na decyzje Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Krakowie z dnia 19 maja 2025 r. w przedmiocie nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2012 r. i 2013 r.
Sąd pierwszej instancji w uzasadnieniu wskazał, że w kontrolowanych sprawach spornym jest, czy organy podatkowe przyczyniły się do powstania przesłanki uchylenia decyzji wydanych w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości. Zdaniem Sądu przedmiot sporu prawnego w istocie sprowadza się do wykładni regulacji prawnej wynikającej z art. 78 § 3 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r., poz. 111 ze zm., dalej: O.p.) i na tej podstawie do oceny, czy w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości organ podatkowy przyczynił się czy też nie przyczynił się, do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji.
Sąd podkreślił, że organy podatkowe określając zobowiązanie podatkowe Skarżącej w podatku od nieruchomości dokonały wadliwej wykładni przepisu art. 1a ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (Dz. U. z 2019 r. poz. 1170, dalej: u.p.o.l.), co rzutowało na zakres dokonanych w sprawie ustaleń faktycznych. Konsekwencją tego było uchylenie w całości decyzji SKO przez Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 22 lutego 2022 r., sygn. akt III FSK 4055/21. Sąd zaznaczył jednak, że z samego faktu wydania wadliwych decyzji nie można wnioskować, iż organy przyczyniły się do powstania przesłanki uchylenia decyzji, jak tego wymaga art. 78 § 3 pkt 1 O.p. Na potrzeby oceny wystąpienia przesłanki przyczynienia się organów, nie można zdaniem Sądu postawić zarzutu organom podatkowym, że w datach wydawania decyzji powinny rozstrzygnąć sprawę w inny sposób niż to uczyniły. Dopiero na skutek wydania wyroku przez Trybunał Konstytucyjny należało zweryfikować ten pogląd i uznać, że wydane rozstrzygnięcia były wadliwe.
Wyrok ten, podobnie jak pozostałe wyroki powołane w niniejszym uzasadnieniu, w całości dostępny jest na stronie internetowej http://orzeczenia.nsa.gov.pl (CBOSA).
Nie zgadzając się z powyższym wyrokiem skargę kasacyjną złożyła pełnomocniczka Agencji, która zaskarżyła wyrok w całości. Na podstawie art. 173 § 1 w związku z art. 174 pkt 1 i 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j. Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm., dalej: p.p.s.a.) zaskarżonemu wyrokowi zarzuciła:
- 1) obrazę prawa materialnego, a to:
- - art. 77 § 1 pkt 3 w zw. z art. 78 § 3 pkt 1 O.p., poprzez ich błędną wykładnię i w rezultacie jego niewłaściwe zastosowanie, polegające na przyjęciu, że organ nie przyczynił się do uchylenia decyzji, a tym samym oprocentowanie od nadpłaty na rzecz strony nie przysługuje od dnia powstania nadpłaty, podczas gdy to brak ustalenia przez organ podatkowy związku posiadanych przez skarżącą nieruchomości z prowadzoną przez nią działalnością skutkował - w konsekwencji wydanego przez Naczelny Sąd Administracyjny wyroku z dnia 22 lutego 2022 r., sygn. akt III FSK 4055/21 - uchyleniem przedmiotowej decyzji przez Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Krakowie z dnia 30 sierpnia 2023 r. nr SKO.Pod./4140/773/2022 w zakresie podatku od nieruchomości za rok 2012 oraz z dnia 30 sierpnia 2023 r. nr SKO.Pod./4140/774/2022 za rok 2013;
- - art. 77 § 1 pkt 3 w zw. z art. 78 § 3 pkt 1 O.p., poprzez ich błędną wykładnię polegającą na przyjęciu przez Sąd, że oprocentowanie nadpłaty powinno zostać wyliczone od dnia 30 sierpnia 2023 r. to jest od dnia uchylenia decyzji Prezydenta Miasta K., przez Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Krakowie decyzją SKO.Pod.4140/773/2022 (w zakresie podatku od nieruchomości za rok 2012) oraz nr SKO.Pod./4140/774/2022 (za rok 2013), podczas gdy oprocentowanie nadpłaty powinno zostać wyliczone od dnia dokonania wpłaty przez Skarżącą, to jest od dnia 23 września 2015 r.;
- - art. 77 § 1 pkt 3 w zw. z art. 78 § 3 pkt 1 O.p., poprzez ich błędną wykładnię i w rezultacie niewłaściwe zastosowanie polegające na tym, iż Sąd nie zbadał w sposób pełny, kiedy doszło do powstania nadpłaty, a w konsekwencji przyjęciu, iż nadpłata powstała dopiero na skutek uchylenia decyzji Prezydenta Miasta K. przez Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Krakowie decyzją SKO.Pod.4140/773/2022 r. oraz SKO.Pod./4140/774/2022 z dnia 30 sierpnia 2023 r., w sytuacji gdy wobec wznowienia postępowania o wysokość zobowiązania podatkowego nastąpiła kontynuacja procesowa sprawy zainicjowanej decyzją Prezydenta Miasta K. z dnia 27 stycznia 2015 r. nr PD.01.4.3120.4.142.2014.S.K. określającą Agencji Mienia Wojskowego w [...] wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości za 2012 rok i odpowiednio decyzją Prezydenta Miasta K. z dnia 27 stycznia 2015 r. nr PD.01.4.3120.4.143.2014.S.K. określającą Agencji Mienia Wojskowego w [...] wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości za 2013 rok;
- - art. 78 § 3 pkt 1 O.p., poprzez jego niewłaściwe zastosowanie w niniejszej sprawie;
- 2) naruszenie przepisów postępowania mające istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:
- - art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a., poprzez naruszenie zasady prawdy obiektywnej wynikającej z art. 122 O.p. w zw. z art. 187 § 1 O.p. w zw. z art. 191 O.p. polegającej na obowiązku ustalenia przez organ podatkowy stanu faktycznego zgodnie ze stanem rzeczywistym poprzez zebranie i rozpatrzenie w sposób wyczerpujący całego materiału dowodowego, nieustalenie okoliczności mających istotne znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy w sposób odpowiadający rzeczywistości, czego efektem był błąd w ustaleniach faktycznych przyjętych za podstawę rozstrzygnięcia polegający na błędnym założeniu, że organy podatkowe nie przyczyniły się do powstania nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2012 i 2013 r.;
- - art. 151 p.p.s.a. w zw. z art. 78 § 3 pkt 1 i pkt 2, art. 122, art. 187 § 1 i art. 191 O.p., polegające na nieuchyleniu zaskarżonych decyzji SKO w Krakowie, w sytuacji gdy organ ten naruszył w/w przepisy Ordynacji podatkowej.
Wskazując na powyższe naruszenia pełnomocniczka skarżącej wniosła o uchylenie w całości zaskarżonego wyroku, rozpoznanie skarg do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego i uchylenie w całości zaskarżonych decyzji oraz zasądzenie na rzecz skarżącego kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm prawem przepisanych, ewentualnie o uchylenie w całości zaskarżonego wyroku i przekazanie sprawy Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu do ponownego rozpoznania. Ponadto pełnomocniczka skarżącej zrzekła się przeprowadzenia rozprawy.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje
Skarga kasacyjna jest zasadna.
Spór w sprawie dotyczył wykładni art. 78 § 3 pkt 1 O.p. i oceny, czy organy podatkowe przyczyniły się do powstania przesłanki uchylenia decyzji wydanych w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości, co ma kluczowe znaczenie dla ustalenia daty początkowej naliczania oprocentowania nadpłaty. Zgodnie z art. 78 § 3 pkt 1 O.p. - oprocentowanie przysługuje: w przypadkach przewidzianych w art. 77 § 1 pkt 1 i 3 O.p. - od dnia powstania nadpłaty, a jeżeli organ podatkowy nie przyczynił się do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji, a nadpłata nie została zwrócona w terminie - od dnia wydania decyzji o zmianie lub uchyleniu decyzji.
Organy podatkowe w 2015 r. określiły podatnikowi wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości za 2012 i 2013 r. uznając, że w świetle art. 1a ust. 1 pkt 3 i art. 5 ust. 1 pkt 1 lit. b ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych podatnika należy uznać za przedsiębiorcę, a jego nieruchomości - za związane z prowadzeniem działalności gospodarczej. Sądy administracyjne obu instancji nie znalazły podstaw do uchylenia decyzji.
Po wyroku Trybunału Konstytucyjnego z 24 lutego 2021 r., SK 39/19 podatnik wniósł skargę o wznowienie postępowania zakończonego prawomocnym orzeczeniem (art. 270 p.p.s.a.). Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 22 lutego 2022 r., III FSK 4055/21 uwzględniając skargę o wznowienie, uchylił w całości wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 8 marca 2018 r., II FSK 906/16 oraz poprzedzający go wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z 30 listopada 2015 r., I SA/Kr 1455/15 oraz uchylił zaskarżone decyzje Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Krakowie z 26 czerwca 2015 r. określające wysokość zobowiązań podatkowych za lata 2012-13.
Następnie Kolegium decyzjami z 30 sierpnia 2023 r. uchyliło decyzje Prezydenta Miasta w sprawie podatku od nieruchomości za lata 2012-13 i przekazało mu sprawy do ponownego rozpatrzenia. Ponieważ zobowiązania podatkowe uległy już przedawnieniu, Prezydent Miasta umorzył postępowania podatkowe za lata 2012 i 2013.
Po umorzeniu postępowań, w sytuacji prawnej ukształtowanej usunięciem z obrotu prawnego przez SKO decyzji Prezydenta określających wysokość zobowiązań podatkowych, Skarżąca złożyła wniosek o zwrot nadpłat w podatku od nieruchomości za lata 2012-13 oraz ich oprocentowania za okres od dnia powstania nadpłat, tj. od dokonania wpłat podatku w nienależnej wysokości (wynikającej z decyzji), do dnia zwrotu nadpłaty.
Organy podatkowe zadecydowały o zwrocie nadpłat wraz z oprocentowaniem naliczonym od dnia 30 sierpnia 2022 r. (dzień uchylenia decyzji Prezydenta Miasta przez SKO) oraz odmówiły zwrotu oprocentowania nadpłat w dalej idącym zakresie uznając, że organy podatkowe nie przyczyniły się do powstania przesłanki uchylenia decyzji wydanych w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości (art. 78 § 3 pkt 1 O.p.). Uznały bowiem, że skoro uchylenie prawomocnych wyroków Naczelnego Sądu Administracyjnego i Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego oraz decyzji Kolegium nastąpiło w wyniku wznowienia postępowania, w związku z wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego SK 39/19, to także następcze uchylenie decyzji wymiarowych Prezydenta przez SKO było rezultatem wyroku TK. Zdaniem organów podatkowych, nie przyczyniły się one do powstania przesłanki uchylenia decyzji, w rozumieniu art. 78 § 3 pkt 1 O.p. Stanęły one na stanowisku, że przyczyna ta (wyrok TK) była od nich niezależna, dlatego podatnikowi nie przysługuje oprocentowanie naliczane od dnia powstania nadpłaty.
Sąd pierwszej instancji zgodził się z argumentacją organów podatkowych i zaskarżonym wyrokiem oddalił skargi na decyzje SKO utrzymujące w mocy decyzje Prezydenta przyznające oprocentowanie nadpłat od dnia uchylenia decyzji wymiarowych, a tym samym odmawiające zwrotu oprocentowania naliczonego już od dnia powstania nadpłat.
Sąd pierwszej instancji uznał, że z samego faktu wydania wadliwych decyzji nie można wnioskować, że organy podatkowe przyczyniły się do powstania przesłanki uchylenia decyzji, jak tego wymaga art. 78 § 3 pkt 1 O.p. W kontekście oceny wystąpienia przesłanki przyczynienia się organów, zdaniem WSA nie można postawić im zarzutu, że w datach wydawania decyzji wymiarowych (w 2015 r.) powinny rozstrzygnąć sprawy w inny sposób, niż to uczyniły. Dopiero bowiem na skutek wydania wyroku TK z 24 lutego 2021 r., SK 39/19 należało zweryfikować ich stanowisko i uznać, że wydane decyzje określające wysokość zobowiązań podatkowych za lata 2012-13 były wadliwe.
Naczelny Sąd Administracyjny odmiennie niż sąd pierwszej instancji stoi na stanowisku, że skutki wydania przez organ podatkowy decyzji na podstawie przepisu wykładanego niezgodnie z Konstytucją (SK 39/19) obciążają państwo, którego częścią jest organ podatkowy (w tym także organ samorządowy). Nie można zaakceptować wykładni art. 77 § 1 pkt 3 w zw. z art. 78 § 1 i § 3 pkt 1 O.p. opierającej się na założeniu, że wyrok TK jest okolicznością obiektywną, która wyklucza możliwość przypisania organowi podatkowemu (tj. państwu) przyczynienia się do wydania błędnej decyzji. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego podatnikowi przysługuje oprocentowanie nadpłaty naliczone od momentu jej powstania (art. 78 § 3 pkt 1 O.p.), jeżeli nadpłata powstała na skutek wykonania decyzji, uchylonej z tego powodu, że była oparta na wykładni przepisu uznanej następnie przez TK za niezgodną z Konstytucją.
Nie można uznać, że organ podatkowy nie przyczynił się do powstania przesłanki uchylenia decyzji, jeśli decyzja ta została uchylona w następstwie uznania przez Trybunał Konstytucyjny za niezgodną z Konstytucją takiej wykładni przepisów, na jakiej organ podatkowy oparł swoją decyzję. Błędna jest taka wykładnia art. 77 § 1 pkt 3 w zw. z art. 78 § 1 i § 3 pkt 1 O.p., która prowadziłaby do pozbawienia podatnika prawa do uzyskania rekompensaty (w postaci oprocentowania nadpłaty naliczonego od dnia jej powstania) za brak możliwości korzystania z jego środków finansowych, w sytuacji gdy wykonał decyzję wydaną w oparciu o wykładnię uznaną następnie przez Trybunał Konstytucyjny za niezgodną z art. 64 ust. 1 w związku z art. 31 ust. 3 i art. 84 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej (SK 39/19).
Z przedstawionych wyżej powodów Naczelny Sąd Administracyjny uznał za zasadny zarzut naruszenia art. 78 § 3 pkt 1 O.p. poprzez jego błędną wykładnię i w rezultacie niewłaściwe zastosowanie, polegające na przyjęciu, że organ podatkowy nie przyczynił się do powstania przesłanki uchylenia decyzji, a tym samym oprocentowanie nadpłaty nie przysługuje podatnikowi od dnia powstania nadpłaty. Z tego powodu zaskarżony wyrok należało uchylić. Uznając sprawę za dostatecznie wyjaśnioną, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 188 p.p.s.a. rozpoznał skargi i uznał je za zasadne, z powodu naruszenia art. 78 § 3 pkt 1 O.p. W rezultacie zaskarżone decyzje SKO zostały uchylone na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) p.p.s.a.
Uchylając zaskarżony skargą kasacyjną wyrok Sądu pierwszej instancji oraz decyzje Samorządowego Kolegium Odwoławczego w sprawie odmowy zwrotu oprocentowania liczonego od dnia powstania nadpłat, Naczelny Sąd Administracyjny wskazuje, że rozpatrując ponownie sprawy organy podatkowe będą związane przedstawionym wyżej stanowiskiem sądu kasacyjnego co do prawidłowej wykładni i stosowania art. 78 § 3 pkt 1) O.p. i będą miały na względzie to, że jakkolwiek nadpłaty powstały na skutek uchylenia decyzji Prezydenta przez SKO, to momentem powstania każdej z tych nadpłat była data wykonania zobowiązania podatkowego przez podatnika na podstawie decyzji, które zostały następnie wyeliminowane z obrotu prawnego.
Końcowo należy wskazać, że zaprezentowane wyżej stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego w zakresie wykładni art. 78 § 3 pkt 1 O.p. jest zbieżne z tym, które zostało zaprezentowane w wyroku z dnia 5 marca 2026 r., sygn. akt 158/25.
O kosztach postępowania sądowego (za obie instancje) rozstrzygnięto na podstawie art. 203 pkt 1 p.p.s.a. w zw. z art. 200 i 205 § 2 p.p.s.a. Na podstawie art. 225 p.p.s.a. nakazano zwrot nadpłaconej części wpisu sądowego od skargi kasacyjnej (250) oraz nadpłaconej opłaty kancelaryjnej (100 zł) za doręczenie odpisu wyroku sądu pierwszej instancji z uzasadnieniem (ponieważ koszty te strona skarżąca uiściła w podwójnej wysokości).
- s. Agnieszka Olesińska (spr.) s. Jan Rudowski s. Tomasz Kolanowski