Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnegoz 15 lipca 2026 r., sygn. akt II FSK 186/26

Uzasadnienie

1. 1.1. Wyrokiem z 6 listopada 2025 r., sygn. akt I SA/Go 232/25, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gorzowie Wielkopolskim uwzględnił skargę A B (dalej: skarżący, skarżący kasacyjnie) na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Zielonej Górze (dalej: organ, Dyrektor IAS) z 3 lipca 2025 r., nr 0801-IOD.4102.18.2025 w przedmiocie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2022 r. i uchylił zaskarżoną decyzję w całości (pkt 1) oraz zasądził od organu na rzecz skarżącego kwotę 12.955 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania (pkt 2).
2. 2.1. Pismem z dnia 7 stycznia 2025 r. Dyrektor IAS wywiódł skargę kasacyjną od ww. wyroku, zaskarżając go w całości i wniósł o uchylenie zaskarżonego wyroku oraz merytoryczne rozpoznanie sprawy w razie uznania, że istota sprawy jest dostatecznie wyjaśniona, ewentualnie uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania WSA w Gorzowie Wielkopolskim oraz zasądzenie na rzecz organu kosztów postępowania kasacyjnego, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.

1. 2.2. Zaskarżonemu orzeczeniu skarżący kasacyjnie organ zarzucił naruszenie prawa materialnego, tj. art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) P.p.s.a. w zw. z art. 26e ust. 1 oraz art. 5a pkt 40 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz.U. z 2022 r. poz. 2647; dalej: u.p.d.o.f.) poprzez zastosowaną przez Sąd I instancji błędną wykładnię ww. przepisów polegająca na założeniu, że działalność X A B objęta wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty potencjalnie mogła stanowić działalność badawczo-rozwojową w zakresie prac rozwojowych i nakazanie w tym zakresie dalszych ustaleń organowi, podczas gdy całokształt zaistniałych w sprawie faktów oraz okoliczności prowadzi do wniosku, że przedmiotowe projekty objęte wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty nie spełniają cech działalności rozwojowej. Ponadto, zarzucił orzeczeniu naruszenie przepisu postępowania, które miało istotny wpływ na wynik sprawy, tj. art. 141 § 4 P.p.s.a. poprzez zawarcie przez Sąd I instancji wskazań dla organu niezrozumiałych, oraz które pozostają w sprzeczności z wyrażoną w wyroku oceną prawną, gdyż stwierdzono, że jest poza sporem, że skarżący nie wykonywał badań naukowych, lecz należy odpowiedzieć na pytanie, czy prowadził działalność twórczą obejmująca prace rozwojowe. Z jednej strony, Sąd wskazał, że organ powinien zbadać wystąpienie cech, o których mowa w art. 5a pkt 38-40 u.p.d.o.f., dotyczących badań naukowych, jak i działalności rozwojowej (art. 5a pkt 40 u.p.d.o.f.). W ocenie organu, Sąd nakazał poczynienie ustaleń w obszarze, który wcześniej wykluczył spod badania organu.

1. 2.3. Kolejną skargę kasacyjną, pismem z dnia 12 stycznia 2026 r. wniósł skarżący, zaskarżając ww. wyrok w całości.

1. 2.4. Zaskarżonemu rozstrzygnięciu skarżący kasacyjnie podatnik zarzucił naruszenie przepisów prawa materialnego na podstawie art. 174 pkt 1 P.p.s.a. w zw. z art. 26e ust. 1 u.p.d.o.f. w zw. z art. 107 ust. 1 Traktatu o Funkcjonowaniu Unii Europejskiej (Dz. U. z 2004 r. Nr 90, poz. 864/2; dalej: TFUE) poprzez ich błędną wykładnię, polegającą na przyjęciu, że ulga na prace badawczo-rozwojowe stanowi pomoc publiczną w rozumieniu art. 107 i 108 TFUE, podczas gdy ulga badawczo-rozwojowa, o której mowa w art. 26e ust. 1 u.p.d.o.f. nie jest pomocą publiczną w rozumieniu przepisów TFUE, co zostało potwierdzone m.in. przez Komisję Europejską w sprawach dotyczących analogicznych instrumentów podatkowych dostępnych w innych Państwach Członkowskich. W oparciu o tak sformułowany zarzut skarżący wniósł o uchylenie ww. orzeczenia w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania Sądowi I instancji, rozpoznanie skargi na rozprawie i zasądzenie na rzecz skarżącego zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego na podstawie art. 203 pkt 1 P.p.s.a.

W uzasadnieniu skargi, skarżący wskazał, że wyłączną przyczyną wniesienia skargi jest zakwalifikowanie ulgi badawczo-rozwojowej jako pomocy publicznej. W pozostałym zakresie skarżący kasacyjnie zgodził się ze stanowiskiem WSA w Gorzowie Wielkopolskim.

1. 2.6. W odpowiedzi na skargę kasacyjną Dyrektora IAS pismem z dnia 3 lutego 2026 r. skarżący kasacyjnie podatnik wniósł o jej oddalenie oraz zasądzenie na jego rzecz kosztów postępowania kasacyjnego.

1. 2.7. Na podstawie zarządzenia Przewodniczącego Wydziału II Izby Finansowej NSA z 2 marca 2026 r., wydanego na podstawie § 26 ust. 5 Regulaminu Naczelnego Sądu Administracyjnego, sprawę skierowano do rozpoznania poza kolejnością wpływu.

1. 2.8. Pismem z dnia 10 lipca 2026 r. skarżący kasacyjnie podatnik w uzupełnieniu skargi kasacyjnej oraz odpowiedzi na skargę kasacyjną organu przedstawił dodatkową argumentację i zwrócił uwagę na najnowsze orzecznictwo sądów administracyjnych.
2. 3. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
3. 3.1. Skargi kasacyjne w niniejszej sprawie, zarówno organu podatkowego, jak i skarżącego nie zasługują na uwzględnienie.

1. 3.2. Na wstępie należy wskazać, że zgodnie z art. 183 § 1 P.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, z kolei, z urzędu bierze pod rozwagę jedynie nieważność postępowania. Analiza akt sprawy wskazuje, że nie zachodzi żadna z przesłanek uregulowanych w art. 183 § 2 P.p.s.a. Rozważania Naczelnego Sądu Administracyjnego mogą zatem dotyczyć jedynie naruszeń przepisów wskazanych w skardze kasacyjnej.

1. 3.3. Istota sprawy sprowadzała się do oceny czy działania podejmowane przez skarżącego w zakresie czterech projektów, realizowanych w 2022 r. wypełniają przesłanki i założenia działalności B+R, o której mowa w art. 5a pkt 38-40 oraz 26e u.p.d.o.f., a w konsekwencji, czy wnioskowana przez skarżącego nadpłata w ww. podatku jest zasadna. Zarzuty skarg kasacyjnych sprowadzają się, jednakże zasadniczo do dwóch kwestii, po pierwsze czy działalność skarżącego może zostać zakwalifikowana wyłącznie do działalności rozwojowej oraz po drugie czy ulgę badawczo-rozwojową należy zakwalifikować jako pomoc publiczną.

1. 3.4. Kwestią sporną w rozpoznawanej sprawie była kwalifikacja przez skarżącego, prowadzącego działalność gospodarczą pod firmą X A B, której przeważającą działalnością jest według danych z CEIDG - Produkcja pozostałych maszyn specjalnego przeznaczenia (28.99.Z), a pozostała działalność dotyczy działalności profesjonalnej, naukowej i technicznej, produkcji maszyn oraz urządzeń różnego zastosowania technologicznego, skupiających się na tworzeniu prototypowych przyrządów maszyn oraz kompletnych stanowisk dedykowanych procesom produkcji, montażu oraz kontroli jakości elementów produkowanych przez klientów, działalności polegającej na wykonaniu czterech projektów dotyczących: rozbudowy [...] stanowisk na linii [...] do wersji [...] wraz z rozbudową funkcjonalności, który polegał na rozszerzeniu linii montażowej dla klienta z branży [...] (pierwszy projekt), stanowiska montażowego przeznaczonego do produkcji zaworów (drugi projekt), testera szczelności, który obejmował wykonanie urządzenia do przeprowadzenia różnorodnych testów zgodnych z normami branżowymi (trzeci projekt) oraz stworzenia uniwersalnej maszyny do badania szczelności, która umożliwi pracę z wymiennymi przyrządami dedykowanymi do konkretnych produktów (czwarty projekt) do kategorii działalności badawczo-rozwojowej (B+R) w rozumieniu art. 5a pkt 38-40 u.p.d.o.f., celem rozliczenia ulgi badawczo rozwojowej jako kosztów kwalifikowanych w wysokości 1.142.063,64 zł. W skardze kasacyjnej organ zarzucił Sądowi I instancji, po pierwsze błędną wykładnię art. 26e ust. 1 oraz art. 5a pkt 40 u.p.d.o.f. w zakresie uznania w zaskarżonym orzeczeniu, że działalność skarżącego objęta wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty potencjalnie mogła stanowić działalność badawczo-rozwojową w zakresie prac rozwojowych, a w związku z tym naruszenie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) P.p.s.a. w zw. z art. 26e ust. 1 oraz art. 5a pkt 40 u.p.d.o.f. i nakazanie organowi podatkowemu szczegółowej analizy projektów pod kątem spełnienia tych cech.

Należy więc zauważyć, że zgodnie z art. 5a pkt 38 u.p.d.o.f. działalność badawczo-rozwojowa - oznacza działalność twórczą obejmującą badania naukowe lub prace rozwojowe, podejmowaną w sposób systematyczny w celu zwiększenia zasobów wiedzy oraz wykorzystania zasobów wiedzy do tworzenia nowych zastosowań. Badania naukowe w rozumieniu art. 5a pkt 39 u.p.d.o.f. oznaczają: a) badania podstawowe w rozumieniu art. 4 ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (dalej jako: p.s.w.n.); b) badania aplikacyjne w rozumieniu art. 4 ust. 2 pkt 2 p.s.w.n. Stosownie do ww. przepisów powołanej ustawy badania naukowe są działalnością obejmującą: 1) badania podstawowe rozumiane jako prace empiryczne lub teoretyczne mające przede wszystkim na celu zdobywanie nowej wiedzy o podstawach zjawisk i obserwowalnych faktów bez nastawienia na bezpośrednie zastosowanie komercyjne;

2) badania aplikacyjne rozumiane jako prace mające na celu zdobycie nowej wiedzy oraz umiejętności, nastawione na opracowywanie nowych produktów, procesów lub usług lub wprowadzanie do nich znaczących ulepszeń.

W myśl zaś art. 5a pkt 40 u.p.d.o.f., ilekroć w ustawie jest mowa o pracach rozwojowych oznacza to prace rozwojowe w rozumieniu art. 4 ust. 3 p.s.w.n. Przepis ten stanowi, że prace rozwojowe są działalnością obejmującą nabywanie, łączenie, kształtowanie i wykorzystywanie dostępnej aktualnie wiedzy i umiejętności, w tym w zakresie narzędzi informatycznych lub oprogramowania, do planowania produkcji oraz projektowania i tworzenia zmienionych, ulepszonych lub nowych produktów, procesów lub usług, z wyłączeniem działalności obejmującej rutynowe i okresowe zmiany wprowadzane do nich, nawet jeżeli takie zmiany mają charakter ulepszeń.

Z ustawowej definicji działalności badawczo-rozwojowej zawartej w art. 5a pkt 38 u.p.d.o.f. wynika, że działalność ta musi mieć charakter twórczy. Posłużenie się tym sformułowaniem wskazuje, że działalność badawczo-rozwojowa, to taka aktywność, która nastawiona jest na tworzenie nowych i oryginalnych rozwiązań, często o charakterze unikatowym, które nie mają naśladowczego charakteru. Działalność badawczo-rozwojowa musi być podejmowana w systematyczny sposób, czyli bieżące prowadzenie prac badawczo-rozwojowych podjętych w przeszłości, jak i rozpoczęcie działań badawczo-rozwojowych, przy jednoczesnym założeniu, że podatnik w przyszłości będzie dalej podejmował i realizował prace tego rodzaju. Przesłankę tę należy zatem rozumieć jako zakaz obejmowania ulgą incydentalnych działań podatnika. Taka działalność musi też mieć określony cel, tj. powinna być nakierowana na zwiększenie zasobów wiedzy oraz ich wykorzystanie do tworzenia nowych zastosowań (por. wyroki NSA: z 12 maja 2021 r., sygn. akt II FSK 315/21; z 19 października 2022 r., sygn. akt II FSK 473/20).

Warunki zastosowania ulgi badawczo - rozwojowej uregulowane zostały w art. 26e u.p.d.o.f. Istota ulgi polega na możliwości odliczenia przez podatnika kosztów kwalifikowanych, czyli określonej kategorii wydatków, które poniesione zostały w związku z prowadzoną działalnością badawczo - rozwojową podmiotu. Zgodnie z art. 26e ust. 1 podatnik uzyskujący przychody ze źródła określonego w art. 10 ust. 1 pkt 3 odlicza od podstawy obliczenia podatku, ustalonej zgodnie z art. 26 ust. 1 lub art. 30c ust. 2, koszty uzyskania przychodów poniesione na działalność badawczo-rozwojową, zwane dalej "kosztami kwalifikowanymi". Kwota odliczenia nie może w roku podatkowym przekroczyć kwoty dochodu uzyskanego przez podatnika ze źródła określonego w art. 10 ust. 1 pkt 3.

Za koszty kwalifikowane, zgodnie z art. 26e ust. 2 ustawy, uznać należy:

1. 1) poniesione w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1, oraz sfinansowane przez płatnika składki z tytułu tych należności określone w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu;

1a) poniesione w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 13 pkt 8 lit. a, oraz sfinansowane przez płatnika składki z tytułu tych należności określone w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na wykonanie usługi w zakresie działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w całości czasu przeznaczonego na wykonanie usługi na podstawie umowy zlecenia lub umowy o dzieło w danym miesiącu;

1. 2) nabycie materiałów i surowców bezpośrednio związanych z prowadzoną działalnością badawczo-rozwojową;

2a) nabycie niebędącego środkami trwałymi sprzętu specjalistycznego wykorzystywanego bezpośrednio w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej, w szczególności naczyń i przyborów laboratoryjnych oraz urządzeń pomiarowych;

3) ekspertyzy, opinie, usługi doradcze i usługi równorzędne, świadczone lub wykonywane na podstawie umowy przez jednostkę naukową w rozumieniu ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 r. o zasadach finansowania nauki (Dz. U. z 2016 r. poz. 2045, z późn. zm.), a także nabycie od takiej jednostki wyników prowadzonych przez nią badań naukowych, na potrzeby działalności badawczo-rozwojowej;

4) odpłatne korzystanie z aparatury naukowo-badawczej wykorzystywanej wyłącznie w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej, jeżeli to korzystanie nie wynika z umowy zawartej z podmiotem powiązanym z podatnikiem w rozumieniu art. 25 ust. 1 i 4; 4a) nabycie usługi wykorzystania aparatury naukowo-badawczej wyłącznie na potrzeby prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej, jeżeli zakup usługi nie wynika z umowy zawartej z podmiotem powiązanym z podatnikiem w rozumieniu art. 25;

5) koszty uzyskania i utrzymania patentu, prawa ochronnego na wzór użytkowy, prawa z rejestracji wzoru przemysłowego, poniesione na: a) przygotowanie dokumentacji zgłoszeniowej i dokonanie zgłoszenia do Urzędu Patentowego Rzeczypospolitej Polskiej lub odpowiedniego zagranicznego organu, łącznie z kosztami wymaganych tłumaczeń na język obcy, b) prowadzenie postępowania przez Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej lub odpowiedni zagraniczny organ, poniesione od momentu zgłoszenia do tych organów, w szczególności opłaty urzędowe i koszty zastępstwa prawnego i procesowego, c) odparcie zarzutów niespełnienia warunków wymaganych do uzyskania patentu, prawa ochronnego na wzór użytkowy lub prawa z rejestracji wzoru przemysłowego zarówno w postępowaniu zgłoszeniowym, jak i po jego zakończeniu, w szczególności koszty zastępstwa prawnego i procesowego, zarówno w Urzędzie Patentowym Rzeczypospolitej Polskiej, jak i w odpowiednim zagranicznym organie, d) opłaty okresowe, opłaty za odnowienie, tłumaczenia oraz dokonywanie innych czynności koniecznych dla nadania lub utrzymania ważności patentu, prawa ochronnego na wzór użytkowy oraz prawa z rejestracji wzoru przemysłowego, w szczególności koszty walidacji patentu europejskiego.

Zgodnie z art. 26e ust 2a u.p.d.o.f. w przypadku wartości niematerialnych i prawnych w postaci kosztów prac rozwojowych, o których mowa w art. 22b ust. 2 pkt 2, za koszty kwalifikowane uznaje się dokonywane od tej wartości niematerialnej i prawnej odpisy amortyzacyjne w proporcji, w jakiej w jej wartości początkowej pozostają koszty wymienione w ust. 2 pkt 1-4a lub ust. 3a pkt 2.

Za koszty kwalifikowane, zgodnie z art. 26e ust. 3 u.p.d.o.f. uznaje się także dokonywane w danym roku podatkowym, zaliczane do kosztów uzyskania przychodów, odpisy amortyzacyjne od środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych wykorzystywanych w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej, z wyłączeniem samochodów osobowych oraz budowli, budynków i lokali będących odrębną własnością.

W świetle przywołanych unormowań, aby daną działalność uznać za działalność badawczo-rozwojową działalność musi mieć następujące cechy: twórczy charakter, nastawienie na poszerzanie i zdobywanie wiedzy, innowacyjność, brak rutynowości i określony cel. Twórczy charakter działalności oznacza działania nakierowane są na tworzenie nowych, oryginalnych, często unikatowych produktów, rozwiązań czy usług. Nie może ona polegać na działaniach naśladowczych, powtarzalnych. Działalność powinna być podejmowana w systematyczny sposób, co woznacza nie tylko bieżące prowadzenie prac badawczo-rozwojowych rozpoczętych w przeszłości, ale również rozpoczęcie działań badawczo-rozwojowych, przy jednoczesnym założeniu, że podatnik w przyszłości będzie dalej podejmował i realizował prace tego rodzaju. Działalność taka nie może być incydentalna, powinna cechować się regularnością. Efektem prac powinno być zwiększenie zasobów wiedzy lub wykorzystanie zasobów wiedzy do tworzenia nowych produktów i zastosowań.

Nadto, działalność ta powinna cechować się dążeniem do określonego celu, powinna być nakierowana na zwiększenie zasobów wiedzy oraz ich wykorzystanie do tworzenia nowych rozwiązań, produktów czy zastosowań. Poprzez prowadzenie działań badawczo-rozwojowych powinno uzyskać się wiedzę, nowe umiejętności, które mogą zostać wykorzystane w bieżących lub przyszłych projektach.

W rozpoznawanej sprawie, jak zostało wspomniane powyżej zarzut naruszenia art. 26e ust. 1 oraz art. 5a pkt 40 u.p.d.o.f. został oparty w skardze kasacyjnej organu na twierdzeniu, że Sąd I instancji odmówił działalności skarżącego statusu badań naukowych, ale jednocześnie nakazał organowi ponowne zbadanie przesłanek, według których działalność ta spełnia kryteria działalności rozwojowej. Należy zauważyć, że Sąd I instancji stwierdził na początku uzasadnienia swojego rozstrzygnięcia, że niewykonywanie badań naukowych przez skarżącego pozostaje poza sporem.

Jednocześnie, WSA w Gorzowie Wielkopolskim wskazał, że należy odpowiedzieć, czy skarżący prowadził działalność twórczą obejmującą prace rozwojowe w rozumieniu ww. przepisów. Z kolei, w konkluzji rozstrzygnięcia Sąd wskazywał, że działalność innowacyjna jest pojęciem szerszym od działalności rozwojowej, jednakże podkreślał, że nie można wykluczyć, że realizacja projektów była działalnością badawczo-rozwojową z uwagi na to, że podjął się wykonania projektu, nie ponosił dodatkowych kosztów i znał rezultat, gdyż zgromadzona wiedza stanowi kapitał intelektualny, przyczyniając się do poprawy jakości i elastyczności produkcji oraz należy dokonać rozróżnienia koncepcji do zrealizowania od konkretnego rozwiązania technologicznego gotowego do fizycznego wdrożenia. Naczelny Sąd Administracyjny zauważa, że Sąd I instancji nie przesądził jednoznacznie czy działalność skarżącego ma charakter wyłącznie działalności badawczej lub też rozwojowej, gdyż z zaskarżonego orzeczenia wynika, że głównym celem uchylenia decyzji organu podatkowego była ponowna analiza projektów skarżącego pod kątem spełnienia przesłanek z art. 5 pkt 38-40 u.p.d.o.f.

Naczelny Sąd Administracyjny podkreśla, że w doktrynie zauważa się, że prace rozwojowe należą do kategorii twórczych prac, ponieważ w ich rezultacie powstają oryginalne wytwory ludzkiego intelektu, zdolne do prawnej ochrony. Wskazuje na to użycie przez ustawodawcę zastrzeżenia o braku możliwości zaliczenia do prac rozwojowych działalności rutynowej, nawet jeśli ta ma charakter ulepszeń już istniejących rozwiązań. Przedmiotem prac rozwojowych mogą być zarówno całkowicie nowe produkty, urządzenia, procesy i rozwiązania, jak i usprawnienia i uzupełnienia istniejących rozwiązań technicznych. Jednakże w przypadku, gdy przedmiotem prac rozwojowych mają być usprawnienia dotychczasowych produktów, wynalazków muszą one być czymś więcej niż tylko rutynowym dostosowaniem ich do zmieniających się warunków, a same prace rozwojowe powinny być przełamaniem pewnego standardu technicznego i gospodarczego (vide - J. Sieńczyło - Chlabicz (red.), Komercjalizacja i transfer wyników badań naukowych i prac rozwojowych z uczelni do gospodarki.

Komentarz - nowe regulacje, Warszawa 2019). Prace rozwojowe mogą obejmować opracowanie prototypów i projektów pilotażowych oraz demonstracje, testowanie i walidację nowych lub ulepszonych produktów, procesów lub usług w otoczeniu stanowiącym model warunków rzeczywistego funkcjonowania, których głównym celem jest dalsze udoskonalenie techniczne produktów, procesów lub usług, a których ostateczny kształt nie został określony. Prace rozwojowe mogą obejmować również opracowywanie prototypów i projektów pilotażowych, które można wykorzystać do celów komercyjnych, w przypadku, gdy prototyp lub projekt pilotażowy stanowi produkt końcowy gotowy do wykorzystania komercyjnego, a jego produkcja wyłącznie do celów demonstracyjnych i walidacyjnych jest zbyt kosztowna.

W literaturze przedmiotu wyraża się pogląd, że prace rozwojowe służą wypracowaniu nowych koncepcji technicznych, na podstawie których mogą dopiero powstać konkretne realizacje techniczne o charakterze zastosowań praktycznych. Zasadniczo prace rozwojowe są niejako kontynuacją badań naukowych, a ich fundamentalnym założeniem jest projektowanie konstrukcyjne i technologiczne w celu ogólnego stwierdzenia w praktycznym zastosowaniu wyników prac naukowo-badawczych (A. Jakubowski (red.). Prawo o szkolnictwie wyższymi nauce. Komentarz, Warszawa 2023 i tam przywołane orzecznictwo). W orzecznictwie zwraca się ponadto uwagę na fakt, że w ramach prac rozwojowych następuje połączenie wyników prac badawczych z wiedzą techniczną w celu wprowadzenia do produkcji nowego lub zmodernizowanego wyrobu, nowej technologii czy nowego systemu organizacji. Jednakże podmioty gospodarcze prowadzące działalność badawczo-rozwojową realizują ją niejako obok swojej działalności podstawowej (np. przedsiębiorstwa przemysłowe dysponujące własnym zapleczem badawczo-rozwojowym, laboratoria, zakłady i ośrodki badawczo-rozwojowe, działy badawczo-technologiczne, biura konstrukcyjne i technologiczne, zakłady rozwoju technik, biura studiów i projektów itp. (por. wyrok WSA w Poznaniu z dnia 7 kwietnia 2026 r., sygn. akt I SA/Po 699/25; wyrok WSA w Gdańsku z dnia 9 października 2019 r., sygn. akt I SA/Gd 990/19).

W objaśnieniach podatkowych z dnia 15 lipca 2019 r. Minister Finansów zauważył jednak, że kryteria działalności badawczo-rozwojowej należy interpretować zgodnie z językowym brzmieniem ustaw podatkowych i aktów prawnych, do których się odwołują (por. wyrok NSA z dnia 6 grudnia 2023 r., sygn. akt II FSK 296/23). Należy zwrócić uwagę, że art. 5a pkt 38 u.p.d.o.f. wskazuje, że przez pojęcie działalności badawczo-rozwojowej należy rozumieć działalność twórczą obejmującą badania naukowe lub prace rozwojowe, podejmowaną w sposób systematyczny w celu zwiększenia zasobów wiedzy oraz wykorzystania zasobów wiedzy do tworzenia nowych zastosowań. Zastosowano w tym przepisie alternatywę rozłączną, która wskazuje, że przez pojęcie działalności badawczo-rozwojowej można rozumieć traktowane odrębnie zarówno badania naukowe, jak i prace rozwojowe albo też traktowane łącznie badania naukowe, które jednocześnie wypełniają kryteria prac rozwojowych, czy też odwrotnie prace rozwojowe, które jednocześnie pozostają badaniami naukowymi.

Ponadto, należy zauważyć, że u.p.d.o.f. zawiera także definicje badań naukowych, wskazując, że należy przez nie rozumieć badania podstawowe i badania aplikacyjne w rozumieniu art. 4 ust. 2 pkt 1 i 2 ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (Dz. U. z 2024 r. poz. 1571, z późn. zm.). W świetle tych definicji badania podstawowe to prace empiryczne lub teoretyczne mające przede wszystkim na celu zdobywanie nowej wiedzy o podstawach zjawisk i obserwowalnych faktów bez nastawienia na bezpośrednie zastosowanie komercyjne, z kolei badania aplikacyjne są rozumiane jako prace mające na celu zdobycie nowej wiedzy oraz umiejętności, nastawione na opracowywanie nowych produktów, procesów lub usług lub wprowadzanie do nich znaczących ulepszeń.

Natomiast za prace rozwojowe uznaje się działalność obejmującą nabywanie, łączenie, kształtowanie i wykorzystywanie dostępnej aktualnie wiedzy i umiejętności, w tym w zakresie narzędzi informatycznych lub oprogramowania, do planowania produkcji oraz projektowania i tworzenia zmienionych, ulepszonych lub nowych produktów, procesów lub usług, z wyłączeniem działalności obejmującej rutynowe i okresowe zmiany wprowadzane do nich, nawet jeżeli takie zmiany mają charakter ulepszeń. Należy więc skonkludować, że twierdzenia Sądu I instancji, że działalność skarżącego nie stanowi badań naukowych, lecz może stanowić prace rozwojowe nie zawiera sprzecznych wewnętrznie twierdzeń i organ podatkowy powinien pod tym kątem ocenić projekty, zlecenia, rozwiązania i standardową działalność skarżącego, tak aby decyzja podatkowa mogła zostać poddana merytorycznej kontroli sądu administracyjnego.

Wobec powyższego, Naczelny Sąd Administracyjny w składzie rozpoznającym niniejszą sprawę, nie podziela poglądu skarżącego kasacyjnie, co do błędu Sądu I instancji w twierdzeniu, że działalność skarżącego polegała na nieprowadzeniu badań naukowych, a wyłącznie była działalnością rozwojową i rozstrzygnięcie jest przez to sprzeczne wewnętrznie. Jak wynika z przywołanych stanowisk orzecznictwa sądowego i doktryny badania rozwojowe stanowią de facto kontynuację prowadzenia badań naukowych, lecz ich funkcja sprowadza się do przeniesienia wyników tych prac i pozyskanej wiedzy na materialny efekt w postaci konkretnego zastosowania w produkcji. Stwierdzenie Sądu I instancji o niespornym nieprowadzeniu przez skarżącego badań naukowych nie przesądza w sprawie o wadliwości uzasadnienia zaskarżonego wyroku i nie powoduje, że zarzut naruszenia art. 141 ust. 4 P.p.s.a. jest zasadny. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gorzowie Wielkopolskim wyjaśnił bowiem w dalszej części uzasadnienia, że nie można wykluczyć, że w rezultacie realizacji zamówienia przedsiębiorca może prowadzić działalność rozwojową, która przyczyni się do powstania nowej wiedzy.

Stwierdził przy tym, że działalność badawczo-rozwojowa przedsiębiorcy zazwyczaj bywa powiązana z przedmiotem jego działalności i nie musi rozpoczynać nowego rodzaju działalności, aby móc skorzystać z ulgi B+R. Wynika z tego, że Sąd I instancji uznał, że prowadzona przez skarżącego działalność badawcza mogła poprzedzać działalność rozwojową podjętą w ramach projektów, których koszty kwalifikowane zaliczono do odliczenia podatku w niniejszej sprawie, a stanowisko to nie przesądza, że należy przyznać rację skarżącemu i uznać, że jego działalność miała na pewno charakter działalności badawczo-rozwojowej.

Należy bowiem podkreślić, że Sąd I instancji wyraźnie wskazał, że organ podatkowy powinien szczegółowo przeanalizować projekty skarżącego, tak aby wykazać, czy jego działalność odpowiada przesłankom zawartym w art. 5 pkt 38-40 u.p.d.o.f., czy cechuje się innowacyjnością i niepowtarzalnością, czy też jest działalnością produkcyjno-usługową typową dla strony postępowania. Ponadto, Sąd I instancji przyjął za własne stanowisko, że "w ramach prac rozwojowych następuje połączenie wyników prac badawczych z wiedzą techniczną w celu wprowadzenia do produkcji nowego lub zmodernizowanego wyrobu, nowej technologii czy nowego systemu organizacji, innymi słowy, prowadzone systematyczne prace opierają się na istniejącej wiedzy, uzyskanej w wyniku działalności badawczej oraz/lub doświadczeń praktycznych i mają na celu wytworzenie nowych materiałów, produktów lub urządzeń, inicjowanie nowych i znaczące udoskonalenie już istniejących procesów, systemów i usług", z czego wywiódł, że podmioty gospodarcze zajmujące się działalnością badawczo-rozwojową realizują ją obok swojej działalności podstawowej i mogą korzystać z posiadanej infrastruktury przemysłowej, zasobów pracowniczych i materialnych, lecz liczy się, aby działania te nie miały charakteru rutynowego oraz okresowego, lecz działalność musi być nastawiona na tworzenie nowych i oryginalnych rozwiązań. Naczelny Sąd Administracyjni stwierdza więc, że nie doszło do naruszenia przepisów powołanych w skardze kasacyjnej organu.

3.4. W związku z powyższym należy raz jeszcze wskazać, że w skardze kasacyjnej organu został podniesiony zarzut naruszenia przez rozstrzygnięcie Sądu I instancji art. 141 § 4 P.p.s.a. Naruszenia tego przepisu organ podatkowy upatrywał w niezrozumiałych wskazaniach WSA w Gorzowie Wielkopolskim, co do ponownego przeprowadzenia postępowania, gdyż w ocenie organu podatkowego Sąd I instancji stwierdził z jednej strony, że skarżący nie wykonywał badań naukowych, jednak istnieje możliwość, że prowadził działalność twórczą, obejmującą prace rozwojowe. Z argumentacji organu podatkowego wynika, że nie można prowadzić prac rozwojowych, które nie stanowią jednocześnie wykonywania badań naukowych.

W kontekście tego zarzutu o charakterze procesowym należy podkreślić, że zachowuje aktualność stanowisko wyrażone w punkcie 3.3. uzasadnienia niniejszego rozstrzygnięcia. Ponadto, należy stwierdzić, że zgodnie z treścią art. 141 § 4 P.p.s.a. uzasadnienie wyroku powinno zawierać zwięzłe przedstawienie stanu sprawy, zarzutów podniesionych w skardze, stanowisk pozostałych stron, podstawę prawną rozstrzygnięcia oraz jej wyjaśnienie. Jak wskazuje się w orzecznictwie sądowym wadliwość pisemnych motywów wyroku może stanowić przedmiot skutecznego zarzutu kasacyjnego opartego na podstawie przewidzianej w art. 174 pkt 2 P.p.s.a. jedynie wtedy, gdy w uzasadnieniu orzeczenia brak ustawowych elementów lub gdy jest ono sporządzone w taki sposób, że niemożliwa jest kontrola instancyjna zaskarżonego wyroku. Uzasadnienie zaskarżonego wyroku nie spełnia wymogów wynikających z art. 141 § 4 P.p.s.a., bowiem nie zawiera szczegółowej analizy zarzutów podniesionych w skardze i stanowiska skarżącego prezentowanego w toku postępowania, nie analizuje podstawy prawnej rozstrzygnięcia organów podatkowych oraz nie zawiera wyczerpującego wyjaśnienia tej podstawy. Zostało ono sporządzone w sposób uniemożliwiający dokonanie kontroli instancyjnej zaskarżonego wyroku.

W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, uzasadnienie wyroku WSA w Gorzowie Wielkopolskim z 6 listopada 2025 r., sygn. akt I SA/Go 232/25 odpowiada kryteriom opisanym powyżej, w szczególności odnosi się szczegółowo do analizy kluczowych w sprawie pojęć dotyczących ulgi badawczo-rozwojowej. Uzasadnienie zawiera bowiem szczegółowe przedstawienie stanu faktycznego sprawy, streszczenie treści wniosku skarżącego i opis przedmiotu jego działalności, stanowisk organów podatkowych I i II instancji oraz zarzutów skargi. Ponadto, Sąd I instancji przeanalizował podstawę prawną rozstrzygnięcia, wskazując w szczególności treść art. 5 pkt 38 i 40 oraz art. 26e ust. 1 u.p.d.o.f. oraz powołując się na treść art. 107 i 108 TFUE oraz rozporządzenia Komisji Europejskiej z 17 czerwca 2014 r. uznającym niektóre rodzaje pomocy za zgodne z rynkiem wewnętrznym w zastosowaniu art. 107 i 108 Traktatu. W tym kontekście wyróżnił pojęcia badań podstawowych, badań przemysłowych, eksperymentalnych prac rozwojowych, badań aplikacyjnych i działalności badawczo-rozwojowej oraz działalności innowacyjnej oraz uznał za zasadne rozumienie pojęcia działalności badawczo-rozwojowej przez organy podatkowe, jednakże organ nie odniósł się do specyfiki poszczególnych projektów realizowanych przez skarżącego i wytworzonej w tym celu dokumentacji, a tylko określił, czego dotyczy projekt i wskazał na brak sporządzenia umowy, z kolei projekty były opracowywane na podstawie specyfikacji technicznych i zawierały opisy funkcjonalne.

Następnie, Sąd I instancji wskazał konkretnie, dlaczego wnioski organu są przedwczesne, a mianowicie organ "nie odniósł się do istniejących rozwiązań na rynku w tym w szczególności do rozwiązań funkcjonujących u Strony i pomija przy tym aspekt techniczno-technologiczny procesu, wskutek którego uzyskano określony produkt. Brak jest również informacji czy uzyskane produkty znajdowały się w ofercie". Wobec tego uznał, że organ faktycznie nie przeprowadził oceny projektów (każdego z osobna) pod kątem spełnienia wskazanych przez siebie w sposób prawidłowy ustawowych kryteriów działalności badawczo-rozwojowej. Jednoznacznie przesądził więc, że ocena projektów była zdawkowa i zwrócił uwagę na wadliwe wnioski organu, jak np. dotyczące wyników finansowych przedsiębiorstwa w kontekście prowadzenia przez nie działalności badawczo-rozwojowej.

Wobec tego, Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że orzeczenie zaskarżone przez organ jest logiczne i spójne także w zakresie wytycznych, co do których powinien zastosować się organ przy ponownym rozstrzygnięciu sprawy, jednocześnie nie przesądzając w związku z brakiem analizy poszczególnych projektów, czy działalność skarżącego ma rzeczywiście charakter badawczy i rozwojowy. Sąd I instancji przedstawił własne stanowisko w sprawie, z którego wynika, że przyczyną uchylenia decyzji organu podatkowego był brak merytorycznego odniesienia się do poszczególnych projektów, które oceniał organ podatkowy i w konsekwencji brak wyjaśnienia, dlaczego organ doszedł do wniosku, że realizacja przez skarżącego projektów – zleceń wyklucza uznanie tej działalności za prace rozwojowe. Zalecenia Sądu I instancji, wbrew twierdzeniom skargi kasacyjnej zostały więc sformułowane w sposób wyraźny i konkretny. Jak wskazuje się w utrwalonym orzecznictwie NSA, uzasadnienie powinno pozwalać na skontrolowanie przez strony i sąd wyższej instancji, czy sąd orzekający nie popełnił w swoim rozumowaniu błędów, tj. winna zostać w nim uwidoczniona operacja logiczna, którą przeprowadził sąd, stosując określone normy prawne w rozstrzyganej sprawie (wyrok NSA z 16 czerwca 2015 r., II FSK 626/15).

Stanowisko Sądu I instancji spełnia wskazane powyżej kryteria. Odniósł się on zarówno do stanowiska organu podatkowego, jak i zarzutów skarżącego oraz wskazał prawidłowy tok wykładni przepisów, identyfikując uchybienia w wywodzie organu podatkowego, które spowodowały, że nie rozstrzygnął on merytorycznie sprawy. Sąd I instancji wskazał bowiem, że organ nie przeprowadził analizy projektów i stosowanych zwyczajowo przez skarżącego rozwiązań, których porównanie ze standardową działalnością skarżącego prowadziłoby dopiero do właściwej konkluzji i zakwalifikowania (lub niezakwalifikowania) tej działalności jako prac rozwojowych.

3.5. Odnosząc się z kolei, do zarzutu sformułowanego w skardze kasacyjnej skarżącego, dotyczącego zagadnienia kwalifikowania ulgi badawczo rozwojowej do zakresu pomocy publicznej należy wskazać, że zagadnienie to stało się już przedmiotem rozstrzygnięcia NSA w wyroku z dnia 24 września 2025 r., sygn. akt II FSK 116/23, które to stanowisko skład orzekający w niniejszej sprawie podziela i przyjmuje za własne. Podnieść należy, że ulga na prace badawczo-rozwojowe stanowi pomoc publiczną w rozumieniu art. 107 i 108 TFUE. W rozporządzeniu Komisji Europejskiej z 17 czerwca 2014 r. uznającym niektóre rodzaje pomocy za zgodne z rynkiem wewnętrznym w zastosowaniu art. 107 i 108 Traktatu (Dz.U.UE.L.2014.187.1 z dnia 2014.06.26) zawarto warunki odnoszące się do tego rodzaju pomocy, służącej wzmocnieniu innowacyjności gospodarki. Jak słusznie zauważa Sąd I instancji, zdefiniowano w nim pojęcia, pozwalające na rozpoznanie działań, których wsparcie przez państwo jest dozwolone i nie narusza zasad działania rynku. W zakresie odnoszącym się do przedmiotu tej sprawy w art. 2 pkt 84 stwierdzono, że badania podstawowe oznaczają prace eksperymentalne lub teoretyczne podejmowane przede wszystkim w celu zdobycia nowej wiedzy o podstawach zjawisk i obserwowalnych faktów bez nastawienia na bezpośrednie zastosowanie komercyjne. Badania przemysłowe oznaczają badania planowane lub badania krytyczne mające na celu zdobycie nowej wiedzy i umiejętności celem opracowania nowych produktów, procesów lub usług lub mające na celu wprowadzenie znaczących ulepszeń do istniejących produktów, procesów lub usług, w tym produktów, procesów lub usług cyfrowych, w dowolnej dziedzinie, dowolnej branży lub dowolnym sektorze (w tym między innymi w branżach i technologiach cyfrowych, takich jak obliczenia superkomputerowe, technologie kwantowe, technologie blockchain, sztuczna inteligencja, cyberbezpieczeństwo, duże zbiory danych i technologie związane z chmurą). Badania przemysłowe uwzględniają tworzenie elementów składowych systemów złożonych i mogą obejmować budowę prototypów w środowisku laboratoryjnym lub środowisku interfejsu symulującego istniejące systemy, a także linii pilotażowych, kiedy są one konieczne do badań przemysłowych, a zwłaszcza uzyskania dowodu w przypadku technologii generycznych (art. 2 pkt 85). Eksperymentalne prace rozwojowe oznaczają zdobywanie, łączenie, kształtowanie i wykorzystywanie dostępnych aktualnie umiejętności i wiedzy oraz innych stosownych umiejętności i wiedzy w celu opracowania nowych lub ulepszonych produktów, procesów lub usług, w tym produktów, procesów lub usług cyfrowych, w dowolnej dziedzinie, dowolnej branży lub dowolnym sektorze (w tym między innymi w branżach i technologiach cyfrowych, takich jak obliczenia superkomputerowe, technologie kwantowe, technologie blockchain, sztuczna inteligencja, cyberbezpieczeństwo, duże zbiory danych i technologie związane z chmurą lub technologie przetwarzania brzegowego). Mogą one także obejmować np. czynności mające na celu pojęciowe definiowanie, planowanie oraz dokumentowanie nowych produktów, procesów lub usług. Eksperymentalne prace rozwojowe mogą obejmować opracowywanie prototypów, demonstracje, opracowywanie projektów pilotażowych, testowanie i walidację nowych lub ulepszonych produktów, procesów lub usług w otoczeniu stanowiącym model warunków rzeczywistego funkcjonowania, których głównym celem jest dalsze udoskonalenie techniczne produktów, procesów lub usług, których ostateczny kształt zasadniczo nie jest jeszcze określony. Mogą obejmować opracowywanie prototypów i projektów pilotażowych, które można wykorzystać do celów komercyjnych, w przypadku, gdy prototyp lub projekt pilotażowy z konieczności jest produktem końcowym do wykorzystania do celów komercyjnych, a jego produkcja jest zbyt kosztowna, aby służył on jedynie do demonstracji i walidacji. Eksperymentalne prace rozwojowe nie obejmują rutynowych lub okresowych zmian wprowadzanych do istniejących produktów, linii produkcyjnych, procesów wytwórczych, usług oraz innych operacji w toku, nawet jeśli takie zmiany mają charakter ulepszeń (art. 2 pkt 86). Definicje działalności badawczo-rozwojowej, zawarte w art. 5a pkt 38-40 u.p.d.o.f. w zw. z art. 4 ust. 1 i 2 p.s.w.n. odpowiadają swoim zakresem przepisom rozporządzenia KE. Dokonując ich wykładni należy mieć na względzie, że objęcie ulgą B+R innych niż wymienione w rozporządzeniu prac będzie skutkowało udzieleniem niedozwolonej pomocy publicznej lub wymagać będzie notyfikacji takiej pomocy. Takie stanowisko zajął NSA w wyroku z dnia 20 sierpnia 2024 r., sygn. akt II FSK 595/24 i Naczelny Sąd Administracyjny w składzie rozpoznającym sprawę, mając na uwadze zasadę jednolitości orzecznictwa podziela to stanowisko i przyjmuje za własne.

Wobec powyższego, Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że skargi kasacyjne nie zasługują na uwzględnienie, a podniesione w nich zarzuty są niezasadne.

Mając na uwadze powyższe okoliczności Naczelny Sąd Administracyjny orzekł jak w sentencji orzeczenia o oddaleniu skarg kasacyjnych na podstawie art. 184 P.p.s.a. Ponadto NSA uznał, że zarówno wyjątkowy charakter sprawy, jak i jej wynik, w którym nie doszło do uchylenia wyroku powoduje, że Sąd był uprawniony do zastosowania art. 207 § 2 P.p.s.a. i w konsekwencji odstąpił od zasądzenia zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego w całości.