Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnegoz 8 lipca 2026 r., sygn. akt II FSK 1082/23

Uzasadnienie

Wyrokiem z dnia 7 marca 2023 r., sygn. III SA/Wa 2141/22, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie po rozpoznaniu skargi Y Sp. z o.o. z siedzibą w Z (dalej jako: "Wnioskodawca", "Spółka") uchylił zaskarżoną interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 6 lipca 2022 r., nr 0111-KDIB1-3.4010.253.2022.1.PC, w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych i orzekł o kosztach postępowania.

Tekst wskazanego wyroku wraz z uzasadnieniem (a także innych orzeczeń sądów administracyjnych przywołanych poniżej) dostępny jest w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych pod adresem: http://orzeczenia.nsa.gov.pl.

Zaskarżony wyrok zapadł w następujących okolicznościach faktycznych i prawnych.

Z wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej wynika, że Wnioskodawca jest polskim rezydentem podatkowym i podlega w Polsce nieograniczonemu obowiązkowi podatkowemu w podatku dochodowym od osób prawnych. Dominującym przedmiotem działalności Spółki jest produkcja [...], tj. [...] w technologii [...] z użyciem [...] na terenie zakładu w X (dalej jako: "Zakład").

Spółka posiada zezwolenie nr [...] na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie strefy ekonomicznej wydane w dniu [...] (dalej jako: "Zezwolenie"). Zakres Zezwolenia obejmuje prowadzenie działalności gospodarczej na terenie strefy, rozumianej jako działalność produkcyjna, handlowa i usługowa w zakresie wyrobów i usług wytworzonych na terenie strefy, określonych w następujących pozycjach PKWiU: - fornir i płyty na bazie drewna - sekcja C, klasa 16.21; - odpady, inne niż niebezpieczne, nadające się do recyklingu - sekcja D, klasa 38.11.5; - magazynowanie i przechowywani towarów - sekcja H, klasa 52.10.

Inwestycja, która realizowana była przez Wnioskodawcę na podstawie Zezwolenia, została ukończona w dniu [...] r. (dalej jako: "Zakończona inwestycja"). Spółka wywiązała się ze wszystkich zobowiązań wynikających z Zezwolenia i korzysta w związku z Zakończoną inwestycją ze zwolnienia podatkowego, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz.U. z 2022 r. poz. 2587, dalej jako: "u.p.d.o.p.").

Prowadzony przez Spółkę w Zakładzie proces technologiczny obejmuje realizację następujących etapów:

1. 1. Przyjęcie i magazynowanie materiałów - Spółka przyjmuje surowiec w postaci drewna okrągłego, gotowej zrębki z niewielką domieszką niezanieczyszczonych odpadów drzewnych (nie więcej niż 10% domieszki, dalej jako: "Surowiec") i przechowuje go na placu składowym, skąd transportowany jest on do rębaka lub bezpośrednio do procesu skrawania.
2. 2. Rozdrobnienie materiału - proces technologiczny polegający na wstępnej obróbce Surowca do postaci zrębki. Proces ten prowadzony jest obecnie z wykorzystaniem jednego rębaka. Ze względu na konieczność zapewnienia stosownych warunków realizacji tego etapu prac, rębak stacjonarny znajduje się w budynku.
3. 3. Skrawanie - proces przerabiania powstałej zrębki na wiór. Do realizacji tego procesu wykorzystywane są skrawarki, maszyna myjąca, robot ostrzący noże (przy pełnej wydajności maszyn służących do skrawania, konieczne jest przeprowadzenie procesu ostrzenia w odstępach ośmiogodzinnych) oraz instalacje odpylające (skrawarki są maszynami, które podczas pracy generują pył, dlatego w celu zapewnienia bezpieczeństwa i komfortowych warunków pracy dla pracowników, do skrawarek podłączono instalacje odpylające).
4. 4. Suszenie - materiał ze skrawarek transportowany jest do bębna suszarni, gdzie podlega wysuszeniu dla celów dalszej obróbki.
5. 5. Sortowanie - proces mający na celu posortowanie wysuszonego materiału i rozdział do dedykowanych silosów. Dla potrzeb realizacji tego procesu Spółka wykorzystuje aktualnie przenośniki łańcuchowe, sortowniki sitowe i powietrzne oraz silosy.
6. 6. Domielanie - etap pomocniczy, w ramach którego dochodzi do domielania wiórów nadgabarytowych z poprzedniego procesu z wykorzystaniem separatora powietrznego, młyna, skrawarki, przenośników i silosu.
7. 7. Kuchnia klejowa i zaklejanie - posortowany materiał zostaje przetransportowany do bunkrów zasypowych, w których jest ważony i przenoszony do zaklejarek, do których rurami dostarczana jest gotowa mieszanka klejowa. W kuchni klejowej znajdują się także zbiorniki na żywicę i emulsję oraz stanowiska na utwardzacz i mocznik oraz miksery.
8. 8. Formowanie nasypu - w tej sekcji za pomocą stacji nasypowych na linii formowania usypywane są warstwy zaklejonych wiórów, z których w kolejnych etapach powstaje płyta wiórowa.
9. 9. Prasowanie płyty - w sekcji prasy wstępnej usuwany jest nadmiar powietrza zebranego w kobiercu. Następnie materiał transportowany jest do prasy głównej, gdzie następuje jego sprasowanie celem uzyskania płyty o określonej grubości.
10. 10. Cięcie - powstająca w formie wstęgi płyta jest cięta z wykorzystaniem piły diagonalnej (tj. dzielona na odcinki o zadanej długości (formaty).
11. 11. Chłodzenie - doprowadzenie temperatury pociętej płyty wiórowej do pożądanej wartości z wykorzystaniem chłodnicy gwiazdowej.
12. 12. Automatyczny magazyn pośredni - kondycjonowanie płyty (stabilizacja temperatury, wilgotności i parametrów półproduktu) przed przekazaniem jej do kolejnych etapów obróbki.
13. 13. Szlifowanie - odpowiednio schłodzona płyta wiórowa jest szlifowana celem uzyskania finalnej grubości i pożądanej jakości powierzchni.
14. 14. Magazynowanie wyrobów gotowych - gotowe płyty wiórowe przed ich wysyłką do klienta przechowywane są na terenie magazynu Spółki (zlokalizowanego na terenie Zakładu).

Ze względu na coraz bardziej ograniczoną dostępność wykorzystywanego dotychczas surowca, Spółka planuje realizację nowej inwestycji, której kluczowym celem jest zasadnicza zmiana procesu produkcyjnego istniejącego Zakładu (dalej jako: "Nowa inwestycja").

W związku z zamiarem realizacji Nowej inwestycji, Spółka planuje wystąpić o wydanie na jej rzecz decyzji o wsparciu, o której mowa w art. 13 ustawy z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (Dz.U. z 2020 r. poz. 1752, dalej jako: "ustawa o WNI"). Zakres działalności prowadzonej w oparciu o planowaną do pozyskania Decyzję o wsparciu (dalej jako: "Planowana DoW") będzie się pokrywał z działalnością dotychczas prowadzoną w Zakładzie na mocy Zezwolenia (tożsame kody PKWiU - jak określone w posiadanym już Zezwoleniu). Planowaną DoW objęte zostaną także wszystkie grunty, na terenie których znajduje się aktualnie Zakład (obszar "starej Specjalnej Strefy Ekonomicznej").

Nowa inwestycja ma polegać przede wszystkim na zmianie procesu produkcji, poprzez umożliwienie jednoczesnego wykorzystania jako materiału wsadowego odpadów drzewnych/odpadów drewna (dalej jako: "Surowiec recyklingowy") oraz Surowca. Obecnie w procesie produkcji płyty wykorzystywany jest Surowiec. Doświadczenie w działalności prowadzonej przez Spółkę wskazuje na to, że pozyskanie odpadów drzewnych o parametrach umożliwiających ich skierowanie bezpośrednio do procesu produkcyjnego jest coraz trudniejsze. Wobec tego Spółka zamierza dokonać takiej zmiany procesu produkcyjnego (poprzez przeprowadzenie prac budowlanych i nabycie stosownych maszyn oraz urządzeń), która umożliwi zarówno przygotowanie, jak i wykorzystywanie Surowca recyklingowego. Poprzez wykorzystanie Surowca recyklingowego, Spółka rozumie jego jednoczesne wykorzystanie wraz z Surowcem, co oznacza, że już na wstępnych etapach dojdzie do ich wymieszania. Określenie udziału poszczególnych surowców w wyrobie gotowym jest niemożliwe, z uwagi na charakterystykę procesu. Zadanie to ma na celu doskonalenie gospodarki obiegu zamkniętego.

W tym celu Spółka zamierza przeprowadzić m.in. następujące czynności w ramach Nowej inwestycji:

1. 1. Wybudowanie placu składowego (poszerzenie obszaru składowego o nowe działki) oraz budowa na istniejącym placu głównym nowych obiektów i infrastruktury, takiej jak m.in.:
2. a) budynek wiaty recyklingowej, jako miejsce podawania surowca recyklingowego do procesu;
3. b) budowa silosu Surowca recyklingowego;
4. c) budynek wieży recyklingowej i linii technologicznej do realizacji procesów oczyszczania odpadów drzewnych;
5. d) wykonanie dodatkowych zadaszeń - np. na potrzeby pracy rębaków mobilnych;
6. e) rozbudowa istniejących placów magazynowych odpadów w tym m.in. plac do magazynowania popiołów.

Powyższe obiekty i infrastruktura połączone będą funkcjonalnie z obiektami i urządzeniami już znajdującymi się na terenie Zakładu.

1. 2. Nabycie rębaków mobilnych, których przeznaczeniem będzie rozdrabnianie Surowca recyklingowego. Planowane do nabycia rębaki będą mogły być wykorzystywane także do rozdrabniania Surowca (w postaci zrzyn, nadgabarytowych odsortów z procesu i płyt drewnopochodnych).
2. 3. Nabycie dodatkowej skrawarki/młynka dla potrzeb procesu skrawania. Skrawarka będzie w stanie wykonywać swoją pracę zarówno na zrębce powstałej z Surowca, jak i z Surowca recyklingowego. Dotychczasowy park maszynowy Spółki dedykowany realizacji tego etapu procesu produkcyjnego, również będzie mógł zostać wykorzystany dla potrzeb zrębki, powstałej zarówno z Surowca, jak i z Surowca recyklingowego.
3. 4. Modernizację suszarni poprzez wdrożenie urządzeń, umożliwiających pomiar wilgotności wiórów na wejściu do suszarni, usuwanie pyłu z wiórów mokrych przed suszarnią oraz monitoring emisji gazów na emitorze elektrofiltra suszarni. Wszelkie działania modernizacyjne podejmowane na tym etapie będą służyć produkcji z wykorzystaniem dotychczasowego Surowca oraz nowowprowadzonego Surowca recyklingowego.
4. 5. Rozbudowa kuchni klejowej oraz zakup dodatkowych zbiorników na żywicę, pomp, a także instalacji rozładunku. Nabywane zbiorniki przeznaczone będą do produkcji płyt wiórowych, zarówno z Surowca, jak i z Surowca recyklingowego.
5. 6. Wykonanie infrastruktury podczyszczania ścieków wraz z dodatkową prasą umożliwiającą odwodnienie odpadu. Procesy te będą miały na celu udoskonalenie procesu produkcyjnego, prowadzonego równocześnie z wykorzystaniem Surowca oraz Surowca recyklingowego.
6. 7. Doposażenie istniejącej instalacji w urządzenia umożliwiające odzyskanie wiórów z pyłu i użycie ich w procesie produkcji. W ramach tego kroku, modernizacji ulegnie także sortownik przy silosie pyłu. Podobnie jak powyżej, również ta infrastruktura będzie miała na celu udoskonalenie procesu produkcyjnego, prowadzonego równocześnie z wykorzystaniem Surowca oraz Surowca recyklingowego.
7. 8. Utworzenie magazynu olejów, przeznaczonego do przechowywania materiału wykorzystywanego w procesie produkcji prowadzonej w oparciu o Surowiec oraz Surowiec recyklingowy.

Jednocześnie Spółka, jako duży przedsiębiorca, zadeklaruje, że koszty kwalifikowane planowanej Nowej inwestycji będą przekraczały koszty amortyzacji aktywów związanych z działalnością podlegającą modernizacji poniesionych w ciągu trzech lat obrotowych poprzedzających rok obrotowy, w którym zostanie złożony wniosek o pomoc zgodnie z § 8 Rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 28 sierpnia 2018 r. w sprawie pomocy publicznej udzielanej niektórym przedsiębiorcom na realizację nowych inwestycji (Dz.U. poz. 1713, dalej jako: "Rozporządzenie o WNI"). Spółka ponadto zaznaczyła, że zapewni odrębną sprawozdawczość monitorowania warunków, jakie określono w Zezwoleniu i w Planowanej DoW, oraz kalkulować będzie oddzielnie limity zwolnienia dostępnego na podstawie Zezwolenia i Planowanej DoW.

W oparciu o powyższy opis stanu faktycznego Spółka zadała następujące pytania:

1. 1. Czy właściwym jest podejście, że prowadzona ewidencja rachunkowa w przypadku prowadzenia działalności gospodarczej zwolnionej z opodatkowania (zarówno na podstawie Zezwolenia, jak i w przyszłości również na podstawie Planowanej DoW) oraz działalności opodatkowanej na zasadach ogólnych ma na celu, zgodnie z art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p., zapewnienie możliwości określenia wysokości dochodu (straty), podstawy opodatkowania i wysokości należnego podatku, tj.: dochodu podlegającego opodatkowaniu oraz dochodu zwolnionego na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 i na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p., tj. Spółka zobowiązana jest po uzyskaniu Planowanej DoW prowadzić ewidencję w rozbiciu na dwie kluczowe aktywności: 1) działalność opodatkowaną oraz 2) działalność nieopodatkowaną, tzw. strefową, czyli określoną zarówno w Zezwoleniu, jak i Planowanej DoW, co oznacza brak konieczności prowadzenia odrębnej ewidencji rachunkowej dla Zezwolenia oraz Planowanej DoW?
2. 2. Czy dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej na terenie SSE, prowadzonej na podstawie Zezwolenia i dochód, który będzie uzyskiwany na podstawie Planowanej DoW, podlega zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych w taki sposób, że w pierwszej kolejności wykorzystywany jest limit dostępnej pomocy publicznej w ramach Zezwolenia, a po jego wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej z niego wynikający nie jest wystarczający do objęcia całości dochodu strefowego zwolnieniem podatkowym, otrzymana pomoc publiczna powinna być rozliczania dostępnym limitem wynikającym z Planowanej DoW, czyli w kolejności ustalonej zgodnie z datami wydania Zezwolenia i Planowanej DoW?

Zdaniem Spółki odpowiedź na pytanie nr 1 powinna być twierdząca. Co zaś tyczy się pytania nr 2, to w opinii Spółki otrzymana pomoc publiczna powinna być rozliczana chronologicznie, zgodnie z datami wydania Zezwolenia i Planowanej DoW.

W interpretacji indywidualnej Dyrektor KIS uznał stanowisko Spółki za nieprawidłowe.

Organ stanął na stanowisku, że niezbędna jest dodatkowa ewidencja/konta, czyli tzw. wydzielenie rachunkowe: kosztów bezpośrednio związanych z przychodami na terenie określonym w decyzji o wsparciu i poza nią, w zakresie realizacji nowej inwestycji - kosztów bezpośrednio związanych z przychodami z działalności objętej zwolnieniem oraz kosztów pozostałej działalności, jeżeli taka występuje, pozostałych (innych niż bezpośrednie) kosztów uzyskania przychodów, umożliwiająca ich przyporządkowanie do przychodów z działalności zwolnionej i do przychodów z działalności opodatkowanej. Zapewnienie ww. wyodrębnionej ewidencji oznacza co najmniej wyodrębnienie operacji gospodarczych w księgach rachunkowych. Analogicznemu wyodrębnieniu powinna podlegać ewidencja przychodów i kosztów działalności prowadzonej na terenie SSE na podstawie wydanych zezwoleń. Konieczne jest zatem prowadzenie ewidencji rachunkowej w taki sposób, aby odrębnie można było ustalić przychody, koszty, dochód/stratę uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej (SSE) w ramach wydanego zezwolenia i odrębnie w ramach decyzji o wsparciu. Dochody uzyskane z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania nie podlegają łączeniu.

Dyrektor KIS wskazał, że dla działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE, jak i dla działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, ustawodawca przewidział odrębne zwolnienia, odpowiednio w art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a u.p.d.o.p. Jeśli dochody z obu powyższych źródeł zwolnionych miałyby być rozliczane łącznie, ustawodawca dałby temu podstawy w odpowiednich przepisach ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, co jednak nie ma miejsca. Zatem przychodów z działalności prowadzonej na terenie SSE nie łączy się z przychodami osiągniętymi z nowej inwestycji, realizowanej na podstawie decyzji o wsparciu.

Jak wskazał organ, zaproponowany przez Spółkę sposób łącznego obliczana dochodu w oparciu o zezwolenie na prowadzenie działalności w SSE i decyzję o wsparciu, jest nieprawidłowy. Wnioskodawca zobowiązany jest do prowadzenia odrębnej ewidencji dla celów opodatkowania prowadzonej działalności niepodlegającej omawianym zwolnieniom, odrębną ewidencję dla celów działalności zwolnionej prowadzonej na terenie SSE na podstawie zezwolenia, a także odrębną ewidencję dla celów działalności zwolnionej prowadzonej na terenie określonym w decyzji o wsparciu. Konsekwencją powyższego, za nieprawidłowe zostało uznane również stanowisko Spółki odnośnie pytania nr 2, mimo że organ uznał, że co do zasady rozliczenie pomocy publicznej według zaproponowanej przez Spółkę zasady, poprzez wykorzystanie najpierw limitu w ramach zezwolenia wydanego najwcześniej, a po jego wyczerpaniu lub wygaśnięciu limitu wynikającego z kolejnych zezwoleń/decyzji, jest możliwe.

WSA w Warszawie uznał skargę złożoną przez Spółkę za zasadną.

Sąd pierwszej instancji w odniesieniu do pierwszej kwestii spornej stwierdził, że przepis art. 17 ust. 6a u.p.d.o.p. nakazuje wyodrębnienie organizacyjne działalności prowadzonej na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu, konsekwencją czego jest wyodrębnienie z ewidencji podatkowej podatnika tej części, która dotyczy przychodów uzyskiwanych na podstawie zezwoleń strefowych i decyzji o wsparciu. Wyodrębnienie ma służyć oddzieleniu dochodów w części opodatkowanej od dochodów w części zwolnionej od opodatkowania. Przy czym przepisy nie nakazują dalszego wyodrębniania w ramach dochodów zwolnionych, w zależności od tego, czy są otrzymywane na podstawie zezwoleń strefowych, czy też na podstawie decyzji o wsparciu. Prowadzenie ewidencji podatkowej służy m.in. prawidłowemu ustaleniu podstawy opodatkowania, w czym mieści się także wyodrębnienie przychodów (dochodów) zwolnionych od opodatkowania.

Dla osiągnięcia tego celu wystarczające jest prowadzenie dwóch ewidencji: jednej, dotyczącej przychodów opodatkowanych (jeżeli podatnik przychody takie osiąga) i drugiej, dotyczącej wszystkich przychodów zwolnionych (na podstawie decyzji o wsparciu i na podstawie zezwolenia). Nie ma zaś uzasadnienia ku temu, aby nakładać na podatnika dodatkowy obowiązek rozdzielania ewidencji w zależności od podstawy zwolnienia, tj. w zależności od tego, czy jest nią decyzja o wsparciu, czy Zezwolenie.

Odnosząc się do drugiej kwestii spornej, skład orzekający stwierdził, że na akceptację zasługuje rozliczanie pomocy publicznej w omawianym zakresie zgodnie z chronologią wydanych zezwoleń, z uwzględnieniem dochodu ustalanego łącznie z całej działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE, bez konieczności przyporządkowania poszczególnych limitów pomocy publicznej do poszczególnych inwestycji. Unormowania prawne dotyczące sposobu rozliczania pomocy publicznej przyznanej na podstawie decyzji o wsparciu są analogiczne do tych, które dotyczą zezwoleń. Zwrócono przy tym uwagę na podobieństwo regulacji zawartych w art. 12 ust. 2 ustawy z dnia 29 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (Dz.U. z 2023 r. poz. 1604, dalej jako: "ustawa o SSE") oraz w art. 13 ust. 6 i ust. 7 ustawy o WNI, bowiem wynika z nich chronologiczna kolejność rozliczania pomocy, tak, jak zaproponowała to Spółka we wniosku.

Nie zgadzając się z powyższym orzeczeniem, skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego wniósł Dyrektor KIS reprezentowany przez profesjonalnego pełnomocnika. Zaskarżając wyrok w całości, organ zarzucił:

1. I. naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.:
2. 1. art. 13 ust. 7 w zw. z art. 13 ust. 6 ustawy o WNI oraz art. 12 ust. 2 w zw. z art. 12 ust. 3 ustawy o SSE, poprzez ich błędną wykładnię, a w konsekwencji niewłaściwą ocenę co do zastosowania, polegającą na przyjęciu przez WSA w Warszawie, że na gruncie przedmiotowej sprawy skarżąca ma możliwość prowadzenia jednej, łącznej ewidencji dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych, tj. wspólnej dla wszystkich zezwoleń oraz decyzji o wsparciu oraz możliwość wykorzystywania najpierw limitu dostępnej pomocy publicznej w ramach zezwolenia wydanego najwcześniej, a po jego wyczerpaniu lub wygaśnięciu, limitu wynikającego z decyzji o wsparciu. W przedmiotowej sprawie przyjąć natomiast należało, że skarżąca nie ma możliwości prowadzenia jednej, łącznej ewidencji dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych, tj. wspólnej dla wszystkich zezwoleń oraz decyzji o wsparciu, tym samym przyjąć również należało, że skarżąca ma obowiązek odrębnego rozliczania pomocy publicznej w przypadku posiadania zezwoleń - zgodnie z kolejnością ich wydania oraz odrębnego rozliczania pomocy publicznej w przypadku posiadania decyzji o wsparciu, również zgodnie z kolejnością wydanych decyzji;
3. 2. art. 17 ust. 1 pkt 34 oraz art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. w zw. z art. 12 ust. 2 i 3 w zw. z art. 16 ust. 1 ustawy o SSE w zw. z art. 13 ust. 7 w. zw. z art. 13 ust. 6 ustawy o WNI w zw. z art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p., poprzez ich błędną wykładnię, polegającą na uznaniu, że skarżąca ma możliwość prowadzenia jednej, łącznej ewidencji dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych, tj. wspólnej dla wszystkich zezwoleń oraz decyzji o wsparciu oraz że nie ma obowiązku odrębnego rozliczania pomocy publicznej w przypadku posiadania zarówno zezwoleń oraz decyzji o wsparciu. Podczas gdy w przedmiotowej sprawie należało przyjąć, że w sytuacji, gdy przedsiębiorca posiada zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej oraz decyzję o wsparciu nowej inwestycji, dochody osiągnięte z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania (SSE i WNI) nie podlegają łączeniu;
4. II. naruszenie przepisów postępowania, których uchybienie miało istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:
5. 1. art. 146 § 1 w zw. w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r. poz. 143, dalej jako: "p.p.s.a.") w zw. z art. 2a w zw. z art. 14c § 1 i 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2021 r. poz. 1540, dalej jako: "o.p."), poprzez uwzględnienie skargi i uznanie, że objaśnienia podatkowe nie mogą być podstawą uzasadnienia prowadzenia oddzielnych ewidencji w zależności od podstawy zwolnienia, a tym samym na gruncie rozpoznawanej sprawy zastosowania powinna mieć dyspozycja art. 2a o.p. W przedmiotowej sprawie przyjąć natomiast należało, że organ, wydając zaskarżoną interpretację, obok przytoczonych przepisów mających zastosowanie w sprawie, dokonał ich interpretacji, sięgając również do objaśnień podatkowych, ale uczynił to po to, żeby jak najdokładniej wyjaśnić skarżącej swoje stanowisko, będące stanowiskiem odmiennym od stanowiska skarżącej, w konsekwencji czego niezasadne jest twierdzenie sądu, że w sprawie winien mieć zastosowanie przepis art. 2a o.p., albowiem organ sporządził prawidłowe, wyczerpujące uzasadnienie prawne swojego rozstrzygnięcia, dokonując subsumcji przedstawionego przez skarżącą we wniosku stanu faktycznego/zdarzenia przyszłego pod przepisy prawa podatkowego, mające w sprawie zastosowanie, co znalazło odzwierciedlenie w zaskarżonej interpretacji;
6. 2. art. 141 § 4 p.p.s.a., poprzez sporządzenie wadliwego, niejasnego uzasadnienia zaskarżonego wyroku, co znacznie utrudnia organowi poznanie motywów rozstrzygnięcia i zrozumienie zaleceń co do dalszego postępowania przy ponownym wydawaniu interpretacji indywidualnej.

W oparciu o tak sformułowane zarzuty autor skargi kasacyjnej wniósł o: uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i oddalenie skargi, ewentualnie uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania WSA w Warszawie; zasądzenie od skarżącej na rzecz organu podatkowego kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.

W odpowiedzi na skargę kasacyjną pełnomocnik Spółki wniósł o jej oddalenie oraz zasądzenie od Dyrektora KIS na rzecz Spółki zwrotu kosztów postępowania niezbędnych do celowego dochodzenia praw.

Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje

Skarga kasacyjna jest niezasadna.

Spór w sprawie dotyczy możliwości prowadzenia wspólnej ewidencji dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych, prowadzonej na podstawie posiadanych w danym okresie zezwoleń i decyzji o wsparciu oraz chronologicznego sposobu rozliczania dostępnej pomocy publicznej wynikającej z udzielonych zezwoleń i decyzji o wsparciu i w konsekwencji sposobu rozliczania pomocy publicznej, w przypadku posiadania zezwoleń i decyzji o wsparciu.

Problem powyższy był już przedmiotem rozważań Naczelnego Sądu Administracyjnego i to w sprawach, w których organ formułował w skargach kasacyjnych zasadniczo tożsame zarzuty. W wyrokach z dnia 4 lipca 2023 r., sygn. II FSK 78/21, oraz z dnia 4 września 2024 r., sygn. II FSK 18/22, NSA oddalił skargi kasacyjne organu.

Rozpoznając sprawę, Naczelny Sąd Administracyjny nie znalazł podstaw do zmiany stanowiska wyrażonego w powołanych wyrokach i przedstawioną w nich argumentacją posłuży się, uzasadniając podjęte rozstrzygnięcie.

Zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a u.p.d.o.p., wolne od podatku są dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy o SSE, jak też dochody uzyskane z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie o WNI, przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tych zwolnień nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami. Zwolnienia podatkowe, o których mowa w ust. 1 pkt 34 i 34a, przysługują podatnikowi wyłącznie z tytułu dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu (art. 17 ust. 4 u.p.d.o.p.).

Zdaniem organu, Spółka ma obowiązek wydzielenia rachunkowego kosztów związanych z przychodami z nowej inwestycji i analogicznie z działalności prowadzonej na terenie SSE na podstawie zezwoleń. Dochody osiągnięte z zezwoleń i decyzji nie podlegają łączeniu. Spółka powinna zsumować kwoty pomocy publicznej wykorzystanej w danym roku podatkowym do limitu określonego w danym zezwoleniu oraz decyzji i tak ustaloną sumę uwzględnić w dostępnym limicie pomocy publicznej.

Naczelny Sąd Administracyjny podzielił pogląd wyrażony w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku, z którego wynika, że Spółka nie jest zobowiązana do odrębnego ustalania osiągniętego dochodu lub poniesionej straty (za dany rok podatkowy) w odniesieniu do zezwoleń i do decyzji o wsparciu.

Zgodnie z art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p., podatnicy tego podatku są obowiązani do prowadzenia ewidencji rachunkowej, zgodnie z odrębnymi przepisami, w sposób zapewniający określenie wysokości dochodu (straty), podstawy opodatkowania i wysokości należnego podatku za rok podatkowy, a także do uwzględnienia w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych informacji niezbędnych do obliczenia wysokości odpisów amortyzacyjnych zgodnie z przepisami art. 16a-16m. Przy ustalaniu podstawy opodatkowania w podatku dochodowym od osób prawnych (jak i przy ustalaniu straty podatkowej) nie uwzględnia się przychodów i kosztów ze źródeł przychodów położonych na terytorium Rzeczpospolitej Polskiej lub za granicą, jeżeli dochody z tych źródeł nie podlegają opodatkowaniu lub są wolne od podatku (art. 7 ust. 3 pkt 1, 2a i 3 u.p.d.o.p.). Na podstawie tego przepisu Spółka ma obowiązek wyodrębnić przychody i koszty z działalności, z której dochody są zwolnione z podatku.

Jak zasadnie stwierdził sąd pierwszej instancji, przepisy nie nakładają jednak obowiązku prowadzenia wspólnej ewidencji w odniesieniu do przychodów i kosztów z działalności objętej zezwoleniami strefowymi i decyzją (decyzjami) o wsparciu, ani zakazu wykorzystywania limitu pomocy zgodnie z kolejnością wydawanych zezwoleń i decyzji o wsparciu. Obowiązek taki istnieje, ale w przypadku prowadzenia przez przedsiębiorcę działalności gospodarczej również poza obszarem strefy, co jak wynika z opisu stanu faktycznego z wniosku o interpretację, nie miało miejsca w przypadku Spółki.

Działalność prowadzona na terenie strefy musi być wydzielona organizacyjnie, a wielkość zwolnienia określa się w oparciu o dane jednostki organizacyjnej prowadzącej działalność wyłącznie na terenie strefy, co wynika wprost z § 5 ust. 5 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 10 grudnia 2008 r. w sprawie pomocy publicznej udzielanej przedsiębiorcom działającym na podstawie zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej na terenach specjalnych stref ekonomicznych (Dz.U. z 2019 r. poz. 121). Zgodnie z powołanym przepisem, zwolnienia, o których mowa w ust. 1 i 3, przysługują wyłącznie z tytułu działalności prowadzonej na terenie strefy. W przypadku prowadzenia przez przedsiębiorcę działalności gospodarczej również poza obszarem strefy, działalność prowadzona na terenie strefy musi być wydzielona organizacyjnie, a wielkość zwolnienia określa się w oparciu o dane jednostki organizacyjnej prowadzącej działalność wyłącznie na terenie strefy.

Z kolei w myśl art. 17 ust. 6a u.p.d.o.p., w przypadku prowadzenia przez przedsiębiorcę działalności gospodarczej również poza terenem specjalnej strefy ekonomicznej, określonym w zezwoleniu, lub terenem określonym w decyzji o wsparciu, działalność prowadzoną na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu wydziela się organizacyjnie, a wielkość zwolnienia określa się w oparciu o przychody i koszty uzyskania przychodów jednostki organizacyjnej prowadzącej działalność określoną w zezwoleniu lub w decyzji o wsparciu.

Z powołanych przepisów wynika zatem, że skoro Spółka we wniosku o wydanie interpretacji wskazała, że prowadzi działalność na terenie strefy i poza tym na terenie określonym w decyzji o wsparciu, to nie ma obowiązku wyodrębniania organizacyjnego, o którym mowa w powołanych przepisach, w odniesieniu do działalności zwolnionej na podstawie posiadanych zezwoleń i z tytułu decyzji o wsparciu.

W orzecznictwie przyjęto za prawidłowy pogląd, zgodnie z którym rozliczanie pomocy następuje zgodnie z chronologią wydanych zezwoleń, przy uwzględnieniu dochodu ustalanego łącznie z całej działalności gospodarczej prowadzonej przez podatnika na terenie specjalnej strefy ekonomicznej w oparciu o wszystkie posiadane przez niego zezwolenia, aż do wysokości ograniczeń wynikających z tych zezwoleń, bez konieczności przyporządkowania poszczególnych limitów pomocy publicznej do poszczególnych inwestycji określonych w kolejno wydawanych zezwoleniach (por. wyrok NSA z dnia 14 czerwca 2023 r., sygn. II FSK 2872/20, wraz z powołanymi w nim wyrokami).

W wyroku z dnia 19 lipca 2016 r., sygn. II FSK 1849/14, NSA stwierdził, że w przypadku, gdy podatnik prowadzi działalność gospodarczą na terenie jednej specjalnej strefy ekonomicznej (na obszarze jednego województwa), na podstawie kilku zezwoleń, to podatnikowi przysługuje prawo do sumowania przysługujących na ich podstawie limitów pomocy publicznej (niezależnie od zakresu przedmiotowego tych zezwoleń). Istotne jest bowiem wyłącznie to, aby zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. działalność prowadzona była w określonym miejscu (na terenie jednej SSE) i w ramach uzyskanego zezwolenia.

Naczelny Sąd Administracyjny podzielił argumentację sądu pierwszej instancji, że uregulowanie dotyczące sposobu rozliczania pomocy publicznej przyznanej na podstawie decyzji o wsparciu są analogiczne do tych, które dotyczą zezwoleń. Wbrew stanowisku organu, prezentowanemu w skardze kasacyjnej, świadczy o tym treść art. 13 ust. 7 ustawy o WNI, regulujący sytuację, gdy przedsiębiorca korzysta ze zwolnienia zarówno na podstawie wydanych zezwoleń, jak i decyzji o wsparciu. Organ wskazuje, że odmienny wniosek można wyprowadzać z treści art. 13 ust. 8 ustawy o WNI. Według tego przepisu rozliczenie pomocy publicznej przyznanej przedsiębiorcy na podstawie decyzji o wsparciu ma zastosowanie wyłącznie do decyzji, w ramach której rozpoczęto inwestycję, w oparciu o którą jest prowadzona działalność gospodarcza. Z tego przepisu wynika jedynie zakaz rozliczania pomocy publicznej z uwzględnieniem inwestycji, które nie są objęte decyzją o wsparciu obejmującą nową inwestycję w rozumieniu art. 2 pkt 1 ustawy o WNI, w oparciu o którą jest prowadzona działalność gospodarcza. Przepis ten nie jest sprzeczny z art. 13 ust. 6 i art. 13 ust. 7 ustawy o WNI i nie pozbawia rzeczywistego, wcześniej omówionego, znaczenia tych przepisów.

Ze względu na powyższe, za niezasadne należało uznać zarzuty naruszenia art. 13 ust. 7 w zw. z art. 13 ust. 6 ustaw o WNI oraz art. 12 ust. 2 w zw. z art. 12 ust. 3 ustawy o SSE, jak też art. 17 ust. 1 pkt 34 oraz art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. w zw. z art. 12 ust. 2 i 3 w zw. z art. 16 ust. 1 ustawy o SSE w zw. z art. 13 ust. 7 w. zw. z art. 13 ust. 6 ustawy o WNI w zw. z art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p.

O niezasadności zarzutu naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. świadczy już treść samej skargi kasacyjnej. Zaskarżony wyrok, wbrew sugestiom skargi kasacyjnej, pozwalał na sformułowanie poprawnych formalnie zarzutów, bowiem organ w uzasadnieniu skargi kasacyjnej wielokrotnie "odnosi się" do argumentacji sądu. Dyrektor KIS nie miał zatem problemu ze sprecyzowaniem przedmiotu sporu w sprawie. Ponadto zaskarżony wyrok zawierał elementy wskazane w art. 141 § 4 p.p.s.a., a sformułowane merytoryczne stanowisko pozwala, pomimo braku jednoznacznych wskazań co do dalszego postępowania, na podjęcie dalszych czynności w sprawie przez organ.

Skład orzekający nie dopatrzył się w sprawie również zarzucanego naruszenia art. 146 § 1 w zw. w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a. w zw. z art. 2a w zw. z art. 14c § 1 i 2 o.p. Skarżący kasacyjnie organ powiązał, nieuprawnione jego zdaniem, uwzględnienie skargi przez sąd pierwszej instancji przede wszystkim z powołaniem się przez organ w uzasadnieniu swojego rozstrzygnięcia na objaśnienia Ministra Finansów z dnia 6 marca 2020 r. Należy jednak zwrócić uwagę, że fakt ten nie był ani jedyną, ani główną podstawą do uchylenia zaskarżonej interpretacji. Jakkolwiek WSA w Warszawie zwrócił uwagę na niewiążący charakter objaśnień, które nie mogą stanowić podstawy prawnej czy też uzupełnienia treści wadliwych bądź niejasnych przepisów prawa materialnego, to jednak dokonał kompleksowej analizy całości sporządzonego przez organ uzasadnienia i na tej podstawie dopiero stwierdził błędną wykładnię przepisów ustaw o WNI i SSE oraz o podatku dochodowym od osób prawnych.

Ze względu na powyższe Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną w myśl art. 184 p.p.s.a. O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono natomiast na podstawie art. 204 pkt 2, art. 205 § 2 i art. 209 p.p.s.a. w zw. z § 14 ust. 1 pkt 2 lit. a w zw. z pkt 1 lit. c rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz.U. z 2026 r. poz. 118).