Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnegoz 9 lipca 2026 r., sygn. akt I FSK 290/26

Uzasadnienie

1. Wyrokiem z 30 września 2025 r., sygn. akt III SA/Wa 1344/25, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę N. sp. z o.o. z siedzibą w W. (dalej: "Strona", "Skarżąca", "Spółka") na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie (dalej: "DIAS", "Organ podatkowy") z 21 marca 2025 r. w przedmiocie zaliczenia zwrotu podatku na poczet zaległości podatku od towarów i usług.

2. Jak wynika ze stanu faktycznego przedstawionego w uzasadnieniu wyroku Sądu pierwszej instancji 9 kwietnia 2024 r. Spółka złożyła korekty deklaracji VAT za niektóre okresy rozliczeniowe dotyczące lat 2019-2023. W wyniku złożonych deklaracji doszło do powstania zaległości w VAT za listopad i grudzień 2019 r., za marzec, kwiecień, sierpień, wrzesień, listopad, grudzień 2020 r. oraz sierpień, grudzień 2022 r. oraz styczeń, kwiecień i sierpień 2023 r.

W tym samym dniu Spółka złożyła wniosek o kompensatę zobowiązań (należności głównych) w VAT ze zwrotami VAT wynikającymi z deklaracji VAT-7 za styczeń i luty 2024 r.

W dniu 11 kwietnia 2024 r. Spółka wniosła o umorzenie części odsetek (w wysokości 80% wartości naliczonych odsetek) od zaległości w VAT powstałych w związku ze złożonymi korektami.

Postanowieniem z 17 września 2024 r. Naczelnika Drugiego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie (dalej: "NUS", "Organ pierwszej instancji") poinformował Spółkę o zaliczeniu zwrotu w wysokości 2.512.502,00 zł wynikającego ze złożonej 25 marca 2024 r. deklaracji dla podatku od towarów i usług za luty 2024 r. na poczet zaległości w tym podatku wynikających ze złożonych w dniu 9 kwietnia 2024 r. deklaracji korygujących VAT-7 za kwiecień, sierpień, wrzesień, listopad, grudzień 2020 r., marzec, kwiecień 2021 r, sierpień, grudzień 2022 r. oraz styczeń, marzec, kwiecień, czerwiec i sierpień 2023 r. (zaliczono należność główną wraz z odsetkami).

Pismem z 8 października 2024 r. Spółka złożyła zażalenie na postanowienie NUS wnosząc o jego uchylenie w całości oraz o dokonanie zaliczenia zwrotu za luty 2024 r. na poczet zaległości za kwiecień, sierpień, wrzesień, listopad, grudzień 2020 r., marzec, kwiecień 2021 r, sierpień, grudzień 2022 r. oraz styczeń, marzec, kwiecień, czerwiec i sierpień 2023 r. wraz z odsetkami za zwłokę w wysokości 20% wartości naliczonych odsetek, tj. w wysokości nieobjętej wnioskiem o umorzenie.

Postanowieniem z 21 marca 2025 r. DIAS uchylił postanowienie NUS z 17 września 2024 r. i przekazał temu organowi sprawę do ponownego rozpatrzenia.

W uzasadnieniu DIAS wskazał, że zaliczenie zwrotu podatku następuje z mocy prawa z dniem złożenia deklaracji lub jej korekty wykazującej zwrot - niezależnie od daty wydania i doręczenia postanowienia o jego zaliczeniu.

DIAS podkreślił, że na dzień zaliczenia, co wynika z akt sprawy, w obrocie prawnym nie było decyzji o przyznaniu Spółce ulgi w zakresie umorzenia odsetek za zwłokę. Natomiast zgromadzony w sprawie materiał dowodowy wskazuje, że postanowieniem z 23 maja 2024 r. NUS pozostawił wniosek Spółki z 11 kwietnia 2024 r. dotyczący udzielenia ulgi w spłacie zobowiązań bez rozpatrzenia z uwagi na braki formalne. Tym samym, zdaniem Organu podatkowego nie było podstaw prawnych do zaliczenia zwrotu dla podatku od towarów i usług za luty 2024 r. na poczet zaległości w tym podatku za kwiecień, sierpień, wrzesień, listopad, grudzień 2020 r., marzec, kwiecień 2021 r, sierpień, grudzień 2022 r. oraz styczeń, marzec, kwiecień, czerwiec i sierpień 2023 r. wraz z odsetkami za zwłokę w sposób wnioskowany przez podatnika, tj. do 20% ich ogólnej wysokości.

Ponadto wbrew sugestii Strony, samo złożenie wniosku o zastosowanie ulgi w spłacie zaległości podatkowej w oparciu o art. 67a § 1 pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2025 r. poz. 111 ze zm. dalej: "O.p.") nie wyłącza zastosowania w tym przypadku art. 76b O.p w tym znaczeniu, że organ nie może postanowić o zaliczeniu zwrotu na poczet odsetek za zwłokę, które objęte są wnioskiem o umorzenie. Wniosek ten nie ma bowiem wpływu na wysokość wymaganej należności (sam wniosek o zastosowanie ulgi w spłacie należności nie powoduje ograniczenia wykonania/egzekwowania tej należności we wnioskowanym zakresie), a jego złożenie nie zmienia faktu, że nadal jest to podatek niezapłacony w terminie płatności, a więc stanowiący zaległość podatkową w rozumieniu art. 51 § 1 O.p.

DIAS uznał, że niezasadne jest żądanie Strony o zaliczeniu zwrotu tylko na kwotę główną zaległości i część odsetek, ponieważ sposób rozliczeń wskazany w art. 55 § 2 O.p jest wiążący dla organu podatkowego.

Na postanowienie DIAS złożyła skargę Strona.

Organ podatkowy w odpowiedzi na skargę Strony wniósł o jej oddalenie, podtrzymując jednocześnie swoją argumentację w sprawie.

3. Sąd pierwszej instancji oddalił skargę Strony. Wojewódzki Sąd Administracyjny stwierdził, że zasadniczy spór w sprawie sprowadza się do ustalenia, czy zaliczenie zwrotu nadwyżki podatku VAT za luty 2024 r. (wynikającej z deklaracji VAT-7 za luty 2024 r. złożonej w dniu 25 marca 2024 r.) na poczet zaległości wraz z odsetkami za zwłokę w pełnej wysokości w podatku od towarów i usług za kwiecień, sierpień, wrzesień, listopad, grudzień 2020 r., marzec, kwiecień 2021 r, sierpień, grudzień 2022 r. oraz styczeń, marzec, kwiecień, czerwiec i sierpień 2023 r. oraz wydanie w tym zakresie na rzecz Skarżącej postanowienia z dnia 17 września 2024 r. w sprawie zaliczenia było możliwe, w sytuacji, gdy Spółka złożyła wniosek o umorzenie części odsetek (w wysokości 80% wartości naliczonych odsetek).

Wojewódzki Sąd Administracyjny wskazał, że na podstawie art. 76 O.p zaliczenie nadpłaty na poczet zaległości podatkowej dokonuje się z mocy samego prawa i następuje z dniem powstania nadpłaty, tj. m.in. z dniem faktycznej zapłaty podatku w wysokości wyższej od należnej. Trafnie w tym zakresie argumentuje NSA w wyroku z 10 maja 2016 r. o sygn. akt II FSK 1034/14, że wydane przez organ postanowienie jedynie stwierdza dokonane ex lege zaliczenie nadpłaty na poczet zaległości podatkowej. Postanowienie to artykułuje i potwierdza w formie aktu administracyjnego w indywidualnej sprawie, że w dacie wynikającej z prawa i wskazanej w tymże postanowieniu, nastąpiło zaliczenie określonej kwoty nadpłaty na zaległość (zobowiązanie) podatkowe. Zaliczenie nadpłaty powoduje, na mocy art. 59 § 1 pkt 4 O.p, wygaśnięcie zobowiązania podatkowego do wysokości zaliczenia.

1. 4. Skargę kasacyjną od powyższego wyroku Sądu pierwszej instancji wywiodła Strona zaskarżając go w całości, wnosząc o uwzględnienie skargi kasacyjnej i uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i rozpoznanie skargi Skarżącej oraz uchylenie postanowień organów obydwu instancji w całości, ewentualnie w przypadku uznania, że istota sprawy nie jest dostatecznie wyjaśniona o uchylenie zaskarżonego wyroku i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania WSA. Ponadto Strona wniosła o zasądzenie kosztów postępowania według norm przepisanych i zrzekła się przeprowadzenia rozprawy.

1. 4. 1. Zaskarżonemu wyrokowi na podstawie art. 174 ust. 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2021 poz. 535, z późn. zm., dalej: "p.p.s.a.") Strona zarzuciła naruszenie przepisów prawa postępowania tj.: art. 151p.p.s.a. i art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a. poprzez oddalenie skargi, podczas gdy postanowienie DlAS powinno zostać wyeliminowane jako wydane z naruszeniem art. 233 § 2 w zw. z art. 239 O.p.w zw. z art. 62 § 1 i art. 55 § 2 O.p. oraz w zw. z art. 76 § 1 i art. 76b § 1 oraz art. 67a § 1 pkt 3 O.p. polegającym na uchyleniu postanowienia NUS z uwagi na nieprawidłowe ustalenie przez Organ pierwszej instancja momentu początkowego naliczania odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych Spółki, podczas gdy powinno zostać uchylone z tego powodu, że NUS w ramach rozliczenia zwrotu VAT za luty 2024 r. nie uwzględnił złożonego przez Spółkę wniosku o umorzenie części odsetek od zaległości Spółki (w wysokości 80% wartości naliczonych odsetek) w efekcie czego doszło do nieprawidłowego zaliczenia przez Organ pierwszej instancji zwrotu VAT za luty 2024 r. na poczet odsetek objętych wnioskiem Spółki
2. 4.2. Ponadto na podstawie na podstawie art. 174 ust. 1 p.p.s.a. Strona zarzuciła naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.: art. 62 § 1 i art. 55 § 2 w zw. z art. 76 § 1 i art. 76b § 1 oraz art. 67a § 1 pkt 3 O.p. - poprzez ich błędną wykładnię, a w konsekwencji błędne zastosowanie - poprzez uznanie, że przy zaliczaniu zwrotu VAT za luty 2024 r. na poczet, zaległości Spółki w VAT za kwiecień 2020 r., sierpień 2020 r., wrzesień 2020 r., listopad 2020 r., grudzień 2020 r., marzec 2021 r., kwiecień 2021 r., sierpień 2022 r., grudzień 2022 r., styczeń 2023 r., marzec 2023 r., kwiecień 2023 r., czerwiec 2023 r. i sierpień 2023 r., prawidłowo nie uwzględniono wniosku Spółki o umorzenie części odsetek od ww. zaległości i dokonanie zaliczenia tego zwrotu na poczet należności głównej i odsetek za ww. okresy rozliczeniowe w pełnej wysokości, podczas gdy zdaniem Strony organy podatkowe powinny wziąć pod uwagę wniosek Spółki o częściowe umorzenie odsetek i w postanowieniu o zaliczeniu uwzględnić tylko te zaległości, które tym wnioskiem nie były objęte (zaliczenie zwrotu VAT za luty 2024 r. powinno dotyczyć należności głównych i odsetek w wysokości 20% naliczonych odsetek).
3. 5. W odpowiedzi na skargę kasacyjną organ podatkowy podtrzymał swoją dotychczasowa argumentację i wniósł o oddalenie skargi kasacyjnej.

Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.

6.1. Skarga kasacyjna nie zasługuje na uwzględnienie, gdyż wbrew podniesionym w niej zarzutom wydając zaskarżony wyrok Sąd pierwszej instancji nie naruszył wskazanych w tych zarzutach przepisów postępowania oraz prawa materialnego.

6.2. W uzasadnieniu skargi kasacyjnej argumentowano, że w pierwszej kolejności należało rozpoznać merytorycznie wniosek o umorzenie odsetek podatkowych, a dopiero w drugiej kolejności organ pierwszej instancji powinien ewentualnie dokonać zaliczenia zwrotu VAT za luty 2024 r. na poczet tych odsetek, gdyby doszło do merytorycznej odmowy umorzenia odsetek. W rezultacie, podniesiono, że przy braku rozpoznania wniosku o umorzenie odsetek podatkowych, organ pierwszej instancji, wydając postanowienie w sprawie zaliczenia zwrotu podatku VAT, powinien w nim uwzględnić tylko te zaległości, które nie były objęte wnioskiem o umorzenie, tj. zaliczenie zwrotu VAT za luty 2024 r. powinno dotyczyć wyłącznie należności głównych oraz 20% odsetek za zwłokę.

6.3. Skarżąca spółka nie kwestionowała przyjętej przez Sąd pierwszej instancji wykładni użytego w art. 76a § 2 O.p. sfomułowania, że zaliczenie następuje z "dniem powstania nadpłaty". Uważała jednak, że w tej konkretnej sytuacji prowadzi ona do "wniosków nieakceptowalnych" i powstania "pułapki proceduralnej".

Argumentowała, że przyjęcie za prawidłowej przyjętej przez organy podatkowe i zaakceptowanej przez Sąd pierwszej instancji wykładni prowadzi do tego, że de facto została całkowicie pozbawiona możliwości rozpoznania wniosku o umorzenie odsetek za zwłokę.

6.4. Naczelny Sąd Administracyjny, odnosząc się do przedstawionej w uzasadnieniu skargi kasacyjnej argumentacji zauważa, że z art. 76 § 1 O.p. jasno wynika, że w sytuacji jednoczesnego stwierdzenia istnienia zaległości podatkowych i nadpłaty organy podatkowe zobligowane są do zastosowania tego przepisu, który stanowi, że nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych.

Zaliczenie nadpłaty na poczet zaległości podatkowej, którą stanowią także odsetki za zwłokę od tej zaległości i które odnoszą się do tego samego zobowiązania podatkowego, następuje z mocy samego prawa. Nie jest zatem możliwe zaliczenie dokonanej przez podatnika wpłaty jedynie na poczet zaległości głównej albo jedynie na poczet odsetek (por. Etel Leonard (red.), Ordynacja podatkowa. Tom I. Zobowiązania podatkowe. Art. 1-119zzk. Komentarz aktualizowany, publ. LEX/el. 2025).

Wydane przez Organ podatkowy postanowienie stwierdza bowiem jedynie dokonane ex lege zaliczenie nadpłaty na poczet zaległości podatkowej (tak m.in. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 13 stycznia 2026 r., sygn. akt II FSK 1258/22

1. 6.5. Deklaratoryjny charakter postanowienia przesądza o tym, że organ podatkowy nie ma tzw. luzu decyzyjnego, tj. nie może wydać postanowienia o innej treści niż wynika to z art. 76 § 1 O.p.

Argumenty przedstawione w uzasadnieniu skargi kasacyjnej mają charakter "słusznościowy" a zarzut, że zaliczenie zwrotu na poczet zaległości podatkowej wraz z pełnymi odsetkami nie powinno nastąpić wcześniej niż przed merytorycznym rozpoznaniem wniosku o umorzenie części odsetek nie znajduje oparcia w przywołanych w skardze kasacyjnej przepisach O.p.

6.6. Poza granicami oceny w rozpoznawanej sprawie pozostawała argumentacja, w której Skarżąca powoływała się na to, że wykonanie przez podatnika w toku postępowania zobowiązania podatkowego (między innymi przez zaliczenie nadpłaty/zwrotu) nie powinno pozbawiać strony prawa do merytorycznego żądania i nie może uzasadniać umorzenia postępowania, jako bezprzedmiotowego. Przedmiotem rozpoznawanej sprawy nie był bowiem przywołany w uzasadnieniu skargi kasacyjnej wniosek o umorzenie części (80%) odsetek za zwłokę.

Jedynie dla porządku można wskazać, że Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 22 kwietnia 2026 r., sygn. akt III FSK 1264/25 oddalił skargę kasacyjną wniesioną przez skarżącą Spółkę od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 16 kwietnia 2025 r., sygn. akt III SA/Wa 409/25, którym oddalono jej skargę na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie z 2 grudnia 2024 r., w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie umorzenia odsetek od zaległości podatkowych.

1. 7. Mając na uwadze powyższe, Naczelny Sąd Administracyjny – na podstawie art. 184 p.p.s.a. – orzekł jak w sentencji.
2. 8. O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 204 pkt 1 w zw. z art. 205 § 2 p.p.s.a.

W. Gurba R. Pęk M. Golecki (spr.)

Sędzia del. WSA Sędzia NSA Sędzia NSA

1. - ---------------------- 7