Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnegoz 29 lipca 2026 r., sygn. akt I FSK 1407/23

Uzasadnienie

1. 1. Wyrok Sądu pierwszej instancji.
2. 1.1. Zaskarżonym wyrokiem z dnia 8 listopada 2022 r. w sprawie o sygn. akt I SA/Kr 856/22, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie po rozpoznaniu skargi A.J. (dalej: Skarżący, Podatnik lub Strona) na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie (dalej: DIAS lub organ drugiej instancji) z dnia 19 maja 2022 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług, działając na podstawie art. 134 § 1 oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2022 r. poz. 329 ze zm., dalej: p.p.s.a.) uchylił zaskarżoną decyzję (opisany wyrok i powołane w uzasadnieniu orzeczenia sądów administracyjnych dostępne są na: www.orzeczenia.nsa.gov.pl).
3. 1.2. Sąd pierwszej instancji, działając na podstawie art. 134 § 1 p.p.s.a., stwierdził, że DIAS uchylając zaskarżoną decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w [...] (dalej: NUS lub organ pierwszej instancji) i określając Skarżącemu kwotę podatku na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2017 r., poz. 1221 ze zm., dalej: ustawa o VAT) zastosował przepis, który nie był przedmiotem orzekania organu pierwszej instancji. W konsekwencji, zdaniem WSA, DIAS naruszył zasadę dwuinstancyjności postępowania określoną w art. 127 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2021 r., poz. 1540 ze zm., dalej: Ordynacja podatkowa).
4. 2. Skarga kasacyjna.
5. 2.1. Skargę kasacyjną od powyższego wyroku wywiódł DIAS, zaskarżając wyrok w całości. Wyrokowi Sądu pierwszej instancji zarzucono:
6. I. naruszenie przepisów postępowania, które miało istotny wpływ na wynik sprawy, o którym mowa w art. 174 pkt 2 p.p.s.a, tj. naruszenie przez Sąd:

1. 1. art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) w zw. z art. 151 p.p.s.a. poprzez dokonanie nieprawidłowej kontroli zaskarżonej decyzji tj. zastosowania przepisów art. 121 § 1, art. 123 § 1, art. 191, art. 229 Ordynacji podatkowej oraz art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, co doprowadziło do uchylenia zaskarżonej decyzji, gdy przy prawidłowej ocenie zastosowania wyżej wymienionych przepisów Sąd skargę by oddalił;
2. 2. art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) p.p.s.a. w zw. z art. 121 § 1, art. 123 § 1, art. 127, art. 191, art. 229 Ordynacji podatkowej i art.108 ust. 1 ustawy o VAT poprzez uznanie, że organ drugiej instancji naruszył zasadę dwuinstancyjności postępowania przyjmując, że Skarżący wystawił na rzecz firmy P. [...] (dalej: P.) faktury nie stwierdzające rzeczywistej transakcji, gdy należało przyjąć, że organ drugiej instancji nie naruszył zasady dwuinstancyjności postępowania odmiennie kwalifikując zdarzenie od organu pierwszej instancji, gdyż w całości oparł się na materiale dowodowym zebranym przez organ pierwszej instancji i nie naruszył art. 234 Ordynacji podatkowej, a więc nie pogorszył sytuacji Podatnika;
3. 3. art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. w zw. z art. 125 § 1 i 2, art. 127 i art. 191 Ordynacji podatkowej poprzez uznanie, że organ naruszył zasadę dwuinstancyjności postępowania, gdy należało przyjąć, że skoro organ odwoławczy w swoim rozstrzygnięciu powołał się na okoliczności i ustalenia, które miały oparcie w ujawnionych dowodach przed pierwszą instancją, to kierując się zasadą szybkości postępowania prawidłowo rozstrzygnął sprawę we własnym zakresie.
4. II. naruszenie przepisów prawa materialnego, o którym mowa w art. 174 pkt 1 p.p.s.a., tj.: art. 108 ust. 1 ustawy o VAT poprzez uznanie, że organ drugiej instancji nie mógł określić zobowiązania z art. 108 ustawy o podatku od towarów i usług, gdy należało przyjąć, że w oparciu o zebrany materiał dowodowy przez organ pierwszej instancji organ drugiej instancji miał prawo określić to zobowiązanie.

Powołując się na powyższe podstawy kasacyjne, DIAS wniósł o uchylenie wyroku w całości, przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia przez Sąd pierwszej instancji lub oddalenie skargi oraz zasądzenie kosztów postępowania według norm przepisanych. Organ drugiej instancji, na podstawie art. 182 § 2 p.p.s.a., zrzekł się przeprowadzenia rozprawy.

2.2. W odpowiedzi na skargę kasacyjną, Skarżący wniósł o jej oddalenie oraz zasądzenie kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych. Zarządzeniem Przewodniczącego Wydziału I Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 13 czerwca 2023 r., na podstawie art. 66 § 1 p.p.s.a. zarządzono zwrot odpowiedzi na skargę kasacyjną pełnomocnikowi Podatnika.

2.3. Pismem procesowym z dnia 10 lipca 2023 r. Strona ponownie złożyła odpowiedź na skargę kasacyjną wnosząc o jej przyjęcie; ewentualnie o przywrócenie terminu do jej złożenia; ewentualnie zaś o potraktowanie niniejszego pisma z załącznikami jako pisma procesowego w sprawie.

2.4. Przedmiotowa skarga kasacyjna została rozpoznana na posiedzeniu niejawnym na podstawie art. 182 § 2 p.p.s.a., z którego wynika, że Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje skargę kasacyjną na posiedzeniu niejawnym, gdy strona, która ją wniosła, zrzekła się rozprawy, a pozostałe strony, w terminie czternastu dni od dnia doręczenia skargi kasacyjnej, nie zażądały przeprowadzenia rozprawy. W niniejszej sprawie DIAS zrzekł się przeprowadzenia rozprawy, zaś Skarżący wniósł o jej przeprowadzenie w odpowiedzi na skargę kasacyjną, zwróconą w trybie art. 66 § 1 p.p.s.a.

Sformułowany w piśmie procesowym z dnia 10 lipca 2023 r. wniosek o przywrócenie terminu do złożenia odpowiedzi na skargę kasacyjną był niedopuszczalny, bowiem uchybienie temu terminowi, co do zasady nie powoduje dla strony ujemnych skutków w zakresie postępowania sądowego. Złożenie odpowiedzi na skargę kasacyjną po terminie określonym w art. 179 p.p.s.a. powoduje, że pismo to traci ten przymiot i staje się zwykłym pismem procesowym, a zawarty w tym piśmie wniosek o zasądzenie kosztów postępowania jest nieskuteczny (por. wyroki NSA z dnia: 11 lutego 2025 r., sygn. akt III OSK 1662/24, czy 21 listopada 2023 r., sygn. akt III OSK 6376/21 oraz postanowienie NSA z dnia 5 listopada 2025 r., sygn. akt III OZ 598/25). Dlatego też sformułowane w tym piśmie procesowym wnioski o przeprowadzenie rozprawy oraz o zwrot kosztów postępowania kasacyjnego były bezskuteczne.

1. 3. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
2. 3.1. Skarga kasacyjna nie zasługiwała na uwzględnienie.
3. 3.2. Istota sporu na obecnym etapie postępowania sprowadzała się do oceny prawidłowości stanowiska Sądu pierwszej instancji co do naruszenia przez DIAS zasady dwuinstancyjności postępowania poprzez zmianę podstawy materialnoprawnej rozstrzygnięcia.
4. 3.3. Zasada dwuinstancyjności postępowania ma swoje podstawy normatywne w Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 2 kwietnia 1997 r. (Dz.U. z 1997 r., nr 78, poz. 483 ze zm., dalej: Konstytucja RP). Zgodnie z art. 78 ustawy zasadniczej każda ze stron ma prawo do zaskarżenia orzeczeń i decyzji wydanych w pierwszej instancji. Wyjątki od tej zasady oraz tryb zaskarżania określa ustawa. W postępowaniu podatkowym zasada ta została wyrażona w art. 127 Ordynacji podatkowej, który stanowi, że postępowanie podatkowe jest dwuinstancyjne. Pomimo bardzo skrótowej zawartości normatywnej tego przepisu, zasada dwuinstancyjności w postępowaniu podatkowym ma bardzo szeroki zakres. Jest on znacznie szerszy niż w innym procedurach, czy to w postępowaniu sądowoadministracyjnym, czy też w postępowaniu cywilnym lub w postępowaniu karnym. Jest to konsekwencja specyfiki postępowania podatkowego. W tym postępowaniu bowiem, podobnie jak w postępowaniu administracyjnym, rola i znaczenie organu prowadzącego postępowanie jest bardzo duża. Na tym organie spoczywa ciężar dowodowy. Organ prowadzący postępowanie dysponuje całym aparatem administracyjnym, który umożliwia w sposób władczy i jednostronny na określenie stronom postępowania praw i obowiązków. Strona postępowania zaś dysponuje niewielką ilością środków prawnych, umożliwiających wpływ na bieg postępowania. Do najważniejszych z nich należą środki zaskarżenia.

Z powyższych względów istotnego znaczenia w postępowaniu podatkowym nabiera zasada dwuinstancyjności postępowania. W orzecznictwie sądowoadministracyjnym jednolicie przyjmuje się, że z tej zasady wynika obowiązek dwukrotnego rozpoznania i rozstrzygnięcia tej samej sprawy. Istotna jest przy tym tożsamość sprawy. Ta sama sprawa co do tożsamości winna być przedmiotem rozpoznania zarówno przed organem pierwszej, jak i drugiej instancji. O tożsamości sprawy decydują cztery elementy: podmiot, przedmiot, podstawa prawna i stan faktyczny, w którym występują te same fakty mające znaczenie prawotwórcze. Zmiana jednego z nich skutkuje nową sprawą (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 15 lutego 2024 r., sygn. akt I FSK 534/20 i przytoczone tam orzecznictwo).

Organ odwoławczy jest zatem zobowiązany do rozpoznania sprawy w pełnym zakresie, do ponownego jej załatwienia, a nie jedynie kontroli ustaleń zawartych w zaskarżonej decyzji. Naczelny Sąd Administracyjny już w wyroku z dnia 11 lutego 1999 r., sygn. akt SA/Bk 1629/97 (POP 1999, z. 6, s. 160), stwierdził, że nie da się pogodzić z podstawowymi zasadami praworządności sytuacja, w której organ państwowy nakłada decyzjami na obywateli obowiązki podatkowe z założeniem, iż decyzje te nie mogą być przez nich zaskarżone do organu odwoławczego. Gdy organ odwoławczy w zasadniczy sposób zmienia ustalenia organu pierwszej instancji (utrzymując przy tym decyzję pierwszoinstancyjną w mocy), dochodzi nie tylko do naruszenia zasady dwuinstancyjności, wyrażającej prawo podatnika do obrony swoich praw na gruncie postępowania podatkowego, ale także do naruszenia zasady zaufania do organu podatkowego, wyrażonej w art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej oraz czynnego udziału stron w postępowaniu, wskazanego w art. 123 § 1 tej ustawy (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia: 13 maja 2009 r., sygn. akt II FSK 139/08; 3 listopada 2021 r., sygn. akt I FSK 855/19).

3.4. W niniejszej sprawie NUS określił Skarżącemu wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za styczeń, luty, marzec oraz lipiec 2018r., kwestionując część transakcji dotyczących nabyć tworzyw sztucznych. NUS stwierdził bowiem, że 6 faktur wystawionych przez L. sp. z o.o. (dalej: L.) na rzecz Podatnika nie przedstawiała rzeczywistych transakcji. Faktury te potwierdzały czynności, które nie zostały dokonane pomiędzy widniejącymi na nich podmiotami i nie stanowiły podstawy do obniżenia podatku należnego o wykazany w nich podatek naliczony. Dostawy wykazane przez L. nie zostały dokonane, a wystawione przez tą spółkę faktury, zdaniem organu pierwszej instancji, miały umożliwić Skarżącemu dokonanie nienależnego odliczenia podatku VAT. NUS wydając swoją decyzję uznał, że w deklaracjach VAT-7 za styczeń, luty, marzec i lipiec 2018 r. Strona zawyżyła kwotę podatku naliczonego o łączną wysokość 91.904 zł, a w konsekwencji dokonał określenia za poszczególne miesiące podatku od towarów i usług stanowiącego różnicę pomiędzy podatkiem należnym, a naliczonym.

3.5. Składając odwołanie, Strona zakwestionowała pozbawienie jej prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony zawarty w fakturach dokumentujących zakupy w następstwie przyjęcia, że dokumentowały one czynności, które nie zostały dokonane, w rozumieniu art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) ustawy o VAT. Podważając zaś prowadzone postępowanie, Skarżący wskazywał na błędne wnioski i pominięcie, że transakcje miały charakter realny, a towar objęty zakwestionowanymi fakturami istniał.

3.6. Zaskarżoną decyzją, po rozpoznaniu odwołania, DIAS uchylił w całości decyzję organu pierwszej instancji, na podstawie art. 99 ust. 12 ustawy o VAT określił kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za styczeń, luty, marzec oraz lipiec 2018 r., a także podatek do wpłaty na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT za te miesiące. Organ drugiej instancji z jednej strony zaakceptował rozstrzygnięcie NUS odnośnie faktur wystawionych przez L. na rzecz Podatnika. Niemniej odmiennie od organu pierwszej instancji DIAS dodatkowo zakwestionował faktury "sprzedażowe" wystawione przez Stronę na rzecz P. Pierwotnie NUS w swojej decyzji stwierdził, że faktury te dokumentują rzeczywiste dostawy. Jak wprost wskazał Sąd wojewódzki, organ pierwszej instancji uznał, że "W niniejszej sprawie przeprowadzone dowody pozwoliły na potwierdzenie faktu, iż wystawione przez Pana (tj. Skarżącego – przypis NSA) na rzecz P. [...] faktury dokumentują rzeczywiste dostawy, a zafakturowany towar został przez tę firmę odebrany". Tymczasem zdaniem DIAS, faktury wystawione na rzecz P. również – zdaniem tego organu - nie odzwierciedlały rzeczywistych zdarzeń gospodarczych. Organ drugiej instancji uznał, że Skarżący nie tylko nie kupował tworzyw sztucznych od L., ale również nie dysponował tego typu towarem, który mógł być przedmiotem dalszej sprzedaży na rzecz P. W konsekwencji DIAS skorygował zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług nie tylko o 6 ww. faktur "zakupowych", ale również o 6 ww. faktur "sprzedażowych". Ponadto jednak określił za poszczególne miesiące 2018 r. kwoty podatku podlegające wpłacie, zgodnie z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.

3.7. Analizując przebieg postępowania podatkowego należy stwierdzić, że zasadnie Sąd pierwszej instancji stwierdził, że w niniejszej sprawie została naruszona zasada dwuinstancyjności. Skarżący w istocie został zaskoczony przez organ drugiej instancji. Zgodzić się należy z WSA, że zebrany materiał dowodowy doprowadził DIAS do zmiany podstawy prawnej wydanej decyzji, co w konsekwencji pozbawiło Skarżącego dwukrotnego badania sprawy przez organy podatkowe. Ten sam materiał posłużył bowiem organowi pierwszej instancji jedynie do skorygowania kwoty podatku naliczonego, wynikającego z 6 faktur wystawionych przez L., co w konsekwencji spowodowało określenie zobowiązania podatkowego w większej wysokości, a jednocześnie ten sam materiał dowodowy posłużył organowi drugiej instancji do zakwestionowania kolejnych 6-ciu spornych faktur, skorygowania zarówno podatku naliczonego jak i należnego oraz określenia kwoty podatku na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. W prowadzonym w niniejszej sprawie postępowaniu, począwszy od ustaleń kontroli podatkowej, aż do czasu wydania decyzji przez DIAS, taki sposób kwalifikacji spornych transakcji nie był wskazywany przez organy podatkowe. W konsekwencji spór pomiędzy Stroną, a organem został przeniesiony na etap postępowania sądowoadministracyjnego. Tymczasem zadaniem sądów administracyjnych jest ocena legalności działań administracji publicznej, a nie ich zastępowanie w administrowaniu.

3.8. Nie ulega wątpliwości, że okoliczności faktyczne, wymagające ustalenia w toku prowadzonego przez organy podatkowe postępowania, a w konsekwencji zakres postępowania wyjaśniającego w toku postępowania podatkowego są determinowane normami prawa materialnego, które mają zastosowanie w danej sprawie. To konieczność wyjaśnienia przesłanek norm prawa materialnego ukierunkowuje postępowanie dowodowe. Zupełnie inne są okoliczności faktyczne niezbędne dla oceny, czy w sprawie doszło do oszustwa podatkowego wyłącznie na etapie "zakupowym" (dot. L.) tj. w sposób określony w decyzji organu pierwszej instancji, a inne do określenia, że oszustwo miało miejsce na etapie "sprzedażowym" (dot. P.). Zastosowanie nowej kwalifikacji prawnej może też wiązać się z koniecznością przeprowadzenia dodatkowych, nowych dowodów, także tych, która Strona w dotychczas obranym kierunku prowadzonego wobec niej postępowania nie zgłaszała.

Zgodzić należy się z Sądem wojewódzkim, że zmiana podstawy prawnej decyzji w okolicznościach faktycznych sprawy naruszyła jej tożsamość przedmiotową, a w konsekwencji zasadę dwuinstancyjności postępowania. Strona w rzeczywistości mogła brać czynny udział w rozpoznaniu jej sprawy tylko w jednej instancji podatkowej, gdyż w postępowaniu odwoławczym pozostawała w przekonaniu, że zebrane dowody służą kwalifikacji stanu faktycznego odnośnie zakwestionowania rzetelności nabycia towaru od L. i w tym kierunku przedstawiała stosowną argumentację. W tej sytuacji stanowisko DIAS, rozszerzające rozstrzygnięcie o faktury wystawione przez Podatnika na rzecz P., słusznie nie zyskało aprobaty WSA.

3.9. Argumentacja skargi kasacyjnej stanowiła w istocie polemikę z prawidłową oceną Sądu pierwszej instancji, a kasator nie przedstawił żadnych przekonujących okoliczności, które pozwalałyby na podważenie wywodu Sądu wojewódzkiego.

Autor skargi kasacyjnej twierdził, że wnioski wynikające z zaskarżonej decyzji zostały wyciągnięte na podstawie całości zebranego materiału dowodowego. DIAS szczegółowo wyjaśnił na podstawie jakich dowodów doszedł do przekonania, że transakcje wynikające z zakwestionowanych faktur nie miały miejsca, jak również dlaczego uchylił decyzję NUS oraz jakim dowodom odmówił wiarygodności. W konsekwencji, skoro materiał dowodowy nie wymagał uzupełnienia, to organ drugiej instancji wydał rozstrzygnięcie kierując się zasadą szybkości postępowania. Wbrew jednak tym twierdzeniom zasada szybkości postępowania nie może prowadzić do podejmowania działań sprzecznych z prawem. Prawidłowe zastosowanie przepisu art. 233 § 2 Ordynacji podatkowej nie może zostać uznane za naruszenie art. 125 § 1 Ordynacji podatkowej, bowiem zasada szybkości postępowania nie może ograniczać zasady jego dwuinstancyjności (por. wyroki NSA z dnia: 4 września 2019r., sygn. akt I FSK 920/19, czy 17 maja 2019 r., sygn. akt I GSK 135/17).

W takiej sytuacji nie ma znaczenia także argument, że zaskarżona decyzja została wydana z poszanowaniem zasady reformationis in peius w postępowaniu podatkowym, uregulowanej w art. 234 Ordynacji podatkowej.

3.10. W związku z powyższym Sąd pierwszej instancji prawidłowo uznał, że zaskarżona decyzja DIAS narusza zasadę dwuinstancyjności postępowania podatkowego, wyrażoną w art. 127 Ordynacji podatkowej. Co do zasady organ odwoławczy ma prawo korygowania stanowiska przyjętego w rozstrzygnięciu organu pierwszej instancji, ma również prawo uzupełniania materiału dowodowego (art. 229 Ordynacji podatkowej), ale prawo to nie może wykraczać poza regułę określoną w art. 127 Ordynacji podatkowej, a taka sytuacja miała miejsce w niniejszej sprawie. W związku z tym, że organ drugiej instancji rozszerzył podstawę faktyczną orzekania o faktury "sprzedażowe" Strony i nadto zastosował inną podstawę prawną rozstrzygnięcia niż organ pierwszej instancji, Strona de facto została pozbawiona możliwości odwołania się od decyzji NUS, a więc została naruszona zasada, zgodnie z którą sprawa powinna być rozstrzygnięta dwukrotnie.

Powyższe swoiste "zaskakiwanie" Podatnika przez organ drugiej instancji niewątpliwie narusza także zasadę zaufania do organów prowadzących postępowanie, określoną w art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej. Również trafnie WSA podkreślił naruszenie zasady czynnego udziału stron wyrażoną w art. 123 § 1 Ordynacji podatkowej. Strona bowiem została pozbawiona możliwości aktywnego udziału w postępowaniu dowodowym w zakresie wykazywania okoliczności faktycznych istotnych dla przyjęcia kwalifikacji spornych transakcji przyjętej przez DIAS.

1. 3.11. Powyższe zaś oznacza, że sformułowane w skardze kasacyjnej zarzuty naruszenia prawa procesowego, jako niezasadne, nie mogły zostać uwzględnione. Nadto na obecnym etapie postępowania przedwczesne było orzekanie o zasadności zarzutu naruszenia art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.

1. 3.12. W tym stanie rzeczy, wobec braku usprawiedliwionych podstaw, skarga kasacyjna podlegała oddaleniu na podstawie art. 184 p.p.s.a.

Elżbieta Olechniewicz Sylwester Golec Zbigniew Łoboda

Sędzia WSA (del.) Sędzia NSA Sędzia NSA